# TARGET T0354 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 305 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.136 0.082 0.045 0.118 0.038 0.032 0.217 0.081 0.116 0.076 2 E 0.088 0.233 0.069 0.007 0.168 0.004 0.010 0.284 0.057 0.046 0.034 3 I 0.013 0.026 0.011 0.003 0.016 0.002 0.002 0.745 0.150 0.025 0.007 4 Q 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.004 0.006 0.902 0.074 0.003 0.001 5 E 0.002 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.003 0.928 0.045 0.006 0.002 6 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.059 0.005 0.001 7 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.047 0.002 0.001 8 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.953 0.036 0.002 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.969 0.026 0.002 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.048 0.002 0.001 11 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.952 0.044 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.951 0.040 0.002 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.926 0.057 0.004 0.001 14 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.755 0.197 0.026 0.003 15 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.034 0.689 0.248 0.016 0.002 16 D 0.006 0.023 0.002 0.003 0.013 0.006 0.106 0.497 0.195 0.143 0.005 17 I 0.046 0.292 0.114 0.014 0.136 0.032 0.047 0.053 0.102 0.131 0.034 18 K 0.219 0.082 0.036 0.012 0.076 0.003 0.009 0.018 0.039 0.251 0.256 19 G 0.178 0.107 0.011 0.004 0.290 0.004 0.004 0.043 0.148 0.115 0.096 20 K 0.004 0.020 0.011 0.070 0.018 0.192 0.258 0.216 0.176 0.032 0.003 21 D 0.219 0.024 0.010 0.005 0.168 0.004 0.017 0.033 0.072 0.355 0.093 22 I 0.367 0.064 0.002 0.002 0.507 0.003 0.002 0.005 0.004 0.006 0.039 23 I 0.116 0.050 0.003 0.002 0.765 0.003 0.008 0.014 0.005 0.010 0.024 24 E 0.507 0.008 0.001 0.001 0.412 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.055 25 L 0.098 0.151 0.011 0.009 0.681 0.017 0.013 0.005 0.002 0.004 0.009 26 D 0.431 0.039 0.006 0.001 0.339 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.171 27 T 0.107 0.087 0.040 0.036 0.176 0.010 0.010 0.055 0.148 0.223 0.108 28 S 0.004 0.044 0.032 0.092 0.011 0.189 0.286 0.193 0.128 0.019 0.003 29 K 0.066 0.043 0.033 0.022 0.065 0.025 0.058 0.100 0.126 0.372 0.090 30 L 0.167 0.110 0.028 0.013 0.168 0.016 0.019 0.077 0.112 0.182 0.109 31 T 0.104 0.194 0.060 0.025 0.224 0.021 0.032 0.113 0.127 0.069 0.031 32 S 0.076 0.110 0.076 0.052 0.111 0.018 0.040 0.219 0.167 0.096 0.034 33 L 0.083 0.020 0.005 0.007 0.074 0.019 0.064 0.209 0.226 0.231 0.062 34 F 0.157 0.153 0.040 0.025 0.281 0.019 0.033 0.119 0.073 0.059 0.041 35 Q 0.010 0.007 0.005 0.030 0.016 0.099 0.475 0.220 0.073 0.059 0.008 36 R 0.212 0.120 0.018 0.005 0.572 0.001 0.004 0.010 0.005 0.022 0.031 37 M 0.084 0.089 0.004 0.001 0.813 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 38 I 0.260 0.014 0.001 0.001 0.707 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 39 V 0.379 0.025 0.002 0.005 0.406 0.018 0.029 0.010 0.003 0.013 0.110 40 A 0.231 0.089 0.010 0.008 0.474 0.007 0.014 0.025 0.016 0.048 0.076 41 T 0.162 0.092 0.048 0.037 0.205 0.027 0.021 0.026 0.032 0.203 0.148 42 G 0.053 0.253 0.119 0.076 0.167 0.036 0.057 0.092 0.058 0.059 0.031 43 D 0.040 0.041 0.023 0.029 0.036 0.063 0.091 0.128 0.146 0.317 0.086 44 S 0.041 0.297 0.290 0.066 0.153 0.013 0.010 0.057 0.038 0.025 0.010 45 N 0.005 0.006 0.004 0.004 0.006 0.010 0.024 0.599 0.282 0.054 0.006 46 R 0.004 0.020 0.008 0.002 0.011 0.002 0.027 0.802 0.097 0.023 0.004 47 Q 0.004 0.008 0.002 0.001 0.006 0.001 0.004 0.895 0.071 0.009 0.001 48 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.055 0.001 0.001 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.038 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.032 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.047 0.003 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.049 0.002 0.001 53 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.941 0.038 0.003 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.956 0.031 0.006 0.001 55 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.064 0.006 0.001 56 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.928 0.067 0.001 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.961 0.031 0.001 0.001 58 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.930 0.051 0.007 0.001 59 L 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.892 0.070 0.019 0.005 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.769 0.207 0.005 0.001 61 E 0.001 0.009 0.007 0.007 0.002 0.006 0.069 0.800 0.090 0.010 0.001 62 A 0.001 0.698 0.266 0.004 0.018 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 63 G 0.054 0.011 0.005 0.010 0.013 0.003 0.004 0.007 0.009 0.506 0.378 64 V 0.059 0.400 0.185 0.035 0.186 0.013 0.011 0.024 0.021 0.037 0.030 65 D 0.046 0.400 0.214 0.043 0.203 0.013 0.016 0.023 0.012 0.010 0.021 66 I 0.201 0.228 0.092 0.011 0.275 0.015 0.027 0.047 0.034 0.026 0.041 67 V 0.103 0.155 0.052 0.031 0.249 0.050 0.088 0.077 0.069 0.082 0.044 68 G 0.151 0.151 0.141 0.044 0.295 0.017 0.018 0.027 0.025 0.067 0.064 69 S 0.254 0.123 0.067 0.018 0.295 0.018 0.022 0.050 0.039 0.064 0.050 70 E 0.072 0.162 0.074 0.061 0.145 0.080 0.109 0.113 0.066 0.076 0.042 71 G 0.070 0.176 0.133 0.118 0.153 0.041 0.018 0.039 0.036 0.148 0.069 72 H 0.198 0.152 0.079 0.035 0.153 0.036 0.046 0.098 0.078 0.056 0.068 73 E 0.042 0.086 0.275 0.176 0.081 0.066 0.031 0.053 0.047 0.101 0.043 74 S 0.025 0.239 0.107 0.144 0.091 0.055 0.117 0.117 0.069 0.029 0.008 75 G 0.034 0.021 0.017 0.029 0.031 0.017 0.015 0.038 0.055 0.568 0.175 76 E 0.064 0.329 0.083 0.027 0.330 0.022 0.057 0.022 0.014 0.038 0.012 77 W 0.415 0.036 0.003 0.001 0.528 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 78 V 0.087 0.191 0.006 0.001 0.706 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 79 L 0.530 0.008 0.001 0.001 0.401 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 80 V 0.163 0.182 0.018 0.009 0.530 0.026 0.019 0.006 0.002 0.009 0.037 81 D 0.444 0.059 0.034 0.014 0.359 0.006 0.002 0.004 0.001 0.006 0.070 82 A 0.031 0.030 0.037 0.142 0.042 0.082 0.096 0.153 0.182 0.176 0.030 83 G 0.009 0.067 0.075 0.385 0.017 0.101 0.208 0.052 0.037 0.040 0.008 84 D 0.042 0.234 0.064 0.028 0.171 0.064 0.191 0.086 0.043 0.060 0.017 85 V 0.171 0.076 0.003 0.001 0.735 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 86 V 0.338 0.011 0.001 0.001 0.633 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 87 V 0.199 0.061 0.003 0.001 0.696 0.004 0.004 0.004 0.001 0.002 0.025 88 H 0.303 0.061 0.011 0.001 0.529 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.083 89 V 0.324 0.056 0.011 0.003 0.266 0.007 0.019 0.024 0.035 0.128 0.128 90 M 0.085 0.363 0.131 0.022 0.255 0.010 0.019 0.012 0.012 0.061 0.031 91 L 0.027 0.590 0.207 0.010 0.148 0.002 0.001 0.004 0.002 0.003 0.006 92 P 0.005 0.004 0.001 0.002 0.011 0.004 0.010 0.424 0.519 0.017 0.004 93 A 0.001 0.004 0.005 0.003 0.002 0.007 0.038 0.697 0.215 0.025 0.001 94 V 0.007 0.005 0.002 0.001 0.010 0.004 0.043 0.633 0.146 0.140 0.009 95 R 0.017 0.027 0.007 0.005 0.028 0.009 0.016 0.642 0.201 0.037 0.011 96 D 0.005 0.017 0.010 0.006 0.018 0.005 0.047 0.673 0.164 0.050 0.005 97 Y 0.028 0.027 0.010 0.002 0.047 0.005 0.080 0.636 0.083 0.069 0.011 98 Y 0.030 0.148 0.030 0.017 0.099 0.049 0.130 0.359 0.067 0.046 0.025 99 D 0.385 0.060 0.016 0.003 0.247 0.002 0.006 0.138 0.021 0.022 0.099 100 I 0.007 0.005 0.002 0.001 0.011 0.002 0.004 0.610 0.305 0.049 0.005 101 E 0.006 0.029 0.006 0.004 0.015 0.006 0.024 0.732 0.170 0.007 0.002 102 A 0.015 0.024 0.009 0.005 0.029 0.008 0.075 0.685 0.104 0.040 0.006 103 L 0.014 0.011 0.005 0.005 0.021 0.022 0.132 0.550 0.141 0.086 0.013 104 W 0.063 0.038 0.026 0.053 0.051 0.022 0.030 0.255 0.187 0.218 0.060 105 G 0.006 0.087 0.059 0.059 0.032 0.083 0.143 0.390 0.089 0.047 0.003 106 G 0.040 0.061 0.054 0.035 0.055 0.009 0.026 0.098 0.083 0.474 0.065 107 Q 0.028 0.254 0.394 0.079 0.073 0.018 0.024 0.056 0.026 0.034 0.015 108 K 0.037 0.457 0.137 0.006 0.187 0.005 0.016 0.091 0.032 0.019 0.013 109 P 0.195 0.227 0.068 0.005 0.301 0.007 0.019 0.073 0.039 0.032 0.035 110 S 0.057 0.382 0.182 0.018 0.228 0.015 0.023 0.047 0.016 0.017 0.015 111 F 0.122 0.293 0.098 0.011 0.253 0.009 0.016 0.066 0.035 0.045 0.051 112 A 0.079 0.286 0.172 0.018 0.188 0.010 0.016 0.104 0.058 0.040 0.030 113 V 0.057 0.106 0.075 0.037 0.086 0.050 0.080 0.276 0.143 0.059 0.033 114 G 0.035 0.155 0.090 0.049 0.086 0.031 0.050 0.224 0.162 0.091 0.028 115 A 0.040 0.077 0.046 0.030 0.067 0.020 0.040 0.199 0.198 0.235 0.049 116 A 0.044 0.150 0.117 0.042 0.089 0.023 0.035 0.114 0.149 0.201 0.036 117 K 0.031 0.308 0.159 0.026 0.120 0.017 0.049 0.164 0.080 0.031 0.016 118 P 0.054 0.236 0.114 0.018 0.089 0.015 0.036 0.115 0.084 0.185 0.053 119 W 0.076 0.170 0.067 0.010 0.231 0.006 0.009 0.224 0.134 0.044 0.028 120 S 0.005 0.008 0.006 0.002 0.008 0.003 0.008 0.701 0.239 0.014 0.004 121 A 0.002 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.012 0.795 0.134 0.040 0.002 122 V 0.008 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.819 0.126 0.026 0.004 123 L 0.003 0.010 0.003 0.002 0.011 0.003 0.021 0.802 0.135 0.009 0.001 124 E 0.010 0.007 0.003 0.003 0.016 0.004 0.049 0.736 0.136 0.028 0.008 125 H 0.034 0.019 0.008 0.011 0.041 0.017 0.090 0.569 0.112 0.082 0.017 126 H 0.059 0.041 0.009 0.006 0.101 0.010 0.049 0.468 0.138 0.078 0.040 127 H 0.055 0.047 0.022 0.014 0.086 0.029 0.087 0.446 0.131 0.060 0.025 128 H 0.044 0.089 0.057 0.042 0.107 0.050 0.131 0.304 0.084 0.070 0.021 129 H 0.067 0.063 0.034 0.039 0.088 0.049 0.097 0.261 0.126 0.133 0.044 130 H 0.094 0.109 0.064 0.031 0.147 0.015 0.030 0.168 0.111 0.169 0.063