# TARGET T0354 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0354/T0354.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.058 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.067 0.013 0.124 0.130 0.001 0.040 0.003 0.002 0.011 0.018 0.045 0.130 0.372 0.001 0.002 0.041 2 E 0.021 0.013 0.035 0.021 0.001 0.195 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.131 0.536 0.001 0.001 0.002 3 I 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.084 0.001 0.001 0.001 0.001 0.318 0.043 0.544 0.001 0.001 0.001 4 Q 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.298 0.672 0.001 0.001 0.001 5 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.975 0.001 0.001 0.001 6 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 7 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.993 0.001 0.001 0.001 8 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 11 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.014 0.001 0.006 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.983 0.006 0.004 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.973 0.003 0.007 0.008 16 D 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.552 0.228 0.012 0.178 17 I 0.014 0.002 0.257 0.002 0.001 0.001 0.093 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.283 0.057 0.237 0.044 18 K 0.009 0.030 0.191 0.008 0.001 0.038 0.024 0.017 0.002 0.004 0.009 0.007 0.371 0.007 0.101 0.181 19 G 0.105 0.013 0.025 0.013 0.005 0.200 0.031 0.004 0.014 0.007 0.150 0.022 0.266 0.043 0.004 0.098 20 K 0.029 0.711 0.074 0.025 0.001 0.004 0.003 0.006 0.002 0.001 0.017 0.062 0.040 0.001 0.020 0.006 21 D 0.020 0.102 0.373 0.216 0.001 0.021 0.006 0.001 0.020 0.001 0.002 0.023 0.078 0.002 0.008 0.129 22 I 0.019 0.005 0.851 0.102 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 23 I 0.003 0.022 0.339 0.620 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 24 E 0.001 0.003 0.018 0.954 0.007 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.024 0.031 0.932 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.001 0.006 0.003 0.109 0.009 0.865 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 T 0.002 0.037 0.004 0.039 0.019 0.067 0.001 0.007 0.001 0.001 0.815 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 28 S 0.001 0.152 0.007 0.044 0.002 0.037 0.001 0.019 0.005 0.002 0.035 0.682 0.007 0.001 0.005 0.001 29 K 0.010 0.055 0.076 0.096 0.004 0.063 0.008 0.010 0.035 0.013 0.156 0.080 0.272 0.002 0.012 0.107 30 L 0.064 0.081 0.159 0.090 0.003 0.042 0.013 0.004 0.006 0.002 0.085 0.132 0.287 0.002 0.005 0.025 31 T 0.030 0.062 0.195 0.102 0.003 0.103 0.011 0.005 0.003 0.002 0.029 0.099 0.339 0.001 0.006 0.009 32 S 0.007 0.028 0.038 0.118 0.005 0.210 0.007 0.004 0.003 0.001 0.107 0.036 0.422 0.001 0.002 0.010 33 L 0.008 0.183 0.050 0.186 0.012 0.043 0.013 0.004 0.004 0.001 0.065 0.109 0.294 0.006 0.003 0.019 34 F 0.010 0.039 0.100 0.240 0.007 0.112 0.028 0.008 0.006 0.001 0.013 0.055 0.347 0.006 0.014 0.013 35 Q 0.005 0.466 0.156 0.167 0.001 0.019 0.006 0.003 0.004 0.001 0.003 0.009 0.128 0.001 0.009 0.023 36 R 0.012 0.014 0.088 0.851 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 0.014 37 M 0.018 0.002 0.631 0.343 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 38 I 0.001 0.002 0.064 0.924 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 39 V 0.001 0.005 0.003 0.965 0.008 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.001 0.014 0.003 0.928 0.032 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 T 0.004 0.061 0.013 0.685 0.053 0.145 0.002 0.016 0.005 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 42 G 0.010 0.090 0.024 0.290 0.064 0.326 0.004 0.032 0.010 0.032 0.098 0.009 0.006 0.001 0.001 0.004 43 D 0.012 0.164 0.017 0.072 0.032 0.215 0.005 0.040 0.007 0.021 0.222 0.170 0.016 0.002 0.002 0.002 44 S 0.004 0.014 0.004 0.006 0.002 0.304 0.001 0.018 0.004 0.009 0.343 0.216 0.068 0.001 0.004 0.002 45 N 0.003 0.013 0.005 0.003 0.001 0.007 0.001 0.002 0.006 0.002 0.517 0.295 0.138 0.001 0.002 0.005 46 R 0.005 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.620 0.332 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.019 0.961 0.001 0.001 0.001 48 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.967 0.001 0.001 0.001 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.984 0.001 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 0.001 53 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.001 0.009 55 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 58 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.012 0.001 0.018 59 L 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.002 0.011 0.002 60 K 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.961 0.004 0.003 0.014 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.974 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.977 0.001 63 G 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.926 64 V 0.975 0.001 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 65 D 0.008 0.041 0.695 0.099 0.003 0.123 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.001 0.001 0.004 66 I 0.005 0.030 0.032 0.296 0.269 0.190 0.032 0.003 0.001 0.001 0.105 0.004 0.012 0.017 0.001 0.002 67 V 0.003 0.360 0.042 0.314 0.007 0.024 0.002 0.152 0.005 0.001 0.013 0.047 0.006 0.001 0.024 0.001 68 G 0.006 0.029 0.075 0.355 0.010 0.107 0.004 0.010 0.162 0.090 0.024 0.017 0.034 0.001 0.003 0.075 69 S 0.266 0.037 0.153 0.140 0.137 0.030 0.086 0.007 0.004 0.004 0.067 0.017 0.021 0.021 0.001 0.009 70 E 0.013 0.121 0.217 0.350 0.007 0.028 0.004 0.144 0.005 0.002 0.010 0.025 0.011 0.001 0.057 0.005 71 G 0.010 0.026 0.070 0.396 0.041 0.101 0.011 0.010 0.086 0.117 0.018 0.009 0.019 0.003 0.002 0.080 72 H 0.210 0.071 0.033 0.125 0.044 0.340 0.006 0.034 0.005 0.005 0.067 0.026 0.028 0.001 0.003 0.003 73 E 0.008 0.058 0.055 0.051 0.247 0.052 0.061 0.032 0.010 0.012 0.278 0.046 0.015 0.066 0.002 0.006 74 S 0.012 0.116 0.037 0.092 0.003 0.029 0.004 0.222 0.013 0.003 0.015 0.061 0.014 0.002 0.371 0.006 75 G 0.018 0.039 0.088 0.094 0.001 0.027 0.003 0.004 0.250 0.052 0.013 0.006 0.022 0.001 0.005 0.375 76 E 0.554 0.116 0.155 0.150 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 77 W 0.013 0.003 0.638 0.340 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 V 0.002 0.002 0.232 0.759 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.004 0.963 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 V 0.001 0.010 0.004 0.924 0.028 0.026 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.001 0.004 0.001 0.036 0.735 0.193 0.005 0.003 0.001 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.002 0.114 0.002 0.026 0.006 0.034 0.001 0.676 0.003 0.001 0.119 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 83 G 0.003 0.053 0.010 0.052 0.001 0.041 0.001 0.018 0.496 0.164 0.028 0.106 0.005 0.001 0.006 0.016 84 D 0.485 0.193 0.115 0.100 0.001 0.003 0.002 0.001 0.026 0.001 0.004 0.022 0.011 0.001 0.002 0.035 85 V 0.051 0.005 0.706 0.220 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 86 V 0.004 0.007 0.594 0.375 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 87 V 0.001 0.010 0.008 0.956 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 88 H 0.001 0.006 0.005 0.944 0.004 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 89 V 0.002 0.020 0.017 0.835 0.010 0.066 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 0.004 0.025 0.001 0.001 0.002 90 M 0.001 0.114 0.028 0.799 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.013 0.001 0.001 0.003 91 L 0.005 0.010 0.015 0.176 0.013 0.717 0.003 0.002 0.001 0.002 0.010 0.009 0.037 0.001 0.001 0.001 92 P 0.001 0.028 0.005 0.019 0.002 0.228 0.001 0.009 0.001 0.001 0.637 0.011 0.057 0.001 0.001 0.001 93 A 0.001 0.105 0.001 0.015 0.001 0.024 0.001 0.001 0.003 0.001 0.069 0.713 0.065 0.001 0.001 0.001 94 V 0.003 0.010 0.012 0.015 0.001 0.012 0.012 0.001 0.001 0.001 0.020 0.170 0.727 0.005 0.008 0.005 95 R 0.001 0.004 0.047 0.005 0.001 0.007 0.011 0.001 0.001 0.001 0.011 0.020 0.868 0.003 0.010 0.012 96 D 0.006 0.009 0.012 0.015 0.001 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.028 0.031 0.817 0.008 0.009 0.042 97 Y 0.022 0.014 0.046 0.020 0.003 0.011 0.037 0.001 0.003 0.001 0.021 0.018 0.657 0.051 0.016 0.080 98 Y 0.013 0.037 0.261 0.069 0.001 0.006 0.005 0.011 0.001 0.001 0.009 0.030 0.481 0.001 0.054 0.022 99 D 0.002 0.002 0.004 0.005 0.001 0.535 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.012 0.420 0.001 0.001 0.007 100 I 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.662 0.012 0.297 0.001 0.001 0.001 101 E 0.001 0.015 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.764 0.204 0.001 0.002 0.001 102 A 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.005 0.004 0.014 103 L 0.002 0.003 0.078 0.004 0.004 0.004 0.087 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.671 0.082 0.008 0.048 104 W 0.004 0.008 0.034 0.008 0.018 0.005 0.242 0.016 0.001 0.001 0.004 0.004 0.244 0.328 0.062 0.024 105 G 0.007 0.010 0.042 0.021 0.005 0.022 0.049 0.096 0.019 0.015 0.012 0.007 0.272 0.026 0.283 0.115 106 G 0.046 0.099 0.040 0.032 0.001 0.008 0.017 0.006 0.073 0.025 0.028 0.013 0.116 0.009 0.015 0.471 107 Q 0.394 0.053 0.300 0.101 0.001 0.009 0.012 0.002 0.005 0.002 0.007 0.031 0.039 0.002 0.011 0.030 108 K 0.028 0.026 0.611 0.106 0.006 0.146 0.013 0.002 0.001 0.003 0.008 0.010 0.030 0.001 0.002 0.008 109 P 0.018 0.196 0.107 0.401 0.010 0.109 0.005 0.013 0.003 0.002 0.085 0.017 0.026 0.002 0.002 0.005 110 S 0.008 0.090 0.046 0.457 0.009 0.174 0.005 0.010 0.012 0.004 0.047 0.097 0.033 0.001 0.002 0.004 111 F 0.016 0.114 0.168 0.442 0.005 0.038 0.003 0.011 0.007 0.003 0.057 0.043 0.075 0.001 0.004 0.012 112 A 0.026 0.023 0.121 0.362 0.102 0.115 0.037 0.006 0.006 0.005 0.037 0.046 0.070 0.030 0.002 0.013 113 V 0.013 0.106 0.183 0.378 0.009 0.044 0.007 0.089 0.002 0.001 0.025 0.019 0.067 0.003 0.048 0.005 114 G 0.005 0.030 0.043 0.345 0.016 0.200 0.011 0.015 0.041 0.052 0.057 0.032 0.096 0.007 0.005 0.045 115 A 0.130 0.127 0.077 0.204 0.012 0.065 0.015 0.019 0.008 0.003 0.133 0.054 0.118 0.006 0.010 0.020 116 A 0.021 0.138 0.229 0.346 0.005 0.034 0.008 0.008 0.010 0.005 0.022 0.068 0.061 0.004 0.010 0.031 117 K 0.032 0.033 0.228 0.198 0.028 0.241 0.031 0.005 0.003 0.008 0.021 0.030 0.113 0.005 0.006 0.018 118 P 0.011 0.084 0.048 0.072 0.007 0.320 0.005 0.032 0.002 0.003 0.257 0.030 0.114 0.002 0.005 0.007 119 W 0.007 0.093 0.019 0.062 0.002 0.131 0.003 0.011 0.015 0.006 0.219 0.285 0.131 0.002 0.005 0.008 120 S 0.015 0.047 0.038 0.047 0.001 0.038 0.005 0.002 0.004 0.001 0.095 0.280 0.410 0.001 0.006 0.009 121 A 0.011 0.021 0.072 0.047 0.001 0.038 0.005 0.002 0.002 0.001 0.052 0.110 0.607 0.003 0.003 0.023 122 V 0.005 0.014 0.067 0.045 0.002 0.047 0.010 0.002 0.001 0.001 0.035 0.049 0.706 0.005 0.004 0.008 123 L 0.002 0.032 0.044 0.055 0.003 0.026 0.016 0.003 0.001 0.001 0.020 0.040 0.740 0.005 0.006 0.008 124 E 0.004 0.016 0.031 0.109 0.002 0.027 0.007 0.007 0.002 0.001 0.025 0.021 0.704 0.008 0.011 0.025 125 H 0.011 0.023 0.075 0.087 0.006 0.035 0.020 0.004 0.004 0.002 0.024 0.025 0.603 0.024 0.012 0.044 126 H 0.014 0.026 0.091 0.085 0.013 0.041 0.039 0.008 0.002 0.001 0.039 0.028 0.540 0.025 0.022 0.026 127 H 0.013 0.054 0.096 0.103 0.020 0.048 0.042 0.020 0.006 0.003 0.037 0.036 0.397 0.042 0.030 0.052 128 H 0.030 0.061 0.083 0.119 0.031 0.053 0.059 0.024 0.015 0.009 0.039 0.036 0.272 0.051 0.041 0.078 129 H 0.033 0.061 0.141 0.081 0.038 0.069 0.089 0.033 0.013 0.012 0.055 0.043 0.191 0.038 0.049 0.055 130 H 0.039 0.077 0.107 0.071 0.022 0.103 0.047 0.059 0.017 0.016 0.087 0.071 0.166 0.021 0.049 0.047