# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135.12 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.076 0.482 0.225 0.066 0.102 0.017 0.005 0.004 0.021 0.003 0.001 2 Y 0.061 0.452 0.292 0.022 0.079 0.038 0.009 0.002 0.040 0.004 0.001 3 T 0.086 0.316 0.415 0.107 0.011 0.041 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 4 G 0.038 0.062 0.211 0.027 0.275 0.009 0.042 0.106 0.008 0.220 0.001 5 R 0.010 0.301 0.594 0.001 0.025 0.010 0.002 0.001 0.054 0.001 0.002 6 P 0.008 0.001 0.941 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 7 P 0.292 0.002 0.585 0.016 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 8 D 0.231 0.101 0.186 0.267 0.061 0.044 0.046 0.038 0.021 0.004 0.001 9 E 0.270 0.193 0.361 0.005 0.058 0.015 0.012 0.002 0.076 0.007 0.001 10 P 0.794 0.002 0.148 0.027 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 11 A 0.669 0.101 0.061 0.080 0.039 0.018 0.009 0.010 0.011 0.002 0.001 12 V 0.713 0.130 0.076 0.043 0.012 0.014 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 13 L 0.794 0.062 0.046 0.061 0.006 0.011 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 14 G 0.826 0.028 0.036 0.023 0.029 0.006 0.010 0.026 0.003 0.013 0.001 15 V 0.878 0.043 0.025 0.028 0.007 0.010 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 16 A 0.911 0.009 0.051 0.017 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.885 0.005 0.006 0.101 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 N 0.900 0.017 0.023 0.027 0.009 0.005 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 19 E 0.956 0.006 0.011 0.013 0.002 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 20 V 0.970 0.003 0.003 0.018 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 F 0.917 0.005 0.006 0.065 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.983 0.003 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 23 P 0.991 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.969 0.005 0.005 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.980 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.892 0.008 0.004 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 Q 0.760 0.015 0.014 0.194 0.003 0.004 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 29 F 0.072 0.066 0.083 0.004 0.006 0.018 0.032 0.001 0.717 0.001 0.001 30 P 0.510 0.001 0.386 0.023 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 31 E 0.286 0.119 0.226 0.141 0.066 0.040 0.047 0.055 0.012 0.009 0.001 32 I 0.039 0.235 0.589 0.006 0.006 0.107 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 33 V 0.675 0.065 0.011 0.235 0.003 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 34 D 0.037 0.581 0.092 0.045 0.140 0.030 0.036 0.001 0.036 0.001 0.001 35 F 0.026 0.769 0.079 0.013 0.077 0.011 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 36 Y 0.030 0.504 0.191 0.036 0.041 0.080 0.022 0.001 0.093 0.001 0.001 37 L 0.009 0.353 0.480 0.001 0.021 0.031 0.005 0.001 0.097 0.001 0.001 38 P 0.007 0.003 0.958 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 39 P 0.645 0.002 0.275 0.023 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 40 E 0.490 0.050 0.131 0.179 0.044 0.012 0.039 0.038 0.005 0.012 0.001 41 G 0.346 0.037 0.113 0.136 0.118 0.012 0.056 0.089 0.011 0.081 0.001 42 C 0.395 0.119 0.206 0.139 0.065 0.026 0.017 0.012 0.010 0.010 0.002 43 S 0.466 0.138 0.088 0.156 0.042 0.040 0.022 0.011 0.034 0.003 0.001 44 Y 0.358 0.272 0.148 0.085 0.060 0.021 0.012 0.004 0.033 0.004 0.001 45 R 0.342 0.130 0.245 0.080 0.017 0.103 0.051 0.007 0.023 0.001 0.003 46 L 0.101 0.592 0.153 0.047 0.077 0.012 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 47 A 0.048 0.700 0.144 0.005 0.081 0.011 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 48 V 0.033 0.807 0.112 0.006 0.014 0.014 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 49 V 0.058 0.750 0.098 0.008 0.043 0.016 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 50 T 0.039 0.668 0.180 0.006 0.024 0.045 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 51 I 0.089 0.556 0.219 0.017 0.030 0.050 0.003 0.001 0.036 0.001 0.001 52 K 0.286 0.283 0.299 0.029 0.017 0.055 0.007 0.001 0.022 0.001 0.001 53 K 0.268 0.249 0.285 0.029 0.033 0.072 0.025 0.002 0.033 0.003 0.001 54 Q 0.343 0.205 0.202 0.146 0.024 0.040 0.014 0.002 0.020 0.002 0.001 55 Y 0.138 0.273 0.209 0.058 0.102 0.034 0.016 0.003 0.156 0.011 0.001 56 A 0.670 0.009 0.229 0.039 0.003 0.008 0.017 0.005 0.001 0.016 0.002 57 G 0.605 0.002 0.009 0.025 0.004 0.003 0.047 0.282 0.001 0.022 0.001 58 H 0.971 0.002 0.004 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 M 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 M 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 G 0.981 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.972 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 W 0.921 0.004 0.006 0.062 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 S 0.784 0.011 0.015 0.157 0.005 0.007 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 69 F 0.628 0.043 0.072 0.165 0.011 0.031 0.022 0.006 0.018 0.003 0.001 70 L 0.709 0.035 0.103 0.092 0.006 0.024 0.016 0.003 0.009 0.003 0.001 71 R 0.811 0.012 0.039 0.079 0.009 0.008 0.020 0.012 0.002 0.005 0.001 72 Q 0.645 0.026 0.029 0.230 0.014 0.015 0.020 0.011 0.007 0.004 0.001 73 F 0.315 0.123 0.148 0.254 0.023 0.055 0.035 0.011 0.033 0.002 0.001 74 M 0.448 0.143 0.173 0.109 0.044 0.031 0.022 0.006 0.019 0.005 0.001 75 Y 0.268 0.093 0.108 0.328 0.033 0.042 0.068 0.027 0.029 0.003 0.001 76 T 0.075 0.240 0.499 0.055 0.054 0.040 0.013 0.003 0.019 0.001 0.001 77 K 0.300 0.257 0.217 0.129 0.035 0.032 0.011 0.001 0.016 0.001 0.001 78 F 0.020 0.684 0.181 0.016 0.055 0.018 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 79 V 0.007 0.849 0.088 0.002 0.012 0.015 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 80 I 0.006 0.695 0.208 0.001 0.003 0.050 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 81 V 0.011 0.495 0.300 0.003 0.004 0.139 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 82 C 0.046 0.500 0.199 0.036 0.030 0.120 0.004 0.001 0.063 0.001 0.001 83 D 0.179 0.106 0.188 0.157 0.233 0.064 0.026 0.003 0.027 0.012 0.006 84 D 0.758 0.013 0.026 0.175 0.010 0.004 0.007 0.003 0.002 0.002 0.001 85 D 0.163 0.068 0.066 0.575 0.021 0.029 0.031 0.011 0.031 0.001 0.003 86 V 0.056 0.492 0.264 0.040 0.037 0.049 0.015 0.002 0.045 0.001 0.001 87 N 0.012 0.077 0.404 0.011 0.018 0.336 0.035 0.001 0.103 0.002 0.002 88 A 0.755 0.017 0.040 0.158 0.004 0.012 0.003 0.004 0.003 0.001 0.003 89 R 0.674 0.025 0.048 0.230 0.007 0.009 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 90 D 0.082 0.059 0.263 0.105 0.036 0.194 0.021 0.003 0.226 0.009 0.001 91 W 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 N 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 D 0.971 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 V 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 W 0.993 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.988 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 I 0.983 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 T 0.911 0.008 0.008 0.066 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 T 0.606 0.038 0.027 0.311 0.005 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 101 R 0.323 0.059 0.062 0.290 0.013 0.050 0.155 0.018 0.026 0.002 0.001 102 M 0.100 0.433 0.238 0.073 0.048 0.060 0.012 0.002 0.032 0.003 0.001 103 D 0.012 0.149 0.327 0.003 0.038 0.160 0.013 0.001 0.297 0.002 0.001 104 P 0.847 0.004 0.084 0.036 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 105 A 0.827 0.009 0.033 0.107 0.003 0.006 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 106 R 0.469 0.113 0.068 0.266 0.030 0.013 0.019 0.005 0.015 0.002 0.001 107 D 0.217 0.158 0.228 0.149 0.040 0.075 0.094 0.005 0.031 0.001 0.002 108 T 0.093 0.632 0.135 0.044 0.065 0.013 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 109 V 0.042 0.772 0.104 0.009 0.038 0.016 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 110 L 0.035 0.676 0.216 0.009 0.011 0.029 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 111 V 0.030 0.581 0.184 0.009 0.020 0.053 0.003 0.001 0.120 0.001 0.001 112 E 0.143 0.063 0.709 0.027 0.006 0.026 0.008 0.001 0.005 0.011 0.001 113 N 0.048 0.019 0.029 0.172 0.022 0.042 0.532 0.102 0.029 0.003 0.001 114 T 0.017 0.382 0.451 0.003 0.037 0.016 0.009 0.001 0.083 0.001 0.001 115 P 0.156 0.012 0.672 0.031 0.001 0.084 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 116 I 0.148 0.322 0.225 0.126 0.081 0.044 0.017 0.011 0.021 0.004 0.001 117 D 0.072 0.272 0.353 0.036 0.088 0.082 0.024 0.003 0.066 0.003 0.001 118 Y 0.370 0.125 0.156 0.225 0.019 0.055 0.018 0.004 0.026 0.001 0.001 119 L 0.247 0.168 0.286 0.172 0.025 0.061 0.011 0.005 0.021 0.002 0.001 120 D 0.132 0.188 0.249 0.070 0.059 0.177 0.035 0.006 0.078 0.004 0.001 121 F 0.479 0.082 0.120 0.231 0.012 0.030 0.023 0.008 0.012 0.001 0.001 122 A 0.299 0.097 0.174 0.290 0.048 0.021 0.020 0.026 0.015 0.010 0.001 123 S 0.049 0.274 0.365 0.005 0.046 0.036 0.032 0.001 0.189 0.003 0.001 124 P 0.197 0.005 0.661 0.019 0.001 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 125 V 0.433 0.154 0.235 0.081 0.023 0.023 0.009 0.009 0.027 0.005 0.002 126 S 0.217 0.025 0.472 0.178 0.005 0.021 0.048 0.006 0.009 0.018 0.002 127 G 0.028 0.003 0.021 0.033 0.022 0.006 0.265 0.586 0.003 0.032 0.001 128 L 0.192 0.167 0.272 0.304 0.020 0.022 0.007 0.002 0.013 0.001 0.001 129 G 0.056 0.066 0.155 0.051 0.156 0.008 0.043 0.181 0.009 0.274 0.001 130 S 0.110 0.203 0.451 0.058 0.116 0.027 0.009 0.008 0.009 0.009 0.001 131 K 0.144 0.381 0.274 0.097 0.042 0.029 0.008 0.002 0.021 0.001 0.001 132 M 0.027 0.690 0.125 0.010 0.126 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 133 G 0.026 0.711 0.083 0.007 0.138 0.014 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 134 L 0.040 0.725 0.110 0.005 0.042 0.036 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 135 D 0.080 0.353 0.283 0.029 0.024 0.145 0.013 0.001 0.069 0.001 0.002 136 A 0.193 0.160 0.359 0.078 0.099 0.058 0.017 0.006 0.021 0.005 0.003 137 T 0.190 0.159 0.113 0.455 0.038 0.019 0.007 0.005 0.013 0.002 0.001 138 N 0.038 0.283 0.314 0.037 0.063 0.058 0.146 0.004 0.053 0.003 0.001 139 K 0.082 0.165 0.528 0.051 0.012 0.100 0.023 0.002 0.032 0.001 0.002 140 W 0.028 0.246 0.536 0.002 0.021 0.026 0.009 0.001 0.127 0.002 0.001 141 P 0.123 0.004 0.772 0.014 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 142 G 0.189 0.032 0.105 0.058 0.069 0.009 0.043 0.398 0.005 0.092 0.001 143 E 0.351 0.148 0.270 0.123 0.046 0.025 0.011 0.004 0.015 0.006 0.001 144 T 0.222 0.207 0.270 0.160 0.063 0.032 0.014 0.007 0.017 0.008 0.001 145 Q 0.264 0.225 0.194 0.154 0.054 0.041 0.027 0.006 0.030 0.003 0.001 146 R 0.237 0.220 0.322 0.064 0.067 0.031 0.019 0.007 0.026 0.007 0.001 147 E 0.351 0.192 0.266 0.081 0.020 0.049 0.008 0.003 0.029 0.002 0.002 148 W 0.199 0.198 0.292 0.200 0.041 0.022 0.018 0.003 0.022 0.005 0.001 149 G 0.112 0.039 0.175 0.053 0.121 0.010 0.077 0.228 0.008 0.176 0.001 150 R 0.047 0.389 0.437 0.002 0.026 0.017 0.005 0.001 0.073 0.001 0.001 151 P 0.089 0.008 0.817 0.005 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 152 I 0.216 0.320 0.253 0.077 0.035 0.062 0.007 0.003 0.024 0.001 0.001 153 K 0.135 0.416 0.233 0.038 0.080 0.042 0.011 0.002 0.037 0.004 0.001 154 K 0.059 0.166 0.577 0.096 0.019 0.066 0.005 0.001 0.009 0.002 0.001 155 D 0.005 0.083 0.699 0.001 0.021 0.075 0.001 0.001 0.113 0.001 0.001 156 P 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 D 0.944 0.001 0.001 0.049 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 158 V 0.921 0.001 0.001 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 V 0.984 0.002 0.006 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 160 A 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 H 0.929 0.002 0.003 0.062 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 I 0.975 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 D 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 I 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 W 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 D 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 E 0.965 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 L 0.486 0.005 0.009 0.496 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 170 A 0.159 0.006 0.026 0.027 0.011 0.013 0.589 0.129 0.014 0.024 0.001 171 I 0.336 0.197 0.266 0.119 0.018 0.043 0.004 0.001 0.014 0.002 0.001 172 F 0.380 0.097 0.301 0.109 0.033 0.038 0.012 0.006 0.012 0.012 0.001 173 N 0.299 0.092 0.120 0.168 0.032 0.081 0.139 0.014 0.048 0.006 0.001 174 N 0.271 0.069 0.105 0.431 0.016 0.028 0.049 0.005 0.024 0.001 0.001 175 G 0.099 0.040 0.163 0.061 0.115 0.011 0.067 0.260 0.009 0.175 0.001 176 K 0.235 0.154 0.328 0.173 0.040 0.026 0.014 0.006 0.015 0.008 0.001 177 S 0.142 0.185 0.301 0.104 0.117 0.031 0.044 0.017 0.027 0.031 0.001