# TARGET T0357 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.34133 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.089 0.313 0.085 0.019 0.207 0.018 0.034 0.106 0.063 0.038 0.028 2 K 0.116 0.069 0.031 0.029 0.146 0.048 0.068 0.123 0.130 0.170 0.069 3 A 0.176 0.159 0.036 0.005 0.548 0.004 0.007 0.023 0.009 0.012 0.020 4 I 0.272 0.107 0.012 0.002 0.526 0.003 0.005 0.024 0.006 0.011 0.033 5 I 0.155 0.249 0.053 0.011 0.401 0.008 0.011 0.034 0.009 0.025 0.044 6 N 0.227 0.167 0.057 0.012 0.370 0.006 0.007 0.027 0.014 0.037 0.076 7 K 0.038 0.087 0.050 0.023 0.061 0.042 0.075 0.313 0.231 0.058 0.023 8 K 0.054 0.087 0.055 0.022 0.086 0.030 0.166 0.200 0.114 0.140 0.045 9 T 0.092 0.274 0.100 0.042 0.167 0.016 0.028 0.055 0.044 0.124 0.058 10 E 0.069 0.304 0.153 0.040 0.206 0.027 0.023 0.090 0.036 0.026 0.027 11 T 0.197 0.185 0.022 0.003 0.485 0.003 0.011 0.061 0.012 0.005 0.017 12 I 0.342 0.050 0.005 0.005 0.461 0.009 0.012 0.060 0.011 0.009 0.036 13 I 0.209 0.113 0.014 0.015 0.419 0.022 0.032 0.110 0.015 0.014 0.036 14 A 0.289 0.093 0.028 0.014 0.317 0.009 0.018 0.119 0.013 0.031 0.068 15 V 0.091 0.124 0.038 0.041 0.154 0.040 0.067 0.266 0.059 0.082 0.037 16 G 0.094 0.087 0.052 0.074 0.121 0.044 0.030 0.210 0.099 0.124 0.066 17 A 0.099 0.163 0.059 0.015 0.160 0.017 0.033 0.259 0.127 0.041 0.026 18 A 0.077 0.088 0.028 0.011 0.109 0.013 0.076 0.370 0.118 0.080 0.031 19 M 0.089 0.063 0.023 0.022 0.080 0.034 0.068 0.214 0.249 0.109 0.049 20 A 0.015 0.302 0.098 0.030 0.106 0.036 0.067 0.217 0.103 0.021 0.006 21 E 0.162 0.043 0.013 0.002 0.138 0.003 0.021 0.085 0.097 0.344 0.092 22 I 0.083 0.478 0.113 0.002 0.295 0.001 0.002 0.012 0.004 0.002 0.008 23 P 0.053 0.460 0.113 0.006 0.268 0.005 0.014 0.036 0.021 0.013 0.012 24 L 0.194 0.134 0.049 0.013 0.228 0.016 0.042 0.129 0.088 0.052 0.056 25 V 0.060 0.312 0.110 0.020 0.223 0.020 0.030 0.115 0.060 0.028 0.022 26 E 0.193 0.180 0.051 0.006 0.351 0.008 0.029 0.080 0.025 0.028 0.050 27 V 0.123 0.136 0.048 0.011 0.195 0.012 0.038 0.205 0.095 0.089 0.049 28 R 0.049 0.202 0.108 0.047 0.112 0.050 0.049 0.198 0.083 0.060 0.039 29 D 0.163 0.116 0.060 0.025 0.234 0.019 0.029 0.125 0.050 0.095 0.083 30 E 0.031 0.124 0.045 0.027 0.081 0.022 0.036 0.321 0.171 0.116 0.026 31 K 0.062 0.132 0.088 0.011 0.091 0.010 0.038 0.338 0.092 0.099 0.037 32 F 0.027 0.043 0.016 0.007 0.036 0.010 0.029 0.628 0.143 0.048 0.013 33 F 0.073 0.069 0.013 0.007 0.105 0.010 0.020 0.442 0.171 0.056 0.033 34 E 0.027 0.096 0.035 0.008 0.076 0.013 0.044 0.547 0.130 0.017 0.007 35 A 0.052 0.083 0.032 0.005 0.164 0.009 0.053 0.443 0.096 0.052 0.010 36 V 0.126 0.123 0.055 0.013 0.098 0.012 0.029 0.290 0.114 0.083 0.058 37 K 0.049 0.036 0.045 0.050 0.048 0.090 0.188 0.303 0.100 0.065 0.025 38 T 0.011 0.345 0.233 0.131 0.070 0.032 0.053 0.042 0.022 0.050 0.011 39 G 0.058 0.063 0.069 0.089 0.042 0.024 0.009 0.018 0.044 0.396 0.188 40 D 0.094 0.194 0.053 0.036 0.279 0.029 0.040 0.061 0.066 0.108 0.040 41 R 0.194 0.142 0.017 0.001 0.613 0.001 0.002 0.004 0.004 0.005 0.016 42 V 0.194 0.100 0.005 0.001 0.685 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 43 V 0.282 0.070 0.009 0.001 0.611 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 44 V 0.191 0.246 0.037 0.008 0.425 0.007 0.009 0.007 0.001 0.009 0.062 45 N 0.248 0.133 0.050 0.006 0.459 0.002 0.003 0.002 0.002 0.022 0.074 46 A 0.041 0.104 0.113 0.037 0.050 0.027 0.040 0.259 0.255 0.050 0.024 47 D 0.029 0.055 0.062 0.038 0.041 0.077 0.214 0.259 0.110 0.095 0.020 48 E 0.024 0.442 0.140 0.076 0.093 0.019 0.033 0.036 0.033 0.087 0.019 49 G 0.028 0.072 0.136 0.190 0.040 0.059 0.010 0.033 0.042 0.298 0.093 50 Y 0.186 0.212 0.031 0.004 0.420 0.005 0.012 0.048 0.028 0.024 0.030 51 V 0.245 0.146 0.022 0.001 0.538 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.031 52 E 0.114 0.340 0.051 0.001 0.462 0.001 0.003 0.008 0.003 0.005 0.011 53 L 0.341 0.165 0.056 0.005 0.331 0.003 0.007 0.020 0.005 0.010 0.056 54 I 0.065 0.247 0.122 0.065 0.155 0.065 0.085 0.098 0.042 0.027 0.029 55 E 0.070 0.267 0.171 0.042 0.158 0.028 0.040 0.095 0.053 0.046 0.030