# TARGET T0355 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0355.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.003 0.004 0.016 0.083 0.883 2 Q 0.084 0.048 0.014 0.114 0.092 0.647 3 T 0.106 0.041 0.016 0.128 0.117 0.593 4 I 0.051 0.018 0.043 0.181 0.217 0.490 5 S 0.036 0.013 0.034 0.130 0.369 0.420 6 D 0.013 0.004 0.061 0.205 0.469 0.249 7 N 0.011 0.007 0.047 0.181 0.445 0.308 8 A 0.011 0.009 0.030 0.250 0.369 0.332 9 A 0.003 0.001 0.034 0.636 0.171 0.154 10 N 0.003 0.002 0.028 0.750 0.116 0.101 11 A 0.001 0.001 0.065 0.829 0.075 0.028 12 I 0.003 0.002 0.059 0.867 0.055 0.014 13 Q 0.002 0.001 0.106 0.837 0.048 0.007 14 E 0.002 0.001 0.080 0.833 0.067 0.018 15 I 0.004 0.001 0.050 0.779 0.094 0.071 16 F 0.010 0.015 0.045 0.505 0.210 0.215 17 G 0.024 0.009 0.024 0.110 0.352 0.481 18 R 0.062 0.014 0.011 0.020 0.375 0.518 19 S 0.055 0.009 0.007 0.004 0.225 0.699 20 K 0.150 0.011 0.007 0.002 0.193 0.637 21 A 0.391 0.005 0.010 0.002 0.119 0.473 22 L 0.863 0.007 0.004 0.001 0.034 0.092 23 I 0.972 0.002 0.001 0.001 0.005 0.020 24 G 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 25 M 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 26 I 0.915 0.002 0.001 0.001 0.012 0.071 27 H 0.594 0.008 0.001 0.001 0.039 0.358 28 C 0.153 0.012 0.002 0.001 0.118 0.713 29 P 0.046 0.002 0.004 0.001 0.143 0.805 30 A 0.071 0.028 0.016 0.002 0.219 0.664 31 F 0.093 0.067 0.013 0.003 0.378 0.446 32 P 0.082 0.016 0.007 0.003 0.286 0.606 33 G 0.077 0.039 0.009 0.004 0.330 0.541 34 A 0.075 0.074 0.016 0.005 0.571 0.260 35 P 0.068 0.054 0.056 0.016 0.521 0.285 36 R 0.037 0.033 0.058 0.007 0.785 0.080 37 Y 0.035 0.029 0.089 0.005 0.791 0.051 38 R 0.013 0.007 0.036 0.006 0.803 0.134 39 N 0.012 0.011 0.048 0.021 0.741 0.168 40 A 0.017 0.061 0.016 0.045 0.406 0.456 41 S 0.014 0.035 0.015 0.103 0.214 0.619 42 M 0.001 0.001 0.031 0.921 0.028 0.019 43 D 0.001 0.001 0.016 0.958 0.017 0.008 44 A 0.001 0.001 0.024 0.958 0.015 0.003 45 I 0.001 0.001 0.010 0.974 0.009 0.006 46 Y 0.001 0.001 0.006 0.980 0.008 0.005 47 D 0.001 0.001 0.004 0.981 0.009 0.005 48 A 0.001 0.001 0.005 0.982 0.007 0.006 49 C 0.001 0.001 0.002 0.988 0.004 0.005 50 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 51 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 52 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 53 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 54 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 55 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 57 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 58 E 0.001 0.001 0.002 0.984 0.008 0.004 59 G 0.001 0.001 0.005 0.877 0.031 0.086 60 G 0.002 0.001 0.001 0.004 0.065 0.928 61 M 0.012 0.002 0.001 0.001 0.102 0.883 62 H 0.075 0.003 0.001 0.001 0.094 0.828 63 G 0.944 0.002 0.001 0.001 0.010 0.044 64 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 65 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 66 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 67 E 0.901 0.006 0.001 0.001 0.016 0.076 68 N 0.503 0.025 0.004 0.001 0.323 0.145 69 H 0.039 0.004 0.056 0.002 0.840 0.059 70 G 0.026 0.002 0.046 0.002 0.870 0.053 71 D 0.043 0.028 0.071 0.003 0.792 0.062 72 V 0.163 0.026 0.007 0.005 0.314 0.485 73 P 0.305 0.053 0.012 0.012 0.197 0.422 74 F 0.401 0.060 0.025 0.018 0.239 0.258 75 S 0.268 0.032 0.039 0.021 0.379 0.261 76 K 0.111 0.030 0.041 0.032 0.472 0.314 77 P 0.036 0.007 0.060 0.025 0.641 0.232 78 D 0.027 0.008 0.027 0.022 0.683 0.233 79 D 0.015 0.017 0.018 0.019 0.438 0.492 80 I 0.022 0.034 0.004 0.041 0.233 0.666 81 G 0.009 0.004 0.001 0.070 0.063 0.853 82 P 0.001 0.001 0.001 0.979 0.005 0.014 83 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 84 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 85 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 86 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 87 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 88 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 89 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 91 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 92 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 93 D 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.002 94 R 0.001 0.001 0.004 0.977 0.012 0.006 95 I 0.001 0.001 0.009 0.954 0.026 0.010 96 V 0.001 0.001 0.073 0.822 0.083 0.021 97 R 0.002 0.001 0.095 0.741 0.123 0.039 98 T 0.004 0.001 0.121 0.655 0.148 0.071 99 A 0.018 0.003 0.033 0.177 0.343 0.426 100 G 0.039 0.004 0.012 0.020 0.250 0.675 101 V 0.231 0.008 0.003 0.018 0.221 0.519 102 P 0.306 0.004 0.003 0.013 0.165 0.510 103 V 0.737 0.005 0.003 0.072 0.048 0.135 104 G 0.815 0.002 0.004 0.110 0.030 0.039 105 I 0.695 0.004 0.006 0.221 0.029 0.045 106 N 0.480 0.003 0.015 0.414 0.044 0.044 107 V 0.392 0.007 0.028 0.401 0.100 0.073 108 L 0.270 0.008 0.033 0.502 0.104 0.083 109 A 0.171 0.011 0.022 0.471 0.138 0.187 110 N 0.043 0.012 0.019 0.459 0.170 0.296 111 A 0.014 0.006 0.015 0.332 0.173 0.460 112 P 0.002 0.001 0.012 0.920 0.031 0.034 113 I 0.001 0.001 0.005 0.977 0.012 0.005 114 P 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 115 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 116 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 117 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 118 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 119 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 120 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 122 G 0.001 0.001 0.002 0.962 0.009 0.027 123 G 0.004 0.001 0.002 0.035 0.079 0.880 124 A 0.020 0.002 0.005 0.012 0.187 0.774 125 K 0.211 0.007 0.014 0.012 0.166 0.590 126 F 0.911 0.007 0.005 0.006 0.024 0.048 127 I 0.977 0.002 0.001 0.002 0.005 0.013 128 R 0.966 0.003 0.001 0.003 0.008 0.018 129 V 0.877 0.004 0.007 0.010 0.034 0.068 130 N 0.598 0.003 0.037 0.031 0.214 0.115 131 Q 0.260 0.005 0.122 0.101 0.407 0.105 132 W 0.423 0.018 0.080 0.109 0.291 0.079 133 A 0.491 0.019 0.055 0.123 0.231 0.080 134 N 0.489 0.005 0.021 0.071 0.218 0.197 135 A 0.735 0.011 0.010 0.040 0.103 0.100 136 Y 0.744 0.012 0.011 0.049 0.090 0.094 137 V 0.732 0.022 0.011 0.036 0.089 0.109 138 A 0.348 0.018 0.036 0.064 0.329 0.205 139 N 0.085 0.008 0.082 0.086 0.574 0.164 140 E 0.051 0.007 0.078 0.098 0.598 0.169 141 G 0.055 0.018 0.054 0.052 0.613 0.207 142 F 0.081 0.032 0.068 0.101 0.465 0.254 143 M 0.060 0.037 0.081 0.115 0.396 0.310 144 E 0.019 0.012 0.081 0.191 0.408 0.288 145 G 0.003 0.003 0.074 0.316 0.315 0.288 146 R 0.002 0.005 0.060 0.554 0.164 0.216 147 A 0.001 0.001 0.018 0.962 0.013 0.006 148 A 0.001 0.001 0.007 0.977 0.009 0.006 149 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 150 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 151 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 152 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 153 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 154 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 155 S 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.003 156 L 0.001 0.001 0.005 0.965 0.017 0.013 157 L 0.001 0.001 0.010 0.832 0.051 0.105 158 R 0.002 0.002 0.002 0.039 0.132 0.823 159 A 0.014 0.007 0.033 0.026 0.581 0.338 160 E 0.040 0.004 0.069 0.024 0.628 0.235 161 H 0.269 0.014 0.171 0.041 0.417 0.088 162 I 0.836 0.009 0.021 0.014 0.066 0.055 163 K 0.925 0.006 0.005 0.011 0.019 0.034 164 V 0.920 0.007 0.005 0.011 0.018 0.040 165 F 0.875 0.010 0.010 0.015 0.046 0.044 166 A 0.683 0.003 0.016 0.023 0.157 0.117 167 D 0.506 0.004 0.016 0.024 0.270 0.181 168 S 0.617 0.033 0.007 0.022 0.171 0.149 169 H 0.609 0.033 0.007 0.027 0.133 0.191 170 V 0.463 0.050 0.015 0.040 0.307 0.125 171 K 0.242 0.013 0.023 0.030 0.486 0.206 172 H 0.081 0.008 0.024 0.022 0.623 0.241 173 G 0.103 0.020 0.041 0.013 0.645 0.177 174 A 0.112 0.034 0.043 0.018 0.470 0.323 175 H 0.078 0.027 0.078 0.023 0.481 0.313 176 A 0.091 0.019 0.059 0.036 0.499 0.296 177 I 0.114 0.023 0.045 0.043 0.416 0.359 178 T 0.159 0.028 0.050 0.054 0.465 0.243 179 A 0.152 0.011 0.033 0.122 0.365 0.316 180 D 0.171 0.009 0.016 0.115 0.263 0.427 181 R 0.210 0.024 0.014 0.225 0.170 0.357 182 S 0.242 0.033 0.015 0.289 0.075 0.346 183 I 0.093 0.004 0.028 0.792 0.026 0.057 184 D 0.049 0.001 0.023 0.891 0.015 0.020 185 E 0.029 0.001 0.024 0.918 0.013 0.016 186 L 0.019 0.001 0.007 0.955 0.007 0.011 187 T 0.021 0.001 0.005 0.955 0.009 0.010 188 R 0.010 0.001 0.005 0.961 0.013 0.010 189 D 0.002 0.001 0.007 0.978 0.009 0.003 190 L 0.003 0.001 0.012 0.965 0.014 0.005 191 A 0.002 0.001 0.019 0.959 0.015 0.005 192 F 0.002 0.001 0.026 0.914 0.038 0.019 193 F 0.006 0.003 0.020 0.317 0.217 0.437 194 D 0.014 0.004 0.013 0.013 0.528 0.427 195 A 0.038 0.007 0.004 0.002 0.667 0.282 196 D 0.085 0.002 0.005 0.001 0.577 0.330 197 G 0.940 0.003 0.001 0.001 0.030 0.027 198 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 199 I 0.986 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 200 A 0.915 0.003 0.001 0.001 0.018 0.063 201 T 0.541 0.007 0.004 0.002 0.107 0.339 202 G 0.239 0.014 0.021 0.006 0.341 0.379 203 Q 0.074 0.026 0.097 0.013 0.625 0.165 204 R 0.067 0.024 0.109 0.025 0.618 0.157 205 T 0.029 0.015 0.096 0.022 0.668 0.171 206 G 0.029 0.012 0.018 0.008 0.557 0.377 207 N 0.034 0.017 0.013 0.009 0.406 0.521 208 S 0.031 0.038 0.014 0.010 0.281 0.626 209 A 0.022 0.083 0.008 0.015 0.249 0.623 210 S 0.009 0.008 0.005 0.039 0.133 0.807 211 L 0.001 0.001 0.033 0.941 0.017 0.009 212 E 0.001 0.001 0.018 0.969 0.010 0.003 213 E 0.001 0.001 0.019 0.973 0.005 0.001 214 I 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.002 215 E 0.001 0.001 0.005 0.987 0.006 0.001 216 E 0.001 0.001 0.006 0.975 0.013 0.005 217 I 0.001 0.001 0.010 0.953 0.028 0.008 218 G 0.001 0.001 0.032 0.909 0.044 0.014 219 A 0.005 0.001 0.053 0.743 0.140 0.058 220 A 0.013 0.002 0.082 0.252 0.432 0.219 221 T 0.012 0.003 0.011 0.005 0.465 0.505 222 H 0.018 0.002 0.011 0.001 0.396 0.572 223 L 0.143 0.002 0.002 0.001 0.292 0.560 224 P 0.412 0.002 0.001 0.001 0.072 0.511 225 L 0.976 0.003 0.001 0.001 0.004 0.017 226 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 227 V 0.957 0.002 0.001 0.001 0.010 0.029 228 G 0.711 0.004 0.009 0.004 0.122 0.150 229 S 0.201 0.007 0.024 0.009 0.389 0.369 230 G 0.075 0.015 0.010 0.002 0.414 0.483 231 V 0.075 0.070 0.006 0.001 0.302 0.545 232 N 0.061 0.018 0.004 0.005 0.249 0.662 233 E 0.003 0.001 0.130 0.650 0.184 0.032 234 G 0.001 0.001 0.086 0.817 0.087 0.008 235 N 0.001 0.001 0.061 0.867 0.057 0.012 236 I 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.002 237 V 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 238 E 0.001 0.001 0.008 0.986 0.004 0.001 239 I 0.001 0.001 0.009 0.982 0.006 0.001 240 L 0.001 0.001 0.022 0.961 0.014 0.001 241 K 0.001 0.001 0.019 0.939 0.033 0.008 242 R 0.004 0.001 0.027 0.790 0.139 0.039 243 T 0.020 0.020 0.017 0.279 0.465 0.201 244 S 0.023 0.001 0.007 0.019 0.545 0.405 245 G 0.472 0.004 0.005 0.007 0.264 0.248 246 V 0.962 0.003 0.001 0.001 0.012 0.022 247 I 0.987 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 248 V 0.971 0.001 0.001 0.002 0.006 0.020 249 A 0.883 0.004 0.005 0.009 0.024 0.074 250 S 0.749 0.003 0.028 0.021 0.080 0.119 251 S 0.665 0.007 0.040 0.015 0.139 0.134 252 L 0.639 0.079 0.022 0.013 0.116 0.130 253 K 0.344 0.046 0.016 0.021 0.535 0.038 254 E 0.109 0.006 0.037 0.057 0.756 0.035 255 G 0.039 0.002 0.011 0.016 0.889 0.042 256 G 0.094 0.017 0.007 0.007 0.799 0.076 257 V 0.349 0.052 0.005 0.014 0.222 0.359 258 W 0.478 0.107 0.016 0.020 0.199 0.180 259 W 0.208 0.019 0.033 0.019 0.361 0.360 260 N 0.155 0.015 0.022 0.009 0.555 0.244 261 P 0.098 0.020 0.034 0.027 0.530 0.292 262 V 0.072 0.067 0.014 0.021 0.388 0.439 263 E 0.055 0.020 0.009 0.102 0.293 0.521 264 L 0.001 0.001 0.016 0.950 0.020 0.013 265 A 0.001 0.001 0.010 0.966 0.016 0.007 266 R 0.001 0.001 0.013 0.978 0.006 0.002 267 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 268 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 269 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 270 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 271 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 272 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 273 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 274 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 275 R 0.001 0.001 0.003 0.985 0.008 0.003 276 P 0.001 0.001 0.002 0.959 0.022 0.016 277 G 0.001 0.001 0.004 0.893 0.049 0.054 278 L 0.002 0.004 0.010 0.891 0.056 0.036 279 E 0.003 0.003 0.029 0.791 0.111 0.063 280 A 0.004 0.002 0.049 0.677 0.157 0.112 281 L 0.005 0.004 0.055 0.454 0.245 0.237 282 E 0.009 0.006 0.033 0.146 0.382 0.424 283 H 0.020 0.008 0.062 0.131 0.406 0.374 284 H 0.049 0.011 0.079 0.093 0.354 0.413 285 H 0.129 0.031 0.098 0.105 0.276 0.361 286 H 0.148 0.045 0.033 0.079 0.166 0.528 287 H 0.086 0.020 0.011 0.073 0.118 0.692 288 H 0.003 0.004 0.001 0.010 0.025 0.957