# TARGET T0357 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.34133 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.805 0.124 0.035 0.022 0.010 0.004 0.001 2 K 0.604 0.227 0.109 0.043 0.014 0.003 0.001 3 A 0.472 0.223 0.147 0.102 0.041 0.014 0.001 4 I 0.414 0.217 0.137 0.109 0.077 0.041 0.005 5 I 0.208 0.148 0.195 0.197 0.161 0.078 0.014 6 N 0.318 0.199 0.184 0.174 0.095 0.026 0.002 7 K 0.454 0.305 0.157 0.059 0.020 0.005 0.001 8 K 0.435 0.252 0.165 0.092 0.040 0.013 0.002 9 T 0.219 0.150 0.149 0.183 0.188 0.098 0.014 10 E 0.127 0.148 0.190 0.258 0.182 0.081 0.015 11 T 0.144 0.176 0.165 0.212 0.166 0.107 0.029 12 I 0.069 0.067 0.092 0.156 0.227 0.275 0.114 13 I 0.054 0.068 0.085 0.153 0.174 0.267 0.199 14 A 0.064 0.051 0.060 0.108 0.166 0.269 0.282 15 V 0.069 0.081 0.080 0.109 0.154 0.263 0.244 16 G 0.067 0.060 0.083 0.149 0.177 0.242 0.223 17 A 0.088 0.076 0.080 0.108 0.145 0.242 0.260 18 A 0.077 0.084 0.082 0.136 0.161 0.247 0.213 19 M 0.043 0.051 0.076 0.130 0.161 0.278 0.260 20 A 0.058 0.093 0.108 0.154 0.167 0.249 0.171 21 E 0.071 0.140 0.186 0.213 0.176 0.149 0.066 22 I 0.017 0.039 0.071 0.144 0.247 0.362 0.120 23 P 0.041 0.104 0.145 0.204 0.236 0.216 0.054 24 L 0.015 0.029 0.057 0.129 0.283 0.405 0.081 25 V 0.016 0.047 0.105 0.254 0.350 0.202 0.026 26 E 0.057 0.213 0.284 0.247 0.140 0.052 0.005 27 V 0.129 0.260 0.264 0.216 0.103 0.026 0.002 28 R 0.248 0.311 0.249 0.140 0.045 0.006 0.001 29 D 0.613 0.237 0.099 0.038 0.011 0.002 0.001 30 E 0.682 0.221 0.074 0.020 0.004 0.001 0.001 31 K 0.527 0.319 0.110 0.035 0.007 0.001 0.001 32 F 0.107 0.159 0.229 0.293 0.174 0.037 0.001 33 F 0.057 0.100 0.214 0.329 0.240 0.058 0.002 34 E 0.308 0.443 0.183 0.054 0.010 0.001 0.001 35 A 0.126 0.229 0.271 0.245 0.108 0.020 0.001 36 V 0.030 0.059 0.144 0.308 0.342 0.114 0.004 37 K 0.191 0.324 0.262 0.157 0.055 0.010 0.001 38 T 0.482 0.361 0.112 0.036 0.007 0.001 0.001 39 G 0.089 0.225 0.282 0.254 0.124 0.025 0.001 40 D 0.154 0.341 0.268 0.151 0.062 0.021 0.003 41 R 0.034 0.167 0.306 0.303 0.147 0.040 0.005 42 V 0.006 0.014 0.038 0.136 0.350 0.404 0.051 43 V 0.015 0.128 0.279 0.326 0.181 0.064 0.008 44 V 0.018 0.043 0.075 0.202 0.335 0.291 0.036 45 N 0.078 0.276 0.322 0.225 0.080 0.018 0.002 46 A 0.122 0.193 0.240 0.264 0.145 0.034 0.002 47 D 0.425 0.345 0.165 0.052 0.011 0.002 0.001 48 E 0.404 0.347 0.170 0.063 0.014 0.002 0.001 49 G 0.311 0.311 0.217 0.113 0.037 0.009 0.001 50 Y 0.075 0.223 0.303 0.251 0.120 0.028 0.001 51 V 0.061 0.052 0.091 0.218 0.344 0.220 0.014 52 E 0.139 0.319 0.285 0.182 0.059 0.015 0.001 53 L 0.169 0.171 0.179 0.222 0.181 0.073 0.004 54 I 0.353 0.270 0.208 0.122 0.039 0.008 0.001 55 E 0.698 0.204 0.069 0.022 0.005 0.001 0.001