# TARGET T0355 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0355.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.620 0.214 0.103 0.048 0.012 0.003 0.001 2 Q 0.606 0.218 0.094 0.054 0.023 0.005 0.001 3 T 0.403 0.252 0.143 0.106 0.070 0.024 0.002 4 I 0.229 0.124 0.149 0.228 0.179 0.080 0.010 5 S 0.462 0.273 0.138 0.085 0.031 0.010 0.001 6 D 0.502 0.235 0.115 0.074 0.049 0.022 0.004 7 N 0.345 0.246 0.181 0.127 0.077 0.022 0.002 8 A 0.201 0.247 0.211 0.195 0.107 0.037 0.002 9 A 0.128 0.231 0.280 0.230 0.105 0.025 0.001 10 N 0.331 0.381 0.180 0.074 0.026 0.007 0.001 11 A 0.059 0.139 0.236 0.295 0.203 0.063 0.004 12 I 0.026 0.022 0.042 0.153 0.356 0.359 0.043 13 Q 0.045 0.188 0.295 0.295 0.140 0.034 0.003 14 E 0.093 0.258 0.280 0.222 0.103 0.040 0.003 15 I 0.009 0.023 0.047 0.143 0.338 0.391 0.048 16 F 0.011 0.028 0.084 0.261 0.384 0.215 0.017 17 G 0.194 0.385 0.241 0.126 0.044 0.009 0.001 18 R 0.138 0.322 0.270 0.195 0.065 0.010 0.001 19 S 0.116 0.385 0.286 0.161 0.043 0.008 0.001 20 K 0.008 0.063 0.156 0.306 0.343 0.119 0.004 21 A 0.002 0.014 0.058 0.242 0.401 0.263 0.020 22 L 0.001 0.002 0.006 0.029 0.149 0.577 0.237 23 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 0.295 0.662 24 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.193 0.783 25 M 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.187 0.783 26 I 0.001 0.001 0.003 0.012 0.054 0.293 0.638 27 H 0.001 0.004 0.012 0.042 0.126 0.314 0.502 28 C 0.001 0.004 0.012 0.043 0.145 0.395 0.402 29 P 0.008 0.039 0.091 0.173 0.232 0.285 0.172 30 A 0.011 0.025 0.057 0.116 0.212 0.330 0.249 31 F 0.020 0.048 0.091 0.170 0.249 0.311 0.112 32 P 0.033 0.059 0.106 0.195 0.232 0.248 0.127 33 G 0.115 0.144 0.142 0.161 0.169 0.181 0.087 34 A 0.078 0.153 0.188 0.212 0.194 0.139 0.037 35 P 0.114 0.132 0.143 0.206 0.213 0.160 0.033 36 R 0.105 0.176 0.192 0.231 0.192 0.094 0.011 37 Y 0.083 0.132 0.203 0.283 0.214 0.078 0.008 38 R 0.318 0.377 0.194 0.084 0.022 0.004 0.001 39 N 0.374 0.338 0.186 0.077 0.021 0.004 0.001 40 A 0.517 0.313 0.115 0.043 0.011 0.002 0.001 41 S 0.250 0.308 0.231 0.142 0.058 0.011 0.001 42 M 0.019 0.080 0.198 0.321 0.277 0.100 0.006 43 D 0.207 0.419 0.229 0.106 0.032 0.006 0.001 44 A 0.074 0.258 0.338 0.228 0.083 0.018 0.002 45 I 0.006 0.018 0.038 0.143 0.380 0.385 0.031 46 Y 0.003 0.030 0.122 0.334 0.362 0.141 0.009 47 D 0.044 0.298 0.325 0.198 0.092 0.038 0.004 48 A 0.003 0.032 0.156 0.376 0.303 0.117 0.013 49 C 0.001 0.001 0.004 0.024 0.212 0.630 0.128 50 M 0.005 0.069 0.231 0.379 0.231 0.078 0.007 51 R 0.027 0.271 0.327 0.254 0.089 0.028 0.003 52 D 0.002 0.011 0.036 0.134 0.333 0.399 0.086 53 A 0.001 0.005 0.019 0.109 0.396 0.428 0.042 54 E 0.022 0.226 0.310 0.300 0.123 0.018 0.001 55 R 0.016 0.082 0.196 0.337 0.271 0.092 0.006 56 L 0.003 0.009 0.019 0.072 0.287 0.525 0.085 57 I 0.019 0.119 0.250 0.354 0.193 0.058 0.008 58 E 0.090 0.303 0.279 0.195 0.093 0.035 0.005 59 G 0.007 0.050 0.102 0.239 0.350 0.211 0.041 60 G 0.002 0.018 0.054 0.147 0.293 0.348 0.137 61 M 0.001 0.001 0.004 0.015 0.070 0.373 0.536 62 H 0.001 0.002 0.004 0.026 0.118 0.355 0.495 63 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.162 0.815 64 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.063 0.932 65 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.083 0.903 66 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.101 0.882 67 E 0.001 0.001 0.002 0.007 0.039 0.226 0.726 68 N 0.001 0.002 0.006 0.022 0.088 0.346 0.536 69 H 0.001 0.007 0.023 0.074 0.175 0.353 0.366 70 G 0.005 0.015 0.035 0.080 0.189 0.376 0.301 71 D 0.006 0.016 0.039 0.091 0.186 0.432 0.232 72 V 0.009 0.021 0.051 0.137 0.236 0.402 0.145 73 P 0.014 0.032 0.069 0.147 0.251 0.359 0.129 74 F 0.012 0.034 0.079 0.192 0.354 0.281 0.049 75 S 0.051 0.161 0.248 0.285 0.193 0.055 0.007 76 K 0.307 0.373 0.207 0.087 0.021 0.004 0.001 77 P 0.560 0.290 0.100 0.037 0.010 0.002 0.001 78 D 0.539 0.292 0.112 0.042 0.012 0.002 0.001 79 D 0.322 0.275 0.201 0.133 0.056 0.013 0.001 80 I 0.084 0.079 0.147 0.262 0.281 0.134 0.014 81 G 0.234 0.320 0.217 0.142 0.064 0.021 0.003 82 P 0.065 0.161 0.210 0.280 0.202 0.072 0.010 83 E 0.021 0.085 0.146 0.252 0.296 0.168 0.031 84 T 0.007 0.029 0.064 0.149 0.261 0.353 0.137 85 S 0.006 0.016 0.032 0.082 0.222 0.431 0.211 86 A 0.020 0.053 0.092 0.176 0.248 0.287 0.124 87 F 0.006 0.014 0.029 0.092 0.181 0.375 0.304 88 M 0.002 0.005 0.007 0.021 0.065 0.335 0.565 89 S 0.011 0.035 0.082 0.172 0.234 0.312 0.154 90 V 0.015 0.062 0.128 0.249 0.278 0.212 0.056 91 V 0.005 0.009 0.017 0.066 0.237 0.484 0.182 92 T 0.003 0.011 0.027 0.103 0.269 0.471 0.116 93 D 0.023 0.199 0.298 0.288 0.152 0.037 0.003 94 R 0.022 0.119 0.285 0.363 0.172 0.036 0.003 95 I 0.011 0.027 0.045 0.141 0.383 0.368 0.025 96 V 0.041 0.180 0.293 0.321 0.137 0.026 0.002 97 R 0.308 0.466 0.159 0.050 0.013 0.003 0.001 98 T 0.091 0.215 0.296 0.260 0.111 0.023 0.002 99 A 0.051 0.100 0.161 0.283 0.286 0.110 0.009 100 G 0.124 0.247 0.214 0.195 0.145 0.063 0.012 101 V 0.051 0.086 0.112 0.200 0.218 0.237 0.096 102 P 0.015 0.032 0.053 0.123 0.241 0.351 0.185 103 V 0.007 0.013 0.030 0.066 0.147 0.350 0.388 104 G 0.008 0.014 0.024 0.065 0.135 0.321 0.434 105 I 0.003 0.004 0.010 0.025 0.067 0.248 0.644 106 N 0.003 0.008 0.017 0.047 0.118 0.275 0.533 107 V 0.003 0.008 0.018 0.039 0.086 0.269 0.577 108 L 0.002 0.005 0.009 0.030 0.084 0.289 0.581 109 A 0.003 0.011 0.021 0.061 0.156 0.337 0.410 110 N 0.004 0.015 0.032 0.096 0.209 0.337 0.306 111 A 0.001 0.003 0.008 0.029 0.103 0.361 0.495 112 P 0.001 0.001 0.003 0.011 0.055 0.319 0.610 113 I 0.001 0.003 0.013 0.066 0.217 0.414 0.287 114 P 0.001 0.002 0.009 0.044 0.170 0.404 0.370 115 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.234 0.736 116 F 0.001 0.001 0.002 0.016 0.073 0.397 0.511 117 A 0.001 0.003 0.013 0.063 0.179 0.437 0.305 118 I 0.001 0.001 0.002 0.012 0.062 0.350 0.574 119 A 0.001 0.001 0.002 0.013 0.080 0.442 0.462 120 K 0.001 0.008 0.038 0.146 0.290 0.383 0.134 121 A 0.002 0.014 0.030 0.088 0.241 0.453 0.172 122 G 0.001 0.005 0.014 0.061 0.236 0.496 0.187 123 G 0.007 0.063 0.168 0.272 0.249 0.203 0.039 124 A 0.003 0.015 0.050 0.161 0.315 0.360 0.096 125 K 0.003 0.024 0.071 0.191 0.328 0.295 0.089 126 F 0.002 0.005 0.018 0.052 0.175 0.459 0.289 127 I 0.002 0.003 0.007 0.024 0.094 0.364 0.507 128 R 0.004 0.014 0.029 0.086 0.159 0.316 0.393 129 V 0.003 0.009 0.022 0.051 0.110 0.281 0.524 130 N 0.004 0.014 0.031 0.069 0.140 0.287 0.456 131 Q 0.001 0.006 0.015 0.048 0.125 0.302 0.502 132 W 0.002 0.005 0.011 0.031 0.115 0.301 0.535 133 A 0.002 0.006 0.011 0.026 0.064 0.275 0.616 134 N 0.003 0.007 0.013 0.040 0.094 0.272 0.570 135 A 0.004 0.007 0.009 0.020 0.058 0.217 0.685 136 Y 0.010 0.016 0.019 0.041 0.081 0.230 0.603 137 V 0.010 0.017 0.032 0.067 0.093 0.199 0.582 138 A 0.012 0.027 0.036 0.059 0.089 0.210 0.567 139 N 0.009 0.014 0.022 0.057 0.129 0.325 0.444 140 E 0.014 0.026 0.036 0.081 0.195 0.350 0.299 141 G 0.022 0.065 0.110 0.160 0.203 0.251 0.189 142 F 0.040 0.066 0.088 0.152 0.217 0.291 0.146 143 M 0.032 0.061 0.092 0.197 0.275 0.257 0.085 144 E 0.054 0.126 0.191 0.234 0.204 0.142 0.049 145 G 0.064 0.155 0.176 0.213 0.212 0.131 0.049 146 R 0.011 0.037 0.092 0.187 0.271 0.284 0.118 147 A 0.003 0.013 0.025 0.061 0.195 0.467 0.236 148 A 0.008 0.046 0.108 0.240 0.278 0.257 0.064 149 E 0.007 0.039 0.103 0.233 0.282 0.273 0.063 150 A 0.004 0.006 0.009 0.037 0.170 0.515 0.259 151 M 0.006 0.018 0.045 0.132 0.273 0.408 0.117 152 R 0.017 0.100 0.230 0.327 0.208 0.102 0.016 153 Y 0.005 0.021 0.050 0.161 0.377 0.347 0.040 154 R 0.003 0.014 0.046 0.186 0.364 0.327 0.062 155 S 0.067 0.275 0.284 0.200 0.102 0.058 0.012 156 L 0.103 0.278 0.248 0.227 0.109 0.032 0.004 157 L 0.021 0.077 0.151 0.304 0.321 0.116 0.009 158 R 0.252 0.418 0.224 0.083 0.020 0.003 0.001 159 A 0.075 0.170 0.235 0.291 0.186 0.041 0.002 160 E 0.172 0.364 0.243 0.153 0.056 0.011 0.001 161 H 0.035 0.199 0.282 0.292 0.150 0.039 0.002 162 I 0.002 0.006 0.022 0.095 0.289 0.482 0.103 163 K 0.003 0.022 0.078 0.221 0.357 0.261 0.059 164 V 0.001 0.003 0.008 0.025 0.090 0.410 0.463 165 F 0.001 0.001 0.004 0.016 0.062 0.359 0.558 166 A 0.001 0.004 0.009 0.034 0.096 0.370 0.487 167 D 0.003 0.014 0.035 0.080 0.177 0.355 0.337 168 S 0.004 0.011 0.025 0.077 0.226 0.417 0.240 169 H 0.025 0.099 0.151 0.211 0.204 0.209 0.102 170 V 0.044 0.111 0.186 0.252 0.222 0.141 0.044 171 K 0.065 0.208 0.232 0.207 0.164 0.094 0.030 172 H 0.013 0.034 0.075 0.180 0.284 0.309 0.105 173 G 0.019 0.030 0.049 0.098 0.206 0.418 0.180 174 A 0.074 0.141 0.181 0.239 0.189 0.140 0.035 175 H 0.072 0.121 0.171 0.212 0.218 0.167 0.040 176 A 0.034 0.033 0.049 0.109 0.229 0.388 0.158 177 I 0.051 0.079 0.122 0.241 0.273 0.189 0.044 178 T 0.151 0.295 0.267 0.173 0.079 0.029 0.006 179 A 0.162 0.209 0.196 0.215 0.145 0.061 0.012 180 D 0.228 0.296 0.205 0.138 0.079 0.045 0.009 181 R 0.114 0.147 0.192 0.243 0.197 0.092 0.015 182 S 0.261 0.294 0.199 0.141 0.074 0.027 0.004 183 I 0.115 0.150 0.187 0.234 0.200 0.097 0.017 184 D 0.355 0.311 0.181 0.099 0.038 0.013 0.003 185 E 0.228 0.285 0.227 0.151 0.074 0.029 0.007 186 L 0.066 0.092 0.137 0.226 0.278 0.174 0.027 187 T 0.077 0.155 0.207 0.254 0.197 0.093 0.016 188 R 0.252 0.336 0.195 0.126 0.063 0.024 0.004 189 D 0.083 0.124 0.171 0.245 0.218 0.135 0.023 190 L 0.049 0.055 0.074 0.164 0.293 0.299 0.066 191 A 0.125 0.219 0.242 0.213 0.131 0.060 0.010 192 F 0.089 0.161 0.177 0.207 0.206 0.142 0.017 193 F 0.015 0.042 0.062 0.175 0.331 0.314 0.060 194 D 0.008 0.055 0.115 0.223 0.284 0.262 0.053 195 A 0.002 0.005 0.018 0.060 0.170 0.487 0.258 196 D 0.001 0.006 0.027 0.112 0.285 0.383 0.186 197 G 0.001 0.001 0.003 0.013 0.058 0.379 0.546 198 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.151 0.836 199 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.089 0.904 200 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.161 0.812 201 T 0.001 0.005 0.014 0.041 0.116 0.343 0.479 202 G 0.006 0.019 0.038 0.102 0.191 0.379 0.264 203 Q 0.038 0.130 0.198 0.235 0.243 0.117 0.039 204 R 0.040 0.100 0.187 0.255 0.229 0.146 0.043 205 T 0.101 0.160 0.175 0.211 0.194 0.131 0.028 206 G 0.125 0.153 0.182 0.232 0.191 0.100 0.017 207 N 0.158 0.249 0.207 0.196 0.118 0.060 0.012 208 S 0.253 0.298 0.204 0.127 0.074 0.037 0.007 209 A 0.058 0.144 0.212 0.273 0.206 0.091 0.015 210 S 0.140 0.335 0.264 0.166 0.071 0.022 0.003 211 L 0.087 0.209 0.311 0.255 0.111 0.025 0.002 212 E 0.454 0.415 0.103 0.022 0.004 0.001 0.001 213 E 0.057 0.206 0.291 0.275 0.139 0.029 0.003 214 I 0.007 0.026 0.091 0.286 0.429 0.156 0.005 215 E 0.092 0.441 0.314 0.123 0.026 0.004 0.001 216 E 0.139 0.393 0.299 0.130 0.032 0.006 0.001 217 I 0.010 0.034 0.075 0.235 0.430 0.207 0.009 218 G 0.034 0.108 0.257 0.353 0.192 0.052 0.004 219 A 0.414 0.429 0.120 0.030 0.006 0.001 0.001 220 A 0.159 0.302 0.269 0.182 0.075 0.011 0.001 221 T 0.092 0.210 0.270 0.277 0.125 0.025 0.001 222 H 0.099 0.409 0.285 0.143 0.052 0.011 0.001 223 L 0.002 0.012 0.049 0.229 0.409 0.273 0.026 224 P 0.001 0.006 0.031 0.152 0.374 0.372 0.064 225 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.040 0.299 0.656 226 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.135 0.853 227 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.105 0.882 228 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.157 0.819 229 S 0.001 0.001 0.002 0.009 0.044 0.310 0.635 230 G 0.001 0.003 0.009 0.031 0.122 0.418 0.417 231 V 0.002 0.007 0.020 0.063 0.199 0.433 0.277 232 N 0.016 0.122 0.207 0.292 0.234 0.108 0.021 233 E 0.028 0.138 0.283 0.289 0.184 0.066 0.011 234 G 0.371 0.422 0.148 0.043 0.012 0.004 0.001 235 N 0.030 0.124 0.277 0.327 0.185 0.048 0.008 236 I 0.012 0.031 0.074 0.191 0.402 0.271 0.019 237 V 0.035 0.262 0.340 0.259 0.085 0.017 0.001 238 E 0.075 0.320 0.335 0.186 0.066 0.017 0.001 239 I 0.004 0.014 0.034 0.118 0.379 0.411 0.040 240 L 0.001 0.007 0.038 0.185 0.407 0.330 0.033 241 K 0.042 0.300 0.329 0.213 0.085 0.027 0.004 242 R 0.012 0.086 0.213 0.327 0.265 0.090 0.006 243 T 0.001 0.003 0.009 0.039 0.187 0.597 0.164 244 S 0.001 0.009 0.045 0.160 0.356 0.362 0.067 245 G 0.001 0.002 0.007 0.036 0.135 0.508 0.312 246 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.213 0.760 247 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.081 0.912 248 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.115 0.869 249 A 0.001 0.001 0.003 0.010 0.038 0.236 0.711 250 S 0.001 0.003 0.010 0.037 0.109 0.368 0.472 251 S 0.004 0.017 0.049 0.127 0.265 0.372 0.165 252 L 0.006 0.020 0.050 0.134 0.301 0.407 0.082 253 K 0.026 0.109 0.199 0.302 0.262 0.092 0.010 254 E 0.133 0.225 0.274 0.232 0.105 0.028 0.003 255 G 0.384 0.343 0.160 0.076 0.028 0.008 0.001 256 G 0.335 0.265 0.178 0.147 0.061 0.015 0.001 257 V 0.353 0.340 0.195 0.080 0.025 0.006 0.001 258 W 0.178 0.186 0.213 0.229 0.155 0.037 0.002 259 W 0.337 0.266 0.199 0.129 0.053 0.013 0.001 260 N 0.418 0.307 0.148 0.086 0.032 0.008 0.001 261 P 0.296 0.315 0.182 0.131 0.058 0.017 0.001 262 V 0.051 0.088 0.173 0.293 0.281 0.107 0.008 263 E 0.200 0.379 0.228 0.134 0.047 0.011 0.001 264 L 0.136 0.306 0.317 0.183 0.052 0.007 0.001 265 A 0.567 0.336 0.074 0.018 0.004 0.001 0.001 266 R 0.043 0.197 0.313 0.301 0.122 0.022 0.002 267 V 0.006 0.025 0.077 0.243 0.427 0.213 0.009 268 R 0.064 0.361 0.379 0.152 0.037 0.006 0.001 269 S 0.077 0.380 0.352 0.154 0.030 0.006 0.001 270 F 0.004 0.011 0.023 0.106 0.415 0.418 0.023 271 V 0.002 0.016 0.094 0.307 0.420 0.154 0.006 272 A 0.066 0.493 0.326 0.095 0.017 0.002 0.001 273 A 0.023 0.117 0.369 0.366 0.114 0.011 0.001 274 A 0.019 0.031 0.037 0.147 0.434 0.320 0.011 275 R 0.121 0.345 0.325 0.171 0.034 0.003 0.001 276 P 0.549 0.353 0.078 0.018 0.003 0.001 0.001 277 G 0.168 0.256 0.267 0.211 0.085 0.012 0.001 278 L 0.351 0.242 0.197 0.153 0.052 0.006 0.001 279 E 0.721 0.216 0.048 0.012 0.002 0.001 0.001 280 A 0.729 0.195 0.056 0.017 0.003 0.001 0.001 281 L 0.617 0.216 0.106 0.047 0.012 0.002 0.001 282 E 0.709 0.181 0.069 0.029 0.010 0.002 0.001 283 H 0.602 0.235 0.104 0.044 0.012 0.002 0.001 284 H 0.523 0.245 0.125 0.073 0.028 0.006 0.001 285 H 0.338 0.272 0.185 0.133 0.059 0.012 0.001 286 H 0.419 0.248 0.170 0.108 0.043 0.011 0.001 287 H 0.619 0.211 0.090 0.056 0.019 0.005 0.001 288 H 0.650 0.169 0.082 0.059 0.030 0.008 0.001