# TARGET T0357 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.107 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.676 0.196 0.067 0.037 0.016 0.007 0.001 2 V 0.265 0.234 0.226 0.174 0.080 0.019 0.002 3 K 0.328 0.367 0.193 0.081 0.023 0.007 0.001 4 F 0.107 0.131 0.179 0.248 0.221 0.099 0.015 5 A 0.111 0.225 0.282 0.201 0.114 0.056 0.011 6 C 0.054 0.062 0.104 0.225 0.318 0.208 0.030 7 R 0.083 0.222 0.281 0.237 0.119 0.049 0.008 8 A 0.105 0.145 0.152 0.201 0.224 0.152 0.021 9 I 0.100 0.175 0.225 0.259 0.168 0.064 0.009 10 T 0.127 0.162 0.207 0.244 0.178 0.074 0.009 11 R 0.302 0.315 0.202 0.118 0.046 0.014 0.003 12 G 0.316 0.296 0.197 0.123 0.051 0.014 0.002 13 R 0.190 0.317 0.239 0.150 0.073 0.027 0.005 14 A 0.017 0.035 0.080 0.215 0.350 0.258 0.046 15 E 0.048 0.197 0.284 0.261 0.133 0.061 0.015 16 G 0.026 0.048 0.084 0.166 0.269 0.331 0.075 17 E 0.019 0.079 0.178 0.273 0.255 0.165 0.031 18 A 0.011 0.023 0.051 0.116 0.244 0.411 0.146 19 L 0.010 0.032 0.058 0.144 0.280 0.350 0.126 20 V 0.013 0.033 0.058 0.133 0.257 0.382 0.125 21 T 0.038 0.083 0.156 0.256 0.278 0.163 0.027 22 K 0.138 0.290 0.291 0.187 0.073 0.019 0.003 23 E 0.275 0.332 0.211 0.112 0.047 0.018 0.004 24 Y 0.091 0.160 0.203 0.225 0.197 0.109 0.015 25 I 0.028 0.037 0.069 0.153 0.284 0.347 0.082 26 S 0.036 0.067 0.096 0.164 0.224 0.279 0.134 27 F 0.014 0.032 0.056 0.114 0.204 0.372 0.208 28 L 0.019 0.047 0.079 0.152 0.241 0.310 0.152 29 G 0.034 0.073 0.121 0.185 0.233 0.247 0.109 30 G 0.066 0.144 0.169 0.202 0.201 0.164 0.055 31 I 0.027 0.049 0.092 0.214 0.329 0.244 0.045 32 D 0.057 0.130 0.214 0.264 0.210 0.106 0.018 33 K 0.190 0.320 0.248 0.146 0.064 0.025 0.006 34 E 0.130 0.250 0.246 0.194 0.106 0.057 0.016 35 T 0.010 0.035 0.092 0.193 0.347 0.282 0.041 36 G 0.010 0.024 0.062 0.146 0.303 0.368 0.088 37 I 0.007 0.016 0.030 0.069 0.201 0.487 0.190 38 V 0.006 0.021 0.054 0.176 0.357 0.333 0.054 39 K 0.052 0.174 0.295 0.288 0.146 0.040 0.006 40 E 0.181 0.354 0.262 0.141 0.051 0.010 0.001 41 D 0.421 0.390 0.136 0.041 0.010 0.002 0.001 42 C 0.023 0.053 0.176 0.368 0.310 0.068 0.002 43 E 0.325 0.420 0.184 0.053 0.014 0.003 0.001 44 I 0.096 0.143 0.222 0.291 0.193 0.052 0.003 45 K 0.190 0.281 0.230 0.179 0.086 0.032 0.003 46 G 0.104 0.197 0.250 0.256 0.146 0.043 0.003 47 E 0.284 0.345 0.217 0.106 0.037 0.010 0.001 48 S 0.096 0.271 0.285 0.214 0.104 0.028 0.002 49 V 0.009 0.021 0.074 0.243 0.408 0.225 0.020 50 A 0.081 0.304 0.309 0.203 0.077 0.023 0.003 51 G 0.080 0.233 0.265 0.232 0.125 0.056 0.009 52 R 0.012 0.050 0.127 0.255 0.321 0.212 0.023 53 I 0.002 0.004 0.018 0.067 0.240 0.527 0.144 54 L 0.003 0.007 0.013 0.034 0.110 0.452 0.381 55 V 0.002 0.007 0.014 0.044 0.145 0.442 0.346 56 F 0.003 0.011 0.035 0.130 0.303 0.362 0.157 57 P 0.023 0.079 0.140 0.226 0.262 0.203 0.068 58 G 0.117 0.238 0.240 0.206 0.117 0.063 0.019 59 G 0.079 0.132 0.180 0.219 0.208 0.146 0.037 60 K 0.094 0.124 0.155 0.186 0.194 0.177 0.069 61 G 0.039 0.063 0.094 0.169 0.215 0.285 0.134 62 S 0.020 0.047 0.065 0.118 0.171 0.307 0.272 63 T 0.009 0.026 0.044 0.097 0.198 0.349 0.278 64 V 0.005 0.015 0.038 0.110 0.223 0.359 0.250 65 G 0.003 0.007 0.014 0.036 0.098 0.339 0.504 66 S 0.001 0.004 0.008 0.023 0.091 0.341 0.532 67 Y 0.001 0.005 0.027 0.104 0.271 0.325 0.267 68 V 0.001 0.001 0.003 0.013 0.072 0.384 0.528 69 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.302 0.667 70 L 0.001 0.004 0.015 0.060 0.187 0.472 0.262 71 N 0.001 0.017 0.102 0.297 0.350 0.194 0.039 72 L 0.001 0.002 0.010 0.063 0.271 0.523 0.131 73 R 0.009 0.078 0.183 0.316 0.280 0.125 0.010 74 K 0.094 0.303 0.270 0.202 0.101 0.028 0.002 75 N 0.196 0.305 0.276 0.159 0.050 0.013 0.002 76 G 0.141 0.215 0.234 0.216 0.139 0.050 0.005 77 V 0.083 0.156 0.237 0.270 0.179 0.067 0.008 78 A 0.034 0.046 0.075 0.141 0.248 0.357 0.099 79 P 0.020 0.034 0.053 0.127 0.272 0.375 0.119 80 K 0.017 0.057 0.138 0.272 0.272 0.198 0.045 81 A 0.008 0.018 0.036 0.085 0.219 0.450 0.183 82 I 0.002 0.007 0.016 0.054 0.189 0.510 0.222 83 I 0.001 0.005 0.016 0.065 0.207 0.507 0.198 84 N 0.014 0.070 0.154 0.276 0.289 0.167 0.030 85 K 0.083 0.295 0.301 0.200 0.089 0.028 0.004 86 K 0.104 0.214 0.249 0.221 0.136 0.064 0.012 87 T 0.049 0.114 0.171 0.239 0.261 0.149 0.017 88 E 0.050 0.177 0.281 0.268 0.162 0.055 0.007 89 T 0.038 0.142 0.217 0.277 0.213 0.098 0.014 90 I 0.002 0.008 0.028 0.106 0.312 0.456 0.087 91 I 0.002 0.006 0.017 0.062 0.184 0.458 0.271 92 A 0.003 0.005 0.008 0.020 0.067 0.315 0.581 93 V 0.002 0.006 0.013 0.036 0.097 0.286 0.560 94 G 0.001 0.002 0.005 0.017 0.054 0.226 0.694 95 A 0.002 0.004 0.005 0.010 0.033 0.182 0.764 96 A 0.003 0.006 0.011 0.036 0.083 0.261 0.600 97 M 0.002 0.007 0.016 0.044 0.098 0.310 0.523 98 A 0.002 0.006 0.013 0.039 0.102 0.362 0.474 99 E 0.005 0.034 0.092 0.203 0.232 0.290 0.144 100 I 0.003 0.018 0.040 0.109 0.243 0.415 0.172 101 P 0.007 0.024 0.056 0.127 0.246 0.404 0.136 102 L 0.006 0.019 0.044 0.092 0.224 0.477 0.139 103 V 0.004 0.009 0.024 0.098 0.308 0.444 0.112 104 E 0.011 0.073 0.178 0.278 0.275 0.161 0.023 105 V 0.028 0.110 0.193 0.290 0.258 0.110 0.011 106 R 0.112 0.293 0.303 0.201 0.074 0.016 0.001 107 D 0.396 0.308 0.173 0.086 0.031 0.006 0.001 108 E 0.591 0.260 0.105 0.033 0.008 0.001 0.001 109 K 0.506 0.347 0.107 0.031 0.007 0.001 0.001 110 F 0.039 0.090 0.195 0.340 0.263 0.072 0.002 111 F 0.031 0.077 0.194 0.351 0.275 0.070 0.002 112 E 0.233 0.503 0.202 0.053 0.008 0.001 0.001 113 A 0.055 0.178 0.304 0.313 0.127 0.022 0.001 114 V 0.010 0.026 0.086 0.279 0.436 0.159 0.004 115 K 0.153 0.349 0.292 0.157 0.043 0.006 0.001 116 T 0.484 0.372 0.110 0.030 0.005 0.001 0.001 117 G 0.159 0.361 0.303 0.139 0.035 0.003 0.001 118 D 0.191 0.429 0.258 0.094 0.023 0.004 0.001 119 R 0.018 0.145 0.332 0.340 0.139 0.024 0.001 120 V 0.002 0.007 0.030 0.141 0.419 0.380 0.022 121 V 0.006 0.105 0.307 0.379 0.165 0.036 0.002 122 V 0.004 0.017 0.053 0.199 0.405 0.303 0.019 123 N 0.054 0.293 0.354 0.217 0.070 0.012 0.001 124 A 0.124 0.242 0.283 0.243 0.091 0.016 0.001 125 D 0.473 0.312 0.147 0.052 0.013 0.002 0.001 126 E 0.476 0.304 0.149 0.057 0.013 0.002 0.001 127 G 0.302 0.266 0.222 0.144 0.053 0.013 0.001 128 Y 0.162 0.297 0.257 0.174 0.084 0.024 0.001 129 V 0.037 0.076 0.194 0.302 0.286 0.098 0.007 130 E 0.188 0.322 0.256 0.152 0.061 0.018 0.002 131 L 0.089 0.143 0.211 0.275 0.208 0.070 0.004 132 I 0.126 0.147 0.216 0.289 0.179 0.042 0.002 133 E 0.497 0.324 0.124 0.042 0.011 0.002 0.001 134 L 0.336 0.239 0.208 0.154 0.053 0.009 0.001 135 E 0.657 0.233 0.068 0.028 0.010 0.003 0.001 136 H 0.406 0.239 0.182 0.123 0.042 0.008 0.001 137 H 0.533 0.255 0.122 0.064 0.021 0.004 0.001 138 H 0.649 0.221 0.084 0.035 0.010 0.002 0.001 139 H 0.653 0.200 0.089 0.042 0.013 0.002 0.001 140 H 0.755 0.159 0.056 0.022 0.006 0.001 0.001 141 H 0.757 0.163 0.056 0.019 0.005 0.001 0.001