# TARGET T0354 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.058 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.306 0.104 0.105 0.083 0.060 0.069 0.103 0.076 0.050 0.030 0.015 2 E 0.081 0.290 0.125 0.227 0.131 0.070 0.041 0.017 0.010 0.006 0.003 3 I 0.035 0.050 0.084 0.099 0.117 0.166 0.213 0.124 0.071 0.031 0.011 4 Q 0.398 0.145 0.186 0.154 0.078 0.025 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 5 E 0.077 0.090 0.495 0.240 0.068 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.002 0.005 0.053 0.025 0.027 0.078 0.229 0.188 0.183 0.146 0.064 7 S 0.001 0.003 0.123 0.032 0.057 0.140 0.377 0.156 0.072 0.028 0.010 8 K 0.003 0.019 0.777 0.156 0.035 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.002 0.012 0.122 0.102 0.185 0.260 0.225 0.057 0.023 0.010 0.003 10 A 0.001 0.001 0.026 0.003 0.003 0.003 0.028 0.069 0.230 0.296 0.341 11 I 0.001 0.002 0.065 0.052 0.132 0.272 0.372 0.072 0.024 0.008 0.003 12 E 0.003 0.013 0.795 0.137 0.041 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.003 0.022 0.010 0.025 0.095 0.416 0.192 0.132 0.067 0.036 14 L 0.002 0.002 0.024 0.011 0.009 0.013 0.070 0.123 0.236 0.281 0.228 15 E 0.017 0.042 0.433 0.166 0.147 0.096 0.066 0.019 0.007 0.003 0.002 16 D 0.035 0.062 0.431 0.234 0.118 0.073 0.035 0.008 0.003 0.001 0.001 17 I 0.054 0.040 0.047 0.053 0.075 0.120 0.243 0.153 0.105 0.074 0.036 18 K 0.059 0.132 0.144 0.183 0.115 0.110 0.119 0.053 0.040 0.026 0.018 19 G 0.039 0.027 0.090 0.053 0.065 0.082 0.170 0.133 0.134 0.112 0.095 20 K 0.176 0.160 0.203 0.243 0.117 0.054 0.031 0.009 0.004 0.002 0.001 21 D 0.067 0.153 0.134 0.237 0.173 0.107 0.084 0.025 0.013 0.005 0.002 22 I 0.007 0.007 0.013 0.022 0.023 0.029 0.056 0.091 0.183 0.250 0.319 23 I 0.023 0.048 0.085 0.159 0.178 0.181 0.204 0.070 0.034 0.013 0.005 24 E 0.016 0.073 0.117 0.300 0.192 0.126 0.099 0.044 0.020 0.009 0.003 25 L 0.004 0.004 0.006 0.011 0.016 0.028 0.083 0.126 0.225 0.251 0.246 26 D 0.037 0.147 0.106 0.306 0.220 0.100 0.055 0.016 0.008 0.003 0.002 27 T 0.007 0.011 0.007 0.016 0.017 0.022 0.077 0.121 0.223 0.252 0.248 28 S 0.157 0.185 0.092 0.246 0.172 0.084 0.044 0.012 0.005 0.002 0.001 29 K 0.365 0.247 0.061 0.154 0.082 0.045 0.031 0.009 0.004 0.002 0.001 30 L 0.027 0.034 0.017 0.086 0.098 0.125 0.188 0.134 0.130 0.101 0.060 31 T 0.050 0.046 0.028 0.086 0.092 0.138 0.187 0.115 0.121 0.079 0.057 32 S 0.087 0.096 0.093 0.188 0.146 0.126 0.148 0.058 0.032 0.017 0.010 33 L 0.015 0.017 0.028 0.056 0.054 0.088 0.212 0.163 0.169 0.132 0.065 34 F 0.006 0.008 0.017 0.047 0.057 0.064 0.150 0.152 0.199 0.175 0.123 35 Q 0.008 0.016 0.057 0.114 0.131 0.131 0.202 0.153 0.110 0.056 0.022 36 R 0.002 0.005 0.033 0.048 0.082 0.148 0.277 0.194 0.124 0.064 0.024 37 M 0.001 0.001 0.007 0.005 0.004 0.007 0.039 0.137 0.257 0.328 0.216 38 I 0.001 0.001 0.006 0.009 0.014 0.030 0.140 0.223 0.243 0.198 0.136 39 V 0.001 0.002 0.013 0.005 0.005 0.010 0.053 0.124 0.250 0.276 0.262 40 A 0.001 0.001 0.005 0.009 0.009 0.018 0.088 0.161 0.266 0.269 0.172 41 T 0.008 0.025 0.031 0.068 0.061 0.082 0.210 0.173 0.178 0.103 0.061 42 G 0.013 0.013 0.012 0.039 0.063 0.088 0.185 0.185 0.183 0.132 0.088 43 D 0.055 0.273 0.083 0.216 0.185 0.104 0.059 0.016 0.006 0.002 0.001 44 S 0.025 0.041 0.021 0.093 0.111 0.119 0.185 0.150 0.129 0.081 0.045 45 N 0.424 0.207 0.056 0.138 0.098 0.049 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 46 R 0.134 0.108 0.080 0.227 0.148 0.132 0.116 0.035 0.014 0.005 0.002 47 Q 0.003 0.007 0.020 0.036 0.048 0.084 0.173 0.166 0.184 0.167 0.113 48 V 0.003 0.003 0.038 0.016 0.017 0.038 0.194 0.199 0.197 0.174 0.119 49 K 0.004 0.018 0.355 0.353 0.180 0.058 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 50 A 0.018 0.034 0.246 0.105 0.117 0.165 0.215 0.062 0.024 0.011 0.005 51 L 0.001 0.002 0.068 0.020 0.013 0.020 0.098 0.131 0.221 0.253 0.176 52 A 0.001 0.001 0.036 0.011 0.028 0.092 0.492 0.183 0.092 0.046 0.019 53 N 0.009 0.019 0.752 0.166 0.040 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 S 0.009 0.026 0.144 0.112 0.201 0.241 0.208 0.041 0.012 0.004 0.001 55 V 0.001 0.001 0.021 0.003 0.002 0.004 0.035 0.081 0.240 0.308 0.306 56 Q 0.001 0.001 0.023 0.043 0.160 0.287 0.361 0.083 0.029 0.010 0.003 57 V 0.008 0.022 0.845 0.093 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.002 0.007 0.034 0.057 0.130 0.249 0.373 0.097 0.034 0.012 0.004 59 L 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.004 0.034 0.085 0.219 0.304 0.340 60 K 0.003 0.017 0.161 0.205 0.271 0.177 0.112 0.033 0.011 0.005 0.003 61 E 0.033 0.065 0.756 0.100 0.032 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.011 0.015 0.014 0.037 0.078 0.175 0.385 0.153 0.073 0.040 0.018 63 G 0.648 0.178 0.044 0.055 0.024 0.015 0.016 0.007 0.006 0.004 0.003 64 V 0.023 0.034 0.032 0.066 0.084 0.116 0.163 0.130 0.135 0.120 0.098 65 D 0.264 0.330 0.147 0.148 0.059 0.025 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 66 I 0.066 0.028 0.016 0.046 0.064 0.097 0.193 0.153 0.152 0.106 0.079 67 V 0.085 0.105 0.040 0.125 0.124 0.121 0.153 0.090 0.069 0.050 0.038 68 G 0.099 0.106 0.055 0.165 0.153 0.136 0.111 0.065 0.054 0.034 0.022 69 S 0.103 0.082 0.047 0.108 0.104 0.115 0.136 0.095 0.091 0.068 0.051 70 E 0.044 0.050 0.026 0.070 0.084 0.096 0.187 0.152 0.130 0.101 0.060 71 G 0.121 0.059 0.023 0.072 0.068 0.073 0.127 0.108 0.112 0.116 0.121 72 H 0.055 0.084 0.060 0.178 0.165 0.139 0.132 0.072 0.056 0.034 0.025 73 E 0.208 0.179 0.147 0.185 0.100 0.080 0.051 0.020 0.013 0.008 0.008 74 S 0.165 0.213 0.090 0.195 0.124 0.076 0.073 0.031 0.017 0.010 0.006 75 G 0.251 0.089 0.034 0.110 0.125 0.114 0.135 0.069 0.042 0.021 0.010 76 E 0.060 0.162 0.101 0.300 0.204 0.097 0.050 0.014 0.007 0.003 0.002 77 W 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.039 0.136 0.201 0.235 0.220 0.150 78 V 0.001 0.001 0.001 0.011 0.026 0.060 0.184 0.221 0.216 0.157 0.123 79 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.014 0.073 0.149 0.221 0.274 0.254 80 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.056 0.123 0.243 0.276 0.278 81 D 0.003 0.009 0.008 0.044 0.051 0.081 0.196 0.180 0.197 0.142 0.091 82 A 0.005 0.010 0.008 0.048 0.057 0.063 0.149 0.172 0.211 0.178 0.098 83 G 0.023 0.041 0.031 0.174 0.208 0.151 0.181 0.108 0.057 0.020 0.007 84 D 0.007 0.044 0.032 0.188 0.235 0.232 0.163 0.063 0.023 0.009 0.004 85 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.014 0.071 0.183 0.286 0.262 0.170 86 V 0.001 0.002 0.002 0.011 0.018 0.037 0.123 0.187 0.223 0.202 0.194 87 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.012 0.065 0.152 0.277 0.299 0.180 88 H 0.001 0.001 0.002 0.011 0.017 0.042 0.154 0.212 0.266 0.192 0.103 89 V 0.001 0.002 0.003 0.006 0.008 0.015 0.080 0.151 0.250 0.280 0.205 90 M 0.002 0.008 0.007 0.041 0.060 0.080 0.171 0.190 0.192 0.154 0.094 91 L 0.009 0.114 0.039 0.178 0.213 0.168 0.158 0.069 0.034 0.013 0.005 92 P 0.531 0.164 0.073 0.131 0.067 0.021 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 93 A 0.591 0.109 0.058 0.118 0.061 0.034 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 94 V 0.029 0.037 0.045 0.087 0.075 0.119 0.248 0.149 0.120 0.062 0.029 95 R 0.009 0.012 0.024 0.104 0.152 0.214 0.208 0.134 0.078 0.046 0.018 96 D 0.061 0.143 0.456 0.153 0.084 0.051 0.030 0.012 0.006 0.003 0.001 97 Y 0.004 0.015 0.048 0.087 0.125 0.179 0.243 0.133 0.093 0.054 0.019 98 Y 0.014 0.015 0.026 0.033 0.047 0.065 0.183 0.168 0.190 0.162 0.097 99 D 0.023 0.067 0.156 0.285 0.204 0.119 0.082 0.030 0.017 0.009 0.005 100 I 0.006 0.012 0.089 0.035 0.028 0.029 0.087 0.127 0.223 0.214 0.149 101 E 0.010 0.008 0.036 0.052 0.064 0.116 0.226 0.172 0.154 0.099 0.063 102 A 0.015 0.032 0.163 0.146 0.124 0.129 0.176 0.100 0.064 0.035 0.018 103 L 0.003 0.010 0.047 0.041 0.054 0.089 0.188 0.165 0.177 0.135 0.091 104 W 0.005 0.008 0.012 0.024 0.029 0.045 0.109 0.137 0.216 0.228 0.186 105 G 0.042 0.065 0.042 0.080 0.091 0.107 0.192 0.135 0.121 0.079 0.045 106 G 0.305 0.155 0.095 0.161 0.103 0.072 0.053 0.027 0.016 0.009 0.004 107 Q 0.272 0.154 0.053 0.117 0.113 0.091 0.092 0.047 0.030 0.020 0.011 108 K 0.296 0.250 0.086 0.134 0.072 0.050 0.042 0.025 0.022 0.014 0.009 109 P 0.312 0.108 0.052 0.102 0.095 0.089 0.086 0.053 0.050 0.034 0.018 110 S 0.193 0.143 0.053 0.103 0.086 0.082 0.115 0.078 0.068 0.046 0.033 111 F 0.097 0.069 0.054 0.108 0.105 0.114 0.154 0.110 0.090 0.061 0.038 112 A 0.131 0.074 0.066 0.121 0.106 0.103 0.125 0.085 0.078 0.063 0.049 113 V 0.104 0.139 0.131 0.157 0.125 0.090 0.098 0.063 0.047 0.030 0.015 114 G 0.228 0.121 0.064 0.096 0.088 0.083 0.106 0.072 0.065 0.048 0.028 115 A 0.221 0.128 0.085 0.138 0.104 0.086 0.099 0.052 0.041 0.029 0.017 116 A 0.265 0.151 0.107 0.130 0.096 0.076 0.077 0.040 0.030 0.019 0.010 117 K 0.235 0.220 0.113 0.173 0.104 0.056 0.045 0.023 0.016 0.009 0.005 118 P 0.371 0.176 0.071 0.099 0.074 0.064 0.061 0.034 0.025 0.017 0.010 119 W 0.089 0.092 0.058 0.119 0.128 0.134 0.165 0.093 0.066 0.037 0.018 120 S 0.371 0.191 0.129 0.146 0.069 0.036 0.029 0.013 0.009 0.004 0.002 121 A 0.240 0.136 0.148 0.180 0.108 0.075 0.061 0.024 0.016 0.008 0.004 122 V 0.074 0.047 0.065 0.072 0.065 0.091 0.166 0.134 0.129 0.099 0.057 123 L 0.044 0.062 0.130 0.156 0.140 0.140 0.155 0.081 0.055 0.026 0.010 124 E 0.103 0.116 0.336 0.189 0.104 0.063 0.048 0.021 0.012 0.005 0.002 125 H 0.089 0.108 0.187 0.163 0.131 0.108 0.107 0.052 0.032 0.018 0.008 126 H 0.109 0.085 0.110 0.125 0.110 0.104 0.131 0.085 0.072 0.048 0.021 127 H 0.159 0.158 0.162 0.170 0.121 0.082 0.074 0.035 0.022 0.011 0.005 128 H 0.161 0.128 0.148 0.145 0.107 0.088 0.096 0.056 0.039 0.023 0.009 129 H 0.181 0.139 0.078 0.119 0.108 0.087 0.108 0.071 0.055 0.035 0.017 130 H 0.252 0.146 0.063 0.122 0.100 0.077 0.086 0.059 0.048 0.031 0.016