# TARGET T0357 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.107 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.215 0.158 0.027 0.010 0.330 0.016 0.033 0.088 0.034 0.039 0.049 2 V 0.173 0.217 0.030 0.005 0.480 0.005 0.010 0.028 0.010 0.014 0.026 3 K 0.236 0.133 0.022 0.005 0.490 0.007 0.017 0.036 0.011 0.015 0.028 4 F 0.250 0.174 0.033 0.007 0.451 0.007 0.010 0.018 0.005 0.010 0.036 5 A 0.261 0.136 0.041 0.017 0.372 0.012 0.017 0.030 0.011 0.034 0.068 6 C 0.258 0.178 0.031 0.008 0.415 0.006 0.008 0.024 0.012 0.020 0.041 7 R 0.138 0.222 0.030 0.009 0.451 0.014 0.023 0.043 0.021 0.021 0.028 8 A 0.282 0.139 0.029 0.004 0.452 0.005 0.014 0.023 0.008 0.010 0.035 9 I 0.228 0.119 0.029 0.028 0.296 0.044 0.049 0.061 0.028 0.045 0.074 10 T 0.149 0.189 0.136 0.083 0.248 0.037 0.026 0.049 0.021 0.028 0.034 11 R 0.027 0.071 0.047 0.161 0.041 0.157 0.118 0.155 0.101 0.095 0.027 12 G 0.028 0.122 0.155 0.315 0.052 0.064 0.030 0.062 0.042 0.096 0.034 13 R 0.216 0.072 0.018 0.013 0.208 0.022 0.042 0.093 0.078 0.138 0.101 14 A 0.142 0.227 0.075 0.021 0.326 0.022 0.023 0.054 0.032 0.045 0.033 15 E 0.128 0.060 0.046 0.071 0.093 0.050 0.114 0.090 0.070 0.203 0.076 16 G 0.062 0.236 0.259 0.131 0.182 0.038 0.010 0.023 0.011 0.029 0.019 17 E 0.241 0.109 0.013 0.004 0.499 0.007 0.017 0.031 0.018 0.020 0.040 18 A 0.195 0.157 0.017 0.002 0.588 0.003 0.003 0.010 0.003 0.003 0.019 19 L 0.233 0.129 0.016 0.002 0.570 0.002 0.004 0.008 0.002 0.005 0.029 20 V 0.325 0.098 0.026 0.019 0.277 0.018 0.023 0.036 0.015 0.049 0.115 21 T 0.047 0.324 0.137 0.103 0.190 0.042 0.027 0.063 0.028 0.021 0.018 22 K 0.026 0.024 0.019 0.035 0.027 0.045 0.084 0.169 0.237 0.294 0.039 23 E 0.031 0.264 0.317 0.064 0.113 0.019 0.037 0.068 0.043 0.031 0.013 24 Y 0.110 0.120 0.035 0.028 0.148 0.024 0.045 0.175 0.106 0.119 0.090 25 I 0.083 0.146 0.040 0.018 0.156 0.027 0.061 0.107 0.137 0.134 0.089 26 S 0.085 0.192 0.091 0.024 0.171 0.030 0.058 0.149 0.093 0.062 0.046 27 F 0.097 0.086 0.075 0.022 0.107 0.018 0.048 0.173 0.160 0.161 0.051 28 L 0.071 0.168 0.093 0.056 0.122 0.056 0.096 0.093 0.085 0.113 0.048 29 G 0.017 0.078 0.100 0.240 0.038 0.086 0.072 0.066 0.097 0.162 0.044 30 G 0.117 0.063 0.066 0.033 0.119 0.016 0.020 0.058 0.064 0.330 0.114 31 I 0.036 0.383 0.154 0.016 0.183 0.009 0.019 0.065 0.059 0.056 0.020 32 D 0.160 0.157 0.052 0.002 0.566 0.001 0.003 0.017 0.006 0.004 0.031 33 K 0.008 0.010 0.006 0.001 0.006 0.002 0.017 0.434 0.497 0.016 0.004 34 E 0.011 0.007 0.006 0.005 0.008 0.015 0.128 0.322 0.147 0.335 0.015 35 T 0.007 0.798 0.106 0.004 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 36 G 0.047 0.040 0.080 0.090 0.035 0.056 0.012 0.035 0.042 0.296 0.266 37 I 0.092 0.323 0.102 0.004 0.343 0.005 0.019 0.045 0.031 0.017 0.020 38 V 0.124 0.265 0.122 0.015 0.295 0.009 0.018 0.053 0.026 0.025 0.048 39 K 0.072 0.375 0.207 0.015 0.241 0.004 0.006 0.031 0.017 0.011 0.020 40 E 0.024 0.048 0.021 0.008 0.049 0.043 0.096 0.444 0.227 0.027 0.012 41 D 0.057 0.078 0.043 0.014 0.080 0.009 0.019 0.082 0.103 0.416 0.099 42 C 0.111 0.282 0.091 0.006 0.387 0.003 0.005 0.044 0.021 0.029 0.021 43 E 0.091 0.110 0.051 0.005 0.119 0.010 0.073 0.328 0.139 0.041 0.034 44 I 0.099 0.054 0.036 0.023 0.078 0.036 0.115 0.268 0.123 0.109 0.060 45 K 0.010 0.299 0.197 0.173 0.075 0.064 0.090 0.046 0.016 0.020 0.009 46 G 0.033 0.012 0.036 0.065 0.015 0.017 0.003 0.009 0.020 0.563 0.225 47 E 0.020 0.611 0.149 0.003 0.198 0.001 0.002 0.008 0.004 0.003 0.002 48 S 0.312 0.134 0.023 0.001 0.467 0.001 0.005 0.010 0.003 0.005 0.038 49 V 0.372 0.039 0.032 0.033 0.145 0.050 0.024 0.033 0.064 0.077 0.131 50 A 0.003 0.016 0.017 0.217 0.007 0.234 0.382 0.089 0.022 0.011 0.003 51 G 0.032 0.028 0.024 0.046 0.026 0.010 0.003 0.009 0.022 0.704 0.096 52 R 0.061 0.355 0.050 0.009 0.469 0.006 0.007 0.010 0.010 0.017 0.005 53 I 0.240 0.040 0.002 0.001 0.705 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 54 L 0.171 0.082 0.005 0.002 0.718 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 55 V 0.338 0.085 0.012 0.003 0.448 0.001 0.002 0.002 0.001 0.015 0.093 56 F 0.056 0.286 0.386 0.062 0.156 0.010 0.004 0.006 0.002 0.011 0.021 57 P 0.066 0.212 0.062 0.039 0.154 0.061 0.154 0.122 0.060 0.038 0.031 58 G 0.047 0.098 0.116 0.078 0.072 0.042 0.041 0.044 0.113 0.264 0.085 59 G 0.058 0.102 0.190 0.189 0.110 0.067 0.027 0.038 0.051 0.125 0.044 60 K 0.038 0.081 0.055 0.057 0.065 0.051 0.181 0.181 0.165 0.101 0.025 61 G 0.039 0.122 0.122 0.121 0.072 0.071 0.033 0.064 0.100 0.189 0.067 62 S 0.098 0.091 0.030 0.023 0.147 0.021 0.057 0.178 0.184 0.118 0.052 63 T 0.074 0.076 0.076 0.016 0.110 0.040 0.050 0.245 0.154 0.102 0.057 64 V 0.026 0.051 0.037 0.019 0.033 0.021 0.071 0.479 0.180 0.060 0.024 65 G 0.015 0.035 0.035 0.022 0.022 0.011 0.012 0.495 0.236 0.104 0.014 66 S 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.005 0.752 0.213 0.010 0.003 67 Y 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.915 0.065 0.002 0.001 68 V 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.954 0.030 0.002 0.001 69 L 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.950 0.034 0.001 0.001 70 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.937 0.041 0.002 0.001 71 N 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.939 0.036 0.011 0.001 72 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.892 0.083 0.008 0.001 73 R 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.039 0.820 0.119 0.005 0.002 74 K 0.003 0.021 0.017 0.009 0.007 0.026 0.190 0.630 0.076 0.019 0.002 75 N 0.002 0.664 0.259 0.018 0.039 0.004 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 76 G 0.035 0.004 0.010 0.028 0.006 0.010 0.006 0.010 0.016 0.477 0.396 77 V 0.069 0.350 0.156 0.018 0.167 0.013 0.044 0.055 0.038 0.063 0.027 78 A 0.031 0.517 0.172 0.018 0.186 0.004 0.004 0.034 0.015 0.008 0.011 79 P 0.111 0.200 0.035 0.021 0.224 0.031 0.055 0.226 0.061 0.016 0.021 80 K 0.108 0.051 0.012 0.018 0.204 0.051 0.092 0.282 0.101 0.058 0.023 81 A 0.152 0.127 0.014 0.005 0.537 0.007 0.008 0.113 0.013 0.009 0.015 82 I 0.243 0.069 0.006 0.003 0.453 0.005 0.012 0.133 0.015 0.021 0.040 83 I 0.197 0.125 0.025 0.009 0.285 0.012 0.024 0.091 0.021 0.095 0.117 84 N 0.181 0.149 0.047 0.020 0.267 0.013 0.027 0.069 0.035 0.084 0.108 85 K 0.042 0.096 0.051 0.024 0.084 0.044 0.084 0.217 0.226 0.106 0.027 86 K 0.116 0.135 0.071 0.013 0.176 0.012 0.062 0.123 0.122 0.118 0.053 87 T 0.161 0.186 0.061 0.010 0.271 0.008 0.026 0.065 0.086 0.075 0.051 88 E 0.040 0.201 0.050 0.020 0.152 0.039 0.121 0.254 0.080 0.028 0.014 89 T 0.262 0.091 0.015 0.007 0.378 0.010 0.023 0.066 0.046 0.040 0.060 90 I 0.224 0.100 0.008 0.005 0.600 0.008 0.008 0.020 0.007 0.004 0.016 91 I 0.253 0.058 0.006 0.004 0.589 0.004 0.007 0.018 0.006 0.009 0.047 92 A 0.323 0.079 0.021 0.015 0.359 0.014 0.018 0.058 0.011 0.023 0.079 93 V 0.094 0.057 0.020 0.056 0.104 0.052 0.147 0.169 0.065 0.170 0.066 94 G 0.139 0.143 0.076 0.104 0.225 0.060 0.029 0.081 0.043 0.047 0.052 95 A 0.175 0.163 0.017 0.005 0.449 0.010 0.009 0.065 0.043 0.026 0.037 96 A 0.268 0.122 0.020 0.004 0.447 0.004 0.012 0.052 0.016 0.017 0.039 97 M 0.258 0.058 0.021 0.016 0.170 0.022 0.030 0.096 0.070 0.145 0.112 98 A 0.025 0.258 0.132 0.060 0.138 0.078 0.092 0.148 0.048 0.014 0.007 99 E 0.127 0.037 0.029 0.009 0.090 0.009 0.029 0.086 0.100 0.361 0.123 100 I 0.034 0.528 0.204 0.004 0.208 0.002 0.003 0.007 0.003 0.002 0.005 101 P 0.115 0.330 0.047 0.002 0.459 0.002 0.004 0.010 0.006 0.006 0.019 102 L 0.269 0.133 0.028 0.004 0.423 0.007 0.022 0.027 0.023 0.016 0.048 103 V 0.091 0.322 0.076 0.010 0.397 0.013 0.020 0.029 0.016 0.010 0.016 104 E 0.206 0.185 0.032 0.003 0.453 0.004 0.016 0.029 0.011 0.018 0.043 105 V 0.149 0.226 0.050 0.005 0.270 0.008 0.023 0.078 0.043 0.086 0.061 106 R 0.049 0.154 0.103 0.068 0.104 0.100 0.108 0.093 0.057 0.104 0.061 107 D 0.133 0.230 0.146 0.025 0.282 0.006 0.008 0.044 0.025 0.050 0.053 108 E 0.010 0.044 0.017 0.004 0.031 0.007 0.016 0.494 0.295 0.072 0.010 109 K 0.012 0.058 0.031 0.005 0.028 0.005 0.028 0.639 0.121 0.065 0.008 110 F 0.012 0.008 0.003 0.002 0.010 0.002 0.007 0.760 0.130 0.057 0.007 111 F 0.010 0.013 0.004 0.002 0.021 0.003 0.009 0.701 0.189 0.040 0.007 112 E 0.006 0.021 0.006 0.002 0.018 0.004 0.018 0.809 0.106 0.008 0.002 113 A 0.008 0.027 0.019 0.003 0.040 0.007 0.043 0.687 0.101 0.062 0.003 114 V 0.064 0.053 0.026 0.003 0.041 0.003 0.032 0.589 0.104 0.059 0.025 115 K 0.033 0.030 0.036 0.041 0.022 0.086 0.150 0.346 0.111 0.119 0.027 116 T 0.004 0.488 0.260 0.104 0.049 0.017 0.026 0.017 0.009 0.021 0.005 117 G 0.020 0.014 0.025 0.036 0.008 0.010 0.003 0.011 0.034 0.626 0.213 118 D 0.040 0.416 0.104 0.019 0.213 0.011 0.021 0.043 0.049 0.068 0.014 119 R 0.273 0.102 0.013 0.001 0.552 0.001 0.004 0.004 0.006 0.011 0.033 120 V 0.139 0.220 0.018 0.001 0.604 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 121 V 0.210 0.137 0.013 0.001 0.611 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.022 122 V 0.189 0.260 0.045 0.004 0.417 0.006 0.008 0.005 0.002 0.009 0.055 123 N 0.209 0.156 0.075 0.005 0.456 0.002 0.003 0.002 0.002 0.016 0.074 124 A 0.038 0.212 0.237 0.029 0.091 0.013 0.018 0.165 0.149 0.030 0.018 125 D 0.016 0.065 0.054 0.025 0.032 0.056 0.194 0.324 0.144 0.080 0.011 126 E 0.035 0.382 0.173 0.060 0.113 0.016 0.045 0.046 0.036 0.072 0.023 127 G 0.036 0.063 0.092 0.091 0.044 0.041 0.018 0.095 0.062 0.323 0.136 128 Y 0.140 0.162 0.033 0.009 0.244 0.011 0.033 0.164 0.079 0.080 0.045 129 V 0.201 0.177 0.032 0.006 0.379 0.007 0.010 0.094 0.035 0.024 0.036 130 E 0.124 0.216 0.050 0.009 0.388 0.007 0.020 0.128 0.026 0.016 0.017 131 L 0.291 0.077 0.018 0.006 0.246 0.010 0.029 0.197 0.038 0.032 0.056 132 I 0.062 0.283 0.064 0.023 0.205 0.024 0.032 0.211 0.045 0.026 0.022 133 E 0.197 0.133 0.038 0.007 0.236 0.005 0.018 0.140 0.050 0.096 0.079 134 L 0.062 0.200 0.066 0.013 0.141 0.015 0.033 0.282 0.127 0.041 0.021 135 E 0.072 0.126 0.055 0.023 0.110 0.031 0.068 0.285 0.118 0.075 0.037 136 H 0.093 0.108 0.040 0.017 0.122 0.016 0.058 0.229 0.131 0.137 0.047 137 H 0.053 0.136 0.076 0.034 0.106 0.045 0.071 0.218 0.125 0.099 0.037 138 H 0.085 0.131 0.082 0.033 0.130 0.024 0.044 0.180 0.111 0.126 0.054 139 H 0.083 0.092 0.042 0.019 0.112 0.020 0.044 0.252 0.157 0.133 0.047 140 H 0.060 0.121 0.054 0.028 0.110 0.031 0.066 0.242 0.142 0.108 0.037 141 H 0.090 0.143 0.072 0.027 0.152 0.023 0.051 0.186 0.099 0.108 0.048