# TARGET T0356 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 242 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.561 0.245 0.123 0.052 0.016 0.004 0.001 2 Y 0.280 0.158 0.149 0.197 0.147 0.061 0.007 3 T 0.233 0.192 0.162 0.181 0.142 0.077 0.014 4 G 0.245 0.172 0.175 0.171 0.145 0.076 0.016 5 R 0.271 0.254 0.189 0.152 0.086 0.039 0.009 6 P 0.427 0.236 0.160 0.108 0.047 0.019 0.004 7 P 0.559 0.231 0.114 0.065 0.024 0.007 0.001 8 D 0.468 0.237 0.125 0.096 0.054 0.019 0.002 9 E 0.415 0.201 0.146 0.130 0.075 0.030 0.004 10 P 0.505 0.206 0.123 0.092 0.048 0.022 0.005 11 A 0.455 0.194 0.123 0.108 0.074 0.038 0.007 12 V 0.290 0.129 0.114 0.140 0.160 0.131 0.036 13 L 0.232 0.114 0.115 0.158 0.169 0.162 0.051 14 G 0.395 0.189 0.111 0.112 0.093 0.078 0.021 15 V 0.167 0.190 0.200 0.196 0.145 0.084 0.019 16 A 0.176 0.142 0.139 0.196 0.204 0.122 0.021 17 L 0.165 0.158 0.152 0.187 0.181 0.133 0.024 18 N 0.158 0.179 0.169 0.201 0.163 0.111 0.019 19 E 0.232 0.292 0.225 0.149 0.076 0.024 0.002 20 V 0.102 0.172 0.236 0.259 0.163 0.061 0.007 21 F 0.049 0.042 0.045 0.113 0.268 0.415 0.068 22 V 0.049 0.113 0.185 0.293 0.249 0.103 0.009 23 P 0.149 0.379 0.266 0.137 0.053 0.014 0.001 24 I 0.026 0.063 0.187 0.382 0.255 0.081 0.005 25 L 0.023 0.030 0.047 0.143 0.330 0.382 0.044 26 Q 0.119 0.270 0.259 0.213 0.103 0.032 0.005 27 K 0.202 0.361 0.235 0.125 0.053 0.020 0.003 28 Q 0.045 0.117 0.197 0.299 0.229 0.103 0.010 29 F 0.037 0.094 0.167 0.265 0.284 0.138 0.015 30 P 0.187 0.234 0.196 0.194 0.127 0.054 0.009 31 E 0.172 0.274 0.240 0.183 0.093 0.033 0.004 32 I 0.054 0.059 0.094 0.208 0.319 0.227 0.038 33 V 0.119 0.225 0.230 0.227 0.136 0.055 0.008 34 D 0.272 0.247 0.180 0.146 0.092 0.053 0.010 35 F 0.068 0.060 0.081 0.166 0.243 0.286 0.095 36 Y 0.105 0.142 0.162 0.197 0.196 0.155 0.044 37 L 0.097 0.058 0.071 0.122 0.210 0.282 0.160 38 P 0.178 0.166 0.149 0.175 0.157 0.126 0.049 39 P 0.203 0.180 0.179 0.193 0.129 0.081 0.035 40 E 0.262 0.219 0.147 0.128 0.114 0.084 0.046 41 G 0.173 0.147 0.129 0.161 0.170 0.151 0.069 42 C 0.131 0.128 0.129 0.165 0.171 0.186 0.092 43 S 0.064 0.063 0.077 0.134 0.187 0.279 0.195 44 Y 0.040 0.053 0.076 0.133 0.194 0.286 0.217 45 R 0.024 0.037 0.064 0.106 0.174 0.280 0.315 46 L 0.015 0.020 0.037 0.079 0.149 0.313 0.387 47 A 0.007 0.012 0.022 0.056 0.136 0.388 0.381 48 V 0.006 0.008 0.020 0.053 0.128 0.416 0.369 49 V 0.008 0.014 0.026 0.068 0.166 0.441 0.276 50 T 0.018 0.056 0.137 0.252 0.284 0.209 0.044 51 I 0.019 0.040 0.080 0.197 0.363 0.266 0.037 52 K 0.129 0.281 0.276 0.203 0.084 0.024 0.003 53 K 0.242 0.290 0.217 0.158 0.071 0.020 0.002 54 Q 0.335 0.309 0.191 0.106 0.047 0.012 0.001 55 Y 0.294 0.274 0.214 0.156 0.052 0.009 0.001 56 A 0.476 0.316 0.139 0.053 0.013 0.002 0.001 57 G 0.455 0.324 0.135 0.062 0.020 0.004 0.001 58 H 0.091 0.165 0.229 0.265 0.185 0.057 0.008 59 A 0.019 0.048 0.092 0.202 0.353 0.247 0.040 60 K 0.034 0.143 0.216 0.279 0.217 0.096 0.015 61 R 0.040 0.122 0.179 0.265 0.232 0.137 0.024 62 V 0.007 0.018 0.029 0.086 0.209 0.444 0.206 63 M 0.008 0.013 0.022 0.062 0.169 0.441 0.285 64 M 0.028 0.058 0.108 0.207 0.221 0.256 0.123 65 G 0.018 0.031 0.052 0.122 0.230 0.365 0.182 66 V 0.004 0.005 0.011 0.033 0.097 0.368 0.482 67 W 0.017 0.023 0.036 0.086 0.180 0.343 0.315 68 S 0.086 0.121 0.121 0.168 0.200 0.175 0.129 69 F 0.081 0.099 0.117 0.170 0.195 0.216 0.121 70 L 0.077 0.101 0.118 0.180 0.206 0.216 0.102 71 R 0.154 0.162 0.156 0.175 0.168 0.130 0.055 72 Q 0.139 0.123 0.127 0.168 0.187 0.173 0.082 73 F 0.073 0.085 0.086 0.152 0.219 0.261 0.125 74 M 0.044 0.071 0.079 0.147 0.247 0.295 0.116 75 Y 0.027 0.058 0.103 0.177 0.234 0.303 0.099 76 T 0.008 0.022 0.059 0.139 0.263 0.388 0.121 77 K 0.003 0.016 0.055 0.154 0.284 0.374 0.114 78 F 0.001 0.002 0.009 0.043 0.177 0.491 0.277 79 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.266 0.710 80 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.234 0.745 81 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.048 0.351 0.591 82 C 0.001 0.008 0.031 0.121 0.276 0.409 0.154 83 D 0.019 0.080 0.176 0.284 0.275 0.131 0.035 84 D 0.126 0.324 0.259 0.165 0.081 0.036 0.010 85 D 0.141 0.244 0.216 0.198 0.129 0.063 0.009 86 V 0.027 0.043 0.110 0.229 0.308 0.246 0.035 87 N 0.158 0.230 0.219 0.199 0.126 0.062 0.006 88 A 0.058 0.096 0.157 0.229 0.248 0.185 0.027 89 R 0.109 0.224 0.225 0.213 0.155 0.067 0.008 90 D 0.079 0.236 0.276 0.236 0.126 0.040 0.006 91 W 0.025 0.064 0.128 0.224 0.310 0.210 0.040 92 N 0.179 0.297 0.230 0.171 0.087 0.032 0.004 93 D 0.062 0.203 0.282 0.244 0.146 0.052 0.010 94 V 0.014 0.023 0.047 0.128 0.290 0.413 0.086 95 I 0.012 0.035 0.057 0.142 0.259 0.356 0.139 96 W 0.052 0.084 0.110 0.151 0.187 0.254 0.162 97 A 0.024 0.043 0.078 0.172 0.263 0.276 0.144 98 I 0.005 0.007 0.012 0.033 0.084 0.354 0.505 99 T 0.011 0.019 0.035 0.083 0.149 0.297 0.407 100 T 0.047 0.137 0.170 0.205 0.191 0.164 0.086 101 R 0.022 0.038 0.056 0.131 0.247 0.326 0.180 102 M 0.013 0.029 0.050 0.104 0.209 0.376 0.219 103 D 0.038 0.082 0.139 0.230 0.247 0.202 0.063 104 P 0.052 0.084 0.125 0.193 0.255 0.215 0.075 105 A 0.128 0.198 0.200 0.210 0.143 0.092 0.031 106 R 0.066 0.137 0.183 0.222 0.203 0.135 0.054 107 D 0.027 0.054 0.085 0.155 0.238 0.305 0.137 108 T 0.021 0.026 0.051 0.112 0.176 0.372 0.242 109 V 0.030 0.037 0.055 0.111 0.209 0.356 0.203 110 L 0.020 0.034 0.064 0.127 0.242 0.356 0.156 111 V 0.023 0.037 0.073 0.172 0.300 0.293 0.103 112 E 0.111 0.240 0.254 0.209 0.106 0.057 0.023 113 N 0.175 0.267 0.215 0.169 0.107 0.052 0.015 114 T 0.044 0.074 0.127 0.219 0.274 0.213 0.049 115 P 0.093 0.168 0.191 0.219 0.182 0.119 0.028 116 I 0.064 0.072 0.110 0.172 0.233 0.249 0.100 117 D 0.061 0.129 0.167 0.227 0.213 0.158 0.045 118 Y 0.031 0.065 0.105 0.173 0.234 0.263 0.130 119 L 0.014 0.018 0.032 0.077 0.163 0.372 0.324 120 D 0.020 0.031 0.058 0.116 0.187 0.336 0.252 121 F 0.024 0.037 0.062 0.114 0.189 0.315 0.259 122 A 0.040 0.068 0.090 0.161 0.218 0.256 0.167 123 S 0.048 0.096 0.137 0.194 0.235 0.194 0.097 124 P 0.123 0.231 0.228 0.200 0.121 0.065 0.032 125 V 0.154 0.223 0.188 0.189 0.134 0.078 0.033 126 S 0.098 0.161 0.195 0.216 0.181 0.115 0.034 127 G 0.082 0.147 0.167 0.213 0.209 0.146 0.036 128 L 0.017 0.038 0.081 0.170 0.265 0.321 0.108 129 G 0.010 0.032 0.068 0.165 0.284 0.334 0.106 130 S 0.001 0.006 0.018 0.066 0.187 0.423 0.298 131 K 0.001 0.002 0.007 0.030 0.112 0.354 0.494 132 M 0.001 0.001 0.002 0.009 0.037 0.233 0.718 133 G 0.001 0.001 0.002 0.008 0.031 0.194 0.766 134 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.026 0.220 0.745 135 D 0.001 0.002 0.007 0.024 0.080 0.326 0.560 136 A 0.001 0.004 0.009 0.032 0.126 0.418 0.410 137 T 0.006 0.026 0.073 0.147 0.242 0.341 0.164 138 N 0.033 0.094 0.156 0.250 0.262 0.170 0.035 139 K 0.113 0.262 0.254 0.198 0.117 0.047 0.008 140 W 0.140 0.191 0.223 0.248 0.143 0.050 0.005 141 P 0.378 0.299 0.172 0.094 0.041 0.014 0.001 142 G 0.450 0.245 0.152 0.102 0.039 0.011 0.001 143 E 0.503 0.259 0.123 0.070 0.032 0.011 0.001 144 T 0.377 0.241 0.167 0.124 0.067 0.021 0.002 145 Q 0.303 0.258 0.188 0.144 0.073 0.030 0.004 146 R 0.355 0.265 0.180 0.121 0.056 0.021 0.003 147 E 0.306 0.250 0.174 0.143 0.089 0.034 0.004 148 W 0.141 0.155 0.204 0.251 0.179 0.064 0.005 149 G 0.233 0.199 0.205 0.201 0.119 0.038 0.004 150 R 0.311 0.331 0.190 0.107 0.047 0.013 0.001 151 P 0.232 0.295 0.245 0.157 0.059 0.012 0.001 152 I 0.085 0.110 0.169 0.305 0.260 0.070 0.002 153 K 0.268 0.381 0.239 0.088 0.021 0.003 0.001 154 K 0.203 0.235 0.242 0.232 0.078 0.009 0.001 155 D 0.425 0.353 0.148 0.059 0.013 0.002 0.001 156 P 0.827 0.148 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 157 D 0.525 0.341 0.101 0.025 0.006 0.001 0.001 158 V 0.043 0.097 0.209 0.369 0.235 0.044 0.002 159 V 0.077 0.302 0.352 0.203 0.057 0.008 0.001 160 A 0.436 0.467 0.080 0.014 0.002 0.001 0.001 161 H 0.028 0.173 0.404 0.321 0.067 0.006 0.001 162 I 0.008 0.020 0.051 0.213 0.473 0.226 0.008 163 D 0.068 0.278 0.341 0.242 0.064 0.006 0.001 164 A 0.280 0.517 0.157 0.038 0.007 0.001 0.001 165 I 0.021 0.088 0.255 0.420 0.182 0.032 0.001 166 W 0.017 0.031 0.064 0.213 0.438 0.226 0.011 167 D 0.283 0.364 0.208 0.105 0.033 0.006 0.001 168 E 0.360 0.369 0.179 0.069 0.018 0.004 0.001 169 L 0.115 0.158 0.228 0.274 0.172 0.049 0.002 170 A 0.234 0.285 0.227 0.148 0.083 0.023 0.001 171 I 0.393 0.158 0.154 0.170 0.098 0.025 0.002 172 F 0.575 0.277 0.104 0.036 0.008 0.001 0.001 173 N 0.673 0.207 0.081 0.031 0.007 0.001 0.001 174 N 0.641 0.229 0.079 0.038 0.011 0.002 0.001 175 G 0.641 0.208 0.088 0.047 0.014 0.002 0.001 176 K 0.699 0.181 0.077 0.033 0.009 0.002 0.001 177 S 0.717 0.186 0.056 0.027 0.011 0.003 0.001