# TARGET T0356 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 209 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.177 0.134 0.082 0.024 0.226 0.014 0.022 0.051 0.066 0.123 0.081 2 W 0.103 0.249 0.125 0.044 0.261 0.019 0.021 0.049 0.034 0.055 0.041 3 G 0.153 0.230 0.044 0.010 0.452 0.007 0.010 0.022 0.013 0.027 0.032 4 L 0.180 0.131 0.012 0.001 0.647 0.001 0.003 0.007 0.003 0.003 0.011 5 T 0.230 0.096 0.016 0.002 0.620 0.005 0.003 0.006 0.002 0.002 0.018 6 V 0.363 0.068 0.011 0.004 0.403 0.004 0.003 0.006 0.003 0.013 0.122 7 T 0.106 0.260 0.068 0.010 0.367 0.008 0.024 0.056 0.020 0.047 0.033 8 R 0.076 0.348 0.113 0.015 0.275 0.014 0.020 0.028 0.015 0.061 0.035 9 G 0.155 0.157 0.053 0.006 0.591 0.002 0.002 0.011 0.005 0.003 0.016 10 P 0.012 0.029 0.024 0.020 0.016 0.021 0.061 0.470 0.316 0.027 0.005 11 H 0.004 0.014 0.031 0.041 0.005 0.073 0.359 0.295 0.108 0.064 0.005 12 K 0.017 0.576 0.172 0.042 0.083 0.017 0.013 0.024 0.016 0.027 0.014 13 E 0.030 0.024 0.028 0.072 0.032 0.048 0.036 0.040 0.047 0.345 0.299 14 R 0.181 0.216 0.075 0.010 0.285 0.013 0.022 0.056 0.044 0.063 0.034 15 Q 0.157 0.167 0.082 0.040 0.250 0.028 0.056 0.063 0.038 0.041 0.079 16 N 0.212 0.085 0.051 0.051 0.191 0.051 0.069 0.094 0.061 0.083 0.051 17 L 0.124 0.182 0.076 0.039 0.181 0.014 0.033 0.096 0.077 0.122 0.057 18 G 0.061 0.165 0.115 0.083 0.153 0.046 0.047 0.154 0.060 0.079 0.036 19 I 0.239 0.097 0.019 0.006 0.335 0.011 0.026 0.135 0.051 0.036 0.045 20 Y 0.274 0.107 0.025 0.012 0.343 0.015 0.019 0.095 0.031 0.023 0.056 21 R 0.230 0.080 0.022 0.017 0.338 0.023 0.026 0.125 0.059 0.031 0.050 22 Q 0.272 0.121 0.015 0.005 0.388 0.009 0.017 0.063 0.036 0.027 0.047 23 Q 0.261 0.144 0.016 0.008 0.380 0.016 0.025 0.054 0.018 0.029 0.049 24 L 0.264 0.119 0.021 0.009 0.301 0.015 0.027 0.070 0.023 0.056 0.094 25 I 0.107 0.069 0.055 0.163 0.089 0.118 0.084 0.097 0.059 0.089 0.069 26 G 0.028 0.118 0.321 0.340 0.056 0.045 0.011 0.032 0.019 0.019 0.012 27 K 0.004 0.012 0.006 0.035 0.005 0.096 0.235 0.306 0.267 0.029 0.004 28 N 0.037 0.063 0.036 0.041 0.065 0.030 0.071 0.116 0.154 0.326 0.061 29 K 0.220 0.145 0.013 0.003 0.503 0.003 0.005 0.012 0.016 0.034 0.045 30 L 0.297 0.080 0.011 0.003 0.563 0.002 0.002 0.002 0.001 0.006 0.033 31 I 0.328 0.074 0.013 0.009 0.494 0.005 0.004 0.003 0.001 0.008 0.062 32 M 0.260 0.122 0.014 0.006 0.554 0.004 0.003 0.003 0.002 0.004 0.028 33 R 0.267 0.120 0.016 0.002 0.556 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.029 34 W 0.337 0.085 0.012 0.005 0.430 0.007 0.007 0.009 0.005 0.017 0.086 35 L 0.114 0.290 0.136 0.022 0.360 0.008 0.009 0.014 0.006 0.012 0.028 36 S 0.132 0.188 0.109 0.041 0.185 0.037 0.051 0.113 0.053 0.050 0.041 37 H 0.054 0.169 0.197 0.110 0.092 0.062 0.054 0.103 0.054 0.073 0.034 38 R 0.016 0.065 0.056 0.087 0.030 0.155 0.181 0.243 0.093 0.058 0.016 39 G 0.056 0.081 0.086 0.058 0.066 0.023 0.022 0.157 0.082 0.253 0.115 40 G 0.040 0.096 0.066 0.031 0.069 0.015 0.010 0.384 0.150 0.102 0.037 41 A 0.027 0.030 0.013 0.005 0.045 0.005 0.013 0.697 0.127 0.025 0.013 42 L 0.011 0.016 0.005 0.003 0.019 0.003 0.011 0.823 0.095 0.010 0.005 43 D 0.007 0.009 0.004 0.003 0.009 0.004 0.010 0.863 0.072 0.014 0.004 44 Y 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.915 0.059 0.007 0.002 45 Q 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.929 0.048 0.006 0.001 46 E 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.931 0.044 0.007 0.001 47 W 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.899 0.077 0.009 0.001 48 C 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.896 0.083 0.006 0.001 49 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.917 0.056 0.011 0.001 50 A 0.004 0.004 0.002 0.001 0.004 0.003 0.046 0.772 0.141 0.019 0.004 51 H 0.006 0.040 0.046 0.028 0.012 0.016 0.068 0.684 0.065 0.031 0.004 52 P 0.001 0.737 0.156 0.010 0.020 0.012 0.034 0.021 0.004 0.003 0.001 53 G 0.032 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.608 0.347 54 E 0.020 0.597 0.179 0.005 0.173 0.003 0.004 0.006 0.004 0.006 0.003 55 R 0.247 0.163 0.038 0.010 0.394 0.005 0.011 0.013 0.012 0.030 0.076 56 F 0.054 0.497 0.183 0.025 0.210 0.007 0.005 0.003 0.002 0.003 0.011 57 P 0.152 0.158 0.011 0.001 0.645 0.004 0.006 0.007 0.001 0.002 0.012 58 V 0.313 0.028 0.002 0.001 0.627 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.023 59 S 0.277 0.029 0.001 0.001 0.669 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.009 60 V 0.197 0.066 0.005 0.001 0.701 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.025 61 A 0.511 0.036 0.008 0.002 0.289 0.003 0.003 0.006 0.003 0.007 0.132 62 L 0.039 0.103 0.054 0.156 0.075 0.146 0.146 0.048 0.048 0.136 0.050 63 G 0.064 0.129 0.219 0.204 0.080 0.041 0.022 0.017 0.026 0.118 0.080 64 A 0.035 0.218 0.289 0.089 0.095 0.082 0.029 0.047 0.049 0.043 0.023 65 D 0.092 0.319 0.153 0.008 0.300 0.004 0.010 0.051 0.027 0.017 0.018 66 P 0.010 0.040 0.015 0.002 0.020 0.001 0.010 0.457 0.386 0.055 0.005 67 A 0.010 0.012 0.003 0.002 0.015 0.003 0.022 0.686 0.191 0.047 0.009 68 T 0.007 0.039 0.005 0.003 0.035 0.008 0.083 0.722 0.078 0.018 0.002 69 I 0.128 0.007 0.001 0.001 0.132 0.006 0.075 0.563 0.057 0.013 0.016 70 L 0.083 0.019 0.007 0.032 0.122 0.039 0.063 0.467 0.122 0.024 0.023 71 G 0.058 0.076 0.023 0.008 0.139 0.019 0.074 0.404 0.114 0.058 0.028 72 A 0.050 0.081 0.019 0.005 0.140 0.009 0.080 0.392 0.120 0.077 0.025 73 V 0.066 0.048 0.019 0.017 0.070 0.015 0.062 0.141 0.131 0.371 0.062 74 T 0.015 0.347 0.394 0.060 0.099 0.013 0.021 0.022 0.015 0.010 0.003 75 P 0.078 0.397 0.221 0.014 0.143 0.003 0.008 0.026 0.035 0.044 0.030 76 V 0.032 0.390 0.303 0.025 0.099 0.009 0.026 0.054 0.030 0.016 0.015 77 P 0.026 0.407 0.293 0.040 0.105 0.016 0.012 0.041 0.021 0.027 0.012 78 D 0.004 0.015 0.011 0.020 0.009 0.125 0.377 0.309 0.114 0.015 0.002 79 T 0.048 0.024 0.031 0.010 0.033 0.008 0.007 0.038 0.048 0.629 0.125 80 L 0.157 0.199 0.032 0.006 0.269 0.006 0.007 0.073 0.073 0.101 0.080 81 S 0.063 0.103 0.109 0.035 0.101 0.031 0.048 0.337 0.093 0.054 0.026 82 E 0.019 0.033 0.009 0.003 0.034 0.001 0.006 0.593 0.241 0.051 0.010 83 Y 0.024 0.040 0.004 0.002 0.051 0.004 0.011 0.715 0.124 0.019 0.007 84 A 0.019 0.027 0.008 0.005 0.046 0.006 0.039 0.754 0.073 0.016 0.007 85 F 0.055 0.010 0.006 0.005 0.049 0.008 0.025 0.676 0.092 0.047 0.025 86 A 0.038 0.028 0.014 0.023 0.053 0.014 0.017 0.584 0.175 0.035 0.019 87 G 0.013 0.056 0.045 0.014 0.051 0.009 0.024 0.579 0.163 0.039 0.006 88 L 0.019 0.021 0.011 0.004 0.026 0.007 0.089 0.650 0.131 0.034 0.009 89 L 0.020 0.035 0.032 0.050 0.024 0.099 0.273 0.327 0.059 0.073 0.009 90 R 0.009 0.368 0.127 0.104 0.060 0.064 0.144 0.080 0.022 0.018 0.004 91 G 0.058 0.010 0.017 0.039 0.016 0.007 0.004 0.012 0.026 0.596 0.214 92 T 0.010 0.445 0.371 0.040 0.081 0.008 0.012 0.014 0.008 0.008 0.002 93 K 0.243 0.198 0.058 0.012 0.300 0.005 0.015 0.025 0.017 0.037 0.090 94 T 0.077 0.473 0.118 0.017 0.245 0.015 0.012 0.010 0.008 0.009 0.017 95 E 0.126 0.290 0.059 0.002 0.471 0.002 0.004 0.011 0.006 0.009 0.021 96 V 0.462 0.063 0.013 0.003 0.340 0.006 0.007 0.012 0.008 0.015 0.072 97 V 0.091 0.336 0.098 0.036 0.355 0.020 0.012 0.018 0.009 0.010 0.016 98 K 0.249 0.129 0.050 0.021 0.269 0.016 0.017 0.026 0.023 0.074 0.126 99 C 0.065 0.357 0.236 0.034 0.232 0.005 0.005 0.014 0.013 0.018 0.022 100 I 0.081 0.170 0.073 0.032 0.150 0.030 0.072 0.195 0.110 0.052 0.036 101 S 0.111 0.104 0.068 0.042 0.174 0.055 0.084 0.102 0.068 0.137 0.054 102 N 0.065 0.184 0.092 0.125 0.161 0.044 0.039 0.088 0.075 0.087 0.039 103 D 0.087 0.106 0.079 0.046 0.104 0.027 0.044 0.073 0.101 0.247 0.086 104 L 0.077 0.461 0.142 0.008 0.230 0.002 0.005 0.017 0.020 0.021 0.019 105 E 0.173 0.239 0.092 0.011 0.299 0.009 0.025 0.032 0.031 0.031 0.058 106 V 0.079 0.407 0.197 0.025 0.207 0.010 0.013 0.020 0.014 0.010 0.018 107 P 0.151 0.272 0.117 0.013 0.337 0.007 0.006 0.019 0.018 0.022 0.039 108 A 0.082 0.159 0.045 0.021 0.219 0.055 0.086 0.143 0.129 0.043 0.018 109 S 0.372 0.017 0.007 0.004 0.122 0.003 0.006 0.010 0.023 0.155 0.280 110 A 0.140 0.328 0.022 0.008 0.452 0.004 0.002 0.003 0.003 0.012 0.025 111 E 0.320 0.041 0.004 0.002 0.580 0.002 0.006 0.004 0.002 0.005 0.033 112 I 0.258 0.063 0.003 0.002 0.656 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 113 V 0.284 0.034 0.001 0.001 0.647 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 114 L 0.409 0.033 0.006 0.004 0.449 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.086 115 E 0.213 0.038 0.013 0.044 0.155 0.049 0.045 0.019 0.045 0.164 0.214 116 G 0.077 0.285 0.163 0.049 0.325 0.014 0.010 0.005 0.009 0.028 0.035 117 Y 0.277 0.116 0.027 0.002 0.419 0.001 0.003 0.004 0.008 0.056 0.087 118 I 0.038 0.480 0.200 0.018 0.238 0.004 0.005 0.003 0.002 0.006 0.007 119 E 0.042 0.382 0.402 0.029 0.122 0.003 0.001 0.005 0.003 0.003 0.008 120 Q 0.002 0.007 0.005 0.015 0.006 0.030 0.087 0.487 0.348 0.012 0.001 121 G 0.006 0.019 0.024 0.012 0.008 0.007 0.024 0.196 0.196 0.475 0.033 122 E 0.044 0.264 0.039 0.003 0.142 0.005 0.014 0.087 0.068 0.293 0.040 123 T 0.106 0.173 0.089 0.023 0.193 0.017 0.053 0.134 0.082 0.077 0.052 124 A 0.040 0.389 0.349 0.014 0.138 0.003 0.005 0.018 0.016 0.015 0.013 125 P 0.096 0.211 0.098 0.016 0.175 0.036 0.130 0.169 0.035 0.014 0.021 126 E 0.080 0.273 0.147 0.048 0.130 0.021 0.038 0.055 0.054 0.099 0.054 127 G 0.020 0.108 0.240 0.381 0.054 0.065 0.041 0.028 0.021 0.026 0.018 128 P 0.164 0.107 0.069 0.025 0.210 0.032 0.054 0.139 0.073 0.074 0.052 129 Y 0.089 0.147 0.068 0.035 0.146 0.028 0.043 0.107 0.110 0.151 0.075 130 G 0.066 0.127 0.119 0.133 0.132 0.060 0.045 0.083 0.088 0.099 0.050 131 D 0.141 0.061 0.041 0.029 0.146 0.024 0.040 0.095 0.148 0.165 0.111 132 H 0.146 0.119 0.057 0.032 0.202 0.029 0.056 0.095 0.075 0.122 0.067 133 T 0.067 0.180 0.087 0.068 0.166 0.052 0.073 0.070 0.079 0.119 0.038 134 G 0.076 0.084 0.124 0.211 0.102 0.056 0.030 0.041 0.049 0.146 0.080 135 Y 0.182 0.125 0.046 0.018 0.254 0.017 0.035 0.087 0.076 0.087 0.072 136 Y 0.141 0.157 0.067 0.029 0.192 0.019 0.026 0.048 0.056 0.169 0.096 137 N 0.060 0.266 0.166 0.065 0.201 0.024 0.031 0.046 0.048 0.065 0.028 138 E 0.070 0.120 0.077 0.033 0.109 0.020 0.046 0.172 0.178 0.129 0.047 139 V 0.074 0.080 0.033 0.017 0.080 0.048 0.149 0.170 0.145 0.157 0.046 140 D 0.047 0.315 0.146 0.048 0.198 0.026 0.034 0.060 0.047 0.060 0.019 141 S 0.146 0.082 0.045 0.039 0.141 0.037 0.113 0.095 0.123 0.115 0.063 142 F 0.051 0.410 0.181 0.024 0.217 0.015 0.017 0.022 0.028 0.021 0.015 143 P 0.226 0.171 0.023 0.002 0.507 0.001 0.002 0.008 0.007 0.010 0.045 144 V 0.262 0.086 0.008 0.002 0.575 0.004 0.008 0.006 0.007 0.013 0.030 145 F 0.227 0.087 0.006 0.001 0.661 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 146 T 0.239 0.079 0.007 0.001 0.654 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 147 V 0.552 0.023 0.002 0.002 0.307 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.106 148 T 0.029 0.017 0.008 0.113 0.042 0.335 0.364 0.039 0.009 0.027 0.017 149 H 0.070 0.326 0.074 0.007 0.489 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.015 150 I 0.437 0.045 0.005 0.001 0.479 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 151 T 0.175 0.161 0.024 0.009 0.488 0.015 0.029 0.016 0.006 0.023 0.055 152 Q 0.150 0.257 0.130 0.094 0.175 0.017 0.010 0.015 0.012 0.040 0.099 153 R 0.046 0.165 0.111 0.077 0.121 0.051 0.069 0.149 0.119 0.075 0.018 154 E 0.013 0.031 0.031 0.057 0.015 0.112 0.261 0.156 0.173 0.127 0.024 155 D 0.054 0.317 0.213 0.037 0.183 0.011 0.021 0.043 0.046 0.056 0.019 156 A 0.098 0.242 0.064 0.009 0.239 0.007 0.022 0.114 0.118 0.045 0.042 157 I 0.214 0.102 0.022 0.006 0.337 0.009 0.024 0.071 0.067 0.079 0.070 158 Y 0.151 0.158 0.049 0.023 0.368 0.018 0.035 0.082 0.042 0.030 0.042 159 H 0.225 0.090 0.030 0.016 0.294 0.017 0.032 0.114 0.078 0.043 0.062 160 S 0.136 0.105 0.048 0.025 0.224 0.021 0.052 0.128 0.115 0.101 0.046 161 T 0.139 0.167 0.047 0.014 0.285 0.013 0.031 0.069 0.059 0.119 0.057 162 Y 0.150 0.218 0.082 0.022 0.304 0.013 0.022 0.056 0.031 0.055 0.048 163 T 0.043 0.104 0.084 0.090 0.074 0.100 0.180 0.117 0.081 0.097 0.030 164 G 0.030 0.131 0.313 0.204 0.066 0.032 0.025 0.041 0.039 0.085 0.033 165 R 0.028 0.300 0.344 0.050 0.079 0.018 0.042 0.071 0.032 0.021 0.016 166 P 0.032 0.406 0.283 0.022 0.119 0.010 0.012 0.039 0.027 0.032 0.018 167 P 0.019 0.077 0.049 0.018 0.065 0.030 0.064 0.404 0.231 0.031 0.012 168 D 0.017 0.026 0.020 0.006 0.021 0.013 0.040 0.250 0.175 0.385 0.047 169 E 0.044 0.105 0.035 0.007 0.100 0.005 0.012 0.397 0.180 0.086 0.028 170 P 0.006 0.014 0.005 0.002 0.011 0.003 0.012 0.621 0.281 0.038 0.006 171 A 0.002 0.014 0.007 0.005 0.006 0.008 0.069 0.749 0.122 0.015 0.002 172 V 0.009 0.008 0.003 0.001 0.008 0.002 0.020 0.819 0.088 0.034 0.007 173 L 0.002 0.004 0.003 0.002 0.002 0.002 0.005 0.824 0.134 0.019 0.003 174 G 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.005 0.886 0.092 0.005 0.001 175 V 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.919 0.059 0.003 0.001 176 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.916 0.063 0.007 0.001 177 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.878 0.102 0.008 0.001 178 N 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.004 0.015 0.820 0.136 0.012 0.001 179 E 0.005 0.007 0.004 0.003 0.011 0.008 0.067 0.771 0.101 0.020 0.004 180 V 0.012 0.008 0.003 0.004 0.016 0.013 0.095 0.652 0.135 0.054 0.008 181 F 0.036 0.052 0.015 0.008 0.068 0.013 0.049 0.431 0.153 0.147 0.029