# TARGET T0355 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0355.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 972 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.032 0.003 0.002 0.015 0.004 0.003 0.941 2 Q 0.153 0.025 0.020 0.146 0.011 0.023 0.621 3 T 0.215 0.031 0.047 0.282 0.078 0.047 0.301 4 I 0.081 0.014 0.072 0.390 0.055 0.058 0.329 5 S 0.035 0.007 0.055 0.476 0.053 0.096 0.277 6 D 0.013 0.003 0.054 0.538 0.135 0.098 0.159 7 N 0.012 0.005 0.035 0.379 0.260 0.071 0.238 8 A 0.009 0.005 0.054 0.603 0.043 0.126 0.158 9 A 0.009 0.002 0.063 0.773 0.022 0.054 0.076 10 N 0.006 0.001 0.040 0.852 0.025 0.038 0.037 11 A 0.002 0.002 0.013 0.934 0.009 0.022 0.018 12 I 0.001 0.001 0.004 0.974 0.002 0.009 0.009 13 Q 0.002 0.001 0.008 0.975 0.003 0.007 0.004 14 E 0.002 0.001 0.012 0.965 0.002 0.014 0.005 15 I 0.002 0.001 0.014 0.926 0.005 0.046 0.006 16 F 0.002 0.004 0.012 0.649 0.015 0.302 0.016 17 G 0.002 0.001 0.012 0.085 0.054 0.754 0.091 18 R 0.018 0.007 0.018 0.045 0.222 0.110 0.580 19 S 0.078 0.018 0.041 0.052 0.185 0.084 0.542 20 K 0.120 0.015 0.084 0.089 0.254 0.066 0.372 21 A 0.210 0.013 0.094 0.055 0.110 0.089 0.429 22 L 0.520 0.045 0.051 0.039 0.055 0.044 0.245 23 I 0.616 0.029 0.028 0.028 0.042 0.055 0.202 24 G 0.597 0.011 0.036 0.015 0.074 0.098 0.169 25 M 0.616 0.016 0.049 0.019 0.051 0.070 0.179 26 I 0.649 0.040 0.031 0.016 0.076 0.055 0.133 27 H 0.484 0.046 0.021 0.012 0.080 0.052 0.304 28 C 0.117 0.032 0.023 0.007 0.244 0.026 0.551 29 P 0.035 0.013 0.041 0.006 0.240 0.243 0.422 30 A 0.020 0.033 0.053 0.008 0.252 0.354 0.279 31 F 0.015 0.024 0.027 0.003 0.325 0.043 0.563 32 P 0.010 0.006 0.060 0.007 0.144 0.452 0.322 33 G 0.017 0.022 0.079 0.010 0.222 0.519 0.130 34 A 0.048 0.014 0.028 0.010 0.472 0.018 0.409 35 P 0.059 0.007 0.070 0.033 0.142 0.167 0.522 36 R 0.331 0.075 0.084 0.052 0.108 0.164 0.186 37 Y 0.440 0.058 0.037 0.038 0.044 0.020 0.363 38 R 0.510 0.023 0.038 0.061 0.050 0.047 0.273 39 N 0.398 0.018 0.038 0.050 0.131 0.085 0.280 40 A 0.194 0.027 0.020 0.030 0.289 0.087 0.353 41 S 0.072 0.023 0.011 0.015 0.108 0.028 0.743 42 M 0.004 0.002 0.227 0.573 0.015 0.124 0.054 43 D 0.001 0.001 0.197 0.683 0.013 0.092 0.013 44 A 0.002 0.002 0.150 0.771 0.010 0.053 0.013 45 I 0.003 0.003 0.039 0.892 0.006 0.035 0.022 46 Y 0.002 0.002 0.016 0.904 0.006 0.039 0.030 47 D 0.001 0.001 0.008 0.952 0.006 0.029 0.005 48 A 0.001 0.001 0.003 0.956 0.010 0.021 0.008 49 C 0.001 0.001 0.001 0.976 0.003 0.010 0.010 50 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 51 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 52 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 54 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 55 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 57 I 0.001 0.001 0.004 0.981 0.002 0.012 0.001 58 E 0.001 0.001 0.008 0.860 0.006 0.124 0.002 59 G 0.001 0.001 0.004 0.340 0.011 0.637 0.007 60 G 0.004 0.007 0.005 0.017 0.075 0.758 0.134 61 M 0.023 0.004 0.004 0.001 0.034 0.012 0.923 62 H 0.080 0.001 0.004 0.001 0.755 0.012 0.147 63 G 0.959 0.001 0.003 0.002 0.011 0.006 0.019 64 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 65 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 66 V 0.975 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 67 E 0.760 0.001 0.003 0.003 0.039 0.009 0.185 68 N 0.525 0.008 0.007 0.006 0.146 0.038 0.270 69 H 0.271 0.055 0.030 0.006 0.166 0.054 0.419 70 G 0.126 0.010 0.034 0.005 0.210 0.395 0.221 71 D 0.055 0.011 0.030 0.005 0.339 0.300 0.260 72 V 0.111 0.035 0.016 0.004 0.260 0.029 0.546 73 P 0.154 0.082 0.014 0.004 0.087 0.060 0.599 74 F 0.123 0.062 0.020 0.003 0.154 0.125 0.513 75 S 0.070 0.044 0.014 0.004 0.325 0.100 0.444 76 K 0.029 0.023 0.005 0.002 0.484 0.027 0.431 77 P 0.031 0.026 0.080 0.027 0.195 0.153 0.490 78 D 0.024 0.011 0.259 0.071 0.174 0.288 0.174 79 D 0.025 0.016 0.238 0.131 0.097 0.290 0.204 80 I 0.035 0.027 0.063 0.250 0.209 0.140 0.276 81 G 0.020 0.008 0.008 0.334 0.252 0.055 0.323 82 P 0.008 0.001 0.006 0.858 0.040 0.046 0.040 83 E 0.017 0.004 0.003 0.937 0.012 0.014 0.013 84 T 0.020 0.002 0.002 0.951 0.004 0.006 0.015 85 S 0.016 0.001 0.002 0.957 0.007 0.008 0.009 86 A 0.011 0.001 0.003 0.959 0.004 0.014 0.008 87 F 0.009 0.001 0.006 0.954 0.003 0.016 0.012 88 M 0.005 0.001 0.005 0.975 0.002 0.006 0.007 89 S 0.006 0.001 0.005 0.977 0.002 0.006 0.003 90 V 0.003 0.001 0.005 0.980 0.001 0.010 0.002 91 V 0.005 0.001 0.005 0.959 0.002 0.023 0.004 92 T 0.006 0.002 0.011 0.916 0.006 0.049 0.010 93 D 0.005 0.001 0.028 0.768 0.016 0.171 0.012 94 R 0.007 0.001 0.036 0.493 0.027 0.412 0.025 95 I 0.040 0.012 0.055 0.260 0.113 0.357 0.162 96 V 0.109 0.037 0.032 0.086 0.188 0.076 0.473 97 R 0.161 0.039 0.043 0.061 0.094 0.084 0.519 98 T 0.090 0.024 0.174 0.131 0.112 0.165 0.303 99 A 0.036 0.006 0.117 0.072 0.155 0.438 0.176 100 G 0.035 0.007 0.083 0.055 0.266 0.368 0.186 101 V 0.084 0.015 0.011 0.090 0.245 0.016 0.539 102 P 0.138 0.021 0.013 0.141 0.035 0.017 0.635 103 V 0.297 0.024 0.029 0.360 0.077 0.048 0.166 104 G 0.256 0.013 0.030 0.509 0.036 0.045 0.112 105 I 0.079 0.003 0.016 0.839 0.007 0.009 0.047 106 N 0.033 0.001 0.027 0.905 0.007 0.011 0.016 107 V 0.031 0.001 0.035 0.906 0.005 0.015 0.008 108 L 0.028 0.003 0.080 0.830 0.007 0.040 0.012 109 A 0.018 0.005 0.075 0.735 0.019 0.128 0.019 110 N 0.004 0.001 0.055 0.422 0.035 0.462 0.021 111 A 0.009 0.003 0.008 0.079 0.481 0.087 0.333 112 P 0.021 0.009 0.011 0.108 0.231 0.099 0.521 113 I 0.047 0.010 0.012 0.259 0.232 0.041 0.400 114 P 0.158 0.011 0.017 0.447 0.075 0.026 0.266 115 A 0.204 0.003 0.013 0.654 0.019 0.010 0.097 116 F 0.366 0.004 0.012 0.567 0.012 0.007 0.033 117 A 0.236 0.004 0.009 0.714 0.009 0.008 0.020 118 I 0.160 0.002 0.009 0.792 0.005 0.016 0.016 119 A 0.194 0.003 0.016 0.719 0.015 0.030 0.023 120 K 0.112 0.002 0.038 0.699 0.021 0.093 0.036 121 A 0.083 0.006 0.058 0.590 0.058 0.163 0.042 122 G 0.065 0.017 0.037 0.232 0.138 0.432 0.079 123 G 0.043 0.006 0.021 0.029 0.198 0.432 0.272 124 A 0.086 0.012 0.055 0.033 0.155 0.074 0.584 125 K 0.217 0.018 0.128 0.057 0.119 0.119 0.343 126 F 0.361 0.032 0.073 0.049 0.124 0.079 0.282 127 I 0.394 0.054 0.016 0.054 0.121 0.036 0.324 128 R 0.215 0.038 0.007 0.030 0.065 0.026 0.617 129 V 0.011 0.002 0.066 0.824 0.006 0.043 0.048 130 N 0.003 0.001 0.070 0.884 0.007 0.023 0.012 131 Q 0.003 0.001 0.031 0.945 0.004 0.011 0.006 132 W 0.004 0.001 0.015 0.960 0.002 0.013 0.005 133 A 0.005 0.001 0.009 0.962 0.003 0.014 0.007 134 N 0.003 0.001 0.007 0.957 0.005 0.020 0.007 135 A 0.002 0.001 0.004 0.952 0.009 0.024 0.008 136 Y 0.004 0.001 0.003 0.944 0.005 0.031 0.011 137 V 0.013 0.005 0.008 0.901 0.016 0.032 0.026 138 A 0.016 0.002 0.041 0.808 0.018 0.085 0.030 139 N 0.013 0.002 0.056 0.674 0.033 0.191 0.031 140 E 0.012 0.003 0.052 0.405 0.048 0.438 0.043 141 G 0.029 0.005 0.025 0.072 0.154 0.597 0.118 142 F 0.154 0.016 0.025 0.039 0.159 0.077 0.531 143 M 0.369 0.014 0.015 0.044 0.126 0.036 0.396 144 E 0.635 0.011 0.022 0.050 0.056 0.049 0.177 145 G 0.710 0.009 0.015 0.049 0.047 0.033 0.136 146 R 0.767 0.015 0.012 0.060 0.032 0.023 0.091 147 A 0.671 0.010 0.012 0.085 0.032 0.019 0.172 148 A 0.404 0.008 0.042 0.149 0.088 0.064 0.245 149 E 0.216 0.011 0.059 0.220 0.143 0.104 0.247 150 A 0.105 0.015 0.090 0.268 0.091 0.111 0.320 151 M 0.054 0.008 0.070 0.288 0.103 0.062 0.415 152 R 0.039 0.009 0.073 0.450 0.052 0.112 0.265 153 Y 0.023 0.006 0.086 0.627 0.034 0.085 0.140 154 R 0.015 0.004 0.048 0.762 0.019 0.058 0.095 155 S 0.009 0.001 0.031 0.841 0.024 0.049 0.044 156 L 0.008 0.002 0.016 0.903 0.011 0.030 0.031 157 L 0.007 0.002 0.012 0.925 0.004 0.021 0.029 158 R 0.004 0.001 0.007 0.945 0.004 0.017 0.022 159 A 0.002 0.001 0.004 0.975 0.004 0.008 0.007 160 E 0.001 0.001 0.003 0.982 0.002 0.008 0.005 161 H 0.002 0.001 0.004 0.977 0.001 0.012 0.003 162 I 0.004 0.001 0.004 0.971 0.003 0.015 0.004 163 K 0.004 0.001 0.006 0.954 0.003 0.030 0.004 164 V 0.003 0.001 0.006 0.873 0.005 0.106 0.008 165 F 0.014 0.005 0.013 0.540 0.035 0.271 0.122 166 A 0.051 0.010 0.036 0.263 0.100 0.164 0.377 167 D 0.087 0.005 0.055 0.177 0.160 0.157 0.360 168 S 0.134 0.005 0.055 0.227 0.143 0.171 0.265 169 H 0.373 0.016 0.033 0.243 0.071 0.096 0.167 170 V 0.618 0.020 0.016 0.142 0.031 0.025 0.147 171 K 0.655 0.010 0.011 0.096 0.033 0.031 0.165 172 H 0.479 0.017 0.014 0.101 0.096 0.087 0.205 173 G 0.225 0.012 0.012 0.037 0.171 0.122 0.421 174 A 0.120 0.011 0.045 0.048 0.172 0.228 0.376 175 H 0.140 0.023 0.088 0.056 0.195 0.196 0.302 176 A 0.158 0.031 0.087 0.078 0.133 0.182 0.330 177 I 0.080 0.033 0.031 0.069 0.193 0.130 0.464 178 T 0.034 0.020 0.013 0.035 0.190 0.057 0.651 179 A 0.018 0.011 0.040 0.222 0.188 0.161 0.358 180 D 0.004 0.002 0.056 0.710 0.052 0.112 0.064 181 R 0.003 0.001 0.039 0.803 0.043 0.060 0.049 182 S 0.003 0.002 0.018 0.908 0.009 0.021 0.039 183 I 0.001 0.001 0.003 0.983 0.002 0.004 0.007 184 D 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.001 185 E 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.008 0.001 186 L 0.001 0.001 0.004 0.979 0.001 0.013 0.002 187 T 0.002 0.001 0.012 0.963 0.003 0.016 0.003 188 R 0.002 0.001 0.028 0.847 0.005 0.112 0.006 189 D 0.002 0.001 0.031 0.685 0.011 0.255 0.015 190 L 0.017 0.008 0.077 0.461 0.104 0.191 0.142 191 A 0.032 0.003 0.115 0.233 0.118 0.338 0.161 192 F 0.133 0.008 0.144 0.260 0.086 0.264 0.105 193 F 0.328 0.024 0.058 0.167 0.069 0.100 0.254 194 D 0.422 0.023 0.032 0.083 0.059 0.090 0.292 195 A 0.363 0.010 0.026 0.035 0.126 0.067 0.373 196 D 0.224 0.006 0.020 0.017 0.200 0.142 0.391 197 G 0.427 0.011 0.020 0.017 0.200 0.118 0.206 198 V 0.625 0.033 0.013 0.022 0.086 0.036 0.186 199 I 0.682 0.014 0.013 0.022 0.057 0.028 0.183 200 A 0.556 0.020 0.015 0.025 0.073 0.060 0.252 201 T 0.469 0.034 0.013 0.023 0.118 0.079 0.264 202 G 0.233 0.019 0.029 0.031 0.252 0.101 0.335 203 Q 0.104 0.017 0.079 0.059 0.118 0.302 0.321 204 R 0.070 0.030 0.092 0.060 0.152 0.367 0.229 205 T 0.034 0.024 0.072 0.054 0.160 0.438 0.218 206 G 0.019 0.008 0.037 0.021 0.274 0.384 0.257 207 N 0.034 0.012 0.022 0.015 0.302 0.097 0.518 208 S 0.057 0.048 0.036 0.023 0.148 0.091 0.597 209 A 0.046 0.058 0.019 0.024 0.191 0.043 0.619 210 S 0.014 0.020 0.008 0.024 0.052 0.016 0.866 211 L 0.001 0.001 0.034 0.950 0.001 0.010 0.005 212 E 0.001 0.001 0.024 0.968 0.001 0.006 0.001 213 E 0.001 0.001 0.012 0.983 0.001 0.004 0.001 214 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 215 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 216 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 217 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.002 218 G 0.001 0.001 0.004 0.982 0.003 0.009 0.001 219 A 0.001 0.001 0.008 0.901 0.002 0.087 0.002 220 A 0.001 0.001 0.041 0.621 0.012 0.310 0.015 221 T 0.003 0.002 0.034 0.211 0.103 0.509 0.138 222 H 0.004 0.001 0.020 0.014 0.398 0.342 0.222 223 L 0.052 0.001 0.001 0.001 0.770 0.005 0.170 224 P 0.435 0.004 0.001 0.001 0.110 0.010 0.438 225 L 0.984 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 226 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 227 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 228 G 0.822 0.002 0.003 0.002 0.024 0.011 0.135 229 S 0.380 0.007 0.010 0.001 0.195 0.085 0.322 230 G 0.181 0.027 0.008 0.002 0.222 0.116 0.445 231 V 0.039 0.038 0.002 0.001 0.295 0.009 0.616 232 N 0.011 0.015 0.001 0.002 0.072 0.003 0.896 233 E 0.001 0.001 0.040 0.925 0.003 0.028 0.003 234 G 0.001 0.001 0.048 0.924 0.002 0.025 0.001 235 N 0.001 0.001 0.030 0.951 0.002 0.010 0.006 236 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 237 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 238 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 239 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 240 L 0.001 0.001 0.006 0.981 0.001 0.011 0.001 241 K 0.001 0.001 0.010 0.837 0.002 0.149 0.001 242 R 0.001 0.001 0.035 0.341 0.020 0.584 0.019 243 T 0.010 0.002 0.005 0.017 0.195 0.055 0.717 244 S 0.009 0.001 0.001 0.003 0.701 0.037 0.249 245 G 0.822 0.002 0.003 0.008 0.073 0.046 0.046 246 V 0.975 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.015 247 I 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 248 V 0.959 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.027 249 A 0.693 0.001 0.003 0.022 0.026 0.007 0.248 250 S 0.441 0.001 0.017 0.099 0.137 0.023 0.282 251 S 0.438 0.008 0.059 0.183 0.107 0.064 0.141 252 L 0.469 0.008 0.042 0.333 0.022 0.068 0.057 253 K 0.430 0.023 0.029 0.303 0.046 0.093 0.077 254 E 0.286 0.015 0.028 0.183 0.117 0.251 0.121 255 G 0.096 0.009 0.030 0.068 0.197 0.304 0.296 256 G 0.050 0.008 0.181 0.074 0.152 0.254 0.282 257 V 0.059 0.007 0.302 0.064 0.106 0.284 0.178 258 W 0.096 0.021 0.239 0.055 0.128 0.281 0.181 259 W 0.092 0.029 0.039 0.049 0.267 0.054 0.470 260 N 0.031 0.012 0.004 0.022 0.161 0.016 0.753 261 P 0.003 0.001 0.037 0.827 0.022 0.058 0.051 262 V 0.003 0.001 0.036 0.898 0.012 0.034 0.016 263 E 0.002 0.001 0.036 0.910 0.005 0.018 0.027 264 L 0.001 0.001 0.008 0.976 0.002 0.007 0.005 265 A 0.001 0.001 0.005 0.983 0.001 0.009 0.001 266 R 0.001 0.001 0.004 0.976 0.001 0.016 0.002 267 V 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.006 0.004 268 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 269 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 270 F 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 271 V 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.004 0.001 272 A 0.001 0.001 0.011 0.950 0.001 0.037 0.001 273 A 0.001 0.001 0.022 0.786 0.003 0.185 0.003 274 A 0.001 0.002 0.026 0.677 0.024 0.237 0.033 275 R 0.001 0.001 0.070 0.721 0.027 0.117 0.064 276 P 0.001 0.001 0.220 0.523 0.026 0.179 0.049 277 G 0.002 0.001 0.211 0.568 0.015 0.173 0.030 278 L 0.004 0.004 0.134 0.706 0.035 0.069 0.049 279 E 0.003 0.001 0.107 0.754 0.013 0.101 0.022 280 A 0.002 0.001 0.058 0.808 0.009 0.105 0.018 281 L 0.010 0.007 0.044 0.751 0.026 0.078 0.084 282 E 0.017 0.006 0.061 0.647 0.028 0.138 0.103 283 H 0.018 0.003 0.075 0.508 0.049 0.257 0.089 284 H 0.020 0.004 0.062 0.362 0.089 0.242 0.220 285 H 0.036 0.011 0.066 0.211 0.176 0.199 0.301 286 H 0.051 0.016 0.044 0.128 0.162 0.251 0.349 287 H 0.036 0.013 0.016 0.041 0.033 0.093 0.767 288 H 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.990