# TARGET T0357 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.74875 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.084 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.061 0.096 0.580 2 K 0.040 0.070 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.004 0.003 0.004 0.004 0.003 0.001 0.175 0.131 0.089 0.460 3 A 0.019 0.074 0.006 0.001 0.003 0.001 0.003 0.005 0.010 0.009 0.008 0.014 0.006 0.013 0.016 0.014 0.347 0.063 0.067 0.322 4 I 0.032 0.044 0.002 0.001 0.004 0.009 0.128 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.003 0.010 0.003 0.279 0.075 0.060 0.319 5 I 0.024 0.016 0.002 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.012 0.010 0.350 0.101 0.055 0.387 6 N 0.050 0.098 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 0.336 0.051 0.397 7 K 0.084 0.016 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.034 0.083 0.718 8 K 0.007 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.020 0.081 0.793 9 T 0.015 0.123 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.047 0.119 0.659 10 E 0.009 0.189 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.300 0.074 0.081 0.335 11 T 0.011 0.252 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.068 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.237 0.071 0.050 0.295 12 I 0.006 0.127 0.010 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.593 0.049 0.033 0.158 13 I 0.005 0.128 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.092 0.005 0.587 0.023 0.021 0.119 14 A 0.028 0.277 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.014 0.464 0.038 0.019 0.134 15 V 0.017 0.381 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.337 0.047 0.032 0.176 16 G 0.040 0.246 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.363 0.067 0.042 0.224 17 A 0.076 0.047 0.062 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.368 0.153 0.056 0.217 18 A 0.199 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.313 0.102 0.070 0.288 19 M 0.439 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.042 0.063 0.262 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.013 0.160 0.663 21 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.016 0.101 0.803 22 I 0.100 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.057 0.158 0.498 23 P 0.082 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.031 0.124 0.627 24 L 0.101 0.046 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.247 0.080 0.055 0.457 25 V 0.030 0.019 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.040 0.094 0.634 26 E 0.059 0.068 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.204 0.051 0.062 0.540 27 V 0.050 0.073 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.046 0.098 0.653 28 R 0.046 0.067 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.050 0.094 0.662 29 D 0.117 0.438 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.052 0.032 0.341 30 E 0.086 0.424 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.038 0.037 0.393 31 K 0.049 0.503 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.036 0.040 0.340 32 F 0.125 0.448 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.064 0.035 0.283 33 F 0.118 0.460 0.009 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.069 0.041 0.267 34 E 0.081 0.091 0.011 0.006 0.003 0.023 0.010 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.051 0.192 0.087 0.424 35 A 0.032 0.019 0.029 0.002 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.193 0.096 0.579 36 V 0.230 0.001 0.003 0.004 0.101 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.107 0.091 0.371 37 K 0.113 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.033 0.081 0.699 38 T 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.021 0.093 0.847 39 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.020 0.147 0.768 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.635 0.080 0.046 0.220 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.358 0.103 0.065 0.442 42 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.909 0.024 0.007 0.045 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.049 0.202 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.004 0.007 0.003 0.363 0.061 0.034 0.205 44 V 0.002 0.001 0.001 0.003 0.051 0.135 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.538 0.052 0.030 0.177 45 N 0.056 0.015 0.013 0.003 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.218 0.075 0.407 46 A 0.118 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.037 0.129 0.605 47 D 0.098 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.059 0.124 0.580 48 E 0.016 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.032 0.158 0.694 49 G 0.004 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.039 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.372 0.052 0.078 0.366 50 Y 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.072 0.386 0.017 0.019 0.004 0.002 0.002 0.209 0.059 0.018 0.149 51 V 0.007 0.013 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.051 0.036 0.003 0.002 0.296 0.037 0.047 0.485 52 E 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.197 0.413 0.022 0.213 0.010 0.006 0.072 53 L 0.022 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.049 0.164 0.038 0.057 0.639 54 I 0.010 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.436 0.041 0.054 0.446 55 E 0.016 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.023 0.084 0.779