# TARGET T0354 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.058 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.883 0.002 0.004 0.004 0.004 0.012 0.002 0.001 0.024 0.059 2 E 0.007 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.006 0.022 3 I 0.010 0.415 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.536 0.027 4 Q 0.004 0.730 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.234 0.020 5 E 0.011 0.895 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.062 0.022 6 I 0.002 0.928 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.044 0.016 7 S 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.011 8 K 0.002 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.040 0.011 9 L 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 10 A 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 11 I 0.013 0.842 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.119 0.017 12 E 0.011 0.661 0.019 0.002 0.001 0.001 0.015 0.004 0.008 0.234 0.045 13 A 0.127 0.564 0.049 0.002 0.001 0.001 0.024 0.042 0.018 0.088 0.085 14 L 0.233 0.277 0.033 0.004 0.001 0.002 0.035 0.025 0.028 0.098 0.263 15 E 0.051 0.196 0.005 0.002 0.001 0.003 0.086 0.002 0.006 0.023 0.625 16 D 0.076 0.058 0.026 0.003 0.001 0.004 0.056 0.006 0.014 0.032 0.724 17 I 0.277 0.017 0.006 0.004 0.003 0.005 0.086 0.015 0.004 0.084 0.500 18 K 0.114 0.005 0.001 0.008 0.004 0.012 0.090 0.002 0.001 0.038 0.724 19 G 0.016 0.007 0.003 0.045 0.003 0.015 0.112 0.001 0.001 0.025 0.773 20 K 0.004 0.004 0.001 0.049 0.077 0.094 0.159 0.002 0.001 0.084 0.526 21 D 0.002 0.002 0.001 0.259 0.146 0.227 0.064 0.001 0.001 0.125 0.173 22 I 0.001 0.002 0.001 0.242 0.112 0.245 0.049 0.001 0.001 0.069 0.277 23 I 0.001 0.001 0.001 0.333 0.246 0.282 0.015 0.001 0.001 0.049 0.073 24 E 0.003 0.001 0.001 0.248 0.179 0.256 0.035 0.001 0.001 0.100 0.177 25 L 0.002 0.001 0.001 0.211 0.243 0.256 0.048 0.001 0.001 0.048 0.190 26 D 0.181 0.009 0.002 0.100 0.079 0.140 0.093 0.008 0.004 0.081 0.302 27 T 0.288 0.010 0.003 0.035 0.021 0.032 0.099 0.006 0.002 0.109 0.396 28 S 0.035 0.008 0.002 0.021 0.023 0.049 0.109 0.004 0.001 0.068 0.680 29 K 0.047 0.031 0.003 0.021 0.032 0.055 0.123 0.005 0.001 0.055 0.626 30 L 0.059 0.022 0.004 0.020 0.085 0.077 0.127 0.011 0.001 0.093 0.500 31 T 0.070 0.031 0.003 0.031 0.060 0.081 0.109 0.005 0.002 0.093 0.515 32 S 0.074 0.013 0.004 0.043 0.057 0.118 0.117 0.004 0.002 0.095 0.474 33 L 0.042 0.011 0.004 0.070 0.062 0.096 0.153 0.004 0.002 0.064 0.492 34 F 0.017 0.004 0.002 0.099 0.062 0.078 0.162 0.002 0.001 0.047 0.527 35 Q 0.003 0.003 0.001 0.270 0.094 0.093 0.110 0.001 0.001 0.063 0.362 36 R 0.001 0.001 0.001 0.480 0.092 0.116 0.054 0.001 0.001 0.098 0.158 37 M 0.001 0.001 0.001 0.710 0.072 0.071 0.018 0.001 0.001 0.058 0.070 38 I 0.001 0.001 0.001 0.765 0.083 0.074 0.007 0.001 0.001 0.040 0.031 39 V 0.001 0.001 0.001 0.742 0.061 0.071 0.016 0.001 0.001 0.037 0.072 40 A 0.003 0.001 0.001 0.686 0.054 0.104 0.027 0.001 0.001 0.045 0.080 41 T 0.036 0.003 0.001 0.264 0.042 0.138 0.114 0.001 0.002 0.158 0.240 42 G 0.054 0.018 0.002 0.121 0.044 0.072 0.167 0.002 0.003 0.099 0.419 43 D 0.072 0.183 0.002 0.014 0.014 0.024 0.148 0.008 0.002 0.077 0.455 44 S 0.037 0.697 0.001 0.003 0.004 0.004 0.039 0.006 0.001 0.049 0.159 45 N 0.009 0.912 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.018 0.047 46 R 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.010 0.015 47 Q 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 48 V 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 49 K 0.003 0.551 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.432 0.007 50 A 0.004 0.353 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.619 0.011 51 L 0.008 0.639 0.009 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.297 0.030 52 A 0.004 0.935 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.027 0.024 53 N 0.007 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.033 54 S 0.002 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.019 0.023 55 V 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 56 Q 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 57 V 0.009 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.015 58 K 0.004 0.876 0.011 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.006 0.067 0.024 59 L 0.014 0.024 0.563 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.327 0.050 0.012 60 K 0.849 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.004 0.022 0.084 61 E 0.059 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.015 0.889 62 A 0.009 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 0.059 0.001 0.001 0.009 0.909 63 G 0.002 0.001 0.001 0.012 0.012 0.028 0.113 0.002 0.001 0.034 0.795 64 V 0.012 0.002 0.001 0.009 0.011 0.007 0.078 0.001 0.001 0.029 0.851 65 D 0.057 0.008 0.001 0.212 0.034 0.039 0.105 0.004 0.001 0.099 0.443 66 I 0.027 0.006 0.001 0.064 0.009 0.019 0.112 0.002 0.001 0.060 0.700 67 V 0.019 0.004 0.001 0.208 0.026 0.042 0.147 0.006 0.001 0.041 0.506 68 G 0.045 0.005 0.001 0.179 0.030 0.055 0.100 0.008 0.001 0.082 0.494 69 S 0.078 0.007 0.001 0.126 0.024 0.047 0.105 0.002 0.001 0.067 0.543 70 E 0.019 0.004 0.001 0.070 0.032 0.073 0.133 0.002 0.001 0.036 0.630 71 G 0.048 0.004 0.003 0.019 0.039 0.049 0.129 0.003 0.002 0.058 0.647 72 H 0.087 0.001 0.002 0.018 0.028 0.045 0.137 0.005 0.002 0.072 0.603 73 E 0.200 0.001 0.001 0.010 0.014 0.025 0.108 0.003 0.001 0.068 0.569 74 S 0.014 0.001 0.001 0.018 0.008 0.021 0.176 0.001 0.001 0.027 0.733 75 G 0.002 0.001 0.001 0.023 0.043 0.090 0.171 0.002 0.001 0.045 0.624 76 E 0.001 0.001 0.001 0.134 0.209 0.346 0.051 0.001 0.001 0.099 0.159 77 W 0.001 0.001 0.001 0.117 0.159 0.473 0.020 0.001 0.001 0.054 0.175 78 V 0.001 0.001 0.001 0.224 0.354 0.323 0.007 0.001 0.001 0.040 0.051 79 L 0.002 0.001 0.001 0.174 0.330 0.302 0.014 0.001 0.001 0.106 0.071 80 V 0.004 0.001 0.001 0.304 0.157 0.261 0.031 0.001 0.001 0.070 0.170 81 D 0.473 0.001 0.001 0.070 0.053 0.112 0.058 0.004 0.002 0.075 0.152 82 A 0.031 0.001 0.001 0.044 0.008 0.019 0.132 0.001 0.001 0.035 0.726 83 G 0.002 0.001 0.001 0.021 0.043 0.057 0.130 0.002 0.001 0.020 0.725 84 D 0.004 0.003 0.001 0.271 0.205 0.137 0.084 0.001 0.001 0.074 0.221 85 V 0.001 0.003 0.001 0.331 0.139 0.145 0.040 0.001 0.001 0.098 0.242 86 V 0.001 0.002 0.001 0.506 0.203 0.146 0.012 0.001 0.001 0.057 0.071 87 V 0.003 0.003 0.001 0.552 0.107 0.164 0.025 0.001 0.001 0.046 0.098 88 H 0.011 0.002 0.001 0.498 0.122 0.176 0.030 0.001 0.001 0.077 0.084 89 V 0.007 0.004 0.001 0.413 0.051 0.128 0.106 0.001 0.001 0.045 0.244 90 M 0.014 0.067 0.003 0.103 0.043 0.060 0.126 0.002 0.003 0.024 0.555 91 L 0.171 0.520 0.003 0.009 0.014 0.013 0.045 0.036 0.003 0.023 0.162 92 P 0.119 0.557 0.006 0.004 0.003 0.003 0.030 0.009 0.003 0.081 0.186 93 A 0.071 0.574 0.017 0.003 0.005 0.008 0.037 0.009 0.006 0.074 0.197 94 V 0.208 0.555 0.005 0.002 0.005 0.008 0.021 0.019 0.002 0.036 0.140 95 R 0.188 0.348 0.005 0.006 0.011 0.014 0.052 0.015 0.002 0.114 0.245 96 D 0.036 0.337 0.002 0.014 0.010 0.019 0.078 0.003 0.001 0.070 0.429 97 Y 0.019 0.524 0.006 0.012 0.011 0.021 0.046 0.004 0.001 0.045 0.310 98 Y 0.021 0.749 0.006 0.007 0.009 0.011 0.027 0.007 0.001 0.032 0.129 99 D 0.016 0.907 0.003 0.002 0.002 0.002 0.007 0.004 0.001 0.012 0.044 100 I 0.056 0.881 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 0.001 0.005 0.029 101 E 0.096 0.716 0.004 0.005 0.004 0.009 0.016 0.010 0.002 0.044 0.095 102 A 0.053 0.220 0.112 0.014 0.008 0.014 0.079 0.007 0.054 0.139 0.299 103 L 0.251 0.099 0.022 0.018 0.012 0.016 0.099 0.031 0.009 0.099 0.344 104 W 0.241 0.023 0.007 0.019 0.007 0.014 0.084 0.011 0.005 0.077 0.513 105 G 0.040 0.004 0.001 0.021 0.006 0.017 0.108 0.001 0.001 0.023 0.778 106 G 0.014 0.006 0.001 0.027 0.009 0.030 0.099 0.001 0.001 0.037 0.777 107 Q 0.023 0.009 0.001 0.011 0.021 0.020 0.133 0.006 0.001 0.037 0.739 108 K 0.130 0.035 0.001 0.024 0.026 0.029 0.122 0.012 0.001 0.045 0.574 109 P 0.068 0.039 0.002 0.028 0.012 0.023 0.102 0.005 0.001 0.034 0.688 110 S 0.068 0.075 0.003 0.037 0.026 0.050 0.100 0.007 0.001 0.037 0.596 111 F 0.138 0.148 0.007 0.038 0.027 0.038 0.084 0.010 0.003 0.052 0.454 112 A 0.155 0.105 0.010 0.032 0.024 0.038 0.095 0.012 0.005 0.050 0.473 113 V 0.122 0.074 0.003 0.024 0.019 0.039 0.080 0.011 0.002 0.038 0.588 114 G 0.148 0.026 0.001 0.015 0.021 0.033 0.083 0.003 0.001 0.039 0.631 115 A 0.016 0.017 0.001 0.019 0.030 0.043 0.127 0.002 0.001 0.028 0.718 116 A 0.012 0.012 0.001 0.010 0.013 0.017 0.087 0.001 0.001 0.015 0.830 117 K 0.124 0.106 0.002 0.011 0.035 0.020 0.119 0.016 0.001 0.077 0.488 118 P 0.092 0.274 0.003 0.008 0.004 0.005 0.073 0.007 0.001 0.033 0.501 119 W 0.091 0.575 0.003 0.007 0.004 0.006 0.036 0.011 0.001 0.024 0.243 120 S 0.101 0.476 0.003 0.010 0.013 0.016 0.048 0.011 0.001 0.056 0.265 121 A 0.095 0.416 0.008 0.016 0.017 0.029 0.061 0.011 0.003 0.064 0.280 122 V 0.118 0.347 0.011 0.020 0.032 0.039 0.065 0.015 0.005 0.054 0.293 123 L 0.252 0.160 0.007 0.013 0.026 0.036 0.075 0.013 0.004 0.041 0.373 124 E 0.110 0.127 0.005 0.021 0.025 0.054 0.095 0.009 0.003 0.039 0.512 125 H 0.054 0.059 0.009 0.018 0.017 0.049 0.099 0.006 0.004 0.035 0.649 126 H 0.148 0.033 0.011 0.017 0.030 0.048 0.082 0.010 0.004 0.066 0.552 127 H 0.107 0.010 0.002 0.010 0.014 0.023 0.078 0.004 0.001 0.047 0.704 128 H 0.043 0.005 0.001 0.010 0.011 0.018 0.082 0.002 0.001 0.030 0.798 129 H 0.027 0.008 0.001 0.013 0.010 0.015 0.111 0.002 0.001 0.029 0.783 130 H 0.036 0.009 0.001 0.013 0.023 0.027 0.146 0.008 0.001 0.042 0.695