# TARGET T0354 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 305 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.002 0.861 0.001 0.002 0.075 0.001 0.001 0.001 0.044 0.005 0.005 0.003 2 E 0.001 0.031 0.644 0.001 0.004 0.280 0.001 0.001 0.004 0.013 0.012 0.001 0.012 3 I 0.001 0.004 0.073 0.001 0.004 0.874 0.001 0.001 0.001 0.033 0.009 0.001 0.001 4 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 5 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 6 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 7 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 11 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.935 0.001 0.001 0.001 0.007 0.047 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.031 0.001 0.023 0.765 0.001 0.001 0.001 0.019 0.160 0.001 0.001 16 D 0.001 0.001 0.074 0.001 0.080 0.321 0.001 0.001 0.001 0.079 0.442 0.001 0.001 17 I 0.001 0.003 0.147 0.001 0.082 0.156 0.001 0.001 0.001 0.134 0.472 0.002 0.002 18 K 0.001 0.026 0.224 0.002 0.137 0.039 0.001 0.001 0.006 0.104 0.444 0.004 0.014 19 G 0.001 0.009 0.590 0.002 0.050 0.011 0.001 0.001 0.007 0.232 0.067 0.014 0.017 20 K 0.001 0.002 0.196 0.027 0.038 0.003 0.001 0.001 0.006 0.504 0.197 0.014 0.013 21 D 0.007 0.022 0.318 0.019 0.024 0.005 0.007 0.004 0.146 0.162 0.134 0.038 0.114 22 I 0.065 0.007 0.251 0.050 0.002 0.004 0.062 0.016 0.250 0.038 0.007 0.076 0.173 23 I 0.077 0.003 0.077 0.026 0.001 0.002 0.091 0.038 0.343 0.012 0.001 0.247 0.080 24 E 0.117 0.006 0.031 0.008 0.001 0.002 0.212 0.110 0.214 0.004 0.001 0.037 0.257 25 L 0.106 0.011 0.094 0.021 0.001 0.004 0.261 0.111 0.145 0.008 0.001 0.178 0.058 26 D 0.034 0.006 0.280 0.006 0.001 0.004 0.046 0.023 0.209 0.026 0.003 0.056 0.306 27 T 0.021 0.009 0.199 0.024 0.110 0.042 0.012 0.002 0.026 0.124 0.280 0.036 0.114 28 S 0.006 0.004 0.082 0.075 0.115 0.023 0.002 0.001 0.004 0.218 0.448 0.011 0.012 29 K 0.003 0.006 0.164 0.008 0.125 0.041 0.001 0.001 0.008 0.344 0.239 0.036 0.026 30 L 0.007 0.020 0.433 0.008 0.061 0.060 0.002 0.001 0.011 0.147 0.113 0.012 0.125 31 T 0.013 0.033 0.401 0.014 0.049 0.057 0.003 0.001 0.008 0.187 0.078 0.088 0.068 32 S 0.012 0.032 0.279 0.016 0.082 0.094 0.005 0.001 0.012 0.179 0.141 0.019 0.129 33 L 0.032 0.031 0.159 0.015 0.153 0.224 0.016 0.003 0.013 0.073 0.154 0.048 0.081 34 F 0.150 0.016 0.169 0.061 0.088 0.131 0.020 0.003 0.013 0.101 0.091 0.074 0.084 35 Q 0.280 0.007 0.098 0.020 0.041 0.039 0.019 0.003 0.036 0.083 0.086 0.163 0.125 36 R 0.330 0.004 0.045 0.058 0.005 0.031 0.065 0.041 0.096 0.030 0.012 0.020 0.264 37 M 0.531 0.001 0.028 0.046 0.001 0.027 0.087 0.073 0.046 0.006 0.002 0.096 0.054 38 I 0.603 0.002 0.010 0.002 0.001 0.020 0.136 0.066 0.055 0.002 0.001 0.034 0.070 39 V 0.489 0.004 0.018 0.004 0.001 0.040 0.136 0.120 0.076 0.003 0.003 0.043 0.064 40 A 0.315 0.008 0.070 0.020 0.003 0.041 0.105 0.124 0.128 0.019 0.034 0.047 0.088 41 T 0.054 0.018 0.262 0.006 0.009 0.060 0.012 0.034 0.082 0.172 0.200 0.034 0.058 42 G 0.007 0.022 0.322 0.002 0.008 0.022 0.001 0.001 0.010 0.304 0.267 0.009 0.025 43 D 0.001 0.017 0.377 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 0.002 0.443 0.137 0.002 0.006 44 S 0.001 0.014 0.394 0.001 0.004 0.047 0.001 0.001 0.001 0.466 0.069 0.001 0.003 45 N 0.001 0.001 0.024 0.001 0.023 0.823 0.001 0.001 0.001 0.043 0.085 0.001 0.001 46 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.953 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 0.001 0.001 47 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 48 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 53 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 55 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 56 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 58 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 0.910 0.001 0.001 0.001 0.005 0.056 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 0.332 0.001 0.001 0.001 0.016 0.631 0.001 0.001 63 G 0.001 0.001 0.035 0.001 0.007 0.019 0.001 0.001 0.001 0.034 0.905 0.001 0.001 64 V 0.001 0.006 0.843 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.014 0.108 0.014 0.001 0.003 65 D 0.001 0.015 0.572 0.003 0.009 0.007 0.001 0.001 0.114 0.230 0.011 0.028 0.010 66 I 0.001 0.019 0.599 0.007 0.046 0.008 0.001 0.005 0.142 0.082 0.020 0.010 0.061 67 V 0.002 0.039 0.407 0.093 0.066 0.013 0.004 0.014 0.175 0.065 0.040 0.034 0.049 68 G 0.007 0.025 0.363 0.026 0.044 0.008 0.007 0.013 0.218 0.078 0.041 0.069 0.102 69 S 0.010 0.022 0.405 0.027 0.043 0.013 0.012 0.008 0.145 0.102 0.042 0.035 0.136 70 E 0.017 0.020 0.323 0.042 0.047 0.021 0.012 0.006 0.070 0.128 0.091 0.153 0.072 71 G 0.011 0.020 0.342 0.016 0.067 0.023 0.004 0.002 0.020 0.174 0.132 0.045 0.146 72 H 0.011 0.035 0.353 0.010 0.043 0.016 0.003 0.001 0.005 0.213 0.161 0.056 0.092 73 E 0.003 0.027 0.385 0.016 0.038 0.010 0.001 0.001 0.003 0.205 0.188 0.029 0.093 74 S 0.002 0.009 0.138 0.012 0.037 0.009 0.001 0.001 0.001 0.243 0.506 0.021 0.022 75 G 0.006 0.004 0.178 0.022 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.303 0.426 0.013 0.024 76 E 0.068 0.005 0.342 0.014 0.007 0.003 0.005 0.001 0.007 0.263 0.066 0.114 0.105 77 W 0.328 0.007 0.095 0.007 0.001 0.002 0.045 0.003 0.027 0.019 0.002 0.035 0.429 78 V 0.509 0.003 0.026 0.011 0.001 0.002 0.077 0.016 0.025 0.004 0.001 0.271 0.058 79 L 0.589 0.003 0.012 0.003 0.001 0.001 0.104 0.018 0.018 0.002 0.001 0.027 0.224 80 V 0.382 0.005 0.060 0.007 0.001 0.002 0.088 0.016 0.024 0.006 0.001 0.320 0.088 81 D 0.046 0.006 0.277 0.013 0.002 0.001 0.015 0.002 0.045 0.031 0.008 0.025 0.528 82 A 0.020 0.006 0.240 0.049 0.082 0.013 0.004 0.001 0.010 0.159 0.278 0.060 0.077 83 G 0.024 0.004 0.115 0.075 0.106 0.009 0.002 0.001 0.003 0.262 0.349 0.022 0.029 84 D 0.064 0.005 0.227 0.011 0.070 0.009 0.005 0.001 0.024 0.260 0.134 0.072 0.117 85 V 0.182 0.009 0.151 0.014 0.003 0.014 0.078 0.074 0.121 0.042 0.010 0.039 0.263 86 V 0.242 0.007 0.068 0.023 0.001 0.012 0.193 0.147 0.102 0.007 0.002 0.113 0.084 87 V 0.428 0.004 0.028 0.005 0.002 0.019 0.196 0.123 0.066 0.005 0.003 0.046 0.073 88 H 0.308 0.010 0.056 0.003 0.006 0.053 0.148 0.192 0.085 0.011 0.011 0.053 0.064 89 V 0.171 0.023 0.121 0.009 0.008 0.043 0.139 0.046 0.103 0.040 0.084 0.028 0.185 90 M 0.032 0.012 0.410 0.004 0.005 0.040 0.013 0.004 0.050 0.236 0.075 0.083 0.037 91 L 0.002 0.007 0.653 0.002 0.004 0.025 0.001 0.001 0.013 0.227 0.012 0.005 0.050 92 P 0.001 0.013 0.145 0.001 0.065 0.626 0.001 0.001 0.007 0.074 0.042 0.003 0.024 93 A 0.001 0.002 0.020 0.001 0.060 0.864 0.001 0.001 0.001 0.016 0.035 0.001 0.001 94 V 0.001 0.001 0.014 0.001 0.102 0.830 0.001 0.001 0.001 0.009 0.040 0.001 0.002 95 R 0.001 0.002 0.035 0.001 0.095 0.807 0.001 0.001 0.002 0.020 0.036 0.001 0.002 96 D 0.001 0.002 0.025 0.001 0.050 0.814 0.001 0.001 0.002 0.015 0.085 0.001 0.003 97 Y 0.003 0.005 0.029 0.001 0.025 0.767 0.001 0.001 0.001 0.029 0.134 0.002 0.004 98 Y 0.003 0.017 0.116 0.001 0.007 0.630 0.001 0.001 0.002 0.118 0.084 0.008 0.014 99 D 0.001 0.017 0.332 0.001 0.004 0.491 0.001 0.001 0.002 0.083 0.047 0.004 0.018 100 I 0.001 0.001 0.016 0.001 0.008 0.921 0.001 0.001 0.001 0.021 0.031 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.034 0.001 0.025 0.898 0.001 0.001 0.001 0.011 0.030 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.019 0.001 0.034 0.913 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.001 0.002 103 L 0.001 0.004 0.026 0.001 0.050 0.845 0.001 0.001 0.001 0.013 0.057 0.001 0.004 104 W 0.001 0.005 0.045 0.001 0.071 0.625 0.001 0.001 0.001 0.042 0.201 0.003 0.004 105 G 0.002 0.005 0.087 0.004 0.058 0.335 0.001 0.001 0.001 0.082 0.411 0.003 0.012 106 G 0.001 0.005 0.356 0.002 0.026 0.162 0.001 0.001 0.002 0.216 0.199 0.010 0.022 107 Q 0.001 0.008 0.599 0.001 0.005 0.032 0.001 0.001 0.002 0.291 0.030 0.011 0.020 108 K 0.001 0.008 0.768 0.002 0.006 0.040 0.001 0.001 0.004 0.102 0.029 0.019 0.022 109 P 0.001 0.021 0.754 0.009 0.009 0.045 0.001 0.001 0.017 0.044 0.016 0.010 0.074 110 S 0.004 0.028 0.530 0.004 0.009 0.051 0.002 0.001 0.064 0.068 0.010 0.181 0.047 111 F 0.002 0.020 0.535 0.007 0.011 0.041 0.002 0.001 0.035 0.048 0.011 0.006 0.281 112 A 0.002 0.007 0.395 0.011 0.074 0.251 0.002 0.001 0.018 0.082 0.067 0.067 0.025 113 V 0.001 0.009 0.292 0.004 0.101 0.285 0.001 0.001 0.006 0.100 0.155 0.008 0.037 114 G 0.001 0.010 0.273 0.002 0.162 0.230 0.001 0.001 0.003 0.134 0.162 0.008 0.014 115 A 0.001 0.012 0.348 0.001 0.102 0.165 0.001 0.001 0.002 0.156 0.195 0.006 0.013 116 A 0.001 0.018 0.356 0.001 0.089 0.134 0.001 0.001 0.002 0.240 0.139 0.009 0.013 117 K 0.001 0.017 0.616 0.001 0.050 0.074 0.001 0.001 0.002 0.140 0.081 0.005 0.014 118 P 0.001 0.029 0.541 0.001 0.054 0.123 0.001 0.001 0.002 0.121 0.112 0.006 0.011 119 W 0.001 0.016 0.548 0.001 0.041 0.138 0.001 0.001 0.003 0.189 0.050 0.004 0.009 120 S 0.001 0.003 0.100 0.002 0.102 0.583 0.001 0.001 0.001 0.070 0.130 0.002 0.005 121 A 0.002 0.005 0.046 0.001 0.056 0.739 0.001 0.001 0.002 0.032 0.111 0.002 0.004 122 V 0.003 0.009 0.064 0.001 0.029 0.803 0.001 0.003 0.007 0.032 0.032 0.005 0.011 123 L 0.002 0.010 0.059 0.001 0.012 0.835 0.001 0.006 0.014 0.022 0.022 0.003 0.011 124 E 0.004 0.004 0.047 0.001 0.014 0.842 0.001 0.002 0.008 0.026 0.037 0.005 0.007 125 H 0.005 0.006 0.086 0.001 0.027 0.740 0.002 0.002 0.010 0.036 0.067 0.006 0.012 126 H 0.006 0.017 0.093 0.003 0.049 0.589 0.002 0.001 0.011 0.067 0.133 0.010 0.019 127 H 0.006 0.015 0.119 0.003 0.053 0.424 0.002 0.001 0.010 0.131 0.202 0.018 0.016 128 H 0.003 0.013 0.227 0.001 0.028 0.204 0.001 0.001 0.007 0.175 0.315 0.009 0.017 129 H 0.001 0.016 0.645 0.001 0.012 0.058 0.001 0.001 0.006 0.086 0.162 0.002 0.012 130 H 0.001 0.003 0.933 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.036 0.011 0.001 0.002