# TARGET T0354 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.058 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.285 0.117 0.323 0.060 0.089 0.018 0.045 0.021 0.024 0.017 0.001 2 E 0.651 0.031 0.225 0.030 0.005 0.035 0.008 0.003 0.005 0.005 0.002 3 I 0.940 0.012 0.021 0.018 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 Q 0.984 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 E 0.992 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.928 0.001 0.003 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.979 0.001 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 D 0.583 0.002 0.007 0.397 0.001 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 17 I 0.277 0.104 0.376 0.145 0.008 0.047 0.008 0.001 0.034 0.001 0.001 18 K 0.113 0.063 0.110 0.338 0.020 0.035 0.243 0.026 0.045 0.006 0.001 19 G 0.108 0.070 0.489 0.035 0.067 0.030 0.028 0.100 0.007 0.066 0.001 20 K 0.497 0.169 0.087 0.176 0.043 0.008 0.007 0.003 0.006 0.003 0.001 21 D 0.048 0.177 0.234 0.217 0.046 0.134 0.078 0.003 0.061 0.001 0.001 22 I 0.013 0.578 0.346 0.004 0.020 0.025 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 23 I 0.027 0.824 0.078 0.011 0.019 0.018 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 24 E 0.004 0.585 0.350 0.002 0.009 0.030 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 25 L 0.026 0.696 0.167 0.007 0.025 0.040 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 26 D 0.016 0.199 0.255 0.014 0.029 0.354 0.021 0.001 0.108 0.001 0.001 27 T 0.354 0.149 0.104 0.293 0.016 0.043 0.004 0.001 0.032 0.001 0.002 28 S 0.485 0.058 0.204 0.166 0.026 0.017 0.013 0.008 0.005 0.018 0.001 29 K 0.220 0.047 0.054 0.132 0.044 0.029 0.409 0.037 0.022 0.004 0.001 30 L 0.457 0.140 0.133 0.194 0.014 0.038 0.009 0.002 0.011 0.001 0.001 31 T 0.322 0.279 0.144 0.114 0.063 0.033 0.010 0.004 0.027 0.003 0.001 32 S 0.296 0.173 0.170 0.068 0.185 0.036 0.030 0.013 0.020 0.008 0.001 33 L 0.330 0.197 0.103 0.243 0.036 0.048 0.011 0.003 0.028 0.001 0.001 34 F 0.129 0.456 0.225 0.059 0.071 0.035 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 35 Q 0.674 0.053 0.053 0.189 0.012 0.012 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 36 R 0.016 0.700 0.047 0.021 0.203 0.004 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 37 M 0.008 0.831 0.105 0.003 0.019 0.009 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 38 I 0.009 0.777 0.146 0.001 0.007 0.021 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 39 V 0.019 0.632 0.195 0.007 0.006 0.093 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 40 A 0.042 0.428 0.288 0.043 0.051 0.100 0.008 0.001 0.037 0.001 0.001 41 T 0.038 0.369 0.189 0.036 0.287 0.039 0.007 0.002 0.026 0.007 0.001 42 G 0.464 0.076 0.161 0.092 0.108 0.035 0.016 0.010 0.010 0.026 0.002 43 D 0.400 0.029 0.056 0.438 0.008 0.034 0.007 0.001 0.025 0.002 0.001 44 S 0.716 0.035 0.109 0.068 0.036 0.009 0.008 0.004 0.005 0.008 0.001 45 N 0.949 0.001 0.005 0.025 0.001 0.002 0.005 0.010 0.001 0.002 0.001 46 R 0.985 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.954 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 A 0.988 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 N 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 S 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 V 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.975 0.002 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.225 0.002 0.014 0.757 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 G 0.005 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 0.379 0.591 0.001 0.013 0.001 64 V 0.031 0.280 0.601 0.027 0.019 0.030 0.002 0.001 0.008 0.002 0.001 65 D 0.027 0.149 0.607 0.023 0.020 0.121 0.016 0.001 0.034 0.001 0.001 66 I 0.098 0.346 0.424 0.020 0.017 0.064 0.002 0.001 0.028 0.001 0.002 67 V 0.138 0.316 0.252 0.181 0.015 0.050 0.006 0.001 0.039 0.001 0.001 68 G 0.035 0.091 0.200 0.024 0.430 0.008 0.019 0.086 0.004 0.101 0.001 69 S 0.232 0.336 0.221 0.086 0.073 0.026 0.005 0.004 0.014 0.004 0.001 70 E 0.104 0.288 0.224 0.251 0.067 0.016 0.013 0.002 0.031 0.003 0.001 71 G 0.038 0.021 0.115 0.023 0.199 0.005 0.022 0.224 0.002 0.350 0.001 72 H 0.191 0.172 0.423 0.079 0.061 0.034 0.008 0.003 0.021 0.006 0.002 73 E 0.468 0.088 0.165 0.173 0.027 0.021 0.026 0.009 0.013 0.008 0.002 74 S 0.177 0.135 0.308 0.240 0.087 0.008 0.022 0.009 0.008 0.007 0.001 75 G 0.051 0.029 0.078 0.051 0.149 0.002 0.048 0.468 0.002 0.122 0.001 76 E 0.028 0.362 0.399 0.054 0.076 0.048 0.011 0.001 0.019 0.001 0.001 77 W 0.004 0.637 0.294 0.003 0.039 0.011 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 78 V 0.001 0.925 0.037 0.001 0.011 0.007 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 79 L 0.003 0.404 0.506 0.001 0.002 0.073 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 80 V 0.009 0.788 0.067 0.005 0.047 0.042 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 81 D 0.011 0.324 0.332 0.006 0.117 0.116 0.005 0.001 0.086 0.002 0.001 82 A 0.401 0.048 0.126 0.360 0.019 0.019 0.012 0.003 0.008 0.001 0.003 83 G 0.162 0.011 0.059 0.038 0.101 0.001 0.022 0.231 0.001 0.374 0.001 84 D 0.155 0.079 0.222 0.407 0.031 0.045 0.029 0.003 0.019 0.001 0.008 85 V 0.010 0.704 0.218 0.005 0.036 0.011 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 86 V 0.012 0.754 0.182 0.002 0.005 0.025 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 87 V 0.022 0.737 0.176 0.002 0.009 0.026 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 88 H 0.029 0.540 0.233 0.005 0.030 0.117 0.005 0.001 0.040 0.001 0.001 89 V 0.051 0.599 0.214 0.018 0.024 0.050 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 90 M 0.047 0.361 0.389 0.032 0.070 0.065 0.011 0.001 0.019 0.004 0.002 91 L 0.020 0.158 0.685 0.001 0.016 0.029 0.002 0.001 0.087 0.002 0.001 92 P 0.834 0.001 0.125 0.011 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 93 A 0.869 0.008 0.028 0.053 0.008 0.003 0.009 0.017 0.002 0.005 0.001 94 V 0.717 0.037 0.051 0.160 0.007 0.015 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 95 R 0.774 0.050 0.076 0.035 0.017 0.012 0.021 0.002 0.011 0.003 0.001 96 D 0.789 0.039 0.045 0.084 0.016 0.013 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 97 Y 0.572 0.108 0.034 0.236 0.013 0.016 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 98 Y 0.234 0.391 0.162 0.060 0.064 0.019 0.015 0.003 0.050 0.002 0.001 99 D 0.204 0.032 0.246 0.026 0.009 0.369 0.048 0.002 0.059 0.003 0.003 100 I 0.900 0.016 0.014 0.055 0.002 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 101 E 0.918 0.019 0.016 0.039 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.845 0.037 0.045 0.039 0.011 0.008 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 103 L 0.748 0.041 0.069 0.113 0.006 0.013 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 104 W 0.478 0.104 0.098 0.254 0.025 0.012 0.010 0.004 0.013 0.003 0.001 105 G 0.322 0.078 0.216 0.219 0.064 0.004 0.032 0.020 0.006 0.038 0.001 106 G 0.119 0.009 0.074 0.174 0.023 0.009 0.223 0.303 0.004 0.062 0.001 107 Q 0.046 0.232 0.585 0.022 0.037 0.025 0.017 0.002 0.029 0.004 0.001 108 K 0.023 0.076 0.826 0.001 0.004 0.025 0.004 0.001 0.033 0.001 0.005 109 P 0.212 0.010 0.712 0.007 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 110 S 0.399 0.218 0.197 0.071 0.059 0.024 0.006 0.005 0.016 0.003 0.001 111 F 0.294 0.207 0.248 0.124 0.046 0.044 0.009 0.002 0.024 0.002 0.001 112 A 0.232 0.269 0.317 0.061 0.051 0.032 0.007 0.003 0.026 0.002 0.001 113 V 0.286 0.163 0.370 0.119 0.016 0.022 0.005 0.002 0.014 0.001 0.001 114 G 0.189 0.054 0.162 0.055 0.136 0.009 0.066 0.187 0.010 0.131 0.001 115 A 0.398 0.117 0.260 0.125 0.041 0.024 0.014 0.005 0.009 0.006 0.002 116 A 0.273 0.145 0.294 0.161 0.032 0.037 0.023 0.007 0.022 0.005 0.002 117 K 0.085 0.170 0.573 0.006 0.028 0.024 0.013 0.001 0.097 0.003 0.001 118 P 0.344 0.008 0.538 0.024 0.001 0.035 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 119 W 0.534 0.083 0.197 0.090 0.030 0.024 0.014 0.008 0.014 0.006 0.001 120 S 0.806 0.024 0.079 0.056 0.013 0.006 0.006 0.006 0.002 0.003 0.001 121 A 0.815 0.023 0.052 0.063 0.016 0.006 0.008 0.009 0.005 0.003 0.001 122 V 0.823 0.043 0.044 0.066 0.006 0.010 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 123 L 0.747 0.082 0.070 0.060 0.009 0.018 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 124 E 0.732 0.084 0.074 0.059 0.024 0.010 0.006 0.002 0.006 0.002 0.001 125 H 0.564 0.100 0.087 0.154 0.030 0.019 0.020 0.005 0.018 0.002 0.001 126 H 0.423 0.155 0.116 0.194 0.025 0.026 0.025 0.005 0.027 0.002 0.001 127 H 0.380 0.162 0.130 0.139 0.038 0.043 0.062 0.009 0.031 0.007 0.001 128 H 0.288 0.175 0.157 0.222 0.035 0.044 0.035 0.007 0.030 0.004 0.001 129 H 0.227 0.152 0.173 0.236 0.030 0.065 0.062 0.008 0.041 0.004 0.001 130 H 0.199 0.189 0.218 0.145 0.076 0.046 0.062 0.016 0.030 0.018 0.001