# TARGET T0354 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 85.0152 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.003 0.939 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 0.003 0.002 2 E 0.001 0.016 0.856 0.001 0.003 0.096 0.001 0.001 0.002 0.008 0.010 0.001 0.008 3 I 0.001 0.003 0.245 0.001 0.016 0.663 0.001 0.001 0.002 0.036 0.030 0.001 0.003 4 Q 0.001 0.001 0.041 0.001 0.006 0.920 0.001 0.001 0.001 0.021 0.010 0.001 0.001 5 E 0.001 0.001 0.016 0.001 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 6 I 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 7 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 11 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.917 0.001 0.001 0.001 0.002 0.064 0.001 0.001 16 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 0.805 0.001 0.001 0.001 0.007 0.158 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.018 0.001 0.044 0.639 0.001 0.001 0.001 0.023 0.274 0.001 0.001 18 K 0.001 0.012 0.129 0.002 0.034 0.128 0.001 0.001 0.006 0.069 0.617 0.001 0.002 19 G 0.001 0.009 0.640 0.003 0.054 0.039 0.001 0.002 0.037 0.103 0.089 0.009 0.013 20 K 0.002 0.008 0.239 0.052 0.088 0.018 0.002 0.005 0.058 0.344 0.154 0.017 0.014 21 D 0.007 0.005 0.263 0.037 0.057 0.006 0.009 0.012 0.207 0.163 0.132 0.029 0.073 22 I 0.013 0.003 0.170 0.012 0.011 0.003 0.027 0.064 0.559 0.018 0.006 0.023 0.091 23 I 0.030 0.002 0.046 0.018 0.002 0.002 0.056 0.132 0.609 0.020 0.002 0.063 0.019 24 E 0.066 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.134 0.277 0.443 0.002 0.001 0.010 0.053 25 L 0.077 0.006 0.046 0.003 0.001 0.002 0.141 0.340 0.290 0.004 0.001 0.054 0.035 26 D 0.026 0.015 0.330 0.002 0.001 0.004 0.020 0.070 0.352 0.018 0.003 0.022 0.138 27 T 0.010 0.006 0.328 0.017 0.095 0.172 0.005 0.014 0.052 0.071 0.176 0.019 0.036 28 S 0.002 0.002 0.145 0.004 0.166 0.104 0.001 0.003 0.009 0.139 0.409 0.008 0.010 29 K 0.001 0.004 0.145 0.020 0.207 0.143 0.001 0.001 0.004 0.208 0.258 0.004 0.006 30 L 0.001 0.027 0.330 0.002 0.075 0.288 0.001 0.001 0.007 0.125 0.115 0.005 0.025 31 T 0.002 0.014 0.231 0.005 0.079 0.403 0.001 0.001 0.006 0.119 0.099 0.014 0.025 32 S 0.015 0.019 0.118 0.008 0.069 0.449 0.003 0.002 0.007 0.106 0.143 0.021 0.041 33 L 0.053 0.016 0.129 0.013 0.110 0.327 0.013 0.003 0.011 0.068 0.143 0.030 0.083 34 F 0.078 0.011 0.262 0.028 0.046 0.159 0.022 0.005 0.050 0.064 0.047 0.090 0.137 35 Q 0.095 0.002 0.181 0.163 0.035 0.091 0.017 0.005 0.021 0.196 0.026 0.086 0.084 36 R 0.356 0.001 0.039 0.022 0.009 0.043 0.120 0.053 0.088 0.033 0.007 0.068 0.161 37 M 0.444 0.001 0.019 0.007 0.001 0.030 0.184 0.132 0.050 0.004 0.003 0.058 0.067 38 I 0.509 0.001 0.010 0.002 0.001 0.029 0.176 0.163 0.044 0.002 0.002 0.031 0.030 39 V 0.490 0.001 0.027 0.007 0.001 0.012 0.158 0.131 0.067 0.002 0.002 0.046 0.057 40 A 0.271 0.008 0.180 0.004 0.002 0.022 0.079 0.053 0.119 0.032 0.021 0.077 0.132 41 T 0.041 0.011 0.462 0.005 0.003 0.011 0.009 0.003 0.073 0.158 0.041 0.050 0.133 42 G 0.005 0.009 0.222 0.002 0.013 0.043 0.001 0.001 0.009 0.343 0.311 0.020 0.023 43 D 0.001 0.014 0.266 0.001 0.026 0.090 0.001 0.001 0.004 0.232 0.343 0.008 0.014 44 S 0.001 0.007 0.227 0.001 0.030 0.366 0.001 0.001 0.003 0.158 0.191 0.006 0.010 45 N 0.001 0.002 0.077 0.001 0.014 0.682 0.001 0.001 0.001 0.115 0.102 0.001 0.005 46 R 0.004 0.004 0.017 0.001 0.006 0.922 0.001 0.001 0.002 0.015 0.021 0.006 0.004 47 Q 0.003 0.002 0.007 0.001 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.005 48 V 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 53 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 54 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 55 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 56 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 58 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.929 0.001 0.001 0.001 0.002 0.061 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.262 0.001 0.001 0.001 0.006 0.727 0.001 0.001 63 G 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.015 0.955 0.001 0.001 64 V 0.001 0.013 0.825 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.016 0.086 0.005 0.019 0.027 65 D 0.003 0.031 0.563 0.006 0.002 0.003 0.003 0.001 0.190 0.041 0.004 0.073 0.080 66 I 0.009 0.039 0.386 0.012 0.010 0.008 0.009 0.005 0.189 0.018 0.007 0.032 0.275 67 V 0.011 0.018 0.304 0.232 0.020 0.012 0.015 0.010 0.135 0.035 0.027 0.073 0.110 68 G 0.044 0.007 0.206 0.039 0.051 0.019 0.019 0.021 0.140 0.071 0.071 0.172 0.141 69 S 0.149 0.019 0.104 0.020 0.024 0.017 0.027 0.015 0.062 0.053 0.039 0.083 0.388 70 E 0.099 0.021 0.101 0.041 0.015 0.018 0.016 0.005 0.023 0.080 0.102 0.373 0.106 71 G 0.050 0.013 0.170 0.016 0.010 0.005 0.006 0.001 0.010 0.205 0.233 0.070 0.211 72 H 0.020 0.016 0.366 0.006 0.010 0.004 0.003 0.001 0.004 0.241 0.119 0.067 0.144 73 E 0.014 0.034 0.196 0.005 0.038 0.005 0.002 0.001 0.002 0.215 0.310 0.068 0.111 74 S 0.001 0.003 0.121 0.018 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 0.171 0.619 0.012 0.012 75 G 0.003 0.001 0.217 0.051 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.364 0.321 0.009 0.020 76 E 0.086 0.003 0.430 0.010 0.003 0.001 0.013 0.001 0.003 0.106 0.023 0.126 0.197 77 W 0.479 0.002 0.041 0.004 0.001 0.001 0.062 0.003 0.008 0.010 0.001 0.095 0.295 78 V 0.721 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.091 0.005 0.003 0.001 0.001 0.136 0.038 79 L 0.715 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.131 0.004 0.003 0.001 0.001 0.025 0.118 80 V 0.545 0.001 0.015 0.016 0.001 0.001 0.106 0.005 0.007 0.002 0.001 0.238 0.062 81 D 0.171 0.003 0.162 0.024 0.001 0.001 0.025 0.002 0.022 0.018 0.002 0.082 0.487 82 A 0.060 0.004 0.209 0.048 0.028 0.005 0.007 0.001 0.012 0.165 0.300 0.069 0.090 83 G 0.007 0.002 0.115 0.040 0.029 0.005 0.002 0.001 0.006 0.343 0.420 0.010 0.020 84 D 0.016 0.003 0.206 0.176 0.019 0.005 0.007 0.006 0.026 0.424 0.058 0.023 0.031 85 V 0.184 0.012 0.071 0.003 0.006 0.008 0.185 0.203 0.132 0.021 0.003 0.037 0.136 86 V 0.294 0.003 0.007 0.003 0.001 0.007 0.273 0.287 0.063 0.001 0.001 0.024 0.036 87 V 0.315 0.001 0.016 0.034 0.002 0.016 0.232 0.265 0.062 0.002 0.002 0.025 0.029 88 H 0.288 0.001 0.035 0.059 0.004 0.010 0.207 0.137 0.117 0.012 0.008 0.054 0.069 89 V 0.189 0.007 0.194 0.020 0.007 0.005 0.099 0.028 0.152 0.028 0.022 0.079 0.172 90 M 0.082 0.046 0.336 0.010 0.005 0.009 0.032 0.011 0.111 0.081 0.011 0.085 0.181 91 L 0.004 0.016 0.627 0.005 0.008 0.040 0.002 0.002 0.045 0.122 0.009 0.027 0.092 92 P 0.001 0.001 0.040 0.002 0.288 0.484 0.001 0.001 0.001 0.035 0.146 0.001 0.003 93 A 0.001 0.001 0.025 0.001 0.308 0.495 0.001 0.001 0.001 0.029 0.133 0.002 0.003 94 V 0.001 0.003 0.025 0.003 0.237 0.611 0.001 0.001 0.003 0.021 0.089 0.001 0.005 95 R 0.002 0.006 0.069 0.001 0.150 0.650 0.001 0.001 0.006 0.027 0.071 0.006 0.010 96 D 0.003 0.005 0.072 0.004 0.085 0.595 0.001 0.001 0.005 0.045 0.163 0.009 0.015 97 Y 0.006 0.006 0.071 0.002 0.076 0.597 0.002 0.001 0.010 0.042 0.155 0.003 0.030 98 Y 0.011 0.006 0.114 0.002 0.013 0.633 0.003 0.002 0.006 0.115 0.036 0.043 0.017 99 D 0.003 0.013 0.163 0.001 0.009 0.719 0.001 0.001 0.004 0.022 0.026 0.011 0.027 100 I 0.001 0.001 0.015 0.001 0.026 0.921 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.004 101 E 0.001 0.001 0.018 0.001 0.058 0.851 0.001 0.001 0.001 0.015 0.050 0.002 0.002 102 A 0.002 0.002 0.021 0.001 0.150 0.700 0.001 0.001 0.001 0.017 0.100 0.002 0.005 103 L 0.002 0.007 0.036 0.001 0.115 0.579 0.001 0.001 0.001 0.034 0.217 0.003 0.005 104 W 0.001 0.010 0.097 0.001 0.074 0.250 0.001 0.001 0.001 0.075 0.483 0.002 0.006 105 G 0.001 0.010 0.250 0.001 0.055 0.075 0.001 0.001 0.001 0.164 0.434 0.003 0.005 106 G 0.001 0.007 0.415 0.001 0.043 0.032 0.001 0.001 0.001 0.255 0.238 0.003 0.005 107 Q 0.001 0.008 0.445 0.001 0.016 0.014 0.001 0.001 0.002 0.414 0.086 0.006 0.007 108 K 0.001 0.008 0.884 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.079 0.007 0.003 0.008 109 P 0.001 0.019 0.876 0.002 0.011 0.010 0.001 0.001 0.015 0.025 0.017 0.008 0.017 110 S 0.004 0.040 0.486 0.031 0.059 0.039 0.004 0.003 0.097 0.087 0.040 0.014 0.097 111 F 0.006 0.015 0.259 0.009 0.049 0.048 0.006 0.003 0.187 0.114 0.015 0.252 0.038 112 A 0.005 0.027 0.293 0.004 0.029 0.053 0.007 0.004 0.206 0.034 0.011 0.015 0.312 113 V 0.006 0.039 0.392 0.036 0.040 0.093 0.006 0.005 0.135 0.048 0.051 0.092 0.058 114 G 0.008 0.014 0.420 0.018 0.050 0.070 0.003 0.003 0.042 0.115 0.146 0.036 0.074 115 A 0.006 0.010 0.366 0.010 0.056 0.068 0.003 0.001 0.017 0.200 0.197 0.026 0.041 116 A 0.006 0.019 0.422 0.004 0.040 0.071 0.003 0.002 0.012 0.183 0.176 0.017 0.046 117 K 0.002 0.018 0.513 0.001 0.007 0.032 0.001 0.001 0.009 0.306 0.031 0.065 0.014 118 P 0.001 0.027 0.714 0.001 0.010 0.062 0.001 0.001 0.006 0.073 0.041 0.003 0.061 119 W 0.002 0.010 0.266 0.003 0.083 0.422 0.001 0.001 0.004 0.067 0.123 0.010 0.010 120 S 0.002 0.004 0.088 0.002 0.124 0.626 0.001 0.001 0.003 0.058 0.077 0.005 0.009 121 A 0.004 0.004 0.079 0.003 0.128 0.662 0.001 0.001 0.006 0.039 0.047 0.012 0.015 122 V 0.011 0.011 0.081 0.003 0.068 0.699 0.003 0.001 0.009 0.027 0.041 0.015 0.031 123 L 0.019 0.022 0.135 0.010 0.043 0.560 0.004 0.002 0.017 0.046 0.055 0.032 0.057 124 E 0.018 0.012 0.183 0.007 0.043 0.451 0.003 0.001 0.010 0.061 0.123 0.041 0.048 125 H 0.009 0.010 0.221 0.002 0.048 0.343 0.002 0.001 0.004 0.096 0.213 0.017 0.033 126 H 0.006 0.017 0.280 0.001 0.060 0.245 0.001 0.001 0.002 0.111 0.243 0.011 0.023 127 H 0.002 0.014 0.364 0.002 0.054 0.146 0.001 0.001 0.001 0.147 0.241 0.011 0.017 128 H 0.001 0.007 0.354 0.002 0.041 0.084 0.001 0.001 0.001 0.159 0.332 0.007 0.013 129 H 0.001 0.005 0.595 0.001 0.022 0.038 0.001 0.001 0.001 0.133 0.190 0.004 0.009 130 H 0.001 0.004 0.917 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.046 0.009 0.003 0.007