# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135.12 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.154 0.180 0.054 0.015 0.347 0.014 0.065 0.064 0.036 0.034 0.038 2 Y 0.158 0.180 0.094 0.029 0.216 0.027 0.039 0.077 0.053 0.064 0.063 3 T 0.055 0.132 0.074 0.060 0.114 0.054 0.133 0.112 0.100 0.129 0.036 4 G 0.036 0.064 0.178 0.251 0.045 0.059 0.025 0.044 0.052 0.196 0.049 5 R 0.016 0.382 0.433 0.025 0.083 0.005 0.014 0.023 0.009 0.006 0.004 6 P 0.043 0.461 0.242 0.016 0.153 0.010 0.017 0.028 0.009 0.008 0.012 7 P 0.057 0.183 0.087 0.024 0.135 0.027 0.062 0.187 0.145 0.062 0.031 8 D 0.058 0.136 0.173 0.026 0.090 0.016 0.027 0.130 0.114 0.182 0.049 9 E 0.028 0.257 0.157 0.019 0.098 0.009 0.019 0.271 0.107 0.023 0.013 10 P 0.078 0.087 0.021 0.009 0.130 0.022 0.046 0.359 0.143 0.070 0.035 11 A 0.105 0.110 0.026 0.006 0.206 0.008 0.022 0.378 0.086 0.034 0.019 12 V 0.113 0.048 0.018 0.009 0.123 0.018 0.035 0.469 0.058 0.067 0.042 13 L 0.044 0.138 0.037 0.044 0.093 0.024 0.047 0.400 0.079 0.065 0.030 14 G 0.047 0.038 0.037 0.070 0.049 0.028 0.018 0.301 0.122 0.244 0.047 15 V 0.016 0.181 0.097 0.010 0.065 0.012 0.044 0.468 0.091 0.013 0.004 16 A 0.119 0.073 0.020 0.004 0.105 0.006 0.052 0.478 0.061 0.028 0.053 17 L 0.021 0.058 0.027 0.035 0.045 0.052 0.082 0.341 0.209 0.117 0.012 18 N 0.051 0.116 0.057 0.014 0.073 0.008 0.011 0.442 0.139 0.066 0.023 19 E 0.007 0.021 0.011 0.002 0.016 0.012 0.042 0.664 0.202 0.015 0.007 20 V 0.009 0.019 0.007 0.002 0.024 0.001 0.039 0.730 0.147 0.019 0.006 21 F 0.007 0.017 0.004 0.002 0.010 0.002 0.004 0.392 0.370 0.187 0.004 22 V 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.881 0.105 0.001 0.001 23 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.949 0.031 0.001 0.001 24 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.922 0.042 0.012 0.001 25 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.819 0.143 0.026 0.002 26 Q 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.040 0.691 0.244 0.008 0.001 27 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.122 0.741 0.096 0.028 0.002 28 Q 0.008 0.009 0.013 0.007 0.010 0.027 0.209 0.265 0.254 0.186 0.011 29 F 0.167 0.183 0.032 0.007 0.154 0.003 0.017 0.159 0.130 0.057 0.089 30 P 0.017 0.106 0.036 0.012 0.061 0.026 0.042 0.276 0.362 0.054 0.008 31 E 0.036 0.132 0.023 0.003 0.117 0.004 0.025 0.157 0.241 0.249 0.014 32 I 0.645 0.009 0.002 0.001 0.114 0.002 0.003 0.007 0.012 0.024 0.182 33 V 0.004 0.027 0.009 0.105 0.030 0.315 0.291 0.131 0.067 0.016 0.003 34 D 0.402 0.047 0.006 0.001 0.440 0.001 0.002 0.008 0.009 0.038 0.047 35 F 0.281 0.070 0.004 0.002 0.582 0.002 0.002 0.007 0.004 0.008 0.038 36 Y 0.287 0.068 0.024 0.005 0.454 0.002 0.006 0.007 0.007 0.034 0.105 37 L 0.036 0.443 0.332 0.022 0.139 0.002 0.004 0.004 0.002 0.006 0.010 38 P 0.004 0.489 0.433 0.028 0.034 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 39 P 0.033 0.065 0.030 0.015 0.051 0.048 0.103 0.332 0.287 0.021 0.017 40 E 0.012 0.026 0.031 0.027 0.021 0.049 0.133 0.302 0.285 0.092 0.022 41 G 0.024 0.025 0.014 0.019 0.022 0.016 0.028 0.088 0.158 0.571 0.035 42 C 0.092 0.067 0.029 0.018 0.114 0.018 0.053 0.159 0.194 0.204 0.053 43 S 0.077 0.083 0.055 0.028 0.098 0.034 0.054 0.120 0.188 0.211 0.053 44 Y 0.060 0.266 0.082 0.030 0.239 0.028 0.040 0.115 0.065 0.053 0.022 45 R 0.339 0.049 0.010 0.010 0.275 0.014 0.045 0.073 0.032 0.064 0.090 46 L 0.240 0.096 0.012 0.013 0.575 0.009 0.010 0.013 0.005 0.007 0.021 47 A 0.162 0.088 0.004 0.001 0.728 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.007 48 V 0.446 0.020 0.001 0.001 0.478 0.002 0.002 0.005 0.001 0.003 0.042 49 V 0.175 0.128 0.012 0.006 0.607 0.009 0.009 0.017 0.002 0.006 0.029 50 T 0.385 0.067 0.006 0.001 0.441 0.001 0.002 0.007 0.002 0.013 0.075 51 I 0.255 0.154 0.031 0.009 0.359 0.008 0.008 0.048 0.022 0.040 0.066 52 K 0.132 0.189 0.042 0.018 0.273 0.024 0.036 0.101 0.066 0.063 0.057 53 K 0.123 0.198 0.069 0.013 0.235 0.014 0.038 0.134 0.080 0.048 0.047 54 Q 0.068 0.078 0.052 0.044 0.086 0.060 0.162 0.225 0.096 0.086 0.044 55 Y 0.058 0.288 0.248 0.054 0.116 0.014 0.012 0.107 0.030 0.041 0.032 56 A 0.008 0.050 0.024 0.028 0.022 0.073 0.074 0.594 0.108 0.014 0.005 57 G 0.005 0.018 0.025 0.040 0.008 0.031 0.029 0.658 0.077 0.097 0.012 58 H 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.895 0.059 0.025 0.002 59 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.056 0.002 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.034 0.001 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.021 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.024 0.001 0.001 63 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.048 0.001 0.001 64 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.043 0.001 0.001 65 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.938 0.049 0.002 0.001 66 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.878 0.085 0.011 0.001 67 W 0.002 0.009 0.002 0.001 0.005 0.004 0.027 0.758 0.171 0.020 0.002 68 S 0.006 0.014 0.007 0.003 0.008 0.008 0.077 0.665 0.153 0.050 0.008 69 F 0.013 0.020 0.010 0.007 0.017 0.010 0.053 0.538 0.167 0.152 0.014 70 L 0.024 0.065 0.019 0.010 0.051 0.009 0.029 0.502 0.243 0.036 0.013 71 R 0.017 0.027 0.015 0.013 0.021 0.026 0.076 0.476 0.254 0.060 0.015 72 Q 0.024 0.029 0.010 0.010 0.039 0.018 0.127 0.409 0.199 0.121 0.015 73 F 0.099 0.106 0.031 0.015 0.125 0.016 0.041 0.180 0.190 0.140 0.056 74 M 0.098 0.121 0.052 0.020 0.177 0.030 0.082 0.144 0.138 0.098 0.041 75 Y 0.174 0.078 0.027 0.008 0.174 0.014 0.036 0.061 0.093 0.247 0.090 76 T 0.210 0.186 0.068 0.013 0.420 0.007 0.007 0.005 0.007 0.031 0.047 77 K 0.201 0.072 0.010 0.052 0.284 0.092 0.169 0.039 0.016 0.021 0.043 78 F 0.248 0.045 0.003 0.001 0.694 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 79 V 0.140 0.033 0.001 0.001 0.821 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 80 I 0.225 0.028 0.001 0.001 0.716 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 81 V 0.393 0.031 0.004 0.001 0.437 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.125 82 C 0.129 0.259 0.058 0.023 0.279 0.010 0.015 0.010 0.013 0.111 0.093 83 D 0.047 0.277 0.356 0.054 0.191 0.009 0.009 0.017 0.019 0.009 0.012 84 D 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.024 0.122 0.384 0.423 0.034 0.003 85 D 0.033 0.214 0.077 0.007 0.155 0.006 0.072 0.105 0.104 0.203 0.024 86 V 0.091 0.333 0.076 0.011 0.229 0.011 0.019 0.022 0.038 0.091 0.079 87 N 0.311 0.062 0.035 0.002 0.343 0.002 0.005 0.010 0.010 0.028 0.194 88 A 0.047 0.038 0.006 0.002 0.050 0.006 0.013 0.208 0.457 0.139 0.034 89 R 0.011 0.023 0.021 0.030 0.023 0.080 0.130 0.133 0.154 0.372 0.022 90 D 0.220 0.234 0.063 0.001 0.360 0.001 0.001 0.020 0.009 0.045 0.048 91 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.629 0.363 0.004 0.001 92 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.853 0.134 0.004 0.001 93 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.868 0.087 0.040 0.001 94 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.039 0.002 0.001 95 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.050 0.001 0.001 96 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.025 0.001 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.035 0.001 0.001 98 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.900 0.084 0.005 0.001 99 T 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.038 0.771 0.140 0.036 0.001 100 T 0.007 0.222 0.057 0.012 0.049 0.027 0.124 0.299 0.108 0.089 0.006 101 R 0.107 0.022 0.007 0.003 0.048 0.005 0.040 0.120 0.069 0.392 0.189 102 M 0.071 0.219 0.089 0.027 0.178 0.046 0.112 0.046 0.058 0.101 0.055 103 D 0.272 0.101 0.026 0.001 0.538 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.048 104 P 0.009 0.031 0.009 0.002 0.018 0.002 0.008 0.256 0.622 0.039 0.004 105 A 0.009 0.016 0.007 0.003 0.015 0.017 0.139 0.348 0.333 0.107 0.007 106 R 0.042 0.125 0.024 0.009 0.108 0.013 0.040 0.180 0.173 0.254 0.031 107 D 0.238 0.060 0.012 0.003 0.300 0.005 0.018 0.064 0.056 0.129 0.114 108 T 0.222 0.142 0.025 0.004 0.422 0.006 0.009 0.041 0.045 0.034 0.051 109 V 0.168 0.187 0.024 0.001 0.570 0.001 0.004 0.013 0.006 0.007 0.016 110 L 0.359 0.095 0.016 0.004 0.370 0.004 0.009 0.021 0.010 0.025 0.086 111 V 0.093 0.296 0.215 0.042 0.282 0.009 0.005 0.016 0.009 0.012 0.021 112 E 0.011 0.032 0.015 0.063 0.024 0.188 0.394 0.199 0.056 0.012 0.005 113 N 0.065 0.037 0.049 0.037 0.055 0.013 0.029 0.033 0.074 0.461 0.147 114 T 0.050 0.376 0.216 0.034 0.215 0.011 0.018 0.023 0.020 0.021 0.017 115 P 0.120 0.268 0.067 0.012 0.256 0.015 0.042 0.078 0.061 0.039 0.043 116 I 0.107 0.102 0.044 0.024 0.146 0.035 0.066 0.061 0.143 0.176 0.097 117 D 0.147 0.150 0.090 0.025 0.282 0.016 0.033 0.060 0.063 0.072 0.062 118 Y 0.056 0.126 0.051 0.010 0.104 0.008 0.027 0.249 0.201 0.140 0.028 119 L 0.063 0.138 0.072 0.021 0.111 0.034 0.091 0.134 0.141 0.152 0.043 120 D 0.250 0.107 0.046 0.009 0.353 0.007 0.018 0.049 0.034 0.037 0.090 121 F 0.028 0.047 0.021 0.007 0.052 0.010 0.030 0.338 0.328 0.120 0.021 122 A 0.057 0.073 0.042 0.013 0.083 0.022 0.080 0.146 0.150 0.287 0.045 123 S 0.083 0.303 0.139 0.015 0.304 0.006 0.014 0.054 0.027 0.030 0.025 124 P 0.048 0.182 0.157 0.026 0.098 0.019 0.041 0.211 0.129 0.052 0.036 125 V 0.078 0.130 0.089 0.031 0.129 0.029 0.041 0.150 0.132 0.131 0.060 126 S 0.026 0.133 0.077 0.103 0.064 0.146 0.237 0.125 0.052 0.027 0.011 127 G 0.031 0.021 0.054 0.136 0.016 0.042 0.022 0.035 0.047 0.453 0.144 128 L 0.082 0.079 0.038 0.061 0.091 0.099 0.254 0.073 0.070 0.097 0.055 129 G 0.073 0.090 0.100 0.138 0.073 0.049 0.017 0.036 0.062 0.238 0.124 130 S 0.076 0.260 0.078 0.034 0.232 0.033 0.035 0.082 0.072 0.073 0.025 131 K 0.254 0.091 0.026 0.016 0.247 0.014 0.028 0.071 0.050 0.117 0.086 132 M 0.267 0.112 0.030 0.021 0.430 0.011 0.010 0.024 0.013 0.024 0.058 133 G 0.145 0.209 0.041 0.010 0.535 0.006 0.006 0.018 0.005 0.011 0.014 134 L 0.380 0.068 0.010 0.004 0.425 0.005 0.005 0.012 0.003 0.010 0.078 135 D 0.336 0.058 0.013 0.005 0.399 0.007 0.013 0.014 0.006 0.031 0.116 136 A 0.241 0.111 0.032 0.006 0.295 0.004 0.010 0.038 0.044 0.119 0.099 137 T 0.074 0.209 0.092 0.037 0.183 0.033 0.066 0.083 0.093 0.101 0.030 138 N 0.073 0.172 0.168 0.086 0.145 0.042 0.050 0.077 0.067 0.077 0.043 139 K 0.070 0.169 0.137 0.054 0.121 0.035 0.075 0.098 0.084 0.114 0.043 140 W 0.063 0.277 0.265 0.056 0.142 0.027 0.036 0.053 0.025 0.025 0.030 141 P 0.032 0.192 0.150 0.078 0.069 0.072 0.118 0.146 0.078 0.047 0.019 142 G 0.032 0.062 0.069 0.110 0.045 0.065 0.041 0.159 0.143 0.225 0.050 143 E 0.123 0.106 0.034 0.015 0.175 0.028 0.055 0.170 0.116 0.117 0.060 144 T 0.076 0.137 0.059 0.023 0.152 0.018 0.036 0.195 0.113 0.139 0.053 145 Q 0.127 0.100 0.036 0.020 0.177 0.022 0.037 0.159 0.113 0.141 0.067 146 R 0.105 0.180 0.083 0.019 0.192 0.015 0.045 0.184 0.085 0.057 0.035 147 E 0.114 0.109 0.084 0.026 0.124 0.040 0.097 0.203 0.076 0.078 0.050 148 W 0.037 0.292 0.214 0.087 0.114 0.030 0.055 0.077 0.034 0.043 0.017 149 G 0.053 0.080 0.138 0.155 0.048 0.060 0.024 0.047 0.058 0.256 0.083 150 R 0.015 0.450 0.358 0.012 0.114 0.003 0.006 0.024 0.012 0.005 0.003 151 P 0.117 0.310 0.093 0.004 0.297 0.005 0.019 0.074 0.035 0.020 0.026 152 I 0.161 0.130 0.043 0.014 0.269 0.026 0.048 0.082 0.081 0.072 0.075 153 K 0.105 0.279 0.087 0.006 0.285 0.006 0.023 0.084 0.039 0.057 0.031 154 K 0.074 0.222 0.146 0.044 0.157 0.054 0.054 0.030 0.022 0.128 0.069 155 D 0.188 0.172 0.046 0.001 0.560 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.024 156 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.605 0.372 0.010 0.001 157 D 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.842 0.082 0.050 0.003 158 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.879 0.077 0.037 0.001 159 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.951 0.041 0.003 0.001 160 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.969 0.024 0.001 0.001 161 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.016 0.003 0.001 162 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.926 0.055 0.016 0.001 163 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.941 0.052 0.001 0.001 164 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.963 0.024 0.004 0.001 165 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.939 0.042 0.008 0.001 166 W 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.897 0.082 0.009 0.001 167 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.850 0.118 0.005 0.001 168 E 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.005 0.079 0.816 0.070 0.022 0.001 169 L 0.034 0.410 0.111 0.009 0.152 0.004 0.011 0.134 0.049 0.066 0.018 170 A 0.085 0.036 0.023 0.015 0.042 0.016 0.023 0.325 0.120 0.190 0.124 171 I 0.060 0.106 0.042 0.014 0.114 0.014 0.037 0.386 0.121 0.079 0.028 172 F 0.042 0.097 0.080 0.048 0.081 0.056 0.100 0.304 0.110 0.052 0.029 173 N 0.085 0.092 0.059 0.033 0.098 0.036 0.103 0.213 0.105 0.119 0.055 174 N 0.053 0.155 0.080 0.069 0.113 0.057 0.093 0.084 0.080 0.167 0.050 175 G 0.047 0.082 0.090 0.098 0.059 0.031 0.027 0.069 0.086 0.325 0.086 176 K 0.049 0.155 0.091 0.044 0.103 0.046 0.102 0.149 0.117 0.110 0.034 177 S 0.079 0.270 0.144 0.027 0.196 0.014 0.029 0.088 0.053 0.059 0.042