# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 65.3663 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.755 0.046 0.068 0.087 0.008 0.014 0.010 0.002 0.007 0.001 0.001 2 D 0.849 0.020 0.061 0.045 0.004 0.008 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 3 A 0.647 0.023 0.038 0.262 0.006 0.009 0.007 0.002 0.005 0.001 0.001 4 M 0.206 0.103 0.396 0.113 0.051 0.030 0.053 0.007 0.035 0.005 0.001 5 K 0.285 0.066 0.346 0.076 0.018 0.115 0.030 0.011 0.026 0.023 0.003 6 Y 0.797 0.030 0.039 0.091 0.014 0.012 0.004 0.002 0.005 0.007 0.001 7 N 0.829 0.006 0.016 0.105 0.008 0.015 0.013 0.006 0.001 0.002 0.001 8 D 0.584 0.008 0.020 0.168 0.006 0.109 0.006 0.001 0.098 0.001 0.001 9 L 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 Q 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.312 0.001 0.003 0.683 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 G 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.278 0.706 0.001 0.003 0.001 21 E 0.184 0.150 0.310 0.187 0.017 0.103 0.039 0.001 0.006 0.001 0.001 22 L 0.021 0.241 0.627 0.006 0.010 0.085 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 23 K 0.158 0.470 0.050 0.199 0.086 0.014 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 24 R 0.004 0.771 0.156 0.002 0.052 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 25 I 0.008 0.735 0.171 0.003 0.012 0.043 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 26 T 0.110 0.453 0.222 0.073 0.029 0.052 0.004 0.001 0.056 0.001 0.001 27 L 0.004 0.577 0.183 0.001 0.116 0.009 0.008 0.001 0.100 0.001 0.001 28 P 0.037 0.022 0.853 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 29 V 0.059 0.557 0.222 0.039 0.071 0.032 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 30 D 0.017 0.181 0.365 0.002 0.085 0.078 0.008 0.001 0.253 0.010 0.001 31 P 0.964 0.001 0.011 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 32 H 0.787 0.007 0.015 0.163 0.002 0.009 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 33 L 0.836 0.023 0.045 0.073 0.002 0.011 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 34 E 0.954 0.007 0.022 0.006 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 35 I 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 T 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 I 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 D 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 R 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 T 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.983 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 R 0.933 0.007 0.008 0.047 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.278 0.007 0.041 0.650 0.005 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 46 G 0.019 0.001 0.020 0.019 0.006 0.001 0.159 0.746 0.001 0.028 0.001 47 G 0.026 0.097 0.705 0.001 0.076 0.004 0.004 0.003 0.017 0.068 0.001 48 P 0.097 0.006 0.633 0.022 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.202 49 A 0.035 0.449 0.373 0.010 0.086 0.017 0.003 0.002 0.023 0.001 0.001 50 L 0.029 0.590 0.294 0.006 0.017 0.034 0.001 0.001 0.028 0.001 0.002 51 L 0.030 0.549 0.293 0.015 0.016 0.071 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 52 F 0.029 0.517 0.150 0.035 0.181 0.043 0.005 0.003 0.034 0.003 0.001 53 E 0.051 0.615 0.166 0.034 0.055 0.046 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 54 N 0.012 0.087 0.214 0.014 0.034 0.169 0.108 0.001 0.359 0.001 0.001 55 P 0.471 0.034 0.319 0.099 0.005 0.029 0.002 0.003 0.003 0.002 0.033 56 K 0.230 0.106 0.314 0.249 0.034 0.016 0.022 0.007 0.011 0.011 0.001 57 G 0.026 0.005 0.022 0.054 0.026 0.002 0.109 0.671 0.002 0.082 0.001 58 Y 0.178 0.142 0.542 0.067 0.032 0.020 0.006 0.003 0.006 0.005 0.001 59 S 0.214 0.066 0.149 0.458 0.016 0.031 0.033 0.014 0.013 0.004 0.001 60 M 0.008 0.523 0.313 0.002 0.061 0.012 0.008 0.001 0.071 0.001 0.001 61 P 0.027 0.029 0.814 0.002 0.001 0.082 0.001 0.001 0.006 0.001 0.040 62 V 0.056 0.735 0.135 0.004 0.016 0.030 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 63 L 0.108 0.421 0.267 0.020 0.009 0.120 0.002 0.001 0.051 0.001 0.001 64 C 0.195 0.395 0.157 0.044 0.110 0.035 0.013 0.004 0.038 0.008 0.001 65 N 0.193 0.025 0.082 0.059 0.039 0.182 0.364 0.011 0.037 0.004 0.005 66 L 0.394 0.058 0.086 0.422 0.006 0.021 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 67 F 0.227 0.107 0.290 0.222 0.052 0.017 0.056 0.015 0.006 0.007 0.001 68 G 0.066 0.028 0.108 0.176 0.085 0.014 0.127 0.303 0.004 0.088 0.001 69 T 0.027 0.130 0.677 0.002 0.044 0.041 0.001 0.001 0.074 0.005 0.001 70 P 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 R 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.989 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 M 0.907 0.005 0.004 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 G 0.807 0.010 0.019 0.107 0.006 0.004 0.025 0.014 0.005 0.002 0.001 77 M 0.301 0.027 0.084 0.559 0.009 0.004 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 78 G 0.056 0.003 0.029 0.057 0.021 0.005 0.148 0.557 0.002 0.122 0.001 79 Q 0.104 0.212 0.493 0.033 0.044 0.044 0.008 0.001 0.054 0.007 0.001 80 E 0.351 0.048 0.450 0.059 0.021 0.035 0.011 0.005 0.005 0.007 0.007 81 D 0.243 0.099 0.236 0.119 0.043 0.158 0.025 0.005 0.065 0.004 0.003 82 V 0.879 0.021 0.028 0.057 0.003 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 83 S 0.930 0.006 0.013 0.034 0.003 0.002 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 84 A 0.953 0.002 0.010 0.027 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 85 L 0.985 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 R 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 E 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 V 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 G 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 L 0.953 0.002 0.002 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 A 0.947 0.004 0.013 0.027 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 94 F 0.640 0.007 0.014 0.311 0.005 0.004 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 95 L 0.483 0.054 0.224 0.172 0.007 0.032 0.012 0.002 0.013 0.001 0.001 96 K 0.377 0.103 0.141 0.266 0.015 0.038 0.030 0.005 0.022 0.002 0.001 97 E 0.110 0.183 0.496 0.030 0.025 0.029 0.039 0.002 0.082 0.003 0.001 98 P 0.122 0.025 0.764 0.016 0.001 0.027 0.002 0.001 0.004 0.001 0.039 99 E 0.042 0.098 0.751 0.003 0.005 0.028 0.004 0.001 0.066 0.001 0.002 100 P 0.033 0.004 0.929 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 101 P 0.334 0.006 0.584 0.019 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 102 K 0.358 0.072 0.319 0.136 0.058 0.012 0.017 0.015 0.006 0.006 0.001 103 G 0.142 0.016 0.092 0.021 0.149 0.004 0.025 0.141 0.005 0.406 0.001 104 F 0.711 0.019 0.084 0.128 0.008 0.030 0.006 0.003 0.005 0.002 0.003 105 R 0.831 0.046 0.047 0.044 0.012 0.008 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 106 D 0.781 0.016 0.066 0.057 0.010 0.038 0.010 0.003 0.017 0.001 0.001 107 L 0.964 0.001 0.002 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 F 0.938 0.004 0.007 0.046 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 109 D 0.936 0.001 0.005 0.047 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 110 K 0.497 0.009 0.020 0.449 0.003 0.008 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 111 L 0.475 0.044 0.342 0.025 0.007 0.024 0.009 0.002 0.069 0.003 0.001 112 P 0.964 0.001 0.014 0.015 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.929 0.008 0.011 0.040 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 114 F 0.851 0.006 0.016 0.119 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 K 0.943 0.006 0.014 0.021 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 116 Q 0.835 0.016 0.028 0.101 0.007 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 117 V 0.676 0.034 0.074 0.192 0.002 0.011 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 118 L 0.401 0.135 0.226 0.158 0.021 0.018 0.019 0.003 0.014 0.004 0.001 119 N 0.160 0.025 0.105 0.406 0.005 0.083 0.169 0.012 0.030 0.003 0.001 120 M 0.021 0.286 0.553 0.003 0.012 0.016 0.006 0.001 0.103 0.001 0.001 121 P 0.049 0.008 0.871 0.003 0.001 0.045 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 122 T 0.161 0.144 0.577 0.034 0.020 0.043 0.004 0.003 0.010 0.001 0.004 123 K 0.137 0.494 0.213 0.026 0.059 0.032 0.006 0.002 0.032 0.001 0.001 124 R 0.121 0.244 0.540 0.025 0.008 0.043 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 125 L 0.196 0.353 0.266 0.057 0.030 0.061 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 126 R 0.183 0.236 0.237 0.203 0.064 0.026 0.023 0.003 0.020 0.005 0.001 127 G 0.054 0.026 0.153 0.045 0.160 0.003 0.043 0.267 0.006 0.241 0.002 128 A 0.025 0.126 0.756 0.001 0.041 0.007 0.003 0.001 0.029 0.006 0.003 129 P 0.088 0.010 0.784 0.007 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 130 C 0.106 0.428 0.269 0.048 0.095 0.023 0.008 0.005 0.015 0.003 0.001 131 Q 0.103 0.589 0.170 0.031 0.047 0.029 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 132 Q 0.043 0.542 0.285 0.013 0.056 0.032 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 133 K 0.055 0.613 0.217 0.020 0.029 0.036 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 134 I 0.035 0.484 0.381 0.004 0.014 0.060 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 135 V 0.332 0.304 0.139 0.124 0.009 0.055 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 136 S 0.053 0.395 0.194 0.156 0.120 0.014 0.021 0.003 0.040 0.004 0.001 137 G 0.026 0.010 0.030 0.007 0.082 0.001 0.037 0.343 0.002 0.461 0.001 138 D 0.240 0.166 0.245 0.174 0.067 0.046 0.027 0.007 0.019 0.008 0.002 139 D 0.139 0.194 0.223 0.196 0.058 0.061 0.073 0.014 0.034 0.005 0.003 140 V 0.048 0.457 0.352 0.040 0.052 0.029 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 141 D 0.019 0.162 0.476 0.013 0.018 0.208 0.017 0.001 0.084 0.001 0.001 142 L 0.698 0.073 0.059 0.096 0.015 0.030 0.011 0.004 0.014 0.001 0.001 143 N 0.576 0.044 0.028 0.322 0.007 0.010 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 144 R 0.170 0.181 0.117 0.409 0.033 0.019 0.043 0.005 0.023 0.001 0.001 145 I 0.012 0.332 0.402 0.001 0.014 0.021 0.016 0.001 0.201 0.001 0.001 146 P 0.102 0.007 0.775 0.005 0.001 0.051 0.001 0.001 0.002 0.001 0.058 147 I 0.085 0.362 0.412 0.030 0.029 0.043 0.006 0.001 0.031 0.001 0.002 148 M 0.098 0.232 0.535 0.037 0.014 0.062 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 149 T 0.040 0.597 0.171 0.036 0.107 0.019 0.007 0.002 0.020 0.001 0.001 150 C 0.038 0.419 0.363 0.035 0.076 0.049 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 151 W 0.004 0.235 0.493 0.002 0.049 0.033 0.002 0.001 0.179 0.002 0.001 152 P 0.861 0.001 0.108 0.015 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 153 E 0.475 0.013 0.026 0.426 0.007 0.008 0.011 0.026 0.007 0.002 0.001 154 D 0.071 0.069 0.321 0.382 0.020 0.050 0.037 0.001 0.047 0.001 0.001 155 A 0.170 0.021 0.167 0.196 0.021 0.013 0.221 0.152 0.005 0.031 0.002 156 A 0.061 0.217 0.598 0.002 0.064 0.006 0.004 0.001 0.034 0.010 0.001 157 P 0.250 0.007 0.608 0.012 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 158 L 0.097 0.433 0.216 0.071 0.066 0.062 0.010 0.003 0.040 0.001 0.001 159 I 0.046 0.632 0.164 0.035 0.040 0.041 0.003 0.001 0.038 0.001 0.001 160 T 0.046 0.486 0.262 0.032 0.105 0.042 0.005 0.002 0.018 0.002 0.001 161 W 0.104 0.336 0.193 0.077 0.180 0.029 0.034 0.008 0.033 0.007 0.001 162 G 0.075 0.209 0.368 0.028 0.232 0.014 0.013 0.023 0.008 0.027 0.003 163 L 0.059 0.578 0.236 0.013 0.059 0.027 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 164 T 0.049 0.671 0.191 0.008 0.025 0.032 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 165 V 0.058 0.673 0.145 0.026 0.025 0.037 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 166 T 0.054 0.492 0.230 0.030 0.123 0.038 0.007 0.002 0.020 0.002 0.001 167 R 0.074 0.453 0.209 0.100 0.060 0.047 0.008 0.001 0.045 0.001 0.001 168 G 0.021 0.072 0.362 0.004 0.295 0.012 0.016 0.007 0.054 0.155 0.001 169 P 0.690 0.005 0.148 0.076 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 170 H 0.294 0.071 0.110 0.401 0.023 0.036 0.029 0.013 0.020 0.004 0.001 171 K 0.207 0.168 0.134 0.286 0.087 0.014 0.055 0.020 0.019 0.009 0.001 172 E 0.157 0.120 0.136 0.176 0.083 0.028 0.186 0.075 0.025 0.014 0.001 173 R 0.067 0.387 0.325 0.049 0.063 0.040 0.019 0.004 0.041 0.004 0.001 174 Q 0.164 0.365 0.331 0.057 0.024 0.033 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 175 N 0.041 0.121 0.236 0.056 0.054 0.266 0.107 0.005 0.108 0.004 0.002 176 L 0.215 0.325 0.171 0.212 0.024 0.024 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 177 G 0.164 0.188 0.180 0.053 0.280 0.014 0.012 0.028 0.008 0.072 0.001 178 I 0.126 0.522 0.170 0.079 0.038 0.027 0.004 0.001 0.031 0.001 0.001 179 Y 0.125 0.279 0.298 0.077 0.054 0.077 0.029 0.006 0.049 0.007 0.001 180 R 0.155 0.301 0.244 0.051 0.111 0.042 0.029 0.014 0.032 0.019 0.001