# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32.3343 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.117 0.339 0.220 0.117 0.119 0.027 0.016 0.012 0.021 0.011 0.001 2 W 0.096 0.239 0.257 0.123 0.124 0.020 0.075 0.015 0.035 0.014 0.001 3 G 0.047 0.117 0.345 0.035 0.269 0.010 0.019 0.062 0.004 0.088 0.004 4 L 0.020 0.650 0.219 0.010 0.066 0.017 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 5 T 0.017 0.718 0.170 0.006 0.034 0.028 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 6 V 0.015 0.727 0.161 0.009 0.026 0.034 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 7 T 0.029 0.543 0.217 0.017 0.131 0.037 0.004 0.002 0.017 0.002 0.001 8 R 0.046 0.547 0.188 0.059 0.071 0.037 0.006 0.001 0.044 0.001 0.001 9 G 0.024 0.097 0.358 0.003 0.273 0.010 0.015 0.007 0.064 0.148 0.001 10 P 0.544 0.006 0.244 0.066 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 11 H 0.266 0.095 0.142 0.343 0.028 0.042 0.039 0.017 0.022 0.005 0.001 12 K 0.227 0.148 0.147 0.256 0.075 0.016 0.076 0.024 0.018 0.012 0.001 13 E 0.169 0.094 0.124 0.190 0.075 0.025 0.200 0.083 0.022 0.016 0.001 14 R 0.111 0.355 0.287 0.076 0.059 0.046 0.020 0.005 0.035 0.005 0.001 15 Q 0.160 0.326 0.344 0.072 0.029 0.034 0.012 0.001 0.018 0.002 0.001 16 N 0.072 0.111 0.197 0.080 0.051 0.289 0.081 0.006 0.104 0.008 0.002 17 L 0.484 0.174 0.123 0.149 0.026 0.020 0.008 0.002 0.013 0.001 0.001 18 G 0.504 0.090 0.118 0.084 0.100 0.010 0.010 0.039 0.004 0.041 0.001 19 I 0.474 0.295 0.105 0.060 0.035 0.016 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 20 Y 0.437 0.334 0.104 0.045 0.037 0.021 0.007 0.002 0.011 0.002 0.001 21 R 0.458 0.332 0.115 0.016 0.039 0.023 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 22 Q 0.614 0.191 0.105 0.032 0.028 0.015 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 23 Q 0.489 0.241 0.117 0.059 0.021 0.029 0.009 0.001 0.034 0.001 0.001 24 L 0.548 0.161 0.158 0.060 0.004 0.043 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 25 I 0.239 0.127 0.154 0.364 0.020 0.023 0.040 0.002 0.028 0.003 0.001 26 G 0.079 0.014 0.081 0.024 0.123 0.004 0.082 0.257 0.003 0.332 0.001 27 K 0.561 0.052 0.136 0.169 0.033 0.012 0.016 0.005 0.004 0.012 0.001 28 N 0.172 0.041 0.067 0.460 0.020 0.037 0.154 0.029 0.018 0.002 0.001 29 K 0.102 0.505 0.225 0.056 0.036 0.037 0.009 0.001 0.028 0.001 0.001 30 L 0.046 0.593 0.297 0.012 0.017 0.024 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 31 I 0.032 0.791 0.061 0.012 0.078 0.010 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 32 M 0.023 0.732 0.154 0.004 0.064 0.013 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 33 R 0.046 0.650 0.159 0.008 0.031 0.055 0.002 0.001 0.049 0.001 0.001 34 W 0.133 0.437 0.282 0.032 0.022 0.060 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 35 L 0.092 0.405 0.257 0.020 0.042 0.048 0.019 0.001 0.115 0.002 0.001 36 S 0.378 0.056 0.453 0.034 0.017 0.029 0.008 0.006 0.003 0.012 0.005 37 H 0.310 0.146 0.134 0.221 0.056 0.035 0.055 0.013 0.024 0.007 0.001 38 R 0.211 0.107 0.180 0.315 0.040 0.019 0.084 0.011 0.020 0.012 0.001 39 G 0.070 0.008 0.056 0.041 0.050 0.003 0.228 0.415 0.003 0.126 0.001 40 G 0.283 0.027 0.183 0.077 0.077 0.009 0.025 0.101 0.003 0.214 0.002 41 A 0.683 0.071 0.118 0.067 0.027 0.013 0.005 0.004 0.004 0.006 0.002 42 L 0.752 0.077 0.055 0.067 0.019 0.013 0.006 0.002 0.007 0.002 0.001 43 D 0.645 0.078 0.107 0.050 0.015 0.065 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 44 Y 0.969 0.005 0.006 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.982 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.985 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 W 0.981 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 C 0.971 0.004 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 A 0.963 0.005 0.010 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.710 0.006 0.023 0.254 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 51 H 0.104 0.138 0.251 0.014 0.008 0.014 0.023 0.001 0.446 0.001 0.001 52 P 0.184 0.001 0.773 0.020 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 53 G 0.024 0.002 0.015 0.055 0.005 0.004 0.102 0.786 0.001 0.006 0.001 54 E 0.045 0.256 0.633 0.009 0.019 0.021 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 55 R 0.036 0.113 0.736 0.050 0.002 0.046 0.004 0.001 0.009 0.001 0.003 56 F 0.003 0.460 0.451 0.001 0.018 0.013 0.002 0.001 0.053 0.001 0.001 57 P 0.045 0.016 0.848 0.003 0.001 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 58 V 0.006 0.844 0.078 0.004 0.047 0.008 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 59 S 0.006 0.779 0.146 0.001 0.037 0.017 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 60 V 0.011 0.836 0.091 0.002 0.021 0.024 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 61 A 0.023 0.665 0.121 0.005 0.067 0.071 0.003 0.001 0.044 0.001 0.001 62 L 0.051 0.495 0.120 0.170 0.037 0.044 0.008 0.001 0.073 0.001 0.001 63 G 0.026 0.044 0.108 0.027 0.316 0.020 0.139 0.108 0.006 0.206 0.001 64 A 0.226 0.207 0.142 0.246 0.098 0.033 0.011 0.004 0.016 0.015 0.001 65 D 0.072 0.161 0.347 0.007 0.116 0.090 0.017 0.001 0.173 0.013 0.003 66 P 0.952 0.001 0.014 0.015 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 67 A 0.938 0.004 0.010 0.038 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 68 T 0.891 0.021 0.013 0.054 0.006 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 69 I 0.901 0.040 0.018 0.022 0.004 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 70 L 0.837 0.054 0.026 0.063 0.007 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 71 G 0.711 0.081 0.053 0.092 0.030 0.008 0.010 0.006 0.007 0.002 0.001 72 A 0.584 0.090 0.080 0.181 0.038 0.008 0.008 0.004 0.003 0.002 0.001 73 V 0.215 0.101 0.110 0.486 0.022 0.019 0.025 0.006 0.013 0.002 0.001 74 T 0.028 0.352 0.410 0.004 0.052 0.019 0.021 0.001 0.108 0.004 0.001 75 P 0.118 0.012 0.736 0.014 0.001 0.083 0.002 0.001 0.004 0.001 0.031 76 V 0.034 0.230 0.591 0.003 0.011 0.028 0.007 0.001 0.094 0.001 0.001 77 P 0.090 0.009 0.847 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 78 D 0.476 0.022 0.352 0.105 0.008 0.018 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 79 T 0.198 0.085 0.091 0.295 0.092 0.025 0.073 0.108 0.014 0.019 0.001 80 L 0.252 0.206 0.423 0.034 0.019 0.039 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 81 S 0.887 0.017 0.043 0.036 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 82 E 0.930 0.031 0.008 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 83 Y 0.918 0.032 0.015 0.021 0.002 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 84 A 0.962 0.016 0.008 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 F 0.962 0.014 0.004 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 A 0.944 0.015 0.007 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 G 0.954 0.008 0.006 0.015 0.007 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 88 L 0.947 0.011 0.010 0.025 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.814 0.037 0.033 0.102 0.003 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 90 R 0.314 0.033 0.155 0.456 0.010 0.005 0.018 0.002 0.005 0.002 0.001 91 G 0.019 0.002 0.011 0.023 0.008 0.001 0.138 0.775 0.002 0.021 0.001 92 T 0.030 0.292 0.592 0.013 0.026 0.026 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 93 K 0.057 0.130 0.675 0.034 0.006 0.077 0.005 0.001 0.009 0.001 0.005 94 T 0.020 0.649 0.204 0.011 0.073 0.009 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 95 E 0.011 0.251 0.640 0.003 0.008 0.066 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 96 V 0.012 0.516 0.396 0.004 0.009 0.046 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 97 V 0.015 0.751 0.093 0.011 0.056 0.025 0.002 0.001 0.047 0.001 0.001 98 K 0.012 0.340 0.554 0.006 0.023 0.043 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 99 C 0.030 0.411 0.268 0.010 0.180 0.046 0.012 0.006 0.032 0.005 0.001 100 I 0.155 0.406 0.259 0.074 0.029 0.044 0.004 0.002 0.024 0.002 0.001 101 S 0.141 0.338 0.166 0.113 0.162 0.024 0.012 0.008 0.022 0.013 0.001 102 N 0.115 0.265 0.145 0.165 0.135 0.045 0.062 0.008 0.045 0.016 0.001 103 D 0.095 0.069 0.105 0.305 0.028 0.073 0.228 0.016 0.071 0.004 0.005 104 L 0.049 0.341 0.444 0.031 0.052 0.037 0.015 0.003 0.025 0.002 0.001 105 E 0.072 0.117 0.644 0.029 0.003 0.098 0.013 0.002 0.016 0.001 0.005 106 V 0.022 0.537 0.222 0.003 0.025 0.032 0.007 0.001 0.150 0.001 0.001 107 P 0.029 0.019 0.882 0.002 0.001 0.054 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 108 A 0.461 0.072 0.317 0.063 0.024 0.029 0.011 0.008 0.008 0.004 0.003 109 S 0.248 0.175 0.233 0.172 0.089 0.031 0.019 0.014 0.010 0.006 0.001 110 A 0.204 0.282 0.255 0.050 0.149 0.015 0.017 0.011 0.013 0.006 0.001 111 E 0.309 0.313 0.213 0.072 0.051 0.025 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 112 I 0.046 0.676 0.192 0.009 0.048 0.017 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 113 V 0.028 0.840 0.061 0.006 0.024 0.013 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 114 L 0.032 0.627 0.262 0.005 0.021 0.038 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 115 E 0.047 0.672 0.095 0.060 0.078 0.018 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 116 G 0.014 0.325 0.106 0.014 0.489 0.007 0.012 0.008 0.011 0.013 0.001 117 Y 0.017 0.683 0.190 0.012 0.047 0.026 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 118 I 0.016 0.565 0.296 0.007 0.036 0.045 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 119 E 0.013 0.194 0.661 0.006 0.015 0.063 0.002 0.001 0.044 0.001 0.001 120 Q 0.381 0.025 0.507 0.051 0.006 0.012 0.009 0.001 0.003 0.002 0.004 121 G 0.091 0.003 0.019 0.080 0.013 0.002 0.063 0.702 0.002 0.024 0.001 122 E 0.070 0.168 0.581 0.087 0.015 0.052 0.009 0.001 0.017 0.001 0.001 123 T 0.071 0.386 0.400 0.063 0.018 0.030 0.011 0.001 0.018 0.001 0.002 124 A 0.022 0.195 0.629 0.001 0.042 0.011 0.006 0.001 0.090 0.004 0.001 125 P 0.181 0.003 0.539 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.253 126 E 0.179 0.194 0.298 0.254 0.037 0.022 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 127 G 0.029 0.059 0.350 0.004 0.242 0.004 0.009 0.014 0.024 0.265 0.001 128 P 0.522 0.010 0.234 0.151 0.002 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.052 129 Y 0.113 0.120 0.212 0.317 0.083 0.025 0.061 0.031 0.028 0.010 0.001 130 G 0.102 0.034 0.175 0.032 0.121 0.004 0.016 0.186 0.004 0.323 0.001 131 D 0.349 0.105 0.278 0.165 0.037 0.032 0.009 0.007 0.010 0.005 0.002 132 H 0.142 0.241 0.231 0.114 0.087 0.061 0.051 0.011 0.054 0.006 0.001 133 T 0.238 0.214 0.248 0.229 0.034 0.017 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 134 G 0.096 0.050 0.094 0.044 0.279 0.006 0.028 0.193 0.007 0.203 0.001 135 Y 0.159 0.311 0.252 0.152 0.055 0.041 0.006 0.002 0.018 0.002 0.002 136 Y 0.136 0.364 0.187 0.131 0.062 0.047 0.018 0.004 0.047 0.004 0.001 137 N 0.076 0.271 0.244 0.056 0.222 0.037 0.026 0.007 0.044 0.016 0.001 138 E 0.306 0.102 0.348 0.106 0.030 0.054 0.018 0.008 0.017 0.003 0.009 139 V 0.328 0.239 0.138 0.213 0.028 0.022 0.005 0.003 0.022 0.001 0.001 140 D 0.125 0.284 0.236 0.108 0.108 0.041 0.049 0.005 0.034 0.010 0.001 141 S 0.162 0.180 0.260 0.270 0.043 0.030 0.019 0.010 0.016 0.006 0.005 142 F 0.005 0.412 0.267 0.002 0.040 0.012 0.011 0.001 0.250 0.001 0.001 143 P 0.019 0.010 0.880 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 144 V 0.011 0.746 0.145 0.011 0.019 0.046 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 145 F 0.002 0.752 0.164 0.001 0.050 0.011 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 146 T 0.001 0.594 0.348 0.001 0.006 0.039 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 147 V 0.003 0.401 0.460 0.001 0.008 0.118 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 148 T 0.611 0.011 0.002 0.374 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 H 0.001 0.335 0.005 0.001 0.653 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 150 I 0.007 0.897 0.039 0.002 0.018 0.009 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 151 T 0.025 0.745 0.061 0.011 0.107 0.015 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 152 Q 0.036 0.499 0.162 0.079 0.115 0.055 0.011 0.003 0.036 0.005 0.001 153 R 0.058 0.354 0.362 0.031 0.047 0.053 0.012 0.003 0.075 0.005 0.001 154 E 0.399 0.117 0.223 0.089 0.026 0.061 0.055 0.005 0.008 0.013 0.004 155 D 0.078 0.185 0.140 0.192 0.086 0.065 0.135 0.006 0.110 0.002 0.002 156 A 0.186 0.168 0.361 0.056 0.134 0.022 0.019 0.024 0.007 0.018 0.005 157 I 0.212 0.467 0.168 0.067 0.035 0.024 0.004 0.001 0.019 0.002 0.001 158 Y 0.091 0.413 0.276 0.041 0.050 0.059 0.009 0.001 0.057 0.003 0.001 159 H 0.228 0.244 0.296 0.091 0.020 0.068 0.012 0.002 0.036 0.001 0.002 160 S 0.135 0.265 0.204 0.068 0.210 0.037 0.033 0.013 0.019 0.013 0.001 161 T 0.158 0.399 0.201 0.126 0.061 0.022 0.006 0.002 0.022 0.002 0.001 162 Y 0.098 0.352 0.279 0.044 0.096 0.041 0.026 0.005 0.051 0.006 0.001 163 T 0.109 0.248 0.396 0.149 0.021 0.033 0.015 0.003 0.021 0.002 0.001 164 G 0.044 0.036 0.194 0.043 0.132 0.008 0.062 0.222 0.004 0.255 0.001 165 R 0.011 0.322 0.535 0.001 0.024 0.014 0.004 0.001 0.086 0.001 0.001 166 P 0.022 0.002 0.916 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.049 167 P 0.244 0.002 0.666 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 168 D 0.194 0.052 0.126 0.401 0.029 0.043 0.053 0.077 0.021 0.003 0.001 169 E 0.068 0.194 0.566 0.005 0.037 0.018 0.010 0.001 0.098 0.004 0.001 170 P 0.596 0.006 0.316 0.035 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 171 A 0.467 0.160 0.154 0.083 0.072 0.018 0.011 0.012 0.018 0.005 0.001 172 V 0.500 0.239 0.123 0.053 0.024 0.034 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 173 L 0.612 0.095 0.126 0.101 0.008 0.033 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 174 G 0.697 0.040 0.064 0.044 0.049 0.010 0.025 0.049 0.004 0.017 0.001 175 V 0.734 0.110 0.078 0.028 0.018 0.015 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 176 A 0.795 0.032 0.121 0.022 0.003 0.018 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 177 L 0.820 0.034 0.038 0.093 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 178 N 0.738 0.030 0.050 0.091 0.018 0.009 0.037 0.017 0.007 0.004 0.001 179 E 0.529 0.137 0.194 0.053 0.027 0.024 0.015 0.003 0.016 0.001 0.001 180 V 0.648 0.089 0.095 0.131 0.004 0.019 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 181 F 0.322 0.170 0.203 0.141 0.040 0.055 0.020 0.004 0.039 0.004 0.001