# TARGET T0357 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.34133 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.028 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.962 2 K 0.350 0.022 0.011 0.005 0.019 0.011 0.583 3 A 0.766 0.013 0.018 0.006 0.027 0.008 0.162 4 I 0.891 0.007 0.010 0.007 0.015 0.006 0.064 5 I 0.871 0.025 0.009 0.017 0.015 0.007 0.057 6 N 0.607 0.014 0.007 0.013 0.024 0.017 0.317 7 K 0.100 0.004 0.107 0.046 0.139 0.406 0.198 8 K 0.014 0.002 0.060 0.017 0.075 0.779 0.053 9 T 0.026 0.005 0.078 0.021 0.280 0.460 0.130 10 E 0.084 0.017 0.005 0.012 0.387 0.022 0.473 11 T 0.282 0.018 0.004 0.015 0.071 0.018 0.593 12 I 0.775 0.017 0.003 0.031 0.028 0.011 0.134 13 I 0.861 0.009 0.003 0.058 0.014 0.006 0.049 14 A 0.877 0.005 0.003 0.047 0.011 0.004 0.052 15 V 0.769 0.004 0.006 0.111 0.019 0.018 0.073 16 G 0.606 0.003 0.026 0.172 0.065 0.031 0.098 17 A 0.525 0.007 0.069 0.205 0.053 0.048 0.094 18 A 0.478 0.018 0.082 0.229 0.039 0.095 0.059 19 M 0.349 0.028 0.217 0.132 0.042 0.145 0.087 20 A 0.203 0.010 0.138 0.069 0.109 0.357 0.114 21 E 0.111 0.007 0.113 0.045 0.302 0.260 0.163 22 I 0.152 0.014 0.011 0.017 0.338 0.008 0.461 23 P 0.166 0.024 0.015 0.010 0.041 0.026 0.717 24 L 0.273 0.038 0.147 0.128 0.059 0.065 0.290 25 V 0.311 0.014 0.169 0.217 0.061 0.041 0.187 26 E 0.285 0.011 0.165 0.243 0.048 0.050 0.198 27 V 0.120 0.015 0.119 0.364 0.061 0.074 0.247 28 R 0.103 0.022 0.057 0.269 0.143 0.087 0.319 29 D 0.055 0.008 0.038 0.199 0.124 0.088 0.489 30 E 0.016 0.003 0.050 0.658 0.101 0.098 0.074 31 K 0.025 0.005 0.054 0.624 0.073 0.094 0.125 32 F 0.016 0.005 0.059 0.748 0.015 0.078 0.079 33 F 0.013 0.006 0.054 0.830 0.014 0.036 0.047 34 E 0.029 0.001 0.061 0.816 0.020 0.037 0.036 35 A 0.054 0.005 0.043 0.808 0.015 0.041 0.034 36 V 0.082 0.043 0.019 0.556 0.069 0.047 0.185 37 K 0.095 0.011 0.020 0.263 0.104 0.242 0.264 38 T 0.003 0.001 0.008 0.020 0.050 0.906 0.013 39 G 0.013 0.001 0.007 0.001 0.117 0.740 0.121 40 D 0.059 0.001 0.004 0.001 0.259 0.027 0.649 41 R 0.828 0.009 0.003 0.001 0.018 0.005 0.137 42 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 43 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 44 V 0.982 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 45 N 0.563 0.004 0.001 0.001 0.011 0.002 0.420 46 A 0.043 0.001 0.017 0.003 0.099 0.774 0.063 47 D 0.021 0.003 0.024 0.001 0.104 0.807 0.038 48 E 0.034 0.004 0.066 0.004 0.215 0.626 0.052 49 G 0.200 0.007 0.012 0.005 0.223 0.373 0.181 50 Y 0.675 0.018 0.006 0.003 0.030 0.012 0.255 51 V 0.906 0.007 0.001 0.002 0.007 0.002 0.076 52 E 0.948 0.003 0.002 0.003 0.006 0.002 0.036 53 L 0.917 0.005 0.001 0.002 0.006 0.002 0.067 54 I 0.439 0.009 0.003 0.003 0.007 0.007 0.534 55 E 0.023 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.973