# TARGET T0357 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.107 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 2 V 0.276 0.018 0.003 0.012 0.007 0.006 0.678 3 K 0.706 0.014 0.004 0.019 0.031 0.006 0.219 4 F 0.831 0.007 0.004 0.021 0.022 0.006 0.110 5 A 0.803 0.005 0.003 0.013 0.023 0.011 0.142 6 C 0.735 0.003 0.003 0.014 0.024 0.012 0.210 7 R 0.846 0.003 0.003 0.021 0.043 0.006 0.078 8 A 0.893 0.004 0.006 0.026 0.018 0.007 0.047 9 I 0.906 0.003 0.004 0.021 0.014 0.011 0.040 10 T 0.868 0.014 0.006 0.020 0.018 0.019 0.055 11 R 0.414 0.003 0.012 0.012 0.112 0.319 0.127 12 G 0.250 0.001 0.013 0.003 0.215 0.383 0.135 13 R 0.709 0.013 0.008 0.003 0.064 0.045 0.158 14 A 0.914 0.008 0.001 0.001 0.011 0.003 0.061 15 E 0.875 0.002 0.001 0.001 0.028 0.008 0.085 16 G 0.908 0.001 0.001 0.001 0.024 0.006 0.059 17 E 0.940 0.001 0.001 0.002 0.011 0.002 0.043 18 A 0.976 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.015 19 L 0.965 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.023 20 V 0.928 0.005 0.002 0.002 0.012 0.009 0.042 21 T 0.750 0.009 0.002 0.002 0.038 0.030 0.169 22 K 0.278 0.006 0.011 0.003 0.375 0.072 0.254 23 E 0.215 0.009 0.036 0.015 0.433 0.085 0.208 24 Y 0.300 0.017 0.044 0.034 0.159 0.126 0.320 25 I 0.485 0.051 0.048 0.028 0.056 0.053 0.278 26 S 0.580 0.023 0.032 0.030 0.060 0.049 0.225 27 F 0.521 0.020 0.072 0.062 0.080 0.126 0.119 28 L 0.370 0.016 0.070 0.093 0.072 0.221 0.157 29 G 0.262 0.007 0.043 0.036 0.230 0.285 0.137 30 G 0.425 0.019 0.014 0.016 0.152 0.123 0.252 31 I 0.505 0.236 0.002 0.007 0.059 0.013 0.176 32 D 0.217 0.038 0.002 0.001 0.022 0.004 0.715 33 K 0.011 0.001 0.052 0.010 0.038 0.876 0.012 34 E 0.010 0.001 0.060 0.007 0.038 0.871 0.013 35 T 0.107 0.022 0.249 0.032 0.143 0.250 0.197 36 G 0.273 0.038 0.023 0.015 0.108 0.147 0.395 37 I 0.584 0.050 0.005 0.003 0.051 0.018 0.289 38 V 0.604 0.257 0.001 0.001 0.014 0.003 0.119 39 K 0.310 0.030 0.001 0.001 0.034 0.004 0.620 40 E 0.027 0.003 0.017 0.004 0.074 0.836 0.038 41 D 0.026 0.015 0.021 0.009 0.123 0.754 0.053 42 C 0.062 0.034 0.051 0.017 0.223 0.074 0.540 43 E 0.028 0.024 0.084 0.073 0.072 0.561 0.159 44 I 0.055 0.049 0.146 0.042 0.084 0.523 0.100 45 K 0.103 0.047 0.155 0.045 0.107 0.427 0.115 46 G 0.110 0.017 0.054 0.029 0.198 0.411 0.180 47 E 0.347 0.057 0.035 0.020 0.180 0.077 0.283 48 S 0.377 0.071 0.036 0.015 0.050 0.035 0.416 49 V 0.379 0.032 0.074 0.020 0.090 0.123 0.282 50 A 0.104 0.005 0.036 0.005 0.173 0.560 0.116 51 G 0.169 0.002 0.020 0.002 0.284 0.448 0.076 52 R 0.756 0.006 0.004 0.003 0.042 0.009 0.180 53 I 0.977 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 54 L 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 55 V 0.952 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.035 56 F 0.702 0.007 0.001 0.001 0.024 0.006 0.259 57 P 0.198 0.016 0.011 0.003 0.135 0.412 0.224 58 G 0.059 0.006 0.025 0.002 0.230 0.491 0.186 59 G 0.098 0.038 0.029 0.004 0.349 0.167 0.315 60 K 0.093 0.082 0.019 0.005 0.294 0.143 0.363 61 G 0.059 0.051 0.032 0.010 0.366 0.241 0.240 62 S 0.041 0.029 0.039 0.028 0.209 0.324 0.328 63 T 0.029 0.051 0.025 0.048 0.270 0.376 0.200 64 V 0.026 0.034 0.018 0.234 0.298 0.161 0.229 65 G 0.008 0.003 0.009 0.777 0.085 0.035 0.082 66 S 0.003 0.001 0.004 0.955 0.009 0.008 0.020 67 Y 0.005 0.001 0.003 0.980 0.003 0.004 0.004 68 V 0.009 0.001 0.002 0.982 0.001 0.003 0.002 69 L 0.006 0.001 0.002 0.982 0.001 0.006 0.003 70 L 0.004 0.001 0.001 0.979 0.002 0.009 0.004 71 N 0.005 0.001 0.002 0.974 0.002 0.010 0.007 72 L 0.012 0.001 0.005 0.954 0.004 0.015 0.008 73 R 0.006 0.001 0.009 0.931 0.007 0.037 0.009 74 K 0.005 0.002 0.011 0.771 0.014 0.189 0.008 75 N 0.001 0.001 0.005 0.082 0.014 0.891 0.007 76 G 0.002 0.001 0.003 0.013 0.134 0.759 0.087 77 V 0.038 0.041 0.005 0.011 0.203 0.028 0.674 78 A 0.140 0.053 0.004 0.008 0.155 0.007 0.634 79 P 0.233 0.010 0.024 0.049 0.146 0.046 0.492 80 K 0.516 0.007 0.079 0.132 0.073 0.053 0.140 81 A 0.751 0.004 0.047 0.107 0.019 0.014 0.057 82 I 0.857 0.007 0.020 0.077 0.005 0.009 0.024 83 I 0.844 0.006 0.016 0.071 0.009 0.018 0.036 84 N 0.665 0.009 0.025 0.067 0.043 0.077 0.114 85 K 0.298 0.006 0.039 0.062 0.180 0.115 0.301 86 K 0.183 0.010 0.043 0.037 0.195 0.164 0.368 87 T 0.110 0.012 0.061 0.020 0.194 0.149 0.453 88 E 0.106 0.005 0.010 0.007 0.300 0.021 0.550 89 T 0.278 0.006 0.010 0.010 0.152 0.037 0.507 90 I 0.834 0.009 0.004 0.013 0.026 0.013 0.100 91 I 0.936 0.007 0.001 0.007 0.012 0.003 0.033 92 A 0.947 0.004 0.001 0.005 0.006 0.002 0.036 93 V 0.882 0.001 0.001 0.012 0.025 0.008 0.072 94 G 0.824 0.001 0.006 0.017 0.044 0.014 0.094 95 A 0.876 0.003 0.006 0.021 0.016 0.011 0.067 96 A 0.919 0.006 0.010 0.018 0.007 0.012 0.027 97 M 0.914 0.008 0.011 0.009 0.007 0.017 0.033 98 A 0.678 0.006 0.019 0.007 0.073 0.086 0.132 99 E 0.369 0.005 0.016 0.006 0.343 0.081 0.179 100 I 0.346 0.007 0.006 0.004 0.234 0.006 0.397 101 P 0.424 0.013 0.008 0.005 0.061 0.029 0.460 102 L 0.652 0.032 0.019 0.014 0.038 0.024 0.221 103 V 0.795 0.008 0.012 0.015 0.033 0.016 0.121 104 E 0.753 0.010 0.017 0.017 0.047 0.026 0.130 105 V 0.429 0.020 0.018 0.032 0.086 0.034 0.382 106 R 0.229 0.027 0.009 0.022 0.218 0.038 0.458 107 D 0.069 0.011 0.011 0.048 0.212 0.028 0.621 108 E 0.006 0.002 0.056 0.755 0.053 0.095 0.033 109 K 0.006 0.003 0.070 0.751 0.032 0.093 0.045 110 F 0.004 0.002 0.050 0.867 0.005 0.044 0.028 111 F 0.003 0.002 0.037 0.916 0.006 0.020 0.015 112 E 0.008 0.001 0.042 0.893 0.008 0.035 0.015 113 A 0.016 0.002 0.031 0.883 0.009 0.043 0.016 114 V 0.040 0.027 0.016 0.687 0.067 0.044 0.118 115 K 0.064 0.011 0.021 0.367 0.080 0.247 0.210 116 T 0.003 0.001 0.009 0.031 0.048 0.893 0.014 117 G 0.010 0.001 0.008 0.001 0.119 0.730 0.132 118 D 0.053 0.001 0.005 0.001 0.313 0.030 0.597 119 R 0.757 0.012 0.004 0.001 0.027 0.007 0.193 120 V 0.965 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 121 V 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 122 V 0.981 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 123 N 0.592 0.004 0.001 0.001 0.014 0.004 0.387 124 A 0.066 0.002 0.051 0.016 0.111 0.650 0.104 125 D 0.017 0.003 0.071 0.010 0.096 0.771 0.033 126 E 0.026 0.004 0.168 0.022 0.163 0.553 0.065 127 G 0.151 0.015 0.039 0.039 0.225 0.309 0.221 128 Y 0.510 0.039 0.020 0.034 0.068 0.048 0.282 129 V 0.768 0.019 0.004 0.020 0.023 0.007 0.158 130 E 0.843 0.010 0.005 0.029 0.013 0.007 0.093 131 L 0.870 0.010 0.006 0.029 0.015 0.006 0.064 132 I 0.708 0.009 0.013 0.067 0.042 0.014 0.146 133 E 0.544 0.012 0.019 0.084 0.046 0.029 0.266 134 L 0.218 0.013 0.065 0.189 0.068 0.077 0.371 135 E 0.095 0.010 0.079 0.157 0.096 0.135 0.428 136 H 0.071 0.011 0.103 0.125 0.116 0.176 0.399 137 H 0.070 0.012 0.071 0.098 0.149 0.137 0.464 138 H 0.047 0.013 0.098 0.074 0.205 0.124 0.439 139 H 0.034 0.014 0.069 0.059 0.167 0.199 0.458 140 H 0.014 0.016 0.017 0.024 0.021 0.067 0.841 141 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996