# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135.12 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.163 0.022 0.011 0.022 0.224 0.557 2 Y 0.203 0.043 0.012 0.019 0.271 0.451 3 T 0.182 0.049 0.011 0.017 0.261 0.480 4 G 0.103 0.049 0.008 0.009 0.282 0.548 5 R 0.072 0.038 0.004 0.007 0.231 0.647 6 P 0.048 0.048 0.005 0.009 0.354 0.537 7 P 0.023 0.022 0.011 0.035 0.401 0.508 8 D 0.018 0.013 0.025 0.093 0.470 0.381 9 E 0.043 0.016 0.046 0.222 0.436 0.238 10 P 0.080 0.011 0.070 0.268 0.266 0.305 11 A 0.262 0.016 0.088 0.290 0.161 0.182 12 V 0.374 0.032 0.054 0.310 0.116 0.114 13 L 0.274 0.012 0.026 0.411 0.115 0.162 14 G 0.147 0.006 0.017 0.480 0.114 0.237 15 V 0.049 0.005 0.031 0.668 0.109 0.138 16 A 0.020 0.005 0.035 0.779 0.081 0.081 17 L 0.006 0.001 0.039 0.868 0.052 0.035 18 N 0.008 0.002 0.042 0.865 0.041 0.043 19 E 0.004 0.001 0.044 0.882 0.042 0.028 20 V 0.004 0.001 0.032 0.883 0.045 0.035 21 F 0.004 0.002 0.011 0.951 0.015 0.017 22 V 0.005 0.001 0.018 0.930 0.025 0.021 23 P 0.001 0.001 0.012 0.975 0.009 0.004 24 I 0.001 0.001 0.011 0.981 0.007 0.001 25 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.007 0.985 0.007 0.001 27 K 0.001 0.001 0.009 0.962 0.020 0.009 28 Q 0.002 0.002 0.010 0.834 0.053 0.100 29 F 0.009 0.006 0.021 0.099 0.536 0.328 30 P 0.013 0.001 0.041 0.022 0.694 0.230 31 E 0.102 0.005 0.059 0.015 0.656 0.163 32 I 0.698 0.019 0.016 0.019 0.187 0.060 33 V 0.870 0.004 0.004 0.020 0.036 0.066 34 D 0.950 0.001 0.002 0.008 0.015 0.024 35 F 0.960 0.001 0.001 0.004 0.011 0.023 36 Y 0.878 0.009 0.001 0.005 0.026 0.081 37 L 0.546 0.019 0.002 0.005 0.077 0.350 38 P 0.144 0.010 0.004 0.005 0.390 0.446 39 P 0.019 0.003 0.220 0.092 0.571 0.095 40 E 0.014 0.001 0.267 0.104 0.561 0.052 41 G 0.044 0.007 0.317 0.075 0.515 0.042 42 C 0.157 0.025 0.094 0.090 0.409 0.225 43 S 0.362 0.067 0.041 0.054 0.235 0.241 44 Y 0.403 0.010 0.031 0.038 0.282 0.236 45 R 0.594 0.003 0.012 0.029 0.189 0.173 46 L 0.892 0.002 0.003 0.020 0.040 0.043 47 A 0.962 0.001 0.001 0.020 0.009 0.008 48 V 0.967 0.001 0.001 0.027 0.002 0.003 49 V 0.936 0.001 0.001 0.054 0.003 0.006 50 T 0.881 0.001 0.001 0.081 0.009 0.028 51 I 0.751 0.003 0.004 0.096 0.033 0.112 52 K 0.463 0.008 0.018 0.143 0.167 0.200 53 K 0.208 0.006 0.091 0.208 0.274 0.214 54 Q 0.093 0.014 0.109 0.212 0.283 0.289 55 Y 0.036 0.007 0.114 0.263 0.370 0.210 56 A 0.008 0.003 0.059 0.486 0.286 0.158 57 G 0.002 0.002 0.040 0.812 0.098 0.047 58 H 0.001 0.001 0.026 0.941 0.024 0.007 59 A 0.001 0.001 0.012 0.970 0.011 0.005 60 K 0.001 0.001 0.008 0.983 0.006 0.003 61 R 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 62 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 63 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 64 M 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 65 G 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 66 V 0.001 0.001 0.004 0.989 0.005 0.001 67 W 0.002 0.001 0.011 0.974 0.011 0.002 68 S 0.004 0.001 0.020 0.924 0.032 0.019 69 F 0.007 0.002 0.024 0.832 0.053 0.082 70 L 0.011 0.006 0.055 0.737 0.089 0.101 71 R 0.017 0.003 0.113 0.637 0.136 0.095 72 Q 0.042 0.006 0.142 0.482 0.192 0.137 73 F 0.121 0.016 0.096 0.246 0.290 0.231 74 M 0.199 0.021 0.054 0.065 0.308 0.353 75 Y 0.291 0.010 0.074 0.033 0.317 0.275 76 T 0.398 0.005 0.035 0.014 0.296 0.252 77 K 0.723 0.002 0.009 0.008 0.120 0.137 78 F 0.941 0.001 0.001 0.004 0.017 0.036 79 V 0.985 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 80 I 0.992 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 81 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 82 C 0.912 0.004 0.001 0.001 0.010 0.072 83 D 0.414 0.014 0.003 0.002 0.499 0.068 84 D 0.038 0.003 0.013 0.002 0.886 0.058 85 D 0.010 0.004 0.015 0.003 0.913 0.055 86 V 0.085 0.159 0.011 0.002 0.682 0.060 87 N 0.084 0.060 0.003 0.002 0.446 0.406 88 A 0.033 0.032 0.038 0.010 0.673 0.213 89 R 0.014 0.010 0.025 0.018 0.673 0.260 90 D 0.014 0.017 0.015 0.022 0.536 0.397 91 W 0.001 0.001 0.187 0.785 0.023 0.004 92 N 0.001 0.001 0.085 0.899 0.013 0.002 93 D 0.001 0.001 0.060 0.930 0.009 0.001 94 V 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.001 95 I 0.003 0.001 0.002 0.990 0.003 0.001 96 W 0.004 0.001 0.003 0.986 0.005 0.001 97 A 0.007 0.001 0.004 0.977 0.010 0.002 98 I 0.008 0.001 0.005 0.973 0.010 0.003 99 T 0.006 0.001 0.022 0.931 0.032 0.008 100 T 0.013 0.001 0.026 0.842 0.075 0.042 101 R 0.015 0.006 0.030 0.448 0.158 0.343 102 M 0.013 0.044 0.006 0.051 0.150 0.735 103 D 0.018 0.030 0.005 0.007 0.558 0.383 104 P 0.003 0.001 0.253 0.040 0.649 0.054 105 A 0.006 0.002 0.275 0.016 0.665 0.037 106 R 0.026 0.005 0.199 0.008 0.729 0.033 107 D 0.101 0.006 0.027 0.007 0.448 0.411 108 T 0.760 0.023 0.005 0.005 0.074 0.133 109 V 0.966 0.004 0.002 0.003 0.010 0.015 110 L 0.981 0.005 0.001 0.003 0.002 0.008 111 V 0.923 0.011 0.003 0.005 0.049 0.009 112 E 0.510 0.004 0.005 0.006 0.382 0.093 113 N 0.098 0.006 0.009 0.008 0.690 0.190 114 T 0.211 0.116 0.004 0.002 0.497 0.171 115 P 0.192 0.046 0.004 0.009 0.142 0.608 116 I 0.211 0.048 0.033 0.019 0.230 0.460 117 D 0.182 0.026 0.055 0.018 0.300 0.418 118 Y 0.141 0.038 0.177 0.035 0.310 0.298 119 L 0.113 0.057 0.070 0.034 0.331 0.395 120 D 0.074 0.036 0.054 0.027 0.554 0.255 121 F 0.019 0.014 0.084 0.046 0.627 0.209 122 A 0.018 0.017 0.064 0.042 0.607 0.252 123 S 0.012 0.016 0.033 0.009 0.694 0.236 124 P 0.009 0.015 0.045 0.012 0.548 0.371 125 V 0.021 0.075 0.102 0.021 0.535 0.246 126 S 0.019 0.025 0.124 0.036 0.621 0.174 127 G 0.025 0.012 0.057 0.031 0.653 0.223 128 L 0.059 0.028 0.027 0.043 0.541 0.302 129 G 0.079 0.018 0.016 0.019 0.490 0.378 130 S 0.220 0.021 0.021 0.023 0.361 0.354 131 K 0.497 0.032 0.025 0.022 0.200 0.224 132 M 0.746 0.020 0.016 0.016 0.085 0.117 133 G 0.861 0.017 0.008 0.010 0.036 0.067 134 L 0.818 0.014 0.012 0.013 0.050 0.092 135 D 0.637 0.029 0.020 0.026 0.137 0.151 136 A 0.308 0.022 0.049 0.047 0.322 0.252 137 T 0.142 0.026 0.055 0.045 0.421 0.310 138 N 0.074 0.020 0.036 0.037 0.484 0.349 139 K 0.045 0.026 0.035 0.043 0.415 0.438 140 W 0.027 0.036 0.017 0.037 0.404 0.480 141 P 0.030 0.022 0.067 0.088 0.477 0.316 142 G 0.025 0.011 0.115 0.121 0.482 0.246 143 E 0.034 0.025 0.200 0.176 0.410 0.155 144 T 0.049 0.023 0.120 0.190 0.380 0.238 145 Q 0.043 0.019 0.100 0.173 0.370 0.296 146 R 0.067 0.018 0.114 0.157 0.340 0.304 147 E 0.088 0.034 0.078 0.140 0.336 0.324 148 W 0.072 0.029 0.044 0.202 0.316 0.337 149 G 0.050 0.019 0.021 0.110 0.253 0.548 150 R 0.069 0.015 0.013 0.054 0.170 0.680 151 P 0.149 0.051 0.034 0.054 0.177 0.533 152 I 0.162 0.056 0.055 0.062 0.239 0.426 153 K 0.095 0.052 0.032 0.028 0.281 0.513 154 K 0.036 0.025 0.012 0.034 0.265 0.627 155 D 0.007 0.002 0.002 0.019 0.186 0.784 156 P 0.001 0.001 0.027 0.944 0.024 0.004 157 D 0.001 0.001 0.040 0.929 0.028 0.003 158 V 0.001 0.001 0.022 0.968 0.008 0.001 159 V 0.002 0.001 0.008 0.981 0.005 0.004 160 A 0.002 0.001 0.007 0.974 0.008 0.009 161 H 0.001 0.001 0.008 0.980 0.005 0.006 162 I 0.001 0.001 0.004 0.983 0.006 0.006 163 D 0.001 0.001 0.007 0.982 0.006 0.004 164 A 0.001 0.001 0.008 0.972 0.014 0.005 165 I 0.001 0.001 0.008 0.975 0.010 0.007 166 W 0.001 0.001 0.022 0.956 0.017 0.004 167 D 0.001 0.001 0.048 0.918 0.024 0.009 168 E 0.001 0.001 0.032 0.918 0.028 0.020 169 L 0.002 0.002 0.023 0.877 0.031 0.066 170 A 0.002 0.001 0.004 0.027 0.066 0.900 171 I 0.029 0.020 0.042 0.050 0.180 0.679 172 F 0.044 0.017 0.138 0.109 0.268 0.424 173 N 0.029 0.008 0.235 0.132 0.327 0.270 174 N 0.028 0.009 0.170 0.157 0.241 0.395 175 G 0.023 0.006 0.024 0.039 0.190 0.718 176 K 0.013 0.009 0.004 0.025 0.081 0.870 177 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.988