# TARGET T0354 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 85.0152 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.001 0.002 0.039 0.064 0.887 2 E 0.021 0.014 0.004 0.075 0.067 0.819 3 I 0.003 0.001 0.023 0.834 0.034 0.106 4 Q 0.001 0.001 0.021 0.929 0.022 0.026 5 E 0.001 0.001 0.018 0.954 0.018 0.009 6 I 0.001 0.001 0.007 0.985 0.004 0.004 7 S 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 8 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 9 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 10 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 11 I 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.001 12 E 0.001 0.001 0.007 0.979 0.010 0.003 13 A 0.001 0.001 0.011 0.946 0.024 0.018 14 L 0.002 0.002 0.030 0.882 0.066 0.018 15 E 0.005 0.002 0.070 0.746 0.145 0.033 16 D 0.008 0.002 0.072 0.443 0.304 0.172 17 I 0.030 0.012 0.037 0.310 0.298 0.313 18 K 0.030 0.009 0.020 0.134 0.137 0.670 19 G 0.072 0.017 0.148 0.133 0.216 0.414 20 K 0.149 0.003 0.152 0.040 0.296 0.360 21 D 0.341 0.005 0.131 0.023 0.252 0.249 22 I 0.809 0.006 0.008 0.009 0.066 0.103 23 I 0.939 0.002 0.002 0.004 0.015 0.039 24 E 0.982 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 25 L 0.944 0.005 0.001 0.003 0.007 0.040 26 D 0.744 0.008 0.002 0.006 0.082 0.157 27 T 0.189 0.007 0.087 0.078 0.429 0.210 28 S 0.034 0.004 0.131 0.088 0.597 0.147 29 K 0.019 0.003 0.166 0.137 0.596 0.080 30 L 0.053 0.017 0.078 0.278 0.380 0.194 31 T 0.133 0.025 0.059 0.217 0.275 0.290 32 S 0.152 0.007 0.118 0.260 0.276 0.187 33 L 0.374 0.013 0.159 0.124 0.216 0.113 34 F 0.501 0.011 0.061 0.042 0.282 0.103 35 Q 0.526 0.001 0.022 0.015 0.286 0.150 36 R 0.911 0.001 0.002 0.006 0.035 0.045 37 M 0.984 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 38 I 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 39 V 0.992 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 40 A 0.962 0.001 0.001 0.003 0.006 0.028 41 T 0.657 0.004 0.001 0.004 0.074 0.259 42 G 0.139 0.008 0.003 0.002 0.169 0.679 43 D 0.058 0.013 0.007 0.009 0.342 0.571 44 S 0.016 0.004 0.016 0.150 0.324 0.489 45 N 0.003 0.001 0.017 0.884 0.060 0.036 46 R 0.004 0.002 0.012 0.948 0.025 0.010 47 Q 0.004 0.001 0.006 0.973 0.008 0.008 48 V 0.002 0.001 0.002 0.989 0.003 0.004 49 K 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 50 A 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 51 L 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 52 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 53 N 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 54 S 0.001 0.001 0.004 0.980 0.007 0.009 55 V 0.001 0.001 0.004 0.983 0.007 0.004 56 Q 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.002 57 V 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 58 K 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.004 59 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.003 60 K 0.001 0.001 0.007 0.986 0.003 0.003 61 E 0.001 0.001 0.011 0.979 0.006 0.003 62 A 0.001 0.001 0.012 0.952 0.011 0.024 63 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.965 64 V 0.019 0.005 0.001 0.001 0.065 0.910 65 D 0.229 0.017 0.004 0.002 0.082 0.664 66 I 0.517 0.025 0.021 0.004 0.099 0.335 67 V 0.577 0.009 0.030 0.007 0.122 0.255 68 G 0.543 0.005 0.026 0.007 0.156 0.262 69 S 0.511 0.011 0.020 0.018 0.242 0.197 70 E 0.516 0.015 0.014 0.015 0.225 0.214 71 G 0.406 0.023 0.017 0.016 0.359 0.179 72 H 0.217 0.025 0.054 0.018 0.652 0.034 73 E 0.135 0.008 0.087 0.022 0.707 0.040 74 S 0.053 0.005 0.063 0.012 0.825 0.041 75 G 0.146 0.004 0.008 0.001 0.750 0.091 76 E 0.603 0.003 0.001 0.001 0.100 0.294 77 W 0.976 0.003 0.001 0.001 0.005 0.016 78 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 79 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 80 V 0.983 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 81 D 0.834 0.004 0.004 0.003 0.107 0.048 82 A 0.281 0.004 0.013 0.009 0.519 0.175 83 G 0.068 0.005 0.019 0.013 0.761 0.134 84 D 0.281 0.006 0.011 0.017 0.617 0.067 85 V 0.747 0.004 0.009 0.029 0.129 0.081 86 V 0.960 0.004 0.002 0.018 0.011 0.005 87 V 0.929 0.001 0.006 0.049 0.011 0.004 88 H 0.784 0.002 0.011 0.161 0.023 0.018 89 V 0.626 0.005 0.014 0.174 0.047 0.134 90 M 0.202 0.018 0.020 0.242 0.084 0.434 91 L 0.082 0.008 0.012 0.087 0.270 0.541 92 P 0.098 0.007 0.044 0.201 0.440 0.210 93 A 0.064 0.010 0.063 0.190 0.481 0.192 94 V 0.130 0.045 0.113 0.257 0.343 0.111 95 R 0.149 0.012 0.114 0.200 0.358 0.168 96 D 0.120 0.007 0.093 0.142 0.340 0.297 97 Y 0.241 0.011 0.048 0.269 0.164 0.268 98 Y 0.202 0.022 0.016 0.238 0.149 0.374 99 D 0.165 0.048 0.012 0.284 0.096 0.395 100 I 0.002 0.001 0.043 0.938 0.009 0.008 101 E 0.001 0.001 0.091 0.893 0.011 0.003 102 A 0.002 0.001 0.106 0.868 0.020 0.003 103 L 0.003 0.003 0.038 0.909 0.029 0.018 104 W 0.003 0.005 0.019 0.883 0.052 0.038 105 G 0.004 0.004 0.026 0.480 0.231 0.255 106 G 0.005 0.004 0.020 0.147 0.331 0.494 107 Q 0.008 0.010 0.024 0.056 0.344 0.557 108 K 0.015 0.008 0.018 0.016 0.330 0.613 109 P 0.042 0.010 0.040 0.034 0.283 0.591 110 S 0.117 0.022 0.119 0.087 0.234 0.421 111 F 0.329 0.027 0.072 0.107 0.138 0.326 112 A 0.379 0.022 0.044 0.085 0.154 0.316 113 V 0.238 0.025 0.023 0.084 0.175 0.455 114 G 0.128 0.015 0.019 0.031 0.328 0.479 115 A 0.070 0.010 0.032 0.034 0.382 0.471 116 A 0.057 0.024 0.034 0.053 0.274 0.559 117 K 0.039 0.015 0.020 0.034 0.253 0.639 118 P 0.027 0.013 0.026 0.083 0.263 0.588 119 W 0.010 0.005 0.220 0.401 0.182 0.182 120 S 0.015 0.003 0.273 0.464 0.158 0.087 121 A 0.014 0.002 0.284 0.528 0.127 0.044 122 V 0.023 0.008 0.149 0.635 0.096 0.089 123 L 0.038 0.018 0.090 0.653 0.102 0.099 124 E 0.031 0.008 0.084 0.582 0.139 0.156 125 H 0.023 0.011 0.058 0.528 0.155 0.225 126 H 0.019 0.008 0.063 0.322 0.254 0.334 127 H 0.015 0.007 0.056 0.162 0.280 0.479 128 H 0.013 0.007 0.056 0.107 0.267 0.551 129 H 0.010 0.010 0.016 0.053 0.142 0.770 130 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.980