# TARGET T0354 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.058 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.100 0.076 0.028 0.009 0.002 0.004 0.019 0.004 0.001 0.002 0.756 2 E 0.052 0.025 0.004 0.005 0.003 0.003 0.199 0.006 0.001 0.003 0.701 3 I 0.135 0.097 0.036 0.006 0.001 0.003 0.099 0.001 0.001 0.004 0.619 4 Q 0.004 0.238 0.001 0.009 0.002 0.002 0.074 0.001 0.001 0.001 0.669 5 E 0.038 0.327 0.001 0.001 0.001 0.001 0.236 0.001 0.001 0.004 0.391 6 I 0.028 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.055 7 S 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 8 K 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 9 L 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 10 A 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 I 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 12 E 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 13 A 0.009 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 14 L 0.019 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 15 E 0.018 0.942 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.024 16 D 0.060 0.834 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.055 17 I 0.273 0.530 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.057 0.001 0.001 0.125 18 K 0.250 0.394 0.034 0.006 0.008 0.005 0.038 0.072 0.001 0.004 0.188 19 G 0.054 0.158 0.206 0.017 0.011 0.018 0.028 0.011 0.001 0.002 0.495 20 K 0.024 0.116 0.007 0.065 0.043 0.058 0.112 0.007 0.001 0.002 0.565 21 D 0.183 0.048 0.006 0.053 0.026 0.043 0.096 0.012 0.001 0.016 0.517 22 I 0.237 0.055 0.048 0.236 0.075 0.097 0.043 0.007 0.001 0.011 0.193 23 I 0.014 0.013 0.008 0.415 0.237 0.169 0.062 0.002 0.001 0.002 0.078 24 E 0.009 0.008 0.005 0.234 0.130 0.225 0.036 0.001 0.001 0.002 0.350 25 L 0.002 0.003 0.001 0.415 0.202 0.333 0.015 0.001 0.001 0.001 0.026 26 D 0.008 0.010 0.001 0.208 0.129 0.181 0.123 0.001 0.001 0.003 0.335 27 T 0.014 0.010 0.004 0.230 0.104 0.171 0.070 0.001 0.001 0.007 0.388 28 S 0.014 0.010 0.002 0.096 0.044 0.109 0.419 0.001 0.001 0.014 0.292 29 K 0.098 0.010 0.002 0.029 0.026 0.034 0.329 0.003 0.001 0.043 0.426 30 L 0.193 0.063 0.013 0.027 0.027 0.039 0.269 0.003 0.001 0.026 0.341 31 T 0.088 0.082 0.009 0.024 0.053 0.056 0.191 0.005 0.001 0.022 0.471 32 S 0.067 0.092 0.007 0.009 0.041 0.033 0.131 0.002 0.001 0.009 0.608 33 L 0.051 0.102 0.003 0.016 0.110 0.151 0.148 0.007 0.001 0.015 0.397 34 F 0.067 0.125 0.005 0.038 0.180 0.321 0.101 0.008 0.001 0.017 0.137 35 Q 0.048 0.097 0.005 0.071 0.221 0.290 0.069 0.014 0.001 0.009 0.176 36 R 0.068 0.043 0.015 0.249 0.198 0.308 0.017 0.012 0.001 0.004 0.086 37 M 0.012 0.005 0.008 0.383 0.334 0.211 0.009 0.002 0.001 0.001 0.035 38 I 0.001 0.001 0.004 0.487 0.232 0.229 0.009 0.001 0.001 0.001 0.037 39 V 0.001 0.001 0.001 0.424 0.206 0.338 0.009 0.001 0.001 0.001 0.022 40 A 0.001 0.001 0.001 0.574 0.150 0.217 0.013 0.001 0.001 0.001 0.044 41 T 0.002 0.001 0.001 0.312 0.114 0.199 0.060 0.001 0.001 0.002 0.310 42 G 0.003 0.001 0.001 0.243 0.046 0.098 0.076 0.001 0.001 0.006 0.526 43 D 0.007 0.001 0.001 0.084 0.029 0.068 0.297 0.001 0.001 0.011 0.501 44 S 0.041 0.002 0.001 0.026 0.013 0.020 0.210 0.001 0.001 0.017 0.670 45 N 0.056 0.016 0.001 0.011 0.005 0.008 0.263 0.001 0.001 0.013 0.627 46 R 0.060 0.054 0.002 0.003 0.003 0.004 0.250 0.001 0.001 0.010 0.615 47 Q 0.039 0.199 0.001 0.002 0.004 0.007 0.393 0.001 0.001 0.006 0.348 48 V 0.017 0.786 0.001 0.002 0.005 0.019 0.047 0.001 0.001 0.002 0.119 49 K 0.007 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.035 50 A 0.007 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 51 L 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 52 A 0.011 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 53 N 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 54 S 0.011 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.037 55 V 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 56 Q 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 57 V 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 58 K 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 59 L 0.011 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 60 K 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.008 61 E 0.064 0.894 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.025 62 A 0.130 0.650 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.001 0.001 0.053 63 G 0.508 0.087 0.011 0.003 0.002 0.001 0.004 0.270 0.001 0.002 0.113 64 V 0.006 0.002 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 65 D 0.003 0.002 0.006 0.125 0.044 0.040 0.113 0.002 0.001 0.001 0.665 66 I 0.020 0.001 0.004 0.043 0.003 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.914 67 V 0.011 0.003 0.001 0.377 0.054 0.111 0.180 0.001 0.001 0.003 0.260 68 G 0.056 0.004 0.001 0.203 0.029 0.041 0.148 0.001 0.001 0.009 0.508 69 S 0.075 0.015 0.001 0.270 0.039 0.070 0.088 0.001 0.001 0.009 0.433 70 E 0.032 0.009 0.001 0.080 0.064 0.102 0.149 0.001 0.001 0.008 0.554 71 G 0.153 0.007 0.002 0.040 0.059 0.062 0.138 0.004 0.001 0.024 0.511 72 H 0.184 0.013 0.023 0.032 0.080 0.111 0.123 0.002 0.001 0.015 0.416 73 E 0.010 0.007 0.002 0.019 0.069 0.068 0.098 0.001 0.001 0.002 0.723 74 S 0.038 0.009 0.001 0.021 0.065 0.105 0.127 0.001 0.001 0.011 0.621 75 G 0.158 0.011 0.002 0.021 0.051 0.071 0.163 0.003 0.001 0.030 0.490 76 E 0.203 0.007 0.015 0.048 0.069 0.074 0.162 0.002 0.001 0.036 0.384 77 W 0.061 0.002 0.024 0.155 0.191 0.194 0.123 0.001 0.001 0.013 0.235 78 V 0.004 0.001 0.003 0.239 0.369 0.305 0.037 0.001 0.001 0.001 0.042 79 L 0.001 0.001 0.001 0.186 0.315 0.416 0.017 0.001 0.001 0.001 0.065 80 V 0.001 0.001 0.001 0.290 0.268 0.413 0.012 0.001 0.001 0.001 0.017 81 D 0.002 0.001 0.001 0.217 0.280 0.319 0.089 0.001 0.001 0.002 0.090 82 A 0.002 0.001 0.001 0.060 0.035 0.051 0.056 0.001 0.001 0.006 0.789 83 G 0.008 0.001 0.001 0.052 0.041 0.059 0.568 0.001 0.001 0.041 0.231 84 D 0.399 0.001 0.005 0.038 0.015 0.018 0.178 0.001 0.001 0.169 0.177 85 V 0.049 0.003 0.026 0.217 0.194 0.140 0.175 0.001 0.001 0.017 0.179 86 V 0.001 0.001 0.002 0.249 0.261 0.372 0.066 0.001 0.001 0.001 0.046 87 V 0.001 0.001 0.001 0.338 0.250 0.382 0.008 0.001 0.001 0.001 0.021 88 H 0.001 0.001 0.001 0.300 0.236 0.436 0.009 0.001 0.001 0.001 0.017 89 V 0.001 0.004 0.001 0.244 0.197 0.416 0.027 0.001 0.001 0.001 0.109 90 M 0.006 0.007 0.001 0.514 0.093 0.233 0.044 0.001 0.001 0.004 0.097 91 L 0.009 0.005 0.003 0.231 0.078 0.166 0.135 0.001 0.001 0.003 0.369 92 P 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.977 93 A 0.006 0.003 0.001 0.009 0.005 0.018 0.221 0.001 0.001 0.003 0.735 94 V 0.363 0.068 0.001 0.007 0.004 0.007 0.077 0.001 0.001 0.007 0.465 95 R 0.132 0.591 0.001 0.009 0.004 0.008 0.040 0.002 0.001 0.003 0.212 96 D 0.127 0.501 0.002 0.002 0.002 0.004 0.031 0.002 0.001 0.001 0.327 97 Y 0.193 0.713 0.002 0.002 0.001 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.076 98 Y 0.058 0.824 0.008 0.002 0.002 0.002 0.007 0.005 0.001 0.001 0.093 99 D 0.029 0.712 0.007 0.002 0.005 0.006 0.045 0.011 0.001 0.001 0.183 100 I 0.015 0.812 0.006 0.003 0.003 0.007 0.015 0.005 0.001 0.001 0.134 101 E 0.011 0.863 0.002 0.005 0.005 0.013 0.031 0.006 0.001 0.002 0.063 102 A 0.033 0.813 0.002 0.003 0.008 0.013 0.044 0.024 0.001 0.002 0.058 103 L 0.034 0.935 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.017 104 W 0.034 0.931 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.018 105 G 0.101 0.691 0.018 0.003 0.007 0.010 0.014 0.058 0.001 0.001 0.096 106 G 0.377 0.175 0.024 0.009 0.005 0.007 0.018 0.173 0.001 0.003 0.209 107 Q 0.228 0.051 0.433 0.018 0.004 0.007 0.027 0.019 0.001 0.005 0.207 108 K 0.024 0.005 0.033 0.040 0.017 0.019 0.097 0.004 0.001 0.002 0.760 109 P 0.002 0.001 0.005 0.006 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.980 110 S 0.018 0.002 0.001 0.096 0.028 0.061 0.158 0.001 0.001 0.003 0.633 111 F 0.175 0.008 0.001 0.045 0.014 0.029 0.062 0.001 0.001 0.007 0.658 112 A 0.091 0.059 0.001 0.130 0.044 0.073 0.076 0.001 0.001 0.003 0.521 113 V 0.076 0.044 0.002 0.083 0.035 0.060 0.103 0.001 0.001 0.004 0.593 114 G 0.135 0.066 0.002 0.069 0.043 0.074 0.107 0.004 0.001 0.006 0.495 115 A 0.098 0.059 0.008 0.022 0.021 0.046 0.060 0.003 0.001 0.004 0.681 116 A 0.123 0.057 0.006 0.028 0.023 0.048 0.090 0.009 0.001 0.007 0.609 117 K 0.297 0.029 0.010 0.010 0.007 0.014 0.085 0.004 0.001 0.004 0.540 118 P 0.014 0.004 0.005 0.004 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.962 119 W 0.034 0.012 0.002 0.017 0.009 0.029 0.197 0.001 0.001 0.005 0.694 120 S 0.131 0.026 0.002 0.008 0.005 0.008 0.071 0.001 0.001 0.004 0.745 121 A 0.093 0.207 0.001 0.013 0.011 0.012 0.095 0.002 0.001 0.003 0.562 122 V 0.127 0.262 0.003 0.015 0.018 0.033 0.200 0.003 0.001 0.009 0.330 123 L 0.083 0.556 0.003 0.035 0.034 0.067 0.064 0.006 0.001 0.004 0.148 124 E 0.065 0.666 0.003 0.012 0.019 0.037 0.026 0.007 0.001 0.002 0.161 125 H 0.136 0.571 0.005 0.009 0.020 0.027 0.020 0.019 0.001 0.002 0.192 126 H 0.180 0.432 0.011 0.015 0.023 0.024 0.024 0.029 0.001 0.002 0.260 127 H 0.107 0.257 0.033 0.020 0.023 0.039 0.073 0.021 0.001 0.005 0.421 128 H 0.131 0.141 0.022 0.020 0.025 0.046 0.106 0.018 0.001 0.006 0.484 129 H 0.232 0.096 0.013 0.018 0.017 0.023 0.077 0.010 0.001 0.006 0.509 130 H 0.102 0.052 0.014 0.015 0.013 0.018 0.088 0.004 0.001 0.005 0.690