# TARGET T0356 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 209 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.354 0.030 0.056 0.008 0.152 0.069 0.332 2 W 0.476 0.018 0.032 0.006 0.098 0.046 0.324 3 G 0.672 0.007 0.016 0.003 0.058 0.026 0.219 4 L 0.923 0.004 0.002 0.001 0.014 0.003 0.054 5 T 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 6 V 0.973 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 7 T 0.945 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.047 8 R 0.853 0.006 0.001 0.001 0.032 0.003 0.105 9 G 0.402 0.020 0.002 0.001 0.036 0.007 0.532 10 P 0.009 0.001 0.027 0.002 0.055 0.879 0.026 11 H 0.004 0.001 0.023 0.002 0.080 0.872 0.018 12 K 0.048 0.004 0.030 0.005 0.387 0.325 0.202 13 E 0.170 0.005 0.004 0.002 0.247 0.168 0.403 14 R 0.652 0.028 0.002 0.001 0.055 0.008 0.253 15 Q 0.796 0.024 0.003 0.001 0.036 0.003 0.137 16 N 0.839 0.010 0.005 0.001 0.032 0.004 0.109 17 L 0.745 0.008 0.010 0.005 0.035 0.005 0.191 18 G 0.795 0.007 0.012 0.009 0.033 0.012 0.132 19 I 0.859 0.006 0.014 0.014 0.017 0.022 0.069 20 Y 0.854 0.004 0.014 0.026 0.024 0.031 0.048 21 R 0.752 0.005 0.029 0.055 0.033 0.032 0.094 22 Q 0.869 0.003 0.012 0.025 0.019 0.012 0.060 23 Q 0.917 0.006 0.009 0.026 0.009 0.007 0.027 24 L 0.928 0.009 0.004 0.023 0.006 0.008 0.021 25 I 0.741 0.010 0.006 0.032 0.037 0.061 0.113 26 G 0.254 0.005 0.016 0.007 0.206 0.163 0.350 27 K 0.005 0.001 0.021 0.001 0.077 0.886 0.010 28 N 0.006 0.001 0.015 0.001 0.066 0.904 0.008 29 K 0.624 0.008 0.007 0.001 0.057 0.030 0.274 30 L 0.941 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.048 31 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 32 M 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 33 R 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.023 34 W 0.929 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.058 35 L 0.727 0.019 0.001 0.001 0.025 0.005 0.222 36 S 0.351 0.022 0.010 0.006 0.143 0.076 0.393 37 H 0.086 0.011 0.020 0.016 0.313 0.211 0.343 38 R 0.020 0.007 0.050 0.111 0.374 0.291 0.146 39 G 0.024 0.011 0.049 0.267 0.241 0.196 0.212 40 G 0.017 0.006 0.063 0.713 0.058 0.069 0.075 41 A 0.021 0.004 0.040 0.828 0.024 0.036 0.046 42 L 0.027 0.003 0.034 0.846 0.018 0.040 0.032 43 D 0.027 0.003 0.022 0.841 0.021 0.050 0.037 44 Y 0.017 0.004 0.011 0.869 0.019 0.040 0.040 45 Q 0.008 0.001 0.008 0.898 0.018 0.038 0.028 46 E 0.006 0.001 0.008 0.918 0.013 0.029 0.026 47 W 0.010 0.001 0.010 0.907 0.019 0.018 0.034 48 C 0.013 0.001 0.008 0.923 0.012 0.017 0.026 49 A 0.013 0.001 0.012 0.920 0.009 0.027 0.017 50 A 0.007 0.002 0.013 0.899 0.012 0.048 0.019 51 H 0.006 0.003 0.018 0.813 0.020 0.110 0.030 52 P 0.001 0.001 0.007 0.180 0.023 0.780 0.009 53 G 0.001 0.001 0.002 0.005 0.026 0.946 0.020 54 E 0.032 0.028 0.001 0.008 0.237 0.021 0.673 55 R 0.120 0.113 0.001 0.001 0.039 0.012 0.713 56 F 0.335 0.002 0.001 0.001 0.097 0.003 0.562 57 P 0.525 0.001 0.001 0.001 0.335 0.001 0.137 58 V 0.983 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 59 S 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 60 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 61 A 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 62 L 0.807 0.001 0.002 0.001 0.031 0.011 0.146 63 G 0.266 0.010 0.010 0.003 0.211 0.063 0.437 64 A 0.054 0.043 0.006 0.004 0.505 0.018 0.371 65 D 0.039 0.008 0.004 0.016 0.224 0.016 0.695 66 P 0.001 0.001 0.050 0.880 0.015 0.025 0.027 67 A 0.002 0.001 0.017 0.955 0.005 0.014 0.006 68 T 0.006 0.001 0.019 0.960 0.004 0.008 0.004 69 I 0.015 0.001 0.013 0.955 0.003 0.008 0.006 70 L 0.038 0.001 0.039 0.869 0.009 0.028 0.017 71 G 0.039 0.001 0.102 0.765 0.014 0.061 0.019 72 A 0.057 0.002 0.098 0.652 0.024 0.140 0.027 73 V 0.104 0.010 0.073 0.500 0.056 0.181 0.076 74 T 0.108 0.006 0.016 0.093 0.312 0.073 0.393 75 P 0.115 0.017 0.006 0.026 0.192 0.066 0.576 76 V 0.150 0.087 0.006 0.017 0.076 0.021 0.643 77 P 0.049 0.016 0.011 0.004 0.078 0.035 0.807 78 D 0.005 0.001 0.022 0.005 0.194 0.703 0.068 79 T 0.006 0.003 0.024 0.005 0.177 0.709 0.076 80 L 0.048 0.031 0.034 0.040 0.277 0.084 0.485 81 S 0.162 0.077 0.012 0.053 0.078 0.036 0.582 82 E 0.026 0.004 0.081 0.791 0.026 0.037 0.034 83 Y 0.027 0.002 0.030 0.872 0.015 0.023 0.031 84 A 0.019 0.001 0.027 0.911 0.010 0.016 0.016 85 F 0.052 0.002 0.012 0.896 0.008 0.016 0.015 86 A 0.032 0.001 0.012 0.917 0.005 0.016 0.017 87 G 0.037 0.002 0.030 0.878 0.010 0.030 0.014 88 L 0.045 0.004 0.032 0.822 0.019 0.053 0.025 89 L 0.037 0.008 0.047 0.716 0.031 0.130 0.031 90 R 0.009 0.003 0.015 0.196 0.043 0.713 0.021 91 G 0.003 0.001 0.004 0.010 0.110 0.778 0.093 92 T 0.058 0.011 0.002 0.005 0.366 0.026 0.531 93 K 0.300 0.033 0.001 0.001 0.066 0.010 0.588 94 T 0.599 0.008 0.001 0.001 0.035 0.004 0.351 95 E 0.857 0.006 0.001 0.001 0.029 0.003 0.102 96 V 0.894 0.010 0.002 0.001 0.008 0.003 0.082 97 V 0.876 0.004 0.002 0.003 0.019 0.004 0.091 98 K 0.769 0.025 0.002 0.005 0.032 0.004 0.162 99 C 0.390 0.010 0.009 0.009 0.074 0.024 0.484 100 I 0.238 0.019 0.022 0.011 0.237 0.155 0.317 101 S 0.148 0.043 0.034 0.017 0.286 0.175 0.298 102 N 0.080 0.015 0.023 0.013 0.343 0.212 0.313 103 D 0.134 0.017 0.018 0.008 0.266 0.199 0.360 104 L 0.330 0.028 0.011 0.005 0.213 0.049 0.364 105 E 0.471 0.036 0.006 0.002 0.099 0.028 0.358 106 V 0.464 0.088 0.003 0.002 0.049 0.007 0.388 107 P 0.264 0.012 0.004 0.001 0.051 0.018 0.649 108 A 0.175 0.016 0.012 0.002 0.258 0.147 0.390 109 S 0.209 0.007 0.011 0.001 0.447 0.112 0.212 110 A 0.733 0.011 0.002 0.001 0.049 0.005 0.198 111 E 0.958 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.031 112 I 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 113 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 114 L 0.969 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 115 E 0.884 0.002 0.002 0.001 0.013 0.002 0.097 116 G 0.703 0.002 0.004 0.001 0.051 0.004 0.235 117 Y 0.734 0.013 0.004 0.001 0.063 0.007 0.178 118 I 0.579 0.092 0.002 0.001 0.048 0.003 0.274 119 E 0.109 0.008 0.004 0.001 0.026 0.008 0.843 120 Q 0.004 0.001 0.045 0.005 0.056 0.869 0.021 121 G 0.004 0.001 0.046 0.003 0.065 0.866 0.015 122 E 0.106 0.019 0.072 0.013 0.242 0.113 0.436 123 T 0.280 0.108 0.013 0.009 0.072 0.034 0.482 124 A 0.368 0.041 0.021 0.009 0.102 0.036 0.424 125 P 0.406 0.036 0.036 0.011 0.121 0.073 0.317 126 E 0.318 0.039 0.027 0.010 0.184 0.058 0.364 127 G 0.128 0.019 0.026 0.010 0.166 0.044 0.607 128 P 0.099 0.023 0.042 0.015 0.188 0.220 0.414 129 Y 0.113 0.030 0.048 0.014 0.233 0.288 0.274 130 G 0.153 0.028 0.046 0.020 0.253 0.108 0.391 131 D 0.208 0.069 0.056 0.029 0.162 0.128 0.349 132 H 0.306 0.075 0.057 0.028 0.136 0.162 0.235 133 T 0.330 0.061 0.038 0.023 0.115 0.194 0.239 134 G 0.273 0.027 0.030 0.020 0.184 0.202 0.264 135 Y 0.288 0.061 0.027 0.015 0.150 0.154 0.305 136 Y 0.207 0.077 0.033 0.017 0.152 0.151 0.363 137 N 0.091 0.021 0.030 0.014 0.266 0.145 0.432 138 E 0.048 0.023 0.118 0.032 0.261 0.306 0.213 139 V 0.046 0.019 0.151 0.036 0.215 0.295 0.237 140 D 0.073 0.032 0.102 0.038 0.208 0.259 0.287 141 S 0.091 0.026 0.036 0.028 0.304 0.209 0.306 142 F 0.182 0.008 0.003 0.006 0.263 0.018 0.520 143 P 0.263 0.012 0.004 0.003 0.130 0.011 0.578 144 V 0.890 0.006 0.001 0.001 0.021 0.004 0.077 145 F 0.972 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 146 T 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 147 V 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 148 T 0.963 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.020 149 H 0.968 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 150 I 0.947 0.002 0.004 0.003 0.007 0.005 0.032 151 T 0.931 0.004 0.003 0.005 0.013 0.006 0.037 152 Q 0.757 0.007 0.013 0.011 0.039 0.022 0.151 153 R 0.469 0.008 0.021 0.020 0.137 0.103 0.242 154 E 0.318 0.019 0.032 0.020 0.264 0.121 0.224 155 D 0.168 0.011 0.014 0.010 0.334 0.063 0.401 156 A 0.272 0.009 0.011 0.007 0.157 0.076 0.468 157 I 0.534 0.021 0.012 0.018 0.086 0.029 0.300 158 Y 0.604 0.011 0.016 0.025 0.061 0.019 0.263 159 H 0.703 0.011 0.020 0.029 0.035 0.018 0.184 160 S 0.742 0.012 0.014 0.021 0.036 0.011 0.163 161 T 0.655 0.030 0.019 0.024 0.035 0.015 0.224 162 Y 0.479 0.043 0.013 0.026 0.078 0.031 0.330 163 T 0.167 0.010 0.010 0.011 0.275 0.079 0.448 164 G 0.044 0.011 0.006 0.005 0.419 0.081 0.433 165 R 0.018 0.032 0.008 0.007 0.329 0.049 0.556 166 P 0.006 0.014 0.017 0.016 0.244 0.050 0.653 167 P 0.003 0.004 0.080 0.105 0.266 0.275 0.267 168 D 0.004 0.010 0.099 0.224 0.171 0.296 0.197 169 E 0.002 0.007 0.075 0.533 0.102 0.061 0.220 170 P 0.002 0.003 0.037 0.809 0.026 0.042 0.080 171 A 0.004 0.002 0.028 0.852 0.028 0.045 0.040 172 V 0.003 0.003 0.019 0.905 0.010 0.037 0.023 173 L 0.003 0.002 0.008 0.933 0.006 0.033 0.015 174 G 0.005 0.001 0.009 0.931 0.012 0.028 0.014 175 V 0.009 0.001 0.011 0.939 0.012 0.011 0.016 176 A 0.005 0.001 0.013 0.948 0.007 0.014 0.012 177 L 0.007 0.002 0.015 0.925 0.007 0.036 0.008 178 N 0.011 0.001 0.030 0.821 0.020 0.092 0.025 179 E 0.012 0.001 0.033 0.667 0.028 0.218 0.040 180 V 0.016 0.010 0.035 0.445 0.006 0.254 0.235 181 F 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.002 0.981