# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32.1135 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.036 0.003 0.001 0.042 0.049 0.097 0.145 0.002 0.001 0.085 0.540 2 W 0.006 0.003 0.001 0.117 0.118 0.193 0.115 0.002 0.001 0.053 0.392 3 G 0.003 0.002 0.001 0.108 0.122 0.259 0.081 0.001 0.001 0.077 0.346 4 L 0.001 0.001 0.001 0.214 0.234 0.295 0.037 0.001 0.001 0.058 0.157 5 T 0.004 0.002 0.001 0.243 0.187 0.344 0.031 0.001 0.001 0.069 0.118 6 V 0.012 0.001 0.001 0.189 0.253 0.244 0.035 0.001 0.001 0.066 0.198 7 T 0.005 0.001 0.001 0.154 0.162 0.256 0.076 0.001 0.001 0.052 0.293 8 R 0.007 0.001 0.002 0.071 0.053 0.117 0.116 0.002 0.002 0.030 0.600 9 G 0.486 0.012 0.004 0.031 0.026 0.024 0.074 0.010 0.006 0.077 0.250 10 P 0.174 0.020 0.003 0.012 0.005 0.007 0.085 0.006 0.002 0.060 0.626 11 H 0.053 0.008 0.001 0.008 0.008 0.014 0.095 0.004 0.001 0.022 0.787 12 K 0.034 0.013 0.002 0.032 0.051 0.066 0.131 0.005 0.001 0.050 0.617 13 E 0.047 0.025 0.001 0.038 0.056 0.092 0.122 0.004 0.001 0.084 0.530 14 R 0.035 0.018 0.003 0.055 0.110 0.132 0.114 0.003 0.001 0.060 0.470 15 Q 0.016 0.040 0.001 0.064 0.092 0.147 0.129 0.003 0.001 0.045 0.461 16 N 0.039 0.089 0.003 0.072 0.104 0.185 0.105 0.006 0.001 0.097 0.299 17 L 0.017 0.099 0.003 0.107 0.097 0.201 0.085 0.004 0.001 0.074 0.311 18 G 0.017 0.079 0.003 0.049 0.202 0.320 0.042 0.003 0.001 0.133 0.152 19 I 0.017 0.143 0.005 0.062 0.228 0.232 0.045 0.004 0.001 0.052 0.212 20 Y 0.043 0.158 0.006 0.052 0.209 0.273 0.038 0.011 0.002 0.058 0.151 21 R 0.069 0.121 0.006 0.048 0.175 0.210 0.047 0.011 0.003 0.077 0.233 22 Q 0.054 0.074 0.007 0.050 0.133 0.268 0.080 0.009 0.004 0.066 0.255 23 Q 0.097 0.024 0.012 0.045 0.108 0.169 0.093 0.007 0.007 0.071 0.367 24 L 0.076 0.010 0.007 0.044 0.086 0.120 0.103 0.003 0.005 0.044 0.503 25 I 0.053 0.004 0.004 0.032 0.037 0.084 0.110 0.003 0.004 0.040 0.630 26 G 0.159 0.016 0.004 0.022 0.022 0.046 0.113 0.009 0.003 0.052 0.555 27 K 0.049 0.004 0.003 0.015 0.024 0.042 0.149 0.004 0.001 0.049 0.660 28 N 0.004 0.005 0.001 0.055 0.096 0.232 0.119 0.002 0.001 0.038 0.448 29 K 0.003 0.004 0.001 0.091 0.152 0.352 0.067 0.001 0.001 0.082 0.248 30 L 0.001 0.003 0.001 0.150 0.338 0.305 0.029 0.001 0.001 0.044 0.129 31 I 0.001 0.002 0.001 0.122 0.276 0.472 0.015 0.001 0.001 0.035 0.076 32 M 0.002 0.001 0.001 0.111 0.370 0.318 0.015 0.001 0.001 0.065 0.116 33 R 0.002 0.001 0.001 0.184 0.267 0.389 0.022 0.001 0.001 0.060 0.074 34 W 0.019 0.003 0.001 0.112 0.214 0.326 0.058 0.001 0.001 0.089 0.174 35 L 0.028 0.003 0.003 0.140 0.218 0.219 0.083 0.002 0.003 0.062 0.239 36 S 0.084 0.011 0.003 0.048 0.043 0.086 0.125 0.005 0.003 0.059 0.534 37 H 0.253 0.045 0.003 0.019 0.013 0.020 0.092 0.006 0.002 0.052 0.495 38 R 0.067 0.070 0.002 0.013 0.010 0.018 0.115 0.008 0.001 0.047 0.649 39 G 0.044 0.269 0.003 0.012 0.011 0.020 0.104 0.005 0.001 0.046 0.485 40 G 0.041 0.584 0.002 0.008 0.030 0.032 0.051 0.009 0.001 0.038 0.206 41 A 0.037 0.728 0.001 0.006 0.011 0.015 0.025 0.004 0.001 0.025 0.148 42 L 0.011 0.709 0.002 0.010 0.019 0.021 0.029 0.002 0.001 0.088 0.108 43 D 0.003 0.951 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.002 0.001 0.007 0.021 44 Y 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 45 Q 0.012 0.906 0.002 0.001 0.004 0.005 0.003 0.003 0.001 0.038 0.024 46 E 0.013 0.742 0.029 0.002 0.002 0.003 0.013 0.005 0.021 0.115 0.056 47 W 0.225 0.243 0.112 0.002 0.002 0.004 0.022 0.081 0.053 0.169 0.087 48 C 0.534 0.055 0.004 0.004 0.004 0.009 0.031 0.008 0.004 0.076 0.273 49 A 0.003 0.009 0.002 0.003 0.001 0.005 0.078 0.001 0.002 0.007 0.889 50 A 0.009 0.009 0.012 0.005 0.002 0.004 0.041 0.001 0.003 0.008 0.907 51 H 0.677 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.032 0.029 0.001 0.113 0.136 52 P 0.067 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.063 0.002 0.001 0.040 0.821 53 G 0.046 0.005 0.002 0.010 0.001 0.002 0.059 0.001 0.001 0.014 0.860 54 E 0.016 0.002 0.001 0.030 0.125 0.079 0.157 0.003 0.001 0.044 0.544 55 R 0.010 0.003 0.001 0.023 0.009 0.016 0.116 0.001 0.001 0.027 0.795 56 F 0.006 0.005 0.001 0.162 0.206 0.077 0.116 0.003 0.001 0.056 0.369 57 P 0.003 0.008 0.001 0.387 0.057 0.085 0.101 0.001 0.001 0.042 0.314 58 V 0.001 0.003 0.001 0.548 0.094 0.158 0.021 0.001 0.001 0.069 0.105 59 S 0.001 0.001 0.001 0.714 0.079 0.068 0.017 0.001 0.001 0.035 0.085 60 V 0.003 0.001 0.001 0.545 0.182 0.126 0.018 0.001 0.001 0.065 0.059 61 A 0.007 0.002 0.001 0.606 0.062 0.095 0.039 0.001 0.001 0.067 0.119 62 L 0.033 0.003 0.001 0.362 0.058 0.106 0.103 0.001 0.001 0.081 0.251 63 G 0.031 0.015 0.002 0.130 0.040 0.130 0.170 0.002 0.001 0.067 0.411 64 A 0.018 0.020 0.002 0.054 0.017 0.027 0.155 0.001 0.001 0.232 0.474 65 D 0.033 0.297 0.005 0.017 0.022 0.031 0.088 0.013 0.003 0.276 0.214 66 P 0.087 0.441 0.006 0.010 0.006 0.009 0.051 0.010 0.001 0.106 0.272 67 A 0.026 0.398 0.008 0.015 0.031 0.054 0.053 0.007 0.002 0.156 0.248 68 T 0.068 0.473 0.002 0.013 0.023 0.049 0.050 0.010 0.001 0.082 0.227 69 I 0.057 0.218 0.015 0.048 0.060 0.102 0.062 0.019 0.005 0.203 0.212 70 L 0.062 0.076 0.014 0.084 0.071 0.117 0.103 0.007 0.005 0.186 0.274 71 G 0.067 0.012 0.005 0.062 0.049 0.094 0.145 0.004 0.002 0.188 0.372 72 A 0.030 0.006 0.004 0.098 0.051 0.090 0.147 0.005 0.002 0.116 0.452 73 V 0.037 0.002 0.002 0.076 0.018 0.039 0.166 0.002 0.001 0.061 0.597 74 T 0.018 0.001 0.001 0.050 0.063 0.096 0.142 0.005 0.001 0.085 0.540 75 P 0.034 0.001 0.001 0.027 0.006 0.010 0.123 0.001 0.001 0.034 0.762 76 V 0.094 0.001 0.001 0.023 0.018 0.023 0.164 0.022 0.001 0.071 0.582 77 P 0.125 0.006 0.001 0.011 0.001 0.002 0.106 0.001 0.001 0.026 0.721 78 D 0.007 0.003 0.001 0.012 0.011 0.024 0.185 0.008 0.001 0.020 0.729 79 T 0.089 0.148 0.001 0.015 0.006 0.011 0.109 0.003 0.001 0.029 0.589 80 L 0.049 0.379 0.003 0.024 0.012 0.019 0.092 0.012 0.001 0.083 0.325 81 S 0.049 0.654 0.003 0.009 0.004 0.008 0.038 0.003 0.001 0.101 0.129 82 E 0.042 0.689 0.005 0.011 0.009 0.013 0.028 0.006 0.001 0.092 0.105 83 Y 0.055 0.580 0.009 0.011 0.012 0.016 0.046 0.008 0.002 0.089 0.172 84 A 0.056 0.544 0.005 0.015 0.023 0.031 0.046 0.009 0.001 0.098 0.173 85 F 0.068 0.617 0.004 0.010 0.012 0.026 0.036 0.015 0.001 0.043 0.166 86 A 0.075 0.358 0.013 0.022 0.028 0.054 0.071 0.016 0.005 0.079 0.278 87 G 0.074 0.091 0.064 0.032 0.030 0.060 0.106 0.011 0.032 0.154 0.346 88 L 0.196 0.017 0.009 0.017 0.022 0.035 0.105 0.011 0.004 0.110 0.475 89 L 0.156 0.008 0.005 0.024 0.010 0.020 0.092 0.004 0.004 0.065 0.612 90 R 0.067 0.002 0.002 0.021 0.008 0.019 0.132 0.002 0.001 0.037 0.708 91 G 0.010 0.002 0.001 0.019 0.010 0.026 0.108 0.002 0.001 0.024 0.797 92 T 0.039 0.007 0.001 0.016 0.052 0.041 0.156 0.006 0.001 0.034 0.646 93 K 0.015 0.011 0.001 0.103 0.075 0.122 0.139 0.006 0.001 0.038 0.490 94 T 0.011 0.018 0.001 0.103 0.077 0.157 0.084 0.002 0.001 0.057 0.490 95 E 0.008 0.007 0.002 0.231 0.253 0.265 0.035 0.002 0.001 0.044 0.152 96 V 0.007 0.008 0.002 0.214 0.130 0.214 0.049 0.001 0.001 0.028 0.345 97 V 0.010 0.003 0.001 0.199 0.262 0.279 0.032 0.002 0.001 0.050 0.162 98 K 0.020 0.003 0.002 0.178 0.151 0.224 0.059 0.002 0.001 0.068 0.293 99 C 0.018 0.001 0.004 0.095 0.107 0.157 0.097 0.002 0.003 0.036 0.480 100 I 0.082 0.003 0.002 0.066 0.123 0.154 0.085 0.008 0.002 0.052 0.423 101 S 0.085 0.002 0.002 0.033 0.027 0.041 0.105 0.003 0.001 0.053 0.649 102 N 0.014 0.001 0.001 0.030 0.053 0.129 0.109 0.010 0.001 0.046 0.607 103 D 0.028 0.001 0.001 0.038 0.016 0.034 0.109 0.001 0.001 0.036 0.737 104 L 0.008 0.001 0.001 0.057 0.143 0.124 0.098 0.001 0.001 0.034 0.533 105 E 0.009 0.001 0.001 0.025 0.022 0.025 0.098 0.001 0.001 0.023 0.796 106 V 0.010 0.001 0.001 0.021 0.090 0.062 0.140 0.008 0.001 0.037 0.631 107 P 0.118 0.015 0.001 0.059 0.013 0.020 0.161 0.003 0.001 0.063 0.544 108 A 0.036 0.008 0.002 0.050 0.024 0.049 0.146 0.007 0.001 0.059 0.620 109 S 0.032 0.044 0.001 0.075 0.034 0.048 0.128 0.003 0.001 0.047 0.588 110 A 0.017 0.023 0.002 0.173 0.117 0.155 0.101 0.003 0.001 0.082 0.326 111 E 0.007 0.019 0.002 0.249 0.123 0.198 0.063 0.001 0.001 0.103 0.234 112 I 0.010 0.009 0.002 0.352 0.175 0.177 0.047 0.002 0.001 0.087 0.138 113 V 0.008 0.007 0.002 0.424 0.132 0.160 0.050 0.001 0.001 0.073 0.142 114 L 0.020 0.005 0.001 0.345 0.121 0.210 0.049 0.003 0.001 0.108 0.139 115 E 0.012 0.008 0.001 0.194 0.082 0.227 0.098 0.003 0.001 0.051 0.324 116 G 0.006 0.001 0.001 0.209 0.118 0.234 0.091 0.001 0.001 0.055 0.283 117 Y 0.008 0.001 0.001 0.143 0.178 0.278 0.094 0.001 0.001 0.107 0.188 118 I 0.002 0.001 0.002 0.196 0.080 0.116 0.119 0.001 0.001 0.043 0.441 119 E 0.447 0.006 0.003 0.061 0.035 0.037 0.086 0.008 0.004 0.123 0.190 120 Q 0.124 0.006 0.002 0.047 0.003 0.006 0.128 0.006 0.001 0.136 0.540 121 G 0.041 0.003 0.001 0.011 0.004 0.008 0.130 0.001 0.001 0.034 0.767 122 E 0.015 0.002 0.001 0.031 0.028 0.054 0.205 0.004 0.001 0.057 0.603 123 T 0.038 0.010 0.001 0.033 0.016 0.030 0.220 0.004 0.001 0.072 0.576 124 A 0.191 0.013 0.001 0.042 0.034 0.041 0.119 0.007 0.001 0.137 0.413 125 P 0.037 0.014 0.002 0.031 0.014 0.031 0.231 0.002 0.001 0.074 0.564 126 E 0.038 0.021 0.003 0.027 0.024 0.054 0.198 0.004 0.001 0.052 0.577 127 G 0.181 0.029 0.002 0.032 0.029 0.041 0.148 0.012 0.001 0.109 0.414 128 P 0.124 0.031 0.002 0.022 0.018 0.038 0.162 0.009 0.001 0.106 0.486 129 Y 0.097 0.015 0.003 0.030 0.020 0.054 0.153 0.005 0.002 0.079 0.542 130 G 0.037 0.013 0.002 0.045 0.047 0.078 0.185 0.004 0.001 0.065 0.522 131 D 0.053 0.017 0.002 0.049 0.041 0.072 0.173 0.004 0.001 0.081 0.507 132 H 0.051 0.019 0.002 0.089 0.061 0.094 0.160 0.009 0.001 0.113 0.400 133 T 0.039 0.014 0.001 0.068 0.051 0.117 0.157 0.004 0.001 0.075 0.473 134 G 0.022 0.013 0.002 0.083 0.088 0.195 0.123 0.002 0.001 0.072 0.399 135 Y 0.023 0.010 0.002 0.063 0.087 0.167 0.130 0.002 0.001 0.071 0.443 136 Y 0.036 0.018 0.004 0.052 0.073 0.127 0.121 0.004 0.003 0.063 0.500 137 N 0.201 0.014 0.006 0.027 0.052 0.078 0.105 0.007 0.004 0.108 0.398 138 E 0.091 0.008 0.003 0.014 0.022 0.049 0.109 0.010 0.002 0.075 0.617 139 V 0.146 0.005 0.002 0.010 0.013 0.024 0.098 0.002 0.001 0.036 0.663 140 D 0.029 0.003 0.002 0.023 0.056 0.076 0.123 0.002 0.001 0.041 0.644 141 S 0.013 0.005 0.001 0.010 0.025 0.040 0.124 0.003 0.001 0.025 0.755 142 F 0.014 0.003 0.001 0.020 0.133 0.086 0.139 0.005 0.001 0.049 0.550 143 P 0.006 0.020 0.001 0.144 0.120 0.228 0.087 0.002 0.001 0.047 0.345 144 V 0.005 0.005 0.001 0.107 0.120 0.268 0.047 0.001 0.001 0.131 0.316 145 F 0.002 0.017 0.002 0.219 0.322 0.207 0.028 0.001 0.001 0.037 0.165 146 T 0.015 0.037 0.002 0.174 0.208 0.274 0.039 0.003 0.001 0.062 0.185 147 V 0.007 0.015 0.002 0.189 0.226 0.171 0.032 0.002 0.001 0.135 0.221 148 T 0.014 0.063 0.002 0.197 0.147 0.234 0.048 0.005 0.001 0.099 0.189 149 H 0.045 0.071 0.009 0.094 0.176 0.182 0.053 0.007 0.004 0.059 0.300 150 I 0.026 0.027 0.009 0.136 0.229 0.201 0.055 0.004 0.005 0.049 0.259 151 T 0.075 0.036 0.006 0.057 0.074 0.117 0.092 0.007 0.004 0.079 0.453 152 Q 0.207 0.031 0.007 0.056 0.054 0.070 0.092 0.010 0.005 0.074 0.394 153 R 0.076 0.019 0.006 0.052 0.033 0.064 0.144 0.005 0.003 0.038 0.560 154 E 0.023 0.013 0.002 0.036 0.030 0.058 0.118 0.004 0.001 0.033 0.681 155 D 0.055 0.016 0.003 0.077 0.082 0.093 0.135 0.007 0.001 0.094 0.435 156 A 0.025 0.008 0.003 0.112 0.070 0.108 0.123 0.003 0.001 0.077 0.470 157 I 0.017 0.007 0.002 0.166 0.073 0.134 0.104 0.002 0.001 0.085 0.411 158 Y 0.022 0.008 0.001 0.188 0.092 0.127 0.104 0.004 0.001 0.080 0.374 159 H 0.027 0.006 0.002 0.170 0.076 0.118 0.115 0.002 0.001 0.078 0.405 160 S 0.009 0.002 0.002 0.180 0.096 0.182 0.120 0.003 0.001 0.081 0.324 161 T 0.035 0.005 0.002 0.168 0.069 0.153 0.109 0.004 0.001 0.113 0.340 162 Y 0.076 0.004 0.001 0.133 0.071 0.117 0.122 0.004 0.001 0.092 0.379 163 T 0.016 0.001 0.001 0.076 0.044 0.091 0.139 0.002 0.001 0.050 0.580 164 G 0.010 0.001 0.001 0.062 0.025 0.049 0.146 0.001 0.001 0.036 0.668 165 R 0.015 0.002 0.001 0.027 0.039 0.041 0.195 0.004 0.001 0.045 0.632 166 P 0.085 0.012 0.001 0.018 0.012 0.012 0.168 0.003 0.001 0.052 0.636 167 P 0.021 0.032 0.001 0.014 0.008 0.013 0.147 0.007 0.001 0.041 0.715 168 D 0.173 0.473 0.002 0.006 0.003 0.005 0.048 0.010 0.001 0.025 0.255 169 E 0.140 0.563 0.004 0.007 0.004 0.006 0.036 0.012 0.001 0.071 0.156 170 P 0.093 0.461 0.006 0.008 0.007 0.012 0.058 0.005 0.002 0.096 0.252 171 A 0.070 0.521 0.003 0.012 0.018 0.028 0.055 0.010 0.001 0.099 0.183 172 V 0.071 0.600 0.005 0.011 0.016 0.020 0.047 0.013 0.001 0.050 0.166 173 L 0.049 0.610 0.006 0.015 0.015 0.028 0.045 0.011 0.002 0.019 0.201 174 G 0.085 0.226 0.011 0.021 0.034 0.068 0.055 0.008 0.004 0.200 0.288 175 V 0.056 0.307 0.019 0.018 0.029 0.051 0.082 0.011 0.007 0.136 0.285 176 A 0.189 0.251 0.037 0.021 0.022 0.041 0.070 0.024 0.018 0.054 0.274 177 L 0.246 0.099 0.014 0.025 0.020 0.034 0.076 0.022 0.007 0.053 0.404 178 N 0.108 0.021 0.001 0.020 0.026 0.052 0.102 0.004 0.001 0.043 0.622 179 E 0.024 0.011 0.004 0.032 0.021 0.046 0.116 0.002 0.001 0.038 0.705 180 V 0.022 0.011 0.004 0.031 0.024 0.034 0.140 0.003 0.002 0.028 0.702 181 F 0.122 0.016 0.003 0.023 0.034 0.037 0.109 0.013 0.002 0.055 0.586