# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 51.5882 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 2 D 0.024 0.016 0.030 0.087 0.007 0.066 0.771 3 A 0.023 0.015 0.088 0.082 0.162 0.179 0.450 4 M 0.024 0.016 0.031 0.022 0.210 0.037 0.662 5 K 0.033 0.016 0.038 0.030 0.089 0.052 0.743 6 Y 0.011 0.010 0.207 0.252 0.105 0.136 0.280 7 N 0.006 0.008 0.138 0.358 0.160 0.142 0.188 8 D 0.005 0.040 0.046 0.345 0.125 0.053 0.386 9 L 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.004 0.003 10 R 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 11 D 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 12 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 14 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.011 0.001 18 Q 0.001 0.001 0.003 0.904 0.003 0.089 0.002 19 Q 0.001 0.001 0.005 0.215 0.009 0.765 0.005 20 G 0.001 0.001 0.004 0.010 0.036 0.917 0.032 21 E 0.055 0.004 0.007 0.003 0.136 0.026 0.769 22 L 0.711 0.022 0.007 0.002 0.045 0.011 0.200 23 K 0.909 0.004 0.002 0.001 0.007 0.003 0.073 24 R 0.976 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 25 I 0.934 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.057 26 T 0.587 0.003 0.001 0.002 0.106 0.003 0.297 27 L 0.336 0.005 0.001 0.004 0.275 0.004 0.375 28 P 0.196 0.013 0.001 0.003 0.114 0.040 0.633 29 V 0.083 0.081 0.001 0.007 0.148 0.027 0.651 30 D 0.026 0.005 0.001 0.006 0.061 0.005 0.895 31 P 0.002 0.001 0.068 0.390 0.044 0.462 0.033 32 H 0.004 0.001 0.064 0.560 0.028 0.330 0.011 33 L 0.014 0.007 0.035 0.831 0.035 0.028 0.050 34 E 0.018 0.010 0.004 0.891 0.011 0.015 0.051 35 I 0.002 0.001 0.003 0.981 0.002 0.005 0.006 36 T 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.003 0.002 37 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.004 0.001 38 I 0.002 0.001 0.003 0.986 0.001 0.007 0.002 39 A 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.010 0.002 40 D 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.012 0.003 41 R 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.009 0.003 42 T 0.001 0.001 0.002 0.984 0.002 0.008 0.002 43 L 0.003 0.001 0.005 0.970 0.003 0.014 0.004 44 R 0.002 0.001 0.010 0.913 0.007 0.061 0.006 45 A 0.001 0.001 0.006 0.414 0.010 0.565 0.004 46 G 0.001 0.001 0.003 0.015 0.042 0.905 0.034 47 G 0.011 0.004 0.002 0.002 0.231 0.020 0.730 48 P 0.147 0.020 0.007 0.002 0.165 0.030 0.629 49 A 0.586 0.041 0.013 0.003 0.065 0.028 0.264 50 L 0.781 0.007 0.011 0.005 0.032 0.010 0.154 51 L 0.907 0.008 0.010 0.005 0.015 0.006 0.048 52 F 0.870 0.006 0.004 0.004 0.010 0.008 0.099 53 E 0.665 0.041 0.006 0.005 0.068 0.032 0.183 54 N 0.177 0.017 0.003 0.001 0.146 0.016 0.641 55 P 0.033 0.008 0.039 0.002 0.190 0.435 0.293 56 K 0.007 0.007 0.051 0.002 0.112 0.753 0.068 57 G 0.010 0.007 0.112 0.003 0.239 0.505 0.124 58 Y 0.032 0.014 0.029 0.004 0.213 0.123 0.585 59 S 0.073 0.074 0.020 0.005 0.288 0.140 0.400 60 M 0.220 0.013 0.004 0.004 0.370 0.012 0.376 61 P 0.415 0.010 0.004 0.007 0.126 0.019 0.418 62 V 0.925 0.008 0.002 0.004 0.013 0.005 0.043 63 L 0.947 0.005 0.001 0.007 0.006 0.002 0.031 64 C 0.911 0.005 0.008 0.020 0.010 0.007 0.040 65 N 0.792 0.003 0.016 0.028 0.030 0.030 0.101 66 L 0.513 0.009 0.070 0.027 0.073 0.124 0.184 67 F 0.302 0.021 0.049 0.039 0.151 0.210 0.228 68 G 0.099 0.022 0.011 0.019 0.396 0.089 0.363 69 T 0.036 0.010 0.002 0.009 0.162 0.010 0.771 70 P 0.002 0.001 0.027 0.917 0.006 0.037 0.010 71 K 0.001 0.001 0.024 0.941 0.003 0.026 0.003 72 R 0.002 0.001 0.019 0.964 0.001 0.008 0.005 73 V 0.004 0.001 0.006 0.977 0.002 0.006 0.005 74 A 0.006 0.001 0.010 0.954 0.005 0.020 0.004 75 M 0.002 0.001 0.010 0.908 0.002 0.075 0.003 76 G 0.003 0.002 0.018 0.764 0.012 0.178 0.023 77 M 0.007 0.008 0.032 0.288 0.064 0.522 0.081 78 G 0.007 0.006 0.019 0.053 0.149 0.557 0.209 79 Q 0.005 0.008 0.030 0.042 0.312 0.057 0.546 80 E 0.009 0.019 0.063 0.073 0.325 0.108 0.403 81 D 0.011 0.018 0.074 0.131 0.148 0.133 0.485 82 V 0.001 0.002 0.152 0.759 0.011 0.039 0.036 83 S 0.001 0.001 0.103 0.848 0.006 0.030 0.012 84 A 0.001 0.001 0.069 0.893 0.004 0.026 0.008 85 L 0.001 0.001 0.008 0.977 0.003 0.007 0.005 86 R 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.006 0.002 87 E 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.011 0.001 88 V 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 89 G 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.006 0.001 90 K 0.001 0.001 0.008 0.965 0.001 0.023 0.003 91 L 0.001 0.001 0.014 0.939 0.002 0.041 0.005 92 L 0.001 0.001 0.037 0.925 0.003 0.028 0.005 93 A 0.001 0.001 0.091 0.751 0.007 0.139 0.011 94 F 0.001 0.001 0.185 0.571 0.008 0.218 0.016 95 L 0.010 0.016 0.128 0.367 0.094 0.253 0.131 96 K 0.008 0.013 0.089 0.194 0.106 0.419 0.171 97 E 0.006 0.005 0.007 0.008 0.506 0.057 0.412 98 P 0.006 0.008 0.005 0.005 0.178 0.195 0.604 99 E 0.007 0.023 0.003 0.003 0.213 0.069 0.682 100 P 0.006 0.008 0.002 0.002 0.098 0.008 0.876 101 P 0.008 0.008 0.027 0.026 0.053 0.040 0.839 102 K 0.016 0.029 0.090 0.199 0.272 0.142 0.251 103 G 0.018 0.025 0.093 0.220 0.182 0.112 0.349 104 F 0.003 0.003 0.046 0.861 0.012 0.027 0.050 105 R 0.001 0.001 0.030 0.926 0.006 0.017 0.019 106 D 0.001 0.001 0.075 0.883 0.005 0.021 0.014 107 L 0.001 0.001 0.080 0.882 0.003 0.027 0.006 108 F 0.002 0.001 0.117 0.819 0.009 0.047 0.006 109 D 0.001 0.001 0.088 0.701 0.005 0.200 0.006 110 K 0.001 0.001 0.052 0.634 0.009 0.290 0.013 111 L 0.008 0.005 0.012 0.229 0.287 0.040 0.418 112 P 0.002 0.001 0.066 0.714 0.014 0.136 0.066 113 Q 0.004 0.004 0.058 0.755 0.016 0.138 0.025 114 F 0.006 0.002 0.052 0.842 0.008 0.061 0.029 115 K 0.008 0.002 0.044 0.880 0.009 0.042 0.014 116 Q 0.006 0.001 0.046 0.842 0.009 0.082 0.015 117 V 0.004 0.001 0.059 0.719 0.023 0.170 0.023 118 L 0.011 0.013 0.030 0.410 0.102 0.351 0.083 119 N 0.022 0.008 0.017 0.047 0.165 0.481 0.261 120 M 0.037 0.008 0.003 0.005 0.243 0.012 0.693 121 P 0.075 0.019 0.004 0.003 0.018 0.008 0.873 122 T 0.250 0.019 0.041 0.036 0.041 0.015 0.598 123 K 0.499 0.020 0.117 0.056 0.054 0.018 0.235 124 R 0.620 0.022 0.088 0.088 0.030 0.022 0.130 125 L 0.473 0.032 0.048 0.053 0.053 0.039 0.301 126 R 0.144 0.010 0.026 0.035 0.144 0.441 0.200 127 G 0.041 0.002 0.014 0.012 0.301 0.484 0.146 128 A 0.138 0.014 0.007 0.021 0.246 0.025 0.549 129 P 0.361 0.025 0.008 0.016 0.046 0.029 0.515 130 C 0.706 0.014 0.008 0.008 0.046 0.013 0.204 131 Q 0.843 0.004 0.006 0.008 0.028 0.005 0.106 132 Q 0.931 0.002 0.004 0.013 0.013 0.002 0.034 133 K 0.947 0.002 0.002 0.019 0.004 0.003 0.023 134 I 0.936 0.004 0.001 0.018 0.005 0.004 0.032 135 V 0.866 0.009 0.002 0.016 0.012 0.017 0.077 136 S 0.499 0.015 0.006 0.015 0.085 0.171 0.209 137 G 0.097 0.005 0.025 0.008 0.301 0.341 0.223 138 D 0.089 0.005 0.044 0.006 0.302 0.298 0.256 139 D 0.213 0.057 0.055 0.004 0.186 0.150 0.334 140 V 0.250 0.147 0.017 0.003 0.158 0.019 0.406 141 D 0.137 0.038 0.013 0.002 0.027 0.013 0.769 142 L 0.003 0.002 0.788 0.028 0.006 0.164 0.009 143 N 0.003 0.001 0.681 0.030 0.013 0.261 0.012 144 R 0.009 0.004 0.707 0.021 0.052 0.170 0.037 145 I 0.071 0.029 0.009 0.006 0.400 0.007 0.477 146 P 0.098 0.063 0.005 0.001 0.030 0.012 0.791 147 I 0.200 0.093 0.027 0.007 0.051 0.024 0.598 148 M 0.323 0.014 0.033 0.015 0.127 0.031 0.456 149 T 0.422 0.024 0.049 0.024 0.105 0.040 0.335 150 C 0.300 0.095 0.011 0.028 0.122 0.028 0.416 151 W 0.067 0.023 0.006 0.007 0.086 0.017 0.794 152 P 0.005 0.003 0.036 0.022 0.040 0.861 0.033 153 E 0.003 0.002 0.042 0.013 0.074 0.832 0.035 154 D 0.019 0.025 0.071 0.027 0.270 0.293 0.296 155 A 0.048 0.092 0.029 0.042 0.234 0.215 0.340 156 A 0.087 0.033 0.064 0.063 0.209 0.067 0.477 157 P 0.112 0.014 0.141 0.121 0.169 0.112 0.330 158 L 0.253 0.036 0.162 0.136 0.100 0.125 0.187 159 I 0.462 0.069 0.041 0.043 0.078 0.054 0.254 160 T 0.465 0.034 0.023 0.029 0.075 0.047 0.326 161 W 0.318 0.006 0.041 0.053 0.162 0.239 0.181 162 G 0.395 0.004 0.037 0.029 0.131 0.197 0.207 163 L 0.704 0.019 0.025 0.023 0.038 0.035 0.156 164 T 0.832 0.021 0.008 0.016 0.016 0.017 0.090 165 V 0.837 0.013 0.007 0.012 0.024 0.012 0.095 166 T 0.700 0.020 0.005 0.008 0.048 0.030 0.190 167 R 0.458 0.049 0.003 0.004 0.175 0.028 0.283 168 G 0.126 0.022 0.002 0.001 0.149 0.011 0.689 169 P 0.012 0.004 0.028 0.006 0.122 0.677 0.151 170 H 0.009 0.009 0.035 0.006 0.152 0.698 0.090 171 K 0.014 0.007 0.062 0.010 0.345 0.464 0.098 172 E 0.051 0.010 0.029 0.011 0.255 0.396 0.249 173 R 0.302 0.052 0.018 0.007 0.139 0.040 0.441 174 Q 0.655 0.045 0.009 0.005 0.048 0.015 0.225 175 N 0.760 0.015 0.011 0.008 0.037 0.021 0.148 176 L 0.781 0.010 0.012 0.010 0.027 0.021 0.140 177 G 0.766 0.006 0.015 0.010 0.045 0.031 0.126 178 I 0.718 0.016 0.014 0.010 0.055 0.030 0.157 179 Y 0.450 0.032 0.006 0.007 0.011 0.019 0.476 180 R 0.019 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.975