# TARGET T0357 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.107 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.010 0.008 0.025 0.031 0.046 0.049 0.002 0.001 0.005 0.754 2 V 0.046 0.006 0.007 0.049 0.069 0.078 0.076 0.002 0.001 0.004 0.662 3 K 0.054 0.006 0.005 0.063 0.065 0.103 0.099 0.001 0.001 0.006 0.600 4 F 0.034 0.008 0.005 0.128 0.119 0.211 0.083 0.001 0.001 0.005 0.406 5 A 0.019 0.008 0.002 0.155 0.158 0.241 0.089 0.001 0.001 0.004 0.323 6 C 0.019 0.007 0.002 0.145 0.116 0.207 0.058 0.001 0.001 0.005 0.439 7 R 0.014 0.008 0.001 0.204 0.173 0.274 0.077 0.001 0.001 0.004 0.245 8 A 0.024 0.010 0.002 0.149 0.129 0.207 0.066 0.001 0.001 0.005 0.407 9 I 0.017 0.019 0.002 0.191 0.185 0.307 0.076 0.001 0.001 0.004 0.197 10 T 0.023 0.024 0.002 0.098 0.179 0.308 0.093 0.002 0.001 0.005 0.267 11 R 0.023 0.021 0.003 0.054 0.094 0.152 0.060 0.002 0.001 0.004 0.588 12 G 0.064 0.017 0.003 0.030 0.070 0.107 0.143 0.003 0.001 0.014 0.548 13 R 0.221 0.032 0.021 0.033 0.064 0.083 0.126 0.003 0.001 0.020 0.397 14 A 0.033 0.049 0.007 0.063 0.127 0.144 0.102 0.002 0.001 0.006 0.467 15 E 0.033 0.035 0.003 0.077 0.161 0.296 0.094 0.002 0.001 0.009 0.290 16 G 0.067 0.041 0.007 0.071 0.127 0.238 0.051 0.003 0.001 0.009 0.385 17 E 0.036 0.026 0.007 0.115 0.213 0.263 0.061 0.002 0.001 0.005 0.271 18 A 0.029 0.016 0.006 0.115 0.208 0.311 0.066 0.002 0.001 0.005 0.243 19 L 0.012 0.015 0.002 0.225 0.280 0.339 0.027 0.001 0.001 0.002 0.097 20 V 0.005 0.019 0.001 0.226 0.201 0.381 0.047 0.001 0.001 0.002 0.117 21 T 0.022 0.022 0.002 0.146 0.217 0.369 0.064 0.002 0.001 0.004 0.152 22 K 0.018 0.016 0.006 0.084 0.068 0.155 0.068 0.002 0.001 0.006 0.578 23 E 0.020 0.009 0.004 0.044 0.076 0.150 0.237 0.002 0.001 0.013 0.446 24 Y 0.062 0.011 0.011 0.029 0.031 0.052 0.133 0.001 0.001 0.016 0.652 25 I 0.048 0.050 0.004 0.065 0.116 0.158 0.156 0.002 0.001 0.009 0.391 26 S 0.065 0.073 0.002 0.056 0.093 0.157 0.126 0.002 0.001 0.007 0.419 27 F 0.068 0.207 0.002 0.030 0.098 0.101 0.053 0.004 0.001 0.004 0.433 28 L 0.110 0.239 0.006 0.024 0.087 0.159 0.083 0.005 0.001 0.016 0.269 29 G 0.115 0.111 0.012 0.019 0.073 0.146 0.211 0.021 0.001 0.020 0.273 30 G 0.288 0.040 0.022 0.027 0.134 0.088 0.064 0.034 0.001 0.018 0.285 31 I 0.095 0.023 0.171 0.041 0.100 0.121 0.094 0.005 0.001 0.012 0.338 32 D 0.006 0.005 0.003 0.064 0.318 0.246 0.160 0.002 0.001 0.002 0.195 33 K 0.003 0.001 0.001 0.021 0.023 0.022 0.021 0.001 0.001 0.002 0.905 34 E 0.012 0.002 0.001 0.014 0.026 0.052 0.646 0.001 0.001 0.023 0.224 35 T 0.594 0.003 0.002 0.018 0.008 0.012 0.137 0.002 0.001 0.133 0.090 36 G 0.476 0.013 0.015 0.067 0.024 0.015 0.208 0.004 0.001 0.039 0.139 37 I 0.043 0.002 0.061 0.097 0.067 0.062 0.158 0.001 0.001 0.012 0.497 38 V 0.004 0.001 0.003 0.178 0.105 0.213 0.115 0.001 0.001 0.002 0.380 39 K 0.003 0.001 0.001 0.065 0.058 0.135 0.082 0.001 0.001 0.002 0.653 40 E 0.004 0.001 0.001 0.020 0.031 0.081 0.076 0.001 0.001 0.003 0.784 41 D 0.018 0.002 0.001 0.024 0.031 0.064 0.337 0.001 0.001 0.012 0.511 42 C 0.120 0.009 0.001 0.055 0.020 0.039 0.228 0.001 0.001 0.018 0.511 43 E 0.054 0.062 0.001 0.037 0.020 0.027 0.182 0.001 0.001 0.009 0.607 44 I 0.104 0.159 0.004 0.014 0.028 0.058 0.173 0.002 0.001 0.018 0.441 45 K 0.104 0.315 0.003 0.008 0.029 0.053 0.114 0.007 0.001 0.004 0.363 46 G 0.299 0.158 0.005 0.006 0.029 0.020 0.042 0.033 0.001 0.011 0.398 47 E 0.312 0.113 0.185 0.003 0.016 0.029 0.053 0.002 0.001 0.015 0.271 48 S 0.022 0.047 0.009 0.021 0.132 0.105 0.168 0.012 0.001 0.003 0.481 49 V 0.064 0.084 0.005 0.035 0.076 0.067 0.070 0.006 0.001 0.008 0.585 50 A 0.046 0.115 0.002 0.041 0.077 0.122 0.211 0.010 0.001 0.017 0.358 51 G 0.167 0.042 0.007 0.037 0.065 0.086 0.200 0.025 0.001 0.059 0.310 52 R 0.455 0.018 0.042 0.208 0.063 0.055 0.050 0.007 0.001 0.020 0.083 53 I 0.025 0.005 0.042 0.274 0.234 0.186 0.063 0.002 0.001 0.004 0.165 54 L 0.001 0.001 0.001 0.338 0.305 0.318 0.012 0.001 0.001 0.001 0.024 55 V 0.001 0.001 0.001 0.374 0.159 0.340 0.022 0.001 0.001 0.001 0.102 56 F 0.002 0.001 0.001 0.312 0.319 0.257 0.024 0.001 0.001 0.001 0.084 57 P 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.953 58 G 0.001 0.001 0.001 0.116 0.076 0.290 0.185 0.001 0.001 0.006 0.325 59 G 0.108 0.001 0.001 0.041 0.020 0.040 0.118 0.001 0.001 0.050 0.621 60 K 0.077 0.005 0.001 0.034 0.032 0.034 0.145 0.001 0.001 0.011 0.661 61 G 0.105 0.004 0.003 0.040 0.050 0.066 0.125 0.001 0.001 0.013 0.593 62 S 0.097 0.016 0.003 0.046 0.063 0.090 0.152 0.001 0.001 0.008 0.525 63 T 0.025 0.019 0.002 0.021 0.067 0.112 0.131 0.001 0.001 0.003 0.620 64 V 0.028 0.038 0.003 0.032 0.084 0.181 0.113 0.001 0.001 0.006 0.516 65 G 0.046 0.063 0.002 0.027 0.056 0.128 0.202 0.002 0.001 0.015 0.458 66 S 0.093 0.124 0.006 0.023 0.025 0.072 0.184 0.003 0.001 0.016 0.454 67 Y 0.049 0.235 0.003 0.022 0.021 0.021 0.132 0.003 0.001 0.004 0.511 68 V 0.020 0.632 0.004 0.012 0.016 0.033 0.074 0.001 0.001 0.004 0.204 69 L 0.005 0.901 0.001 0.006 0.011 0.031 0.012 0.001 0.001 0.001 0.032 70 L 0.003 0.940 0.001 0.002 0.005 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.033 71 N 0.013 0.944 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 72 L 0.016 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.017 73 R 0.004 0.971 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.010 74 K 0.035 0.896 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.053 75 N 0.068 0.840 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 0.001 0.001 0.045 76 G 0.532 0.258 0.032 0.001 0.001 0.001 0.009 0.040 0.001 0.004 0.124 77 V 0.019 0.032 0.911 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.029 78 A 0.015 0.162 0.030 0.182 0.062 0.142 0.067 0.009 0.001 0.002 0.329 79 P 0.010 0.026 0.004 0.020 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.929 80 K 0.029 0.174 0.001 0.285 0.097 0.139 0.031 0.003 0.001 0.002 0.239 81 A 0.038 0.273 0.002 0.215 0.045 0.108 0.023 0.004 0.001 0.002 0.290 82 I 0.023 0.411 0.001 0.233 0.107 0.118 0.010 0.003 0.001 0.001 0.093 83 I 0.022 0.458 0.001 0.090 0.103 0.244 0.014 0.004 0.001 0.001 0.063 84 N 0.057 0.445 0.004 0.073 0.079 0.202 0.022 0.018 0.001 0.002 0.099 85 K 0.101 0.353 0.027 0.046 0.071 0.089 0.046 0.029 0.001 0.003 0.236 86 K 0.087 0.207 0.043 0.049 0.057 0.096 0.101 0.024 0.001 0.009 0.326 87 T 0.040 0.043 0.036 0.021 0.031 0.039 0.089 0.007 0.001 0.008 0.686 88 E 0.065 0.045 0.019 0.052 0.034 0.061 0.155 0.004 0.001 0.015 0.549 89 T 0.162 0.047 0.015 0.043 0.039 0.047 0.115 0.003 0.001 0.013 0.515 90 I 0.094 0.093 0.011 0.177 0.147 0.141 0.102 0.002 0.001 0.006 0.226 91 I 0.012 0.094 0.004 0.227 0.172 0.313 0.047 0.001 0.001 0.002 0.127 92 A 0.007 0.087 0.002 0.217 0.230 0.388 0.019 0.001 0.001 0.001 0.049 93 V 0.005 0.120 0.001 0.150 0.173 0.410 0.029 0.001 0.001 0.001 0.109 94 G 0.030 0.115 0.005 0.155 0.155 0.298 0.030 0.005 0.001 0.004 0.202 95 A 0.017 0.078 0.013 0.199 0.249 0.313 0.034 0.002 0.001 0.003 0.091 96 A 0.006 0.049 0.002 0.278 0.225 0.265 0.036 0.003 0.001 0.002 0.134 97 M 0.035 0.084 0.006 0.156 0.221 0.302 0.037 0.004 0.001 0.002 0.152 98 A 0.022 0.130 0.002 0.163 0.143 0.363 0.049 0.008 0.001 0.003 0.116 99 E 0.094 0.058 0.012 0.065 0.056 0.128 0.077 0.029 0.001 0.013 0.467 100 I 0.152 0.018 0.116 0.100 0.081 0.098 0.072 0.008 0.001 0.010 0.345 101 P 0.002 0.001 0.005 0.016 0.008 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.951 102 L 0.008 0.001 0.003 0.086 0.060 0.120 0.095 0.001 0.001 0.004 0.624 103 V 0.080 0.004 0.002 0.162 0.110 0.170 0.056 0.001 0.001 0.007 0.410 104 E 0.044 0.017 0.001 0.179 0.063 0.122 0.093 0.001 0.001 0.004 0.476 105 V 0.038 0.008 0.002 0.152 0.089 0.155 0.078 0.001 0.001 0.004 0.474 106 R 0.030 0.010 0.002 0.146 0.065 0.134 0.182 0.001 0.001 0.006 0.423 107 D 0.046 0.010 0.003 0.034 0.019 0.041 0.220 0.002 0.001 0.009 0.617 108 E 0.047 0.015 0.004 0.025 0.011 0.012 0.132 0.001 0.001 0.012 0.741 109 K 0.045 0.013 0.002 0.003 0.003 0.004 0.553 0.001 0.001 0.015 0.361 110 F 0.070 0.086 0.007 0.008 0.006 0.014 0.256 0.001 0.001 0.011 0.541 111 F 0.038 0.412 0.002 0.008 0.015 0.030 0.081 0.002 0.001 0.007 0.404 112 E 0.073 0.387 0.002 0.002 0.027 0.058 0.138 0.005 0.001 0.011 0.296 113 A 0.156 0.634 0.001 0.002 0.021 0.015 0.006 0.009 0.001 0.001 0.154 114 V 0.088 0.800 0.001 0.004 0.031 0.024 0.003 0.018 0.001 0.001 0.030 115 K 0.061 0.685 0.007 0.002 0.030 0.038 0.027 0.021 0.001 0.003 0.126 116 T 0.153 0.333 0.006 0.007 0.020 0.033 0.048 0.159 0.001 0.005 0.235 117 G 0.721 0.045 0.033 0.009 0.004 0.005 0.030 0.062 0.001 0.022 0.069 118 D 0.231 0.005 0.246 0.031 0.023 0.009 0.170 0.009 0.001 0.021 0.254 119 R 0.012 0.001 0.287 0.090 0.037 0.045 0.100 0.001 0.001 0.004 0.423 120 V 0.003 0.001 0.002 0.374 0.232 0.298 0.047 0.001 0.001 0.001 0.043 121 V 0.002 0.001 0.001 0.226 0.242 0.286 0.044 0.001 0.001 0.001 0.198 122 V 0.001 0.001 0.001 0.254 0.261 0.372 0.013 0.001 0.001 0.001 0.098 123 N 0.001 0.001 0.001 0.246 0.240 0.332 0.061 0.001 0.001 0.001 0.119 124 A 0.002 0.001 0.001 0.133 0.073 0.112 0.071 0.001 0.001 0.005 0.604 125 D 0.004 0.001 0.001 0.061 0.044 0.081 0.475 0.001 0.001 0.016 0.320 126 E 0.184 0.002 0.001 0.025 0.012 0.018 0.271 0.001 0.001 0.120 0.367 127 G 0.256 0.015 0.003 0.022 0.020 0.018 0.375 0.001 0.001 0.058 0.231 128 Y 0.124 0.018 0.015 0.019 0.033 0.045 0.317 0.001 0.001 0.022 0.406 129 V 0.018 0.021 0.007 0.032 0.099 0.177 0.094 0.001 0.001 0.003 0.547 130 E 0.009 0.016 0.001 0.022 0.162 0.338 0.093 0.001 0.001 0.002 0.355 131 L 0.031 0.032 0.001 0.013 0.141 0.309 0.049 0.001 0.001 0.003 0.419 132 I 0.027 0.058 0.001 0.032 0.193 0.372 0.054 0.002 0.001 0.003 0.257 133 E 0.052 0.052 0.002 0.025 0.075 0.170 0.093 0.004 0.001 0.007 0.518 134 L 0.118 0.089 0.008 0.064 0.068 0.123 0.078 0.008 0.001 0.009 0.436 135 E 0.082 0.066 0.007 0.026 0.040 0.043 0.101 0.007 0.001 0.004 0.624 136 H 0.102 0.057 0.009 0.022 0.028 0.049 0.096 0.005 0.001 0.007 0.623 137 H 0.111 0.054 0.008 0.028 0.039 0.069 0.121 0.006 0.001 0.007 0.558 138 H 0.135 0.039 0.006 0.010 0.015 0.020 0.102 0.003 0.001 0.004 0.666 139 H 0.080 0.033 0.007 0.013 0.015 0.027 0.058 0.002 0.001 0.004 0.762 140 H 0.074 0.026 0.003 0.016 0.021 0.034 0.130 0.002 0.001 0.005 0.688 141 H 0.119 0.025 0.003 0.011 0.011 0.020 0.101 0.002 0.001 0.007 0.701