# TARGET T0354 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.058 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.042 0.026 0.025 0.038 0.125 0.009 0.645 2 E 0.109 0.049 0.015 0.019 0.027 0.282 0.010 0.491 3 I 0.030 0.072 0.009 0.007 0.020 0.043 0.002 0.817 4 Q 0.021 0.337 0.006 0.010 0.026 0.162 0.003 0.435 5 E 0.023 0.652 0.003 0.005 0.006 0.081 0.003 0.228 6 I 0.009 0.944 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.037 7 S 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 8 K 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 9 L 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 10 A 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 11 I 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 12 E 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 13 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 14 L 0.010 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 15 E 0.023 0.928 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.034 16 D 0.099 0.827 0.002 0.001 0.001 0.002 0.031 0.038 17 I 0.301 0.581 0.013 0.003 0.002 0.003 0.068 0.030 18 K 0.207 0.346 0.067 0.021 0.013 0.026 0.121 0.198 19 G 0.080 0.089 0.403 0.043 0.048 0.053 0.033 0.252 20 K 0.030 0.037 0.275 0.095 0.069 0.121 0.013 0.359 21 D 0.036 0.021 0.312 0.054 0.066 0.117 0.019 0.375 22 I 0.024 0.011 0.739 0.046 0.066 0.035 0.005 0.074 23 I 0.004 0.004 0.724 0.153 0.075 0.014 0.003 0.023 24 E 0.004 0.002 0.344 0.084 0.159 0.020 0.002 0.385 25 L 0.002 0.001 0.652 0.120 0.167 0.012 0.001 0.046 26 D 0.003 0.004 0.181 0.153 0.178 0.060 0.002 0.419 27 T 0.008 0.004 0.208 0.056 0.206 0.049 0.004 0.466 28 S 0.014 0.002 0.023 0.012 0.035 0.684 0.004 0.226 29 K 0.225 0.007 0.011 0.011 0.016 0.243 0.020 0.467 30 L 0.147 0.070 0.045 0.018 0.026 0.247 0.010 0.436 31 T 0.074 0.121 0.048 0.052 0.064 0.243 0.022 0.376 32 S 0.083 0.143 0.031 0.046 0.077 0.128 0.015 0.477 33 L 0.083 0.235 0.031 0.053 0.137 0.174 0.013 0.276 34 F 0.094 0.263 0.046 0.070 0.126 0.183 0.020 0.197 35 Q 0.073 0.423 0.032 0.088 0.083 0.083 0.030 0.188 36 R 0.147 0.236 0.090 0.065 0.115 0.106 0.030 0.210 37 M 0.048 0.147 0.172 0.310 0.220 0.032 0.015 0.057 38 I 0.014 0.055 0.205 0.259 0.277 0.023 0.013 0.155 39 V 0.006 0.019 0.425 0.185 0.268 0.015 0.004 0.078 40 A 0.005 0.016 0.385 0.273 0.264 0.014 0.003 0.040 41 T 0.008 0.019 0.154 0.146 0.274 0.049 0.006 0.345 42 G 0.017 0.009 0.321 0.098 0.168 0.055 0.008 0.323 43 D 0.020 0.008 0.036 0.026 0.038 0.358 0.006 0.507 44 S 0.084 0.011 0.016 0.011 0.028 0.270 0.014 0.566 45 N 0.044 0.039 0.012 0.006 0.011 0.216 0.007 0.664 46 R 0.039 0.047 0.005 0.004 0.005 0.457 0.008 0.434 47 Q 0.061 0.299 0.006 0.006 0.009 0.314 0.006 0.300 48 V 0.013 0.862 0.004 0.005 0.014 0.023 0.002 0.076 49 K 0.001 0.967 0.002 0.003 0.004 0.003 0.001 0.019 50 A 0.002 0.973 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.015 51 L 0.006 0.982 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 52 A 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 53 N 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 54 S 0.076 0.865 0.002 0.001 0.001 0.003 0.016 0.036 55 V 0.023 0.934 0.004 0.001 0.001 0.003 0.006 0.028 56 Q 0.004 0.935 0.007 0.002 0.004 0.008 0.003 0.039 57 V 0.002 0.959 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 58 K 0.002 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 59 L 0.005 0.974 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.012 60 K 0.007 0.957 0.002 0.002 0.004 0.003 0.003 0.022 61 E 0.013 0.948 0.002 0.001 0.002 0.003 0.007 0.025 62 A 0.061 0.868 0.003 0.003 0.001 0.002 0.041 0.022 63 G 0.771 0.025 0.003 0.002 0.001 0.001 0.163 0.034 64 V 0.068 0.020 0.750 0.016 0.010 0.018 0.016 0.102 65 D 0.010 0.014 0.102 0.054 0.072 0.055 0.006 0.686 66 I 0.008 0.004 0.070 0.014 0.034 0.029 0.002 0.838 67 V 0.021 0.013 0.290 0.101 0.109 0.113 0.005 0.347 68 G 0.027 0.009 0.219 0.069 0.091 0.088 0.009 0.489 69 S 0.054 0.011 0.078 0.079 0.138 0.109 0.008 0.524 70 E 0.054 0.009 0.068 0.130 0.151 0.202 0.008 0.378 71 G 0.061 0.008 0.016 0.067 0.096 0.107 0.008 0.636 72 H 0.079 0.012 0.078 0.152 0.247 0.103 0.012 0.315 73 E 0.019 0.007 0.021 0.077 0.094 0.110 0.010 0.662 74 S 0.039 0.005 0.014 0.047 0.076 0.120 0.027 0.672 75 G 0.132 0.010 0.050 0.201 0.089 0.092 0.089 0.335 76 E 0.336 0.001 0.048 0.051 0.142 0.314 0.009 0.099 77 W 0.002 0.001 0.023 0.105 0.078 0.025 0.001 0.766 78 V 0.001 0.001 0.056 0.392 0.542 0.004 0.001 0.004 79 L 0.002 0.001 0.079 0.252 0.381 0.006 0.001 0.280 80 V 0.001 0.001 0.268 0.303 0.409 0.003 0.001 0.016 81 D 0.001 0.001 0.057 0.347 0.454 0.039 0.001 0.101 82 A 0.003 0.002 0.114 0.113 0.601 0.034 0.002 0.132 83 G 0.012 0.002 0.042 0.082 0.161 0.447 0.008 0.247 84 D 0.268 0.001 0.032 0.045 0.049 0.333 0.040 0.232 85 V 0.088 0.010 0.318 0.199 0.110 0.107 0.013 0.154 86 V 0.011 0.005 0.366 0.199 0.300 0.045 0.005 0.070 87 V 0.003 0.001 0.536 0.198 0.210 0.011 0.001 0.040 88 H 0.002 0.002 0.508 0.163 0.252 0.010 0.001 0.061 89 V 0.001 0.001 0.656 0.108 0.152 0.009 0.001 0.072 90 M 0.004 0.007 0.421 0.125 0.217 0.058 0.005 0.163 91 L 0.015 0.005 0.161 0.094 0.249 0.088 0.004 0.385 92 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 93 A 0.004 0.003 0.003 0.007 0.022 0.222 0.002 0.736 94 V 0.261 0.041 0.005 0.003 0.007 0.055 0.012 0.617 95 R 0.065 0.649 0.006 0.008 0.011 0.026 0.004 0.230 96 D 0.040 0.790 0.006 0.004 0.005 0.015 0.005 0.135 97 Y 0.093 0.740 0.017 0.005 0.006 0.010 0.016 0.113 98 Y 0.037 0.875 0.014 0.008 0.006 0.007 0.008 0.045 99 D 0.036 0.663 0.033 0.012 0.017 0.041 0.020 0.178 100 I 0.065 0.706 0.035 0.010 0.027 0.022 0.010 0.124 101 E 0.032 0.755 0.024 0.011 0.018 0.044 0.010 0.105 102 A 0.086 0.587 0.016 0.010 0.014 0.067 0.026 0.195 103 L 0.119 0.734 0.021 0.009 0.012 0.010 0.016 0.079 104 W 0.076 0.692 0.025 0.015 0.025 0.025 0.020 0.122 105 G 0.192 0.366 0.031 0.024 0.028 0.032 0.068 0.258 106 G 0.378 0.102 0.024 0.010 0.013 0.030 0.101 0.341 107 Q 0.437 0.052 0.068 0.013 0.019 0.053 0.073 0.285 108 K 0.014 0.011 0.042 0.013 0.009 0.045 0.005 0.861 109 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 110 S 0.021 0.007 0.070 0.031 0.061 0.120 0.004 0.688 111 F 0.122 0.019 0.136 0.039 0.052 0.084 0.007 0.540 112 A 0.071 0.050 0.114 0.060 0.093 0.101 0.005 0.506 113 V 0.125 0.054 0.093 0.047 0.094 0.144 0.006 0.436 114 G 0.100 0.095 0.038 0.040 0.057 0.092 0.011 0.568 115 A 0.157 0.069 0.043 0.024 0.058 0.113 0.023 0.513 116 A 0.177 0.064 0.023 0.016 0.028 0.094 0.047 0.550 117 K 0.278 0.041 0.021 0.018 0.023 0.090 0.019 0.511 118 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 119 W 0.020 0.014 0.015 0.013 0.047 0.134 0.005 0.751 120 S 0.135 0.036 0.024 0.011 0.014 0.105 0.011 0.665 121 A 0.166 0.103 0.020 0.013 0.026 0.137 0.008 0.528 122 V 0.249 0.259 0.032 0.019 0.043 0.133 0.007 0.258 123 L 0.104 0.492 0.039 0.030 0.052 0.064 0.010 0.208 124 E 0.096 0.478 0.025 0.033 0.047 0.049 0.020 0.252 125 H 0.165 0.351 0.035 0.026 0.039 0.036 0.037 0.312 126 H 0.162 0.294 0.038 0.030 0.050 0.051 0.032 0.342 127 H 0.101 0.179 0.048 0.035 0.051 0.100 0.036 0.451 128 H 0.147 0.114 0.045 0.030 0.040 0.095 0.033 0.497 129 H 0.154 0.081 0.051 0.025 0.035 0.090 0.022 0.543 130 H 0.071 0.058 0.049 0.030 0.040 0.092 0.014 0.647