# TARGET T0355 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0355.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 685 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.686 0.177 0.071 0.041 0.018 0.006 0.001 2 Q 0.601 0.229 0.106 0.046 0.015 0.003 0.001 3 T 0.602 0.233 0.099 0.049 0.014 0.003 0.001 4 I 0.304 0.228 0.221 0.162 0.070 0.014 0.001 5 S 0.679 0.209 0.079 0.025 0.007 0.001 0.001 6 D 0.689 0.204 0.073 0.028 0.006 0.001 0.001 7 N 0.521 0.250 0.128 0.070 0.026 0.006 0.001 8 A 0.501 0.253 0.128 0.080 0.030 0.007 0.001 9 A 0.250 0.259 0.224 0.178 0.074 0.014 0.001 10 N 0.454 0.307 0.144 0.067 0.023 0.006 0.001 11 A 0.242 0.292 0.242 0.158 0.053 0.012 0.001 12 I 0.070 0.051 0.094 0.254 0.358 0.164 0.008 13 Q 0.185 0.311 0.297 0.162 0.039 0.006 0.001 14 E 0.354 0.410 0.154 0.058 0.017 0.005 0.001 15 I 0.101 0.153 0.230 0.276 0.178 0.057 0.004 16 F 0.073 0.085 0.154 0.292 0.277 0.110 0.009 17 G 0.392 0.342 0.165 0.071 0.023 0.006 0.001 18 R 0.374 0.298 0.174 0.105 0.039 0.010 0.001 19 S 0.293 0.239 0.186 0.154 0.086 0.037 0.006 20 K 0.198 0.250 0.233 0.187 0.094 0.033 0.005 21 A 0.187 0.229 0.211 0.181 0.120 0.061 0.011 22 L 0.083 0.126 0.160 0.211 0.218 0.164 0.039 23 I 0.081 0.092 0.116 0.184 0.229 0.234 0.064 24 G 0.104 0.186 0.210 0.221 0.152 0.099 0.028 25 M 0.043 0.055 0.079 0.165 0.261 0.288 0.109 26 I 0.063 0.139 0.186 0.217 0.186 0.156 0.052 27 H 0.160 0.238 0.198 0.177 0.132 0.076 0.020 28 C 0.130 0.169 0.217 0.238 0.167 0.065 0.014 29 P 0.414 0.291 0.146 0.079 0.040 0.021 0.008 30 A 0.267 0.260 0.195 0.137 0.077 0.050 0.015 31 F 0.164 0.172 0.189 0.217 0.166 0.079 0.014 32 P 0.242 0.186 0.146 0.154 0.130 0.103 0.039 33 G 0.133 0.123 0.134 0.175 0.186 0.188 0.061 34 A 0.083 0.086 0.102 0.143 0.195 0.250 0.140 35 P 0.069 0.078 0.115 0.180 0.225 0.221 0.111 36 R 0.040 0.066 0.120 0.188 0.236 0.252 0.098 37 Y 0.057 0.043 0.053 0.102 0.216 0.351 0.178 38 R 0.080 0.110 0.135 0.186 0.221 0.196 0.073 39 N 0.101 0.127 0.149 0.185 0.193 0.169 0.075 40 A 0.082 0.130 0.142 0.183 0.194 0.179 0.090 41 S 0.045 0.094 0.140 0.215 0.241 0.212 0.053 42 M 0.041 0.077 0.131 0.224 0.276 0.207 0.045 43 D 0.224 0.278 0.219 0.150 0.082 0.038 0.010 44 A 0.189 0.305 0.226 0.138 0.083 0.044 0.015 45 I 0.029 0.106 0.163 0.262 0.259 0.157 0.025 46 Y 0.018 0.086 0.182 0.319 0.269 0.110 0.017 47 D 0.190 0.409 0.245 0.099 0.038 0.017 0.003 48 A 0.027 0.187 0.336 0.287 0.127 0.032 0.004 49 C 0.001 0.002 0.008 0.068 0.358 0.500 0.063 50 M 0.003 0.046 0.219 0.438 0.237 0.054 0.003 51 R 0.028 0.443 0.370 0.125 0.029 0.005 0.001 52 D 0.001 0.008 0.073 0.259 0.431 0.218 0.010 53 A 0.001 0.001 0.002 0.021 0.204 0.635 0.137 54 E 0.006 0.139 0.393 0.348 0.098 0.016 0.001 55 R 0.003 0.055 0.252 0.432 0.217 0.039 0.002 56 L 0.001 0.002 0.007 0.041 0.209 0.546 0.194 57 I 0.002 0.036 0.136 0.335 0.337 0.135 0.019 58 E 0.032 0.165 0.174 0.189 0.222 0.179 0.040 59 G 0.003 0.043 0.137 0.254 0.284 0.204 0.075 60 G 0.001 0.008 0.032 0.122 0.246 0.386 0.206 61 M 0.001 0.002 0.004 0.014 0.079 0.362 0.538 62 H 0.001 0.001 0.003 0.022 0.097 0.318 0.560 63 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.096 0.892 64 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.050 0.946 65 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.068 0.926 66 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.067 0.927 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.111 0.879 68 N 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.186 0.789 69 H 0.001 0.001 0.002 0.010 0.051 0.246 0.691 70 G 0.001 0.003 0.009 0.035 0.119 0.396 0.437 71 D 0.002 0.010 0.030 0.092 0.188 0.339 0.338 72 V 0.004 0.014 0.031 0.068 0.168 0.361 0.353 73 P 0.014 0.024 0.033 0.071 0.165 0.367 0.325 74 F 0.013 0.019 0.031 0.067 0.154 0.352 0.364 75 S 0.022 0.044 0.071 0.142 0.242 0.299 0.180 76 K 0.072 0.156 0.211 0.240 0.171 0.102 0.048 77 P 0.100 0.143 0.161 0.214 0.200 0.134 0.049 78 D 0.238 0.218 0.177 0.157 0.114 0.072 0.024 79 D 0.167 0.196 0.196 0.173 0.133 0.093 0.044 80 I 0.067 0.104 0.144 0.199 0.197 0.187 0.102 81 G 0.172 0.233 0.182 0.153 0.114 0.092 0.054 82 P 0.141 0.212 0.199 0.178 0.131 0.096 0.043 83 E 0.100 0.239 0.238 0.187 0.117 0.081 0.039 84 T 0.015 0.024 0.049 0.127 0.254 0.345 0.185 85 S 0.025 0.074 0.138 0.249 0.259 0.195 0.060 86 A 0.037 0.178 0.277 0.248 0.148 0.090 0.023 87 F 0.016 0.026 0.058 0.161 0.303 0.348 0.089 88 M 0.014 0.023 0.038 0.084 0.195 0.387 0.260 89 S 0.050 0.136 0.191 0.265 0.199 0.130 0.029 90 V 0.037 0.115 0.218 0.308 0.207 0.096 0.018 91 V 0.029 0.040 0.057 0.106 0.238 0.405 0.125 92 T 0.049 0.085 0.142 0.241 0.277 0.173 0.034 93 D 0.234 0.326 0.212 0.127 0.064 0.028 0.009 94 R 0.158 0.231 0.241 0.208 0.117 0.038 0.007 95 I 0.111 0.193 0.205 0.228 0.163 0.088 0.012 96 V 0.041 0.066 0.126 0.241 0.309 0.187 0.030 97 R 0.164 0.300 0.254 0.164 0.082 0.030 0.006 98 T 0.070 0.113 0.161 0.249 0.241 0.142 0.024 99 A 0.162 0.223 0.202 0.181 0.132 0.080 0.019 100 G 0.065 0.192 0.256 0.216 0.145 0.093 0.032 101 V 0.012 0.021 0.049 0.161 0.335 0.341 0.081 102 P 0.029 0.101 0.184 0.266 0.239 0.150 0.031 103 V 0.050 0.170 0.241 0.231 0.170 0.110 0.028 104 G 0.012 0.047 0.108 0.201 0.291 0.285 0.056 105 I 0.004 0.007 0.022 0.096 0.301 0.449 0.120 106 N 0.032 0.167 0.265 0.265 0.167 0.092 0.013 107 V 0.024 0.120 0.232 0.300 0.218 0.096 0.010 108 L 0.009 0.024 0.058 0.181 0.378 0.312 0.038 109 A 0.039 0.128 0.241 0.306 0.202 0.075 0.008 110 N 0.347 0.350 0.169 0.082 0.035 0.014 0.003 111 A 0.210 0.308 0.238 0.149 0.067 0.024 0.004 112 P 0.107 0.130 0.175 0.249 0.213 0.109 0.017 113 I 0.109 0.238 0.231 0.192 0.129 0.080 0.021 114 P 0.027 0.077 0.136 0.210 0.257 0.223 0.069 115 A 0.006 0.020 0.042 0.101 0.220 0.377 0.234 116 F 0.004 0.011 0.032 0.096 0.192 0.348 0.318 117 A 0.009 0.024 0.047 0.088 0.158 0.340 0.333 118 I 0.008 0.017 0.031 0.067 0.143 0.324 0.410 119 A 0.004 0.006 0.010 0.031 0.110 0.332 0.507 120 K 0.012 0.050 0.091 0.160 0.206 0.261 0.220 121 A 0.016 0.052 0.078 0.159 0.235 0.297 0.163 122 G 0.016 0.062 0.119 0.184 0.227 0.262 0.129 123 G 0.036 0.091 0.155 0.227 0.213 0.180 0.098 124 A 0.021 0.036 0.062 0.112 0.206 0.343 0.220 125 K 0.026 0.047 0.093 0.193 0.267 0.257 0.116 126 F 0.028 0.035 0.041 0.059 0.126 0.339 0.372 127 I 0.022 0.040 0.062 0.128 0.222 0.307 0.219 128 R 0.030 0.071 0.137 0.195 0.220 0.215 0.132 129 V 0.017 0.023 0.034 0.086 0.204 0.347 0.290 130 N 0.039 0.097 0.161 0.224 0.208 0.192 0.079 131 Q 0.057 0.144 0.187 0.210 0.194 0.150 0.057 132 W 0.023 0.041 0.069 0.139 0.248 0.342 0.138 133 A 0.021 0.033 0.067 0.138 0.257 0.360 0.125 134 N 0.088 0.175 0.211 0.209 0.152 0.120 0.044 135 A 0.085 0.177 0.199 0.218 0.171 0.119 0.030 136 Y 0.063 0.118 0.149 0.205 0.230 0.187 0.049 137 V 0.028 0.043 0.097 0.213 0.317 0.247 0.055 138 A 0.333 0.346 0.192 0.087 0.029 0.010 0.003 139 N 0.396 0.292 0.156 0.093 0.040 0.018 0.006 140 E 0.103 0.176 0.226 0.238 0.180 0.068 0.009 141 G 0.232 0.351 0.229 0.118 0.049 0.017 0.004 142 F 0.030 0.043 0.075 0.194 0.304 0.293 0.062 143 M 0.043 0.124 0.190 0.223 0.199 0.172 0.050 144 E 0.047 0.076 0.132 0.233 0.229 0.205 0.077 145 G 0.039 0.042 0.055 0.095 0.190 0.328 0.252 146 R 0.020 0.022 0.041 0.098 0.200 0.365 0.254 147 A 0.036 0.038 0.051 0.072 0.127 0.309 0.368 148 A 0.036 0.051 0.067 0.127 0.220 0.286 0.213 149 E 0.037 0.069 0.104 0.156 0.205 0.261 0.167 150 A 0.013 0.026 0.040 0.081 0.183 0.372 0.284 151 M 0.037 0.065 0.114 0.196 0.248 0.257 0.082 152 R 0.056 0.147 0.192 0.218 0.192 0.144 0.051 153 Y 0.028 0.061 0.088 0.161 0.257 0.310 0.096 154 R 0.036 0.087 0.179 0.278 0.267 0.136 0.017 155 S 0.285 0.430 0.184 0.069 0.023 0.008 0.001 156 L 0.033 0.153 0.293 0.322 0.151 0.045 0.003 157 L 0.011 0.027 0.090 0.298 0.444 0.127 0.003 158 R 0.302 0.453 0.200 0.041 0.004 0.001 0.001 159 A 0.738 0.214 0.039 0.008 0.001 0.001 0.001 160 E 0.271 0.364 0.258 0.089 0.017 0.001 0.001 161 H 0.234 0.414 0.244 0.092 0.015 0.001 0.001 162 I 0.006 0.023 0.109 0.361 0.395 0.104 0.003 163 K 0.064 0.379 0.336 0.160 0.051 0.010 0.001 164 V 0.004 0.019 0.073 0.251 0.375 0.259 0.018 165 F 0.004 0.016 0.033 0.083 0.228 0.499 0.136 166 A 0.006 0.036 0.086 0.174 0.271 0.304 0.123 167 D 0.014 0.067 0.162 0.267 0.247 0.179 0.064 168 S 0.004 0.015 0.034 0.108 0.303 0.425 0.110 169 H 0.047 0.171 0.236 0.259 0.174 0.096 0.017 170 V 0.038 0.093 0.147 0.240 0.267 0.184 0.032 171 K 0.192 0.278 0.235 0.164 0.081 0.040 0.009 172 H 0.077 0.136 0.198 0.260 0.206 0.103 0.020 173 G 0.223 0.255 0.208 0.163 0.094 0.047 0.010 174 A 0.229 0.274 0.238 0.158 0.073 0.024 0.005 175 H 0.408 0.349 0.153 0.061 0.020 0.007 0.002 176 A 0.110 0.220 0.255 0.232 0.137 0.042 0.003 177 I 0.037 0.074 0.173 0.303 0.293 0.112 0.007 178 T 0.238 0.353 0.235 0.117 0.044 0.012 0.001 179 A 0.234 0.261 0.231 0.171 0.077 0.023 0.002 180 D 0.118 0.152 0.173 0.236 0.202 0.108 0.010 181 R 0.118 0.194 0.281 0.249 0.118 0.038 0.003 182 S 0.344 0.342 0.166 0.092 0.039 0.015 0.002 183 I 0.041 0.050 0.090 0.196 0.321 0.260 0.042 184 D 0.063 0.139 0.210 0.261 0.200 0.113 0.014 185 E 0.170 0.402 0.249 0.116 0.044 0.016 0.003 186 L 0.032 0.093 0.199 0.292 0.249 0.118 0.017 187 T 0.016 0.029 0.053 0.155 0.339 0.358 0.051 188 R 0.097 0.253 0.283 0.216 0.103 0.040 0.008 189 D 0.055 0.143 0.225 0.271 0.187 0.098 0.021 190 L 0.009 0.019 0.031 0.074 0.204 0.421 0.242 191 A 0.012 0.045 0.099 0.209 0.270 0.268 0.098 192 F 0.011 0.028 0.056 0.117 0.219 0.349 0.221 193 F 0.009 0.024 0.038 0.082 0.195 0.382 0.270 194 D 0.008 0.036 0.090 0.193 0.266 0.263 0.143 195 A 0.002 0.007 0.016 0.055 0.173 0.379 0.369 196 D 0.008 0.041 0.087 0.175 0.210 0.255 0.225 197 G 0.002 0.011 0.030 0.078 0.153 0.356 0.370 198 V 0.001 0.004 0.012 0.037 0.114 0.349 0.482 199 I 0.002 0.003 0.006 0.017 0.065 0.325 0.582 200 A 0.003 0.005 0.006 0.015 0.057 0.284 0.630 201 T 0.003 0.006 0.012 0.037 0.122 0.351 0.469 202 G 0.007 0.021 0.052 0.147 0.282 0.313 0.178 203 Q 0.056 0.151 0.203 0.242 0.192 0.116 0.039 204 R 0.118 0.237 0.247 0.220 0.122 0.049 0.008 205 T 0.192 0.237 0.214 0.182 0.119 0.049 0.007 206 G 0.273 0.233 0.204 0.161 0.095 0.030 0.004 207 N 0.188 0.249 0.242 0.188 0.095 0.034 0.003 208 S 0.251 0.268 0.215 0.152 0.079 0.031 0.003 209 A 0.133 0.217 0.226 0.227 0.146 0.046 0.005 210 S 0.108 0.277 0.240 0.192 0.123 0.055 0.006 211 L 0.012 0.054 0.174 0.395 0.287 0.075 0.003 212 E 0.212 0.549 0.192 0.038 0.007 0.001 0.001 213 E 0.008 0.126 0.354 0.358 0.133 0.019 0.001 214 I 0.001 0.002 0.012 0.149 0.527 0.302 0.008 215 E 0.035 0.404 0.411 0.132 0.017 0.001 0.001 216 E 0.037 0.362 0.415 0.164 0.020 0.002 0.001 217 I 0.001 0.005 0.028 0.201 0.471 0.287 0.007 218 G 0.006 0.093 0.325 0.378 0.175 0.022 0.001 219 A 0.278 0.502 0.152 0.050 0.014 0.004 0.001 220 A 0.033 0.164 0.329 0.317 0.128 0.027 0.001 221 T 0.036 0.103 0.237 0.328 0.228 0.064 0.004 222 H 0.220 0.471 0.206 0.074 0.021 0.006 0.001 223 L 0.005 0.021 0.069 0.228 0.396 0.253 0.028 224 P 0.005 0.028 0.084 0.214 0.341 0.264 0.064 225 L 0.002 0.004 0.011 0.038 0.129 0.495 0.322 226 L 0.003 0.007 0.014 0.034 0.099 0.336 0.508 227 V 0.001 0.003 0.006 0.019 0.067 0.289 0.615 228 G 0.001 0.004 0.011 0.031 0.100 0.296 0.556 229 S 0.001 0.006 0.012 0.040 0.144 0.459 0.337 230 G 0.002 0.013 0.038 0.118 0.266 0.419 0.144 231 V 0.003 0.017 0.063 0.205 0.376 0.295 0.041 232 N 0.076 0.354 0.317 0.170 0.062 0.017 0.003 233 E 0.181 0.396 0.258 0.126 0.033 0.005 0.001 234 G 0.309 0.498 0.159 0.029 0.005 0.001 0.001 235 N 0.003 0.071 0.287 0.389 0.208 0.040 0.001 236 I 0.001 0.002 0.009 0.113 0.497 0.359 0.020 237 V 0.006 0.170 0.457 0.295 0.063 0.008 0.001 238 E 0.008 0.179 0.397 0.310 0.092 0.014 0.001 239 I 0.001 0.001 0.006 0.055 0.317 0.582 0.039 240 L 0.001 0.005 0.055 0.327 0.492 0.117 0.004 241 K 0.027 0.465 0.338 0.126 0.036 0.008 0.001 242 R 0.002 0.047 0.244 0.473 0.200 0.033 0.001 243 T 0.001 0.001 0.005 0.040 0.251 0.579 0.124 244 S 0.001 0.017 0.075 0.258 0.412 0.202 0.035 245 G 0.001 0.001 0.004 0.021 0.101 0.462 0.412 246 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.176 0.813 247 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.151 0.831 248 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.137 0.852 249 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.232 0.748 250 S 0.001 0.001 0.005 0.023 0.097 0.396 0.478 251 S 0.001 0.004 0.030 0.130 0.316 0.378 0.142 252 L 0.001 0.002 0.006 0.051 0.265 0.553 0.123 253 K 0.014 0.090 0.218 0.353 0.244 0.076 0.005 254 E 0.138 0.384 0.281 0.137 0.046 0.012 0.001 255 G 0.175 0.241 0.259 0.198 0.093 0.032 0.003 256 G 0.132 0.184 0.248 0.260 0.138 0.036 0.002 257 V 0.492 0.267 0.125 0.072 0.033 0.009 0.001 258 W 0.238 0.290 0.250 0.146 0.060 0.016 0.001 259 W 0.176 0.252 0.251 0.201 0.094 0.025 0.001 260 N 0.420 0.305 0.150 0.082 0.032 0.010 0.001 261 P 0.721 0.173 0.063 0.028 0.013 0.003 0.001 262 V 0.315 0.325 0.207 0.110 0.036 0.007 0.001 263 E 0.149 0.295 0.234 0.209 0.092 0.019 0.001 264 L 0.025 0.148 0.305 0.361 0.141 0.020 0.001 265 A 0.263 0.545 0.160 0.028 0.004 0.001 0.001 266 R 0.004 0.065 0.303 0.424 0.178 0.026 0.001 267 V 0.001 0.001 0.004 0.052 0.372 0.551 0.021 268 R 0.007 0.134 0.452 0.328 0.072 0.007 0.001 269 S 0.035 0.377 0.405 0.155 0.025 0.003 0.001 270 F 0.001 0.003 0.014 0.087 0.390 0.488 0.018 271 V 0.001 0.005 0.045 0.303 0.496 0.147 0.004 272 A 0.054 0.559 0.309 0.067 0.009 0.001 0.001 273 A 0.005 0.055 0.274 0.489 0.162 0.015 0.001 274 A 0.001 0.003 0.009 0.069 0.359 0.526 0.033 275 R 0.036 0.220 0.388 0.273 0.074 0.008 0.001 276 P 0.213 0.521 0.193 0.060 0.012 0.002 0.001 277 G 0.024 0.073 0.193 0.393 0.255 0.060 0.002 278 L 0.097 0.194 0.278 0.288 0.124 0.020 0.001 279 E 0.593 0.311 0.074 0.018 0.004 0.001 0.001 280 A 0.413 0.313 0.180 0.076 0.016 0.002 0.001 281 L 0.268 0.240 0.220 0.180 0.075 0.016 0.001 282 E 0.639 0.237 0.079 0.033 0.010 0.002 0.001 283 H 0.610 0.223 0.101 0.049 0.015 0.002 0.001 284 H 0.421 0.258 0.167 0.106 0.039 0.008 0.001 285 H 0.515 0.251 0.129 0.073 0.026 0.006 0.001 286 H 0.675 0.196 0.081 0.035 0.011 0.002 0.001 287 H 0.754 0.154 0.058 0.025 0.007 0.001 0.001 288 H 0.757 0.155 0.056 0.023 0.007 0.001 0.001