# TARGET T0357 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.107 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.003 0.018 0.024 0.034 0.042 0.003 0.861 2 V 0.019 0.007 0.052 0.113 0.130 0.054 0.004 0.619 3 K 0.015 0.004 0.036 0.065 0.103 0.046 0.003 0.728 4 F 0.022 0.010 0.082 0.212 0.248 0.053 0.004 0.369 5 A 0.029 0.008 0.073 0.149 0.221 0.081 0.005 0.434 6 C 0.031 0.010 0.091 0.152 0.224 0.073 0.006 0.413 7 R 0.037 0.013 0.171 0.286 0.292 0.055 0.005 0.142 8 A 0.019 0.011 0.095 0.177 0.240 0.045 0.005 0.409 9 I 0.020 0.013 0.181 0.196 0.340 0.046 0.008 0.196 10 T 0.019 0.026 0.155 0.227 0.248 0.063 0.007 0.256 11 R 0.011 0.022 0.082 0.127 0.214 0.057 0.009 0.478 12 G 0.039 0.024 0.063 0.104 0.146 0.088 0.022 0.515 13 R 0.150 0.010 0.057 0.066 0.096 0.152 0.023 0.447 14 A 0.059 0.017 0.061 0.246 0.179 0.098 0.012 0.329 15 E 0.055 0.008 0.058 0.189 0.378 0.096 0.010 0.206 16 G 0.028 0.009 0.071 0.311 0.328 0.044 0.007 0.202 17 E 0.019 0.004 0.093 0.293 0.356 0.036 0.003 0.195 18 A 0.007 0.003 0.052 0.239 0.357 0.035 0.002 0.305 19 L 0.010 0.004 0.102 0.281 0.539 0.018 0.002 0.043 20 V 0.009 0.008 0.098 0.363 0.364 0.028 0.003 0.126 21 T 0.010 0.011 0.128 0.243 0.417 0.027 0.005 0.159 22 K 0.017 0.008 0.086 0.103 0.248 0.085 0.010 0.443 23 E 0.038 0.008 0.044 0.054 0.079 0.180 0.012 0.585 24 Y 0.027 0.008 0.043 0.037 0.057 0.108 0.008 0.712 25 I 0.124 0.028 0.121 0.141 0.183 0.118 0.018 0.267 26 S 0.049 0.052 0.213 0.137 0.189 0.126 0.015 0.219 27 F 0.052 0.056 0.135 0.135 0.239 0.054 0.014 0.313 28 L 0.033 0.035 0.071 0.092 0.160 0.091 0.007 0.511 29 G 0.117 0.017 0.048 0.149 0.162 0.166 0.040 0.302 30 G 0.140 0.022 0.150 0.091 0.101 0.082 0.014 0.402 31 I 0.044 0.018 0.121 0.171 0.230 0.092 0.009 0.315 32 D 0.024 0.013 0.059 0.119 0.221 0.120 0.006 0.438 33 K 0.010 0.008 0.022 0.031 0.082 0.045 0.003 0.798 34 E 0.022 0.007 0.024 0.014 0.030 0.691 0.010 0.202 35 T 0.498 0.011 0.016 0.017 0.016 0.277 0.050 0.114 36 G 0.381 0.045 0.192 0.131 0.046 0.043 0.041 0.120 37 I 0.006 0.003 0.387 0.050 0.072 0.041 0.004 0.438 38 V 0.010 0.003 0.152 0.162 0.390 0.062 0.002 0.219 39 K 0.011 0.006 0.065 0.085 0.264 0.084 0.002 0.482 40 E 0.011 0.006 0.061 0.037 0.104 0.108 0.004 0.670 41 D 0.036 0.009 0.024 0.018 0.030 0.242 0.010 0.632 42 C 0.266 0.012 0.016 0.023 0.029 0.104 0.021 0.528 43 E 0.038 0.023 0.038 0.031 0.043 0.193 0.013 0.621 44 I 0.073 0.031 0.026 0.036 0.077 0.239 0.015 0.502 45 K 0.159 0.066 0.039 0.061 0.096 0.197 0.014 0.368 46 G 0.129 0.072 0.034 0.119 0.138 0.072 0.021 0.416 47 E 0.150 0.029 0.102 0.129 0.182 0.086 0.009 0.312 48 S 0.014 0.022 0.025 0.144 0.184 0.057 0.007 0.547 49 V 0.055 0.029 0.051 0.165 0.346 0.065 0.012 0.277 50 A 0.033 0.018 0.059 0.125 0.150 0.216 0.017 0.383 51 G 0.119 0.012 0.069 0.142 0.128 0.101 0.056 0.374 52 R 0.350 0.003 0.145 0.053 0.088 0.184 0.013 0.164 53 I 0.006 0.003 0.368 0.288 0.166 0.033 0.002 0.134 54 L 0.002 0.001 0.232 0.264 0.458 0.010 0.002 0.032 55 V 0.003 0.001 0.337 0.138 0.327 0.011 0.002 0.181 56 F 0.002 0.001 0.468 0.217 0.244 0.016 0.001 0.051 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 58 G 0.002 0.001 0.077 0.060 0.315 0.109 0.003 0.434 59 G 0.146 0.001 0.020 0.012 0.018 0.135 0.007 0.661 60 K 0.075 0.002 0.052 0.031 0.030 0.141 0.007 0.662 61 G 0.044 0.007 0.038 0.041 0.046 0.124 0.007 0.693 62 S 0.128 0.011 0.093 0.044 0.072 0.139 0.011 0.502 63 T 0.030 0.013 0.049 0.041 0.054 0.216 0.007 0.590 64 V 0.047 0.021 0.037 0.034 0.058 0.214 0.008 0.581 65 G 0.031 0.064 0.043 0.050 0.051 0.215 0.011 0.535 66 S 0.131 0.042 0.019 0.023 0.058 0.222 0.009 0.496 67 Y 0.027 0.121 0.037 0.070 0.078 0.104 0.003 0.560 68 V 0.030 0.261 0.015 0.093 0.166 0.154 0.006 0.275 69 L 0.028 0.612 0.020 0.054 0.144 0.045 0.004 0.093 70 L 0.013 0.843 0.005 0.024 0.061 0.011 0.002 0.040 71 N 0.009 0.923 0.003 0.014 0.014 0.004 0.003 0.030 72 L 0.064 0.839 0.007 0.009 0.022 0.006 0.016 0.038 73 R 0.032 0.915 0.003 0.007 0.011 0.003 0.008 0.021 74 K 0.062 0.821 0.012 0.009 0.011 0.006 0.031 0.049 75 N 0.146 0.593 0.019 0.011 0.007 0.009 0.111 0.103 76 G 0.648 0.058 0.017 0.005 0.003 0.007 0.163 0.099 77 V 0.112 0.054 0.332 0.020 0.019 0.110 0.051 0.302 78 A 0.048 0.022 0.078 0.046 0.069 0.164 0.012 0.560 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 80 K 0.011 0.007 0.104 0.088 0.124 0.227 0.004 0.436 81 A 0.166 0.031 0.269 0.093 0.124 0.096 0.006 0.213 82 I 0.037 0.031 0.173 0.309 0.369 0.025 0.005 0.051 83 I 0.027 0.032 0.195 0.261 0.361 0.026 0.003 0.095 84 N 0.013 0.030 0.245 0.235 0.353 0.023 0.004 0.097 85 K 0.020 0.033 0.117 0.257 0.262 0.054 0.012 0.245 86 K 0.028 0.021 0.097 0.082 0.185 0.146 0.019 0.421 87 T 0.034 0.015 0.046 0.035 0.082 0.162 0.013 0.613 88 E 0.056 0.026 0.037 0.036 0.042 0.220 0.015 0.569 89 T 0.037 0.022 0.024 0.016 0.020 0.140 0.010 0.730 90 I 0.084 0.097 0.168 0.081 0.084 0.127 0.021 0.339 91 I 0.034 0.156 0.257 0.136 0.124 0.086 0.011 0.196 92 A 0.014 0.147 0.237 0.128 0.212 0.060 0.006 0.197 93 V 0.009 0.164 0.193 0.174 0.229 0.045 0.005 0.180 94 G 0.024 0.156 0.161 0.162 0.215 0.057 0.016 0.209 95 A 0.046 0.157 0.235 0.136 0.174 0.055 0.014 0.184 96 A 0.037 0.186 0.147 0.185 0.221 0.063 0.021 0.140 97 M 0.101 0.213 0.088 0.105 0.217 0.066 0.020 0.190 98 A 0.059 0.262 0.127 0.189 0.197 0.032 0.035 0.099 99 E 0.104 0.086 0.071 0.073 0.095 0.041 0.156 0.375 100 I 0.201 0.011 0.115 0.073 0.080 0.046 0.038 0.436 101 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.993 102 L 0.005 0.001 0.037 0.055 0.157 0.052 0.002 0.690 103 V 0.042 0.006 0.168 0.163 0.179 0.045 0.004 0.393 104 E 0.035 0.007 0.122 0.163 0.227 0.060 0.003 0.382 105 V 0.026 0.007 0.105 0.119 0.136 0.042 0.002 0.563 106 R 0.038 0.014 0.100 0.090 0.169 0.144 0.004 0.441 107 D 0.031 0.012 0.026 0.029 0.078 0.096 0.006 0.721 108 E 0.028 0.021 0.014 0.009 0.028 0.107 0.005 0.789 109 K 0.028 0.024 0.004 0.004 0.007 0.529 0.007 0.398 110 F 0.135 0.156 0.005 0.006 0.012 0.258 0.015 0.413 111 F 0.041 0.682 0.011 0.010 0.022 0.044 0.004 0.185 112 E 0.016 0.734 0.009 0.018 0.026 0.054 0.006 0.139 113 A 0.048 0.712 0.006 0.010 0.019 0.016 0.010 0.178 114 V 0.090 0.779 0.007 0.023 0.033 0.008 0.013 0.046 115 K 0.105 0.513 0.029 0.068 0.055 0.045 0.051 0.133 116 T 0.113 0.274 0.046 0.053 0.057 0.033 0.092 0.331 117 G 0.225 0.086 0.062 0.058 0.044 0.043 0.153 0.330 118 D 0.234 0.009 0.072 0.040 0.039 0.210 0.051 0.345 119 R 0.028 0.003 0.101 0.081 0.080 0.091 0.008 0.608 120 V 0.028 0.001 0.121 0.323 0.420 0.046 0.002 0.058 121 V 0.005 0.001 0.094 0.214 0.254 0.019 0.001 0.413 122 V 0.002 0.001 0.130 0.324 0.417 0.012 0.001 0.114 123 N 0.002 0.001 0.051 0.288 0.398 0.027 0.001 0.232 124 A 0.006 0.002 0.036 0.100 0.369 0.044 0.002 0.442 125 D 0.013 0.002 0.016 0.025 0.076 0.405 0.005 0.457 126 E 0.184 0.003 0.010 0.014 0.021 0.357 0.021 0.389 127 G 0.248 0.045 0.035 0.053 0.032 0.178 0.027 0.383 128 Y 0.141 0.017 0.084 0.062 0.145 0.198 0.017 0.336 129 V 0.026 0.019 0.055 0.135 0.186 0.062 0.003 0.514 130 E 0.014 0.036 0.056 0.203 0.377 0.052 0.004 0.257 131 L 0.030 0.051 0.057 0.117 0.276 0.051 0.005 0.413 132 I 0.042 0.102 0.078 0.168 0.312 0.059 0.008 0.232 133 E 0.050 0.105 0.033 0.083 0.147 0.097 0.014 0.470 134 L 0.181 0.139 0.056 0.046 0.112 0.080 0.023 0.363 135 E 0.125 0.112 0.019 0.026 0.037 0.137 0.026 0.518 136 H 0.178 0.080 0.029 0.019 0.033 0.067 0.028 0.566 137 H 0.127 0.125 0.034 0.024 0.035 0.116 0.019 0.521 138 H 0.098 0.077 0.024 0.015 0.027 0.088 0.020 0.651 139 H 0.123 0.090 0.029 0.015 0.029 0.071 0.014 0.629 140 H 0.080 0.059 0.022 0.013 0.024 0.132 0.014 0.656 141 H 0.079 0.045 0.016 0.012 0.017 0.081 0.013 0.735