# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 51.5882 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.030 0.016 0.018 0.011 0.018 0.044 0.002 0.001 0.004 0.787 2 D 0.034 0.022 0.004 0.019 0.017 0.025 0.170 0.002 0.001 0.004 0.702 3 A 0.186 0.030 0.005 0.012 0.005 0.010 0.131 0.003 0.001 0.012 0.606 4 M 0.147 0.072 0.007 0.019 0.008 0.013 0.139 0.003 0.001 0.007 0.585 5 K 0.169 0.063 0.007 0.012 0.008 0.012 0.257 0.004 0.001 0.009 0.459 6 Y 0.233 0.151 0.013 0.021 0.005 0.015 0.111 0.005 0.001 0.008 0.438 7 N 0.045 0.176 0.004 0.018 0.006 0.007 0.089 0.005 0.001 0.003 0.647 8 D 0.130 0.098 0.002 0.002 0.001 0.001 0.297 0.006 0.001 0.006 0.456 9 L 0.093 0.398 0.013 0.007 0.002 0.004 0.122 0.008 0.001 0.006 0.346 10 R 0.012 0.547 0.001 0.003 0.001 0.002 0.175 0.004 0.001 0.004 0.250 11 D 0.016 0.621 0.001 0.001 0.001 0.001 0.213 0.004 0.001 0.002 0.141 12 F 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 13 L 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 14 T 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 15 L 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 16 L 0.012 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 17 E 0.014 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 18 Q 0.015 0.941 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.022 19 Q 0.099 0.828 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.036 20 G 0.303 0.449 0.021 0.002 0.003 0.002 0.010 0.101 0.001 0.004 0.106 21 E 0.155 0.094 0.422 0.010 0.010 0.007 0.049 0.032 0.001 0.004 0.217 22 L 0.055 0.039 0.202 0.100 0.039 0.061 0.052 0.009 0.001 0.004 0.438 23 K 0.015 0.009 0.007 0.449 0.163 0.165 0.053 0.002 0.001 0.002 0.135 24 R 0.015 0.005 0.004 0.160 0.075 0.118 0.037 0.001 0.001 0.002 0.583 25 I 0.005 0.003 0.001 0.390 0.203 0.297 0.018 0.001 0.001 0.001 0.080 26 T 0.006 0.002 0.001 0.266 0.105 0.169 0.050 0.001 0.001 0.003 0.398 27 L 0.008 0.001 0.001 0.176 0.125 0.156 0.051 0.001 0.001 0.003 0.479 28 P 0.002 0.001 0.001 0.054 0.028 0.053 0.030 0.001 0.001 0.002 0.830 29 V 0.015 0.001 0.001 0.118 0.044 0.138 0.170 0.001 0.001 0.011 0.500 30 D 0.097 0.002 0.001 0.061 0.049 0.072 0.227 0.001 0.001 0.014 0.475 31 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.983 32 H 0.012 0.001 0.001 0.010 0.003 0.012 0.385 0.001 0.001 0.007 0.570 33 L 0.460 0.010 0.002 0.012 0.005 0.011 0.160 0.001 0.001 0.040 0.301 34 E 0.105 0.233 0.001 0.019 0.014 0.014 0.247 0.002 0.001 0.004 0.361 35 I 0.050 0.430 0.005 0.018 0.013 0.034 0.096 0.001 0.001 0.005 0.348 36 T 0.017 0.783 0.001 0.012 0.009 0.012 0.021 0.001 0.001 0.001 0.143 37 E 0.016 0.685 0.001 0.002 0.003 0.006 0.086 0.004 0.001 0.002 0.195 38 I 0.017 0.920 0.003 0.001 0.002 0.005 0.008 0.003 0.001 0.001 0.040 39 A 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 40 D 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.018 41 R 0.016 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.035 42 T 0.019 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.008 43 L 0.018 0.952 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.011 44 R 0.035 0.907 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.034 45 A 0.116 0.734 0.007 0.001 0.001 0.002 0.003 0.041 0.001 0.001 0.094 46 G 0.419 0.138 0.024 0.005 0.004 0.002 0.008 0.187 0.001 0.002 0.210 47 G 0.150 0.028 0.487 0.017 0.006 0.007 0.027 0.009 0.001 0.004 0.265 48 P 0.002 0.001 0.014 0.015 0.005 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.944 49 A 0.035 0.004 0.003 0.201 0.051 0.107 0.067 0.001 0.001 0.003 0.527 50 L 0.097 0.012 0.001 0.266 0.075 0.089 0.056 0.001 0.001 0.004 0.399 51 L 0.037 0.021 0.002 0.254 0.092 0.133 0.055 0.001 0.001 0.002 0.403 52 F 0.027 0.010 0.001 0.271 0.150 0.310 0.048 0.001 0.001 0.003 0.179 53 E 0.028 0.010 0.002 0.210 0.094 0.226 0.074 0.003 0.001 0.005 0.349 54 N 0.038 0.006 0.003 0.064 0.123 0.120 0.119 0.002 0.001 0.004 0.520 55 P 0.004 0.001 0.002 0.014 0.015 0.018 0.023 0.001 0.001 0.001 0.920 56 K 0.011 0.001 0.001 0.024 0.026 0.051 0.301 0.001 0.001 0.006 0.579 57 G 0.323 0.003 0.001 0.013 0.011 0.015 0.101 0.001 0.001 0.028 0.503 58 Y 0.285 0.024 0.006 0.037 0.027 0.036 0.134 0.001 0.001 0.012 0.437 59 S 0.037 0.005 0.004 0.025 0.028 0.045 0.104 0.001 0.001 0.005 0.747 60 M 0.050 0.004 0.005 0.106 0.073 0.155 0.058 0.001 0.001 0.006 0.542 61 P 0.009 0.002 0.001 0.035 0.044 0.062 0.039 0.001 0.001 0.001 0.807 62 V 0.016 0.004 0.001 0.130 0.227 0.332 0.059 0.001 0.001 0.003 0.228 63 L 0.012 0.010 0.001 0.220 0.169 0.427 0.041 0.001 0.001 0.002 0.118 64 C 0.008 0.019 0.001 0.276 0.208 0.362 0.028 0.001 0.001 0.002 0.096 65 N 0.019 0.029 0.001 0.259 0.162 0.254 0.055 0.001 0.001 0.003 0.216 66 L 0.055 0.029 0.007 0.155 0.081 0.135 0.084 0.004 0.001 0.006 0.445 67 F 0.064 0.036 0.016 0.181 0.050 0.127 0.175 0.008 0.001 0.012 0.331 68 G 0.088 0.028 0.021 0.166 0.060 0.096 0.196 0.008 0.001 0.019 0.318 69 T 0.082 0.017 0.008 0.019 0.007 0.012 0.361 0.002 0.001 0.004 0.488 70 P 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.984 71 K 0.003 0.010 0.001 0.003 0.002 0.006 0.473 0.001 0.001 0.007 0.496 72 R 0.033 0.067 0.001 0.002 0.002 0.008 0.720 0.001 0.001 0.023 0.144 73 V 0.017 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 74 A 0.011 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 75 M 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 76 G 0.107 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.016 77 M 0.072 0.831 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.001 0.001 0.007 78 G 0.232 0.098 0.026 0.002 0.001 0.001 0.008 0.506 0.001 0.002 0.122 79 Q 0.026 0.003 0.927 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.037 80 E 0.002 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.948 81 D 0.025 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 0.164 0.001 0.001 0.004 0.782 82 V 0.111 0.013 0.002 0.033 0.001 0.002 0.201 0.001 0.001 0.017 0.620 83 S 0.036 0.021 0.001 0.007 0.001 0.001 0.685 0.001 0.001 0.011 0.238 84 A 0.137 0.124 0.001 0.016 0.001 0.002 0.345 0.002 0.001 0.013 0.358 85 L 0.073 0.642 0.001 0.006 0.001 0.002 0.096 0.002 0.001 0.005 0.171 86 R 0.019 0.757 0.001 0.001 0.001 0.002 0.100 0.008 0.001 0.004 0.106 87 E 0.024 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.088 88 V 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 89 G 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 90 K 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 91 L 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 92 L 0.012 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 93 A 0.007 0.981 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 94 F 0.042 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.031 95 L 0.244 0.708 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.028 96 K 0.115 0.340 0.020 0.004 0.003 0.002 0.002 0.278 0.001 0.001 0.236 97 E 0.317 0.079 0.108 0.007 0.001 0.002 0.006 0.024 0.001 0.001 0.454 98 P 0.004 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 99 E 0.032 0.001 0.003 0.054 0.002 0.009 0.048 0.001 0.001 0.001 0.848 100 P 0.049 0.001 0.002 0.012 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.916 101 P 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.965 102 K 0.073 0.004 0.001 0.044 0.002 0.007 0.145 0.001 0.001 0.003 0.721 103 G 0.187 0.013 0.001 0.016 0.002 0.002 0.110 0.001 0.001 0.002 0.668 104 F 0.200 0.104 0.004 0.017 0.002 0.006 0.081 0.001 0.001 0.003 0.583 105 R 0.016 0.099 0.001 0.016 0.005 0.012 0.147 0.001 0.001 0.001 0.700 106 D 0.075 0.169 0.001 0.003 0.002 0.003 0.125 0.002 0.001 0.003 0.618 107 L 0.080 0.696 0.001 0.002 0.002 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.194 108 F 0.028 0.883 0.001 0.002 0.002 0.003 0.018 0.003 0.001 0.001 0.060 109 D 0.068 0.808 0.002 0.001 0.001 0.003 0.026 0.010 0.001 0.001 0.082 110 K 0.162 0.744 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.001 0.001 0.046 111 L 0.367 0.544 0.030 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.042 112 P 0.003 0.031 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.945 113 Q 0.014 0.041 0.001 0.004 0.001 0.001 0.047 0.004 0.001 0.001 0.885 114 F 0.452 0.258 0.004 0.003 0.001 0.001 0.032 0.002 0.001 0.002 0.245 115 K 0.033 0.793 0.001 0.007 0.003 0.005 0.021 0.006 0.001 0.001 0.131 116 Q 0.170 0.569 0.003 0.002 0.001 0.003 0.023 0.002 0.001 0.001 0.224 117 V 0.200 0.661 0.002 0.005 0.004 0.004 0.007 0.008 0.001 0.001 0.107 118 L 0.143 0.617 0.006 0.010 0.007 0.012 0.012 0.038 0.001 0.002 0.153 119 N 0.227 0.174 0.027 0.008 0.005 0.009 0.015 0.081 0.001 0.002 0.452 120 M 0.358 0.079 0.086 0.044 0.016 0.028 0.018 0.032 0.001 0.003 0.336 121 P 0.009 0.001 0.005 0.011 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.956 122 T 0.007 0.001 0.005 0.022 0.005 0.011 0.019 0.001 0.001 0.001 0.929 123 K 0.024 0.002 0.001 0.227 0.054 0.117 0.142 0.001 0.001 0.003 0.431 124 R 0.129 0.008 0.001 0.153 0.023 0.025 0.087 0.001 0.001 0.004 0.570 125 L 0.090 0.021 0.001 0.281 0.056 0.094 0.102 0.001 0.001 0.005 0.350 126 R 0.023 0.011 0.001 0.217 0.039 0.089 0.117 0.001 0.001 0.003 0.499 127 G 0.073 0.007 0.001 0.053 0.014 0.026 0.073 0.002 0.001 0.008 0.744 128 A 0.279 0.012 0.019 0.066 0.033 0.079 0.133 0.001 0.001 0.015 0.363 129 P 0.002 0.001 0.001 0.008 0.004 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.969 130 C 0.014 0.005 0.001 0.045 0.043 0.117 0.100 0.001 0.001 0.003 0.673 131 Q 0.088 0.026 0.001 0.058 0.070 0.197 0.067 0.001 0.001 0.007 0.486 132 Q 0.089 0.095 0.001 0.045 0.077 0.141 0.058 0.002 0.001 0.004 0.488 133 K 0.148 0.082 0.003 0.079 0.148 0.178 0.045 0.004 0.001 0.004 0.309 134 I 0.114 0.110 0.007 0.122 0.129 0.176 0.044 0.006 0.001 0.004 0.287 135 V 0.023 0.058 0.010 0.143 0.194 0.318 0.048 0.006 0.001 0.003 0.197 136 S 0.025 0.028 0.005 0.089 0.106 0.216 0.084 0.007 0.001 0.003 0.436 137 G 0.050 0.010 0.010 0.071 0.062 0.086 0.068 0.003 0.001 0.006 0.633 138 D 0.028 0.004 0.007 0.028 0.021 0.034 0.213 0.001 0.001 0.008 0.654 139 D 0.085 0.003 0.003 0.025 0.026 0.037 0.228 0.002 0.001 0.018 0.572 140 V 0.163 0.012 0.007 0.069 0.048 0.061 0.190 0.002 0.001 0.030 0.417 141 D 0.070 0.011 0.002 0.038 0.053 0.036 0.447 0.001 0.001 0.008 0.334 142 L 0.019 0.004 0.004 0.025 0.014 0.017 0.040 0.001 0.001 0.005 0.871 143 N 0.020 0.005 0.001 0.057 0.055 0.107 0.510 0.001 0.001 0.011 0.233 144 R 0.352 0.006 0.005 0.023 0.013 0.030 0.132 0.003 0.001 0.048 0.389 145 I 0.281 0.027 0.014 0.149 0.063 0.136 0.105 0.004 0.001 0.009 0.212 146 P 0.002 0.001 0.001 0.010 0.005 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.969 147 I 0.014 0.001 0.002 0.108 0.048 0.114 0.057 0.001 0.001 0.002 0.654 148 M 0.032 0.001 0.001 0.050 0.043 0.071 0.044 0.001 0.001 0.002 0.756 149 T 0.072 0.007 0.001 0.112 0.081 0.140 0.094 0.001 0.001 0.005 0.488 150 C 0.044 0.004 0.003 0.094 0.053 0.124 0.076 0.001 0.001 0.004 0.598 151 W 0.030 0.005 0.001 0.157 0.123 0.161 0.146 0.001 0.001 0.003 0.373 152 P 0.003 0.001 0.001 0.011 0.004 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.964 153 E 0.024 0.002 0.001 0.040 0.036 0.065 0.175 0.001 0.001 0.006 0.651 154 D 0.195 0.003 0.001 0.023 0.018 0.024 0.136 0.001 0.001 0.015 0.582 155 A 0.158 0.016 0.007 0.048 0.031 0.060 0.082 0.001 0.001 0.013 0.584 156 A 0.040 0.008 0.003 0.114 0.138 0.215 0.173 0.001 0.001 0.006 0.302 157 P 0.011 0.002 0.001 0.015 0.009 0.014 0.014 0.001 0.001 0.001 0.933 158 L 0.036 0.010 0.002 0.124 0.173 0.291 0.066 0.001 0.001 0.003 0.293 159 I 0.037 0.019 0.001 0.154 0.198 0.304 0.062 0.001 0.001 0.005 0.220 160 T 0.030 0.024 0.001 0.109 0.223 0.356 0.062 0.001 0.001 0.004 0.190 161 W 0.018 0.008 0.003 0.110 0.175 0.346 0.062 0.001 0.001 0.004 0.273 162 G 0.026 0.004 0.003 0.092 0.077 0.198 0.099 0.001 0.001 0.011 0.488 163 L 0.057 0.004 0.026 0.160 0.254 0.291 0.066 0.001 0.001 0.015 0.125 164 T 0.009 0.007 0.003 0.246 0.271 0.244 0.046 0.001 0.001 0.002 0.171 165 V 0.005 0.003 0.001 0.179 0.251 0.359 0.026 0.001 0.001 0.002 0.173 166 T 0.005 0.002 0.001 0.101 0.295 0.466 0.023 0.001 0.001 0.001 0.107 167 R 0.008 0.002 0.002 0.083 0.126 0.269 0.047 0.001 0.001 0.003 0.459 168 G 0.011 0.001 0.002 0.052 0.199 0.274 0.158 0.001 0.001 0.004 0.297 169 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.009 0.018 0.001 0.001 0.001 0.959 170 H 0.012 0.001 0.001 0.013 0.018 0.034 0.348 0.001 0.001 0.012 0.562 171 K 0.629 0.003 0.001 0.006 0.006 0.007 0.071 0.001 0.001 0.046 0.230 172 E 0.258 0.030 0.002 0.013 0.021 0.015 0.201 0.001 0.001 0.010 0.448 173 R 0.098 0.019 0.013 0.027 0.041 0.087 0.167 0.001 0.001 0.012 0.536 174 Q 0.025 0.026 0.003 0.069 0.150 0.264 0.110 0.001 0.001 0.004 0.349 175 N 0.026 0.023 0.001 0.025 0.130 0.237 0.120 0.001 0.001 0.005 0.431 176 L 0.047 0.031 0.003 0.032 0.171 0.315 0.044 0.001 0.001 0.006 0.350 177 G 0.032 0.031 0.003 0.080 0.197 0.249 0.118 0.002 0.001 0.008 0.281 178 I 0.043 0.029 0.012 0.065 0.133 0.244 0.096 0.002 0.001 0.009 0.368 179 Y 0.015 0.032 0.003 0.145 0.229 0.355 0.055 0.002 0.001 0.003 0.161 180 R 0.019 0.038 0.004 0.090 0.117 0.239 0.069 0.002 0.001 0.004 0.419