# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 122.572 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.082 0.513 0.220 0.076 0.075 0.015 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 2 Y 0.094 0.438 0.232 0.061 0.066 0.050 0.015 0.003 0.038 0.003 0.001 3 T 0.055 0.434 0.266 0.131 0.041 0.023 0.011 0.002 0.036 0.002 0.001 4 G 0.037 0.047 0.244 0.022 0.200 0.006 0.039 0.140 0.004 0.261 0.001 5 R 0.017 0.179 0.732 0.002 0.021 0.012 0.002 0.001 0.030 0.002 0.003 6 P 0.018 0.005 0.946 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.002 0.018 7 P 0.251 0.001 0.701 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 8 D 0.247 0.021 0.076 0.423 0.015 0.023 0.049 0.132 0.009 0.004 0.001 9 E 0.066 0.226 0.538 0.004 0.024 0.020 0.006 0.001 0.114 0.002 0.001 10 P 0.619 0.004 0.315 0.019 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 11 A 0.664 0.112 0.100 0.052 0.038 0.011 0.006 0.005 0.010 0.002 0.001 12 V 0.739 0.124 0.065 0.031 0.012 0.018 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 13 L 0.832 0.051 0.035 0.056 0.004 0.012 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 14 G 0.898 0.016 0.020 0.024 0.014 0.005 0.006 0.010 0.002 0.004 0.001 15 V 0.950 0.017 0.013 0.010 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 16 A 0.977 0.003 0.010 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.961 0.002 0.003 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 N 0.967 0.002 0.006 0.015 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 19 E 0.972 0.003 0.007 0.009 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.981 0.003 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 F 0.954 0.003 0.004 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.992 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 P 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.983 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.990 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.955 0.003 0.002 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 Q 0.686 0.015 0.013 0.279 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 29 F 0.092 0.063 0.100 0.008 0.007 0.015 0.057 0.002 0.655 0.002 0.001 30 P 0.387 0.002 0.546 0.011 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.044 31 E 0.364 0.071 0.325 0.114 0.032 0.037 0.024 0.021 0.006 0.003 0.002 32 I 0.067 0.289 0.518 0.008 0.009 0.081 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 33 V 0.536 0.197 0.064 0.153 0.006 0.023 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 34 D 0.101 0.448 0.217 0.059 0.079 0.043 0.023 0.001 0.027 0.001 0.001 35 F 0.035 0.771 0.068 0.021 0.083 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 36 Y 0.031 0.554 0.172 0.036 0.059 0.056 0.015 0.001 0.072 0.004 0.001 37 L 0.005 0.495 0.282 0.002 0.024 0.021 0.004 0.001 0.167 0.001 0.001 38 P 0.008 0.003 0.946 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 39 P 0.459 0.004 0.413 0.022 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 40 E 0.333 0.077 0.194 0.203 0.088 0.013 0.038 0.032 0.009 0.011 0.001 41 G 0.180 0.055 0.177 0.106 0.182 0.015 0.063 0.128 0.013 0.080 0.001 42 C 0.235 0.166 0.266 0.126 0.118 0.036 0.018 0.009 0.015 0.009 0.002 43 S 0.320 0.192 0.125 0.198 0.076 0.034 0.016 0.011 0.019 0.008 0.001 44 Y 0.188 0.389 0.175 0.073 0.102 0.025 0.012 0.003 0.028 0.003 0.001 45 R 0.304 0.173 0.258 0.113 0.023 0.080 0.024 0.003 0.019 0.001 0.002 46 L 0.042 0.670 0.134 0.021 0.096 0.016 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 47 A 0.017 0.817 0.095 0.003 0.053 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 48 V 0.014 0.882 0.070 0.002 0.013 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 49 V 0.021 0.820 0.092 0.003 0.033 0.014 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 50 T 0.026 0.747 0.131 0.005 0.022 0.035 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 51 I 0.087 0.416 0.390 0.005 0.015 0.062 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 52 K 0.698 0.078 0.119 0.062 0.007 0.026 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 53 K 0.418 0.288 0.155 0.029 0.064 0.023 0.010 0.001 0.010 0.001 0.001 54 Q 0.454 0.222 0.118 0.132 0.022 0.021 0.009 0.002 0.018 0.002 0.001 55 Y 0.186 0.258 0.195 0.062 0.062 0.030 0.018 0.003 0.176 0.010 0.001 56 A 0.662 0.008 0.268 0.025 0.004 0.007 0.009 0.005 0.001 0.009 0.002 57 G 0.664 0.001 0.010 0.024 0.005 0.001 0.015 0.219 0.001 0.060 0.001 58 H 0.981 0.002 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 M 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 M 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 G 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 W 0.931 0.004 0.006 0.055 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 S 0.779 0.008 0.011 0.184 0.004 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 69 F 0.598 0.023 0.041 0.205 0.015 0.022 0.062 0.015 0.015 0.004 0.001 70 L 0.422 0.055 0.190 0.214 0.016 0.047 0.031 0.005 0.017 0.003 0.001 71 R 0.603 0.044 0.075 0.139 0.027 0.021 0.054 0.022 0.006 0.007 0.001 72 Q 0.421 0.085 0.063 0.297 0.022 0.033 0.045 0.009 0.021 0.003 0.001 73 F 0.245 0.184 0.219 0.159 0.039 0.069 0.032 0.008 0.041 0.002 0.001 74 M 0.333 0.180 0.154 0.154 0.062 0.039 0.043 0.008 0.022 0.004 0.001 75 Y 0.216 0.144 0.139 0.297 0.048 0.055 0.059 0.013 0.024 0.004 0.001 76 T 0.074 0.394 0.330 0.079 0.090 0.018 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 77 K 0.130 0.442 0.226 0.083 0.062 0.025 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 78 F 0.008 0.684 0.226 0.005 0.043 0.017 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 79 V 0.003 0.869 0.064 0.002 0.016 0.011 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 80 I 0.003 0.743 0.179 0.001 0.004 0.038 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 81 V 0.007 0.502 0.317 0.002 0.003 0.119 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 82 C 0.045 0.499 0.218 0.033 0.023 0.123 0.004 0.001 0.056 0.001 0.001 83 D 0.095 0.138 0.262 0.062 0.174 0.160 0.033 0.002 0.064 0.008 0.004 84 D 0.749 0.009 0.015 0.209 0.006 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 85 D 0.186 0.141 0.107 0.391 0.042 0.033 0.036 0.006 0.054 0.001 0.003 86 V 0.133 0.388 0.256 0.097 0.030 0.041 0.009 0.002 0.042 0.001 0.001 87 N 0.028 0.128 0.238 0.026 0.055 0.272 0.072 0.003 0.171 0.007 0.001 88 A 0.601 0.037 0.071 0.242 0.009 0.020 0.005 0.005 0.006 0.003 0.002 89 R 0.538 0.069 0.130 0.186 0.036 0.016 0.010 0.006 0.006 0.003 0.001 90 D 0.075 0.056 0.257 0.073 0.029 0.222 0.018 0.002 0.259 0.007 0.001 91 W 0.973 0.001 0.002 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 N 0.979 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 D 0.912 0.001 0.001 0.078 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 94 V 0.989 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.992 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 W 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.995 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 I 0.991 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 T 0.934 0.012 0.008 0.039 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 100 T 0.446 0.017 0.009 0.519 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 R 0.140 0.038 0.060 0.196 0.032 0.043 0.408 0.045 0.033 0.004 0.001 102 M 0.065 0.460 0.245 0.087 0.050 0.055 0.006 0.001 0.029 0.002 0.001 103 D 0.009 0.126 0.388 0.003 0.041 0.166 0.013 0.001 0.251 0.001 0.001 104 P 0.827 0.005 0.095 0.040 0.002 0.014 0.002 0.002 0.001 0.002 0.012 105 A 0.729 0.013 0.041 0.192 0.004 0.007 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 106 R 0.321 0.110 0.079 0.407 0.032 0.012 0.017 0.004 0.014 0.001 0.001 107 D 0.069 0.162 0.262 0.149 0.041 0.099 0.154 0.004 0.058 0.001 0.002 108 T 0.036 0.619 0.206 0.023 0.086 0.015 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 109 V 0.016 0.811 0.113 0.005 0.023 0.018 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 110 L 0.021 0.581 0.315 0.005 0.010 0.043 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 111 V 0.021 0.597 0.166 0.006 0.012 0.047 0.003 0.001 0.147 0.001 0.001 112 E 0.086 0.045 0.820 0.011 0.004 0.022 0.005 0.001 0.002 0.003 0.002 113 N 0.042 0.016 0.035 0.205 0.023 0.033 0.416 0.210 0.015 0.004 0.001 114 T 0.013 0.368 0.501 0.002 0.032 0.016 0.003 0.001 0.065 0.001 0.001 115 P 0.235 0.023 0.546 0.056 0.001 0.088 0.002 0.001 0.004 0.001 0.043 116 I 0.125 0.384 0.239 0.086 0.088 0.033 0.012 0.005 0.024 0.003 0.001 117 D 0.093 0.284 0.257 0.067 0.080 0.093 0.029 0.004 0.090 0.003 0.001 118 Y 0.332 0.188 0.174 0.174 0.041 0.040 0.013 0.004 0.029 0.003 0.001 119 L 0.223 0.192 0.298 0.134 0.039 0.062 0.014 0.006 0.027 0.004 0.001 120 D 0.135 0.215 0.247 0.112 0.042 0.111 0.041 0.006 0.086 0.004 0.001 121 F 0.343 0.098 0.199 0.218 0.026 0.038 0.043 0.011 0.016 0.005 0.002 122 A 0.223 0.101 0.251 0.236 0.054 0.027 0.034 0.040 0.015 0.018 0.002 123 S 0.086 0.219 0.445 0.007 0.075 0.018 0.028 0.004 0.097 0.020 0.001 124 P 0.263 0.006 0.532 0.021 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 125 V 0.309 0.198 0.239 0.107 0.030 0.041 0.020 0.009 0.042 0.003 0.002 126 S 0.242 0.061 0.426 0.153 0.020 0.022 0.046 0.006 0.011 0.010 0.003 127 G 0.085 0.013 0.064 0.058 0.071 0.008 0.126 0.488 0.004 0.084 0.001 128 L 0.262 0.128 0.264 0.278 0.023 0.022 0.008 0.002 0.011 0.001 0.001 129 G 0.093 0.039 0.159 0.094 0.120 0.008 0.069 0.218 0.010 0.188 0.001 130 S 0.124 0.169 0.490 0.059 0.098 0.026 0.008 0.006 0.009 0.007 0.003 131 K 0.142 0.379 0.281 0.083 0.060 0.025 0.007 0.003 0.016 0.002 0.001 132 M 0.044 0.591 0.209 0.026 0.092 0.018 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 133 G 0.035 0.691 0.102 0.009 0.123 0.017 0.002 0.001 0.018 0.002 0.001 134 L 0.034 0.779 0.096 0.005 0.039 0.023 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 135 D 0.063 0.451 0.253 0.020 0.030 0.102 0.009 0.001 0.070 0.001 0.001 136 A 0.169 0.242 0.258 0.088 0.122 0.052 0.024 0.007 0.027 0.006 0.003 137 T 0.221 0.262 0.117 0.293 0.062 0.017 0.007 0.003 0.016 0.003 0.001 138 N 0.068 0.138 0.214 0.100 0.099 0.076 0.232 0.016 0.038 0.016 0.001 139 K 0.117 0.186 0.528 0.069 0.014 0.046 0.007 0.001 0.027 0.001 0.003 140 W 0.039 0.171 0.633 0.004 0.018 0.026 0.013 0.001 0.090 0.004 0.003 141 P 0.111 0.004 0.800 0.012 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 142 G 0.108 0.013 0.086 0.035 0.061 0.003 0.026 0.550 0.003 0.114 0.001 143 E 0.220 0.115 0.455 0.101 0.036 0.037 0.012 0.004 0.014 0.004 0.002 144 T 0.141 0.265 0.319 0.142 0.068 0.028 0.011 0.005 0.016 0.004 0.001 145 Q 0.203 0.250 0.243 0.131 0.080 0.043 0.017 0.007 0.023 0.004 0.001 146 R 0.218 0.247 0.329 0.066 0.061 0.027 0.009 0.005 0.033 0.004 0.001 147 E 0.353 0.187 0.281 0.086 0.016 0.044 0.005 0.002 0.022 0.001 0.002 148 W 0.144 0.172 0.301 0.265 0.040 0.020 0.033 0.003 0.018 0.005 0.001 149 G 0.043 0.011 0.096 0.028 0.072 0.003 0.051 0.388 0.002 0.305 0.001 150 R 0.019 0.310 0.580 0.002 0.014 0.016 0.003 0.001 0.055 0.001 0.001 151 P 0.050 0.006 0.886 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 152 I 0.304 0.246 0.208 0.113 0.028 0.070 0.006 0.002 0.022 0.001 0.001 153 K 0.139 0.448 0.196 0.045 0.114 0.023 0.013 0.002 0.017 0.003 0.001 154 K 0.074 0.268 0.456 0.112 0.034 0.042 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 155 D 0.006 0.106 0.733 0.001 0.027 0.039 0.001 0.001 0.088 0.001 0.001 156 P 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 D 0.965 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.929 0.001 0.002 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 V 0.974 0.003 0.011 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 160 A 0.989 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 H 0.897 0.002 0.003 0.089 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 162 I 0.968 0.001 0.001 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 D 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 A 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 I 0.976 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 W 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 D 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 E 0.975 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 L 0.617 0.003 0.005 0.373 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 A 0.227 0.008 0.022 0.067 0.013 0.012 0.376 0.230 0.027 0.019 0.001 171 I 0.175 0.223 0.396 0.093 0.013 0.066 0.006 0.001 0.024 0.003 0.001 172 F 0.290 0.081 0.388 0.116 0.034 0.043 0.017 0.006 0.008 0.016 0.001 173 N 0.279 0.051 0.043 0.253 0.031 0.059 0.206 0.030 0.038 0.008 0.001 174 N 0.223 0.044 0.091 0.500 0.014 0.010 0.094 0.007 0.014 0.002 0.001 175 G 0.025 0.003 0.041 0.021 0.029 0.003 0.083 0.687 0.001 0.107 0.001 176 K 0.178 0.220 0.432 0.109 0.020 0.023 0.004 0.001 0.011 0.002 0.001 177 S 0.125 0.180 0.360 0.079 0.100 0.029 0.030 0.020 0.016 0.059 0.001