# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 122.572 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.006 0.002 0.001 0.385 0.065 0.122 0.073 0.001 0.001 0.082 0.261 2 Y 0.009 0.001 0.001 0.412 0.092 0.142 0.061 0.001 0.001 0.053 0.228 3 T 0.006 0.001 0.001 0.311 0.057 0.116 0.094 0.001 0.001 0.056 0.358 4 G 0.008 0.001 0.001 0.216 0.038 0.073 0.131 0.001 0.001 0.056 0.475 5 R 0.020 0.002 0.001 0.061 0.035 0.045 0.200 0.004 0.001 0.057 0.576 6 P 0.106 0.015 0.002 0.025 0.011 0.011 0.182 0.003 0.001 0.064 0.579 7 P 0.018 0.034 0.001 0.012 0.008 0.011 0.140 0.006 0.001 0.038 0.731 8 D 0.143 0.532 0.002 0.003 0.002 0.004 0.040 0.014 0.001 0.016 0.244 9 E 0.123 0.640 0.003 0.003 0.002 0.003 0.025 0.012 0.001 0.074 0.114 10 P 0.087 0.559 0.006 0.004 0.003 0.005 0.043 0.004 0.002 0.113 0.174 11 A 0.059 0.583 0.002 0.006 0.008 0.012 0.046 0.007 0.001 0.129 0.147 12 V 0.041 0.773 0.003 0.004 0.005 0.007 0.025 0.009 0.001 0.037 0.097 13 L 0.035 0.781 0.002 0.005 0.003 0.006 0.023 0.007 0.001 0.019 0.119 14 G 0.011 0.191 0.005 0.005 0.005 0.007 0.019 0.002 0.001 0.652 0.101 15 V 0.028 0.736 0.008 0.002 0.002 0.003 0.019 0.009 0.002 0.107 0.083 16 A 0.061 0.745 0.014 0.003 0.001 0.002 0.012 0.011 0.005 0.052 0.093 17 L 0.069 0.605 0.023 0.006 0.002 0.003 0.031 0.011 0.009 0.093 0.149 18 N 0.096 0.678 0.001 0.002 0.001 0.002 0.025 0.005 0.001 0.028 0.162 19 E 0.056 0.163 0.012 0.007 0.002 0.003 0.046 0.006 0.003 0.512 0.189 20 V 0.015 0.567 0.004 0.009 0.003 0.003 0.065 0.005 0.001 0.090 0.238 21 F 0.005 0.910 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.003 0.066 22 V 0.028 0.902 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.001 0.007 0.028 23 P 0.036 0.835 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.005 0.002 0.043 0.064 24 I 0.051 0.504 0.112 0.002 0.001 0.002 0.023 0.017 0.061 0.134 0.093 25 L 0.368 0.234 0.043 0.003 0.001 0.001 0.033 0.081 0.024 0.066 0.145 26 Q 0.274 0.034 0.006 0.005 0.002 0.003 0.081 0.005 0.006 0.059 0.524 27 K 0.016 0.018 0.002 0.015 0.002 0.004 0.114 0.001 0.001 0.016 0.814 28 Q 0.032 0.040 0.008 0.024 0.003 0.007 0.157 0.007 0.002 0.054 0.665 29 F 0.172 0.023 0.005 0.015 0.014 0.011 0.156 0.038 0.002 0.090 0.474 30 P 0.122 0.014 0.002 0.045 0.009 0.018 0.116 0.003 0.001 0.038 0.632 31 E 0.028 0.010 0.002 0.115 0.018 0.054 0.101 0.003 0.001 0.041 0.628 32 I 0.022 0.006 0.003 0.200 0.027 0.043 0.120 0.003 0.001 0.056 0.519 33 V 0.015 0.005 0.001 0.355 0.098 0.098 0.082 0.007 0.001 0.055 0.285 34 D 0.011 0.003 0.001 0.306 0.041 0.073 0.071 0.001 0.001 0.037 0.457 35 F 0.003 0.001 0.001 0.200 0.097 0.126 0.089 0.001 0.001 0.026 0.457 36 Y 0.002 0.001 0.001 0.223 0.061 0.095 0.109 0.001 0.001 0.030 0.477 37 L 0.022 0.004 0.002 0.106 0.081 0.098 0.113 0.006 0.002 0.072 0.494 38 P 0.383 0.043 0.004 0.038 0.013 0.016 0.075 0.011 0.003 0.112 0.302 39 P 0.160 0.019 0.005 0.017 0.007 0.012 0.100 0.004 0.002 0.091 0.584 40 E 0.034 0.026 0.002 0.020 0.018 0.045 0.126 0.005 0.001 0.055 0.666 41 G 0.127 0.022 0.004 0.020 0.051 0.088 0.121 0.005 0.002 0.094 0.466 42 C 0.049 0.011 0.003 0.032 0.116 0.166 0.125 0.006 0.002 0.079 0.412 43 S 0.022 0.008 0.001 0.026 0.075 0.220 0.134 0.002 0.001 0.059 0.451 44 Y 0.006 0.004 0.002 0.043 0.167 0.338 0.093 0.001 0.001 0.068 0.278 45 R 0.001 0.003 0.001 0.068 0.175 0.476 0.053 0.001 0.001 0.075 0.148 46 L 0.001 0.003 0.001 0.071 0.265 0.429 0.025 0.001 0.001 0.073 0.132 47 A 0.001 0.002 0.001 0.081 0.429 0.417 0.006 0.001 0.001 0.029 0.034 48 V 0.001 0.003 0.001 0.050 0.391 0.456 0.007 0.001 0.001 0.035 0.056 49 V 0.001 0.004 0.001 0.087 0.490 0.300 0.009 0.001 0.001 0.033 0.073 50 T 0.023 0.012 0.003 0.070 0.274 0.336 0.035 0.003 0.002 0.108 0.133 51 I 0.080 0.036 0.002 0.067 0.167 0.195 0.065 0.013 0.002 0.083 0.288 52 K 0.129 0.042 0.003 0.031 0.084 0.114 0.081 0.003 0.004 0.047 0.461 53 K 0.022 0.042 0.009 0.029 0.039 0.056 0.119 0.002 0.005 0.029 0.647 54 Q 0.034 0.161 0.004 0.008 0.026 0.026 0.066 0.010 0.003 0.043 0.619 55 Y 0.126 0.787 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.016 0.053 56 A 0.023 0.832 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.015 0.114 57 G 0.009 0.859 0.002 0.002 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.051 0.064 58 H 0.005 0.896 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.066 0.021 59 A 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 60 K 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 61 R 0.002 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.037 0.008 62 V 0.004 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.035 0.005 63 M 0.007 0.938 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.033 0.011 64 M 0.032 0.630 0.004 0.003 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.240 0.070 65 G 0.020 0.636 0.011 0.005 0.001 0.002 0.026 0.007 0.003 0.188 0.101 66 V 0.097 0.679 0.015 0.004 0.001 0.002 0.028 0.023 0.004 0.054 0.092 67 W 0.099 0.455 0.039 0.010 0.002 0.004 0.046 0.015 0.027 0.057 0.246 68 S 0.150 0.248 0.006 0.004 0.002 0.004 0.080 0.006 0.005 0.030 0.465 69 F 0.124 0.285 0.007 0.007 0.002 0.005 0.085 0.016 0.005 0.052 0.412 70 L 0.191 0.226 0.015 0.010 0.003 0.006 0.101 0.017 0.006 0.060 0.367 71 R 0.099 0.188 0.011 0.016 0.006 0.014 0.097 0.008 0.004 0.051 0.506 72 Q 0.097 0.038 0.005 0.012 0.013 0.022 0.115 0.006 0.002 0.157 0.533 73 F 0.080 0.033 0.007 0.042 0.021 0.035 0.139 0.007 0.003 0.167 0.466 74 M 0.120 0.010 0.007 0.053 0.028 0.054 0.148 0.005 0.004 0.096 0.476 75 Y 0.025 0.005 0.002 0.114 0.040 0.069 0.151 0.003 0.001 0.040 0.550 76 T 0.012 0.004 0.001 0.120 0.035 0.044 0.141 0.002 0.001 0.049 0.593 77 K 0.003 0.002 0.001 0.440 0.085 0.071 0.081 0.002 0.001 0.070 0.246 78 F 0.001 0.001 0.001 0.567 0.051 0.083 0.040 0.001 0.001 0.055 0.202 79 V 0.001 0.001 0.001 0.839 0.047 0.034 0.010 0.001 0.001 0.026 0.044 80 I 0.001 0.001 0.001 0.927 0.018 0.013 0.006 0.001 0.001 0.020 0.016 81 V 0.001 0.001 0.001 0.905 0.016 0.022 0.010 0.001 0.001 0.023 0.022 82 C 0.013 0.001 0.001 0.757 0.007 0.028 0.060 0.001 0.001 0.030 0.102 83 D 0.111 0.007 0.001 0.298 0.007 0.023 0.161 0.003 0.002 0.077 0.310 84 D 0.039 0.010 0.001 0.104 0.010 0.028 0.206 0.002 0.002 0.085 0.513 85 D 0.044 0.013 0.002 0.037 0.016 0.027 0.251 0.003 0.002 0.073 0.531 86 V 0.060 0.028 0.001 0.020 0.026 0.041 0.203 0.023 0.001 0.085 0.511 87 N 0.320 0.051 0.001 0.011 0.007 0.012 0.111 0.007 0.001 0.106 0.373 88 A 0.077 0.019 0.003 0.010 0.012 0.023 0.160 0.002 0.001 0.102 0.591 89 R 0.004 0.023 0.001 0.010 0.010 0.029 0.161 0.002 0.001 0.034 0.723 90 D 0.189 0.675 0.001 0.001 0.004 0.005 0.023 0.007 0.001 0.038 0.055 91 W 0.046 0.844 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.001 0.026 0.062 92 N 0.013 0.773 0.001 0.002 0.004 0.010 0.023 0.001 0.001 0.029 0.143 93 D 0.006 0.904 0.001 0.004 0.007 0.011 0.011 0.001 0.001 0.021 0.035 94 V 0.010 0.918 0.001 0.003 0.005 0.007 0.009 0.003 0.001 0.019 0.025 95 I 0.009 0.239 0.001 0.014 0.024 0.025 0.008 0.001 0.001 0.652 0.026 96 W 0.007 0.212 0.004 0.014 0.022 0.030 0.015 0.001 0.001 0.634 0.060 97 A 0.025 0.556 0.033 0.034 0.027 0.027 0.033 0.012 0.006 0.146 0.100 98 I 0.144 0.210 0.086 0.056 0.030 0.039 0.058 0.030 0.034 0.123 0.190 99 T 0.187 0.143 0.002 0.016 0.018 0.036 0.085 0.015 0.002 0.054 0.442 100 T 0.110 0.022 0.001 0.015 0.008 0.021 0.095 0.004 0.002 0.046 0.676 101 R 0.019 0.015 0.008 0.027 0.013 0.029 0.207 0.002 0.004 0.035 0.642 102 M 0.009 0.006 0.004 0.015 0.009 0.014 0.126 0.001 0.003 0.015 0.798 103 D 0.413 0.029 0.004 0.012 0.011 0.011 0.096 0.021 0.003 0.115 0.285 104 P 0.273 0.010 0.005 0.017 0.002 0.004 0.106 0.004 0.002 0.150 0.425 105 A 0.033 0.011 0.002 0.036 0.009 0.034 0.140 0.003 0.001 0.055 0.676 106 R 0.018 0.007 0.001 0.042 0.026 0.045 0.145 0.002 0.001 0.075 0.639 107 D 0.005 0.006 0.001 0.147 0.140 0.211 0.114 0.004 0.001 0.131 0.241 108 T 0.006 0.002 0.001 0.240 0.092 0.159 0.073 0.001 0.001 0.126 0.300 109 V 0.003 0.001 0.001 0.327 0.188 0.205 0.054 0.001 0.001 0.066 0.155 110 L 0.007 0.001 0.001 0.387 0.057 0.181 0.073 0.001 0.001 0.096 0.195 111 V 0.186 0.003 0.001 0.189 0.046 0.068 0.095 0.002 0.002 0.138 0.270 112 E 0.014 0.001 0.001 0.070 0.020 0.048 0.172 0.003 0.001 0.069 0.602 113 N 0.031 0.002 0.001 0.027 0.009 0.015 0.186 0.002 0.001 0.030 0.698 114 T 0.093 0.004 0.001 0.038 0.042 0.039 0.205 0.012 0.001 0.086 0.479 115 P 0.071 0.006 0.001 0.019 0.008 0.010 0.164 0.005 0.001 0.053 0.662 116 I 0.053 0.010 0.001 0.025 0.021 0.045 0.178 0.013 0.001 0.050 0.603 117 D 0.077 0.017 0.001 0.048 0.019 0.040 0.177 0.003 0.001 0.084 0.534 118 Y 0.039 0.014 0.003 0.064 0.037 0.083 0.196 0.002 0.001 0.082 0.478 119 L 0.018 0.013 0.002 0.070 0.030 0.067 0.179 0.004 0.001 0.053 0.565 120 D 0.306 0.036 0.002 0.039 0.023 0.030 0.124 0.007 0.001 0.108 0.324 121 F 0.061 0.023 0.002 0.041 0.017 0.038 0.181 0.005 0.001 0.111 0.519 122 A 0.022 0.010 0.001 0.020 0.012 0.032 0.144 0.002 0.001 0.040 0.716 123 S 0.063 0.013 0.004 0.032 0.042 0.058 0.176 0.009 0.002 0.122 0.480 124 P 0.152 0.014 0.002 0.018 0.013 0.019 0.123 0.006 0.001 0.106 0.545 125 V 0.175 0.013 0.002 0.014 0.010 0.016 0.120 0.005 0.001 0.077 0.566 126 S 0.042 0.003 0.001 0.012 0.007 0.014 0.144 0.003 0.001 0.046 0.727 127 G 0.070 0.012 0.001 0.018 0.010 0.020 0.176 0.004 0.001 0.062 0.626 128 L 0.102 0.018 0.001 0.029 0.023 0.026 0.169 0.006 0.001 0.060 0.564 129 G 0.036 0.026 0.001 0.052 0.020 0.037 0.185 0.004 0.001 0.042 0.597 130 S 0.029 0.037 0.001 0.098 0.062 0.083 0.158 0.007 0.001 0.080 0.444 131 K 0.022 0.030 0.001 0.238 0.080 0.106 0.123 0.004 0.001 0.076 0.319 132 M 0.008 0.020 0.002 0.359 0.088 0.147 0.077 0.002 0.001 0.053 0.243 133 G 0.022 0.009 0.003 0.361 0.113 0.153 0.062 0.002 0.001 0.116 0.159 134 L 0.015 0.011 0.003 0.457 0.065 0.094 0.077 0.003 0.002 0.092 0.182 135 D 0.160 0.018 0.006 0.199 0.044 0.101 0.115 0.007 0.005 0.112 0.234 136 A 0.084 0.010 0.002 0.131 0.034 0.098 0.143 0.009 0.002 0.077 0.410 137 T 0.037 0.003 0.001 0.038 0.021 0.054 0.152 0.001 0.001 0.047 0.645 138 N 0.014 0.002 0.001 0.043 0.055 0.090 0.166 0.001 0.001 0.054 0.573 139 K 0.008 0.002 0.001 0.018 0.016 0.028 0.164 0.002 0.001 0.026 0.735 140 W 0.247 0.007 0.002 0.013 0.024 0.024 0.111 0.013 0.002 0.090 0.468 141 P 0.105 0.015 0.003 0.011 0.004 0.007 0.120 0.005 0.001 0.096 0.634 142 G 0.101 0.010 0.002 0.005 0.006 0.014 0.099 0.005 0.001 0.030 0.727 143 E 0.065 0.009 0.001 0.011 0.021 0.039 0.116 0.006 0.001 0.041 0.691 144 T 0.034 0.017 0.001 0.013 0.037 0.067 0.120 0.004 0.001 0.047 0.660 145 Q 0.068 0.017 0.005 0.032 0.054 0.104 0.122 0.008 0.002 0.058 0.532 146 R 0.057 0.005 0.001 0.023 0.088 0.109 0.098 0.006 0.001 0.034 0.579 147 E 0.086 0.006 0.001 0.022 0.049 0.073 0.090 0.001 0.001 0.033 0.641 148 W 0.008 0.003 0.001 0.027 0.051 0.079 0.124 0.003 0.001 0.020 0.684 149 G 0.043 0.015 0.002 0.016 0.030 0.035 0.115 0.005 0.001 0.023 0.715 150 R 0.100 0.009 0.001 0.015 0.093 0.080 0.125 0.048 0.001 0.067 0.461 151 P 0.046 0.014 0.001 0.039 0.022 0.062 0.123 0.004 0.001 0.035 0.655 152 I 0.038 0.009 0.001 0.068 0.041 0.077 0.102 0.001 0.001 0.038 0.624 153 K 0.005 0.011 0.001 0.069 0.060 0.065 0.154 0.001 0.001 0.037 0.596 154 K 0.010 0.085 0.001 0.018 0.020 0.021 0.110 0.006 0.001 0.033 0.696 155 D 0.142 0.811 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.009 0.022 156 P 0.062 0.759 0.003 0.003 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.034 0.121 157 D 0.016 0.852 0.003 0.002 0.001 0.003 0.016 0.002 0.001 0.021 0.082 158 V 0.045 0.851 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.007 0.001 0.027 0.052 159 V 0.021 0.876 0.001 0.002 0.003 0.003 0.007 0.002 0.001 0.050 0.035 160 A 0.006 0.942 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.008 0.030 161 H 0.003 0.949 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.009 0.024 162 I 0.008 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.007 163 D 0.006 0.926 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.030 0.030 164 A 0.007 0.914 0.010 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.022 0.035 165 I 0.034 0.847 0.012 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.006 0.045 0.031 166 W 0.079 0.242 0.243 0.002 0.001 0.002 0.018 0.017 0.206 0.082 0.108 167 D 0.554 0.098 0.002 0.002 0.001 0.002 0.039 0.016 0.002 0.035 0.250 168 E 0.080 0.053 0.001 0.008 0.002 0.011 0.062 0.006 0.001 0.050 0.726 169 L 0.021 0.017 0.003 0.025 0.004 0.018 0.117 0.001 0.001 0.029 0.765 170 A 0.008 0.021 0.007 0.052 0.041 0.117 0.107 0.001 0.002 0.072 0.573 171 I 0.060 0.011 0.010 0.019 0.020 0.031 0.121 0.006 0.005 0.070 0.648 172 F 0.775 0.011 0.001 0.006 0.003 0.005 0.023 0.013 0.001 0.050 0.113 173 N 0.245 0.005 0.001 0.007 0.001 0.003 0.072 0.002 0.001 0.038 0.627 174 N 0.003 0.001 0.001 0.016 0.005 0.022 0.112 0.001 0.001 0.011 0.830 175 G 0.019 0.003 0.001 0.038 0.036 0.041 0.111 0.001 0.001 0.035 0.715 176 K 0.015 0.001 0.001 0.024 0.123 0.061 0.127 0.005 0.001 0.052 0.590 177 S 0.039 0.009 0.001 0.028 0.023 0.028 0.129 0.003 0.001 0.029 0.710