# TARGET T0357 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.74875 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.093 0.007 0.775 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 2 K 0.328 0.173 0.322 0.085 0.022 0.035 0.010 0.004 0.016 0.001 0.004 3 A 0.068 0.488 0.224 0.015 0.161 0.016 0.006 0.002 0.017 0.003 0.001 4 I 0.055 0.704 0.139 0.019 0.027 0.031 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 5 I 0.037 0.611 0.185 0.025 0.038 0.070 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 6 N 0.041 0.237 0.301 0.043 0.084 0.184 0.010 0.001 0.095 0.004 0.001 7 K 0.593 0.091 0.067 0.154 0.029 0.022 0.023 0.005 0.013 0.002 0.001 8 K 0.439 0.096 0.124 0.257 0.022 0.018 0.023 0.006 0.012 0.002 0.001 9 T 0.332 0.159 0.200 0.176 0.067 0.010 0.019 0.016 0.011 0.009 0.001 10 E 0.140 0.358 0.322 0.016 0.095 0.015 0.017 0.004 0.025 0.009 0.001 11 T 0.403 0.095 0.441 0.016 0.004 0.031 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 12 I 0.255 0.493 0.168 0.009 0.031 0.023 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 13 I 0.317 0.487 0.114 0.013 0.013 0.034 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 14 A 0.350 0.339 0.169 0.015 0.030 0.067 0.005 0.002 0.021 0.001 0.001 15 V 0.520 0.251 0.052 0.105 0.023 0.025 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 16 G 0.471 0.099 0.073 0.041 0.146 0.014 0.054 0.064 0.012 0.026 0.001 17 A 0.668 0.137 0.070 0.047 0.050 0.014 0.004 0.001 0.006 0.002 0.001 18 A 0.558 0.177 0.163 0.033 0.022 0.034 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 19 M 0.539 0.134 0.079 0.186 0.018 0.019 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 20 A 0.437 0.103 0.211 0.171 0.040 0.008 0.016 0.006 0.004 0.004 0.001 21 E 0.121 0.057 0.059 0.407 0.022 0.040 0.251 0.023 0.018 0.003 0.001 22 I 0.004 0.435 0.364 0.001 0.012 0.018 0.005 0.001 0.160 0.001 0.001 23 P 0.035 0.032 0.865 0.002 0.001 0.051 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 24 L 0.113 0.306 0.449 0.016 0.007 0.081 0.003 0.001 0.022 0.001 0.002 25 V 0.130 0.611 0.118 0.034 0.038 0.028 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 26 E 0.149 0.265 0.451 0.031 0.024 0.058 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 27 V 0.223 0.339 0.219 0.064 0.062 0.044 0.008 0.002 0.036 0.002 0.001 28 R 0.351 0.162 0.276 0.066 0.047 0.045 0.015 0.003 0.026 0.009 0.001 29 D 0.238 0.108 0.307 0.074 0.052 0.123 0.027 0.005 0.055 0.007 0.004 30 E 0.887 0.020 0.027 0.047 0.004 0.005 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 31 K 0.827 0.021 0.048 0.056 0.007 0.007 0.020 0.007 0.005 0.002 0.001 32 F 0.942 0.006 0.010 0.034 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 F 0.945 0.008 0.013 0.025 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.953 0.012 0.014 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.908 0.012 0.026 0.043 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 36 V 0.722 0.059 0.091 0.103 0.003 0.014 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 37 K 0.594 0.112 0.130 0.087 0.015 0.017 0.022 0.003 0.019 0.002 0.001 38 T 0.275 0.054 0.257 0.378 0.012 0.007 0.008 0.001 0.007 0.002 0.001 39 G 0.017 0.001 0.018 0.012 0.011 0.001 0.023 0.801 0.001 0.115 0.001 40 D 0.024 0.103 0.716 0.043 0.011 0.076 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 41 R 0.007 0.487 0.451 0.007 0.017 0.018 0.003 0.001 0.008 0.001 0.002 42 V 0.002 0.796 0.143 0.002 0.014 0.016 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 43 V 0.002 0.549 0.378 0.001 0.003 0.050 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 44 V 0.012 0.701 0.161 0.006 0.011 0.079 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 45 N 0.007 0.193 0.259 0.009 0.034 0.305 0.010 0.001 0.182 0.001 0.001 46 A 0.735 0.024 0.062 0.107 0.031 0.012 0.009 0.005 0.004 0.011 0.001 47 D 0.758 0.016 0.019 0.190 0.006 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 48 E 0.215 0.114 0.070 0.528 0.050 0.003 0.010 0.002 0.007 0.001 0.001 49 G 0.024 0.015 0.050 0.027 0.103 0.001 0.099 0.497 0.002 0.181 0.001 50 Y 0.050 0.430 0.301 0.038 0.099 0.055 0.010 0.001 0.013 0.002 0.002 51 V 0.013 0.769 0.144 0.006 0.029 0.018 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 52 E 0.014 0.649 0.231 0.002 0.016 0.046 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 53 L 0.058 0.266 0.556 0.003 0.002 0.094 0.001 0.001 0.016 0.001 0.003 54 I 0.147 0.481 0.189 0.050 0.033 0.053 0.003 0.001 0.042 0.001 0.001 55 E 0.240 0.234 0.298 0.036 0.117 0.022 0.014 0.007 0.013 0.019 0.001