# TARGET T0354 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0354/T0354.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 85.0152 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.044 0.097 0.127 0.004 0.067 0.006 0.009 0.010 0.013 0.119 0.137 0.253 0.002 0.005 0.022 2 E 0.020 0.033 0.043 0.041 0.002 0.166 0.003 0.004 0.002 0.004 0.058 0.282 0.332 0.001 0.002 0.006 3 I 0.002 0.005 0.009 0.011 0.001 0.088 0.001 0.002 0.001 0.001 0.242 0.078 0.557 0.001 0.001 0.002 4 Q 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.264 0.658 0.001 0.001 0.001 5 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.071 0.914 0.001 0.001 0.001 6 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.983 0.001 0.001 0.001 7 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.986 0.001 0.001 0.001 8 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 11 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.014 0.001 0.006 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.005 0.004 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.003 0.006 0.008 16 D 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.552 0.261 0.012 0.148 17 I 0.013 0.002 0.187 0.001 0.001 0.001 0.102 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.296 0.080 0.267 0.042 18 K 0.008 0.029 0.172 0.006 0.001 0.023 0.022 0.017 0.002 0.003 0.009 0.006 0.342 0.007 0.137 0.214 19 G 0.136 0.013 0.029 0.012 0.006 0.156 0.043 0.003 0.018 0.008 0.093 0.022 0.246 0.057 0.004 0.154 20 K 0.044 0.675 0.105 0.027 0.001 0.004 0.004 0.008 0.002 0.001 0.014 0.044 0.041 0.001 0.025 0.006 21 D 0.017 0.118 0.388 0.220 0.001 0.022 0.005 0.001 0.021 0.002 0.002 0.018 0.059 0.001 0.007 0.119 22 I 0.025 0.005 0.805 0.142 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 23 I 0.002 0.016 0.344 0.624 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 24 E 0.001 0.003 0.016 0.960 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.022 0.023 0.945 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.001 0.004 0.002 0.088 0.007 0.892 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 T 0.002 0.048 0.003 0.039 0.016 0.047 0.001 0.007 0.001 0.001 0.831 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 28 S 0.001 0.136 0.006 0.048 0.003 0.046 0.001 0.019 0.005 0.002 0.029 0.691 0.005 0.001 0.005 0.001 29 K 0.010 0.072 0.092 0.095 0.005 0.065 0.010 0.014 0.035 0.013 0.168 0.067 0.223 0.003 0.016 0.113 30 L 0.072 0.107 0.165 0.108 0.004 0.042 0.017 0.006 0.011 0.003 0.080 0.134 0.205 0.004 0.006 0.036 31 T 0.045 0.065 0.252 0.099 0.004 0.118 0.014 0.007 0.004 0.003 0.027 0.087 0.252 0.002 0.009 0.011 32 S 0.011 0.032 0.056 0.108 0.009 0.243 0.009 0.007 0.004 0.003 0.150 0.035 0.314 0.002 0.002 0.015 33 L 0.012 0.223 0.065 0.186 0.017 0.038 0.016 0.006 0.006 0.001 0.079 0.118 0.198 0.009 0.004 0.021 34 F 0.013 0.040 0.129 0.252 0.008 0.121 0.033 0.013 0.009 0.002 0.013 0.058 0.271 0.007 0.018 0.015 35 Q 0.008 0.464 0.185 0.161 0.001 0.020 0.006 0.004 0.005 0.001 0.003 0.009 0.096 0.001 0.009 0.028 36 R 0.015 0.013 0.090 0.850 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 0.011 37 M 0.019 0.002 0.631 0.343 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 38 I 0.001 0.002 0.058 0.927 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 39 V 0.001 0.007 0.003 0.963 0.009 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.001 0.014 0.003 0.918 0.037 0.019 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 T 0.004 0.065 0.015 0.668 0.048 0.151 0.002 0.021 0.006 0.007 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 42 G 0.010 0.087 0.024 0.286 0.056 0.324 0.004 0.027 0.012 0.035 0.111 0.011 0.007 0.001 0.001 0.005 43 D 0.015 0.187 0.021 0.093 0.028 0.171 0.004 0.037 0.007 0.018 0.206 0.188 0.017 0.002 0.002 0.003 44 S 0.004 0.012 0.005 0.006 0.003 0.375 0.001 0.016 0.003 0.010 0.273 0.209 0.078 0.001 0.004 0.002 45 N 0.002 0.012 0.004 0.003 0.001 0.008 0.001 0.002 0.004 0.002 0.602 0.214 0.140 0.001 0.002 0.004 46 R 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.662 0.297 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 0.963 0.001 0.001 0.001 48 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.974 0.001 0.001 0.001 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.983 0.001 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 53 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.004 55 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 58 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.011 0.001 0.014 59 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.001 0.008 0.001 60 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.972 0.003 0.002 0.011 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.989 0.001 63 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.952 64 V 0.990 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 D 0.006 0.030 0.793 0.073 0.002 0.078 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 66 I 0.004 0.029 0.026 0.348 0.271 0.194 0.025 0.002 0.001 0.001 0.074 0.003 0.007 0.012 0.001 0.001 67 V 0.003 0.336 0.034 0.354 0.007 0.026 0.001 0.158 0.005 0.001 0.015 0.035 0.004 0.001 0.018 0.001 68 G 0.005 0.035 0.074 0.403 0.008 0.083 0.003 0.008 0.181 0.079 0.021 0.016 0.021 0.001 0.002 0.060 69 S 0.278 0.029 0.163 0.170 0.140 0.028 0.079 0.005 0.004 0.003 0.047 0.015 0.015 0.016 0.001 0.007 70 E 0.011 0.107 0.230 0.400 0.007 0.027 0.003 0.133 0.004 0.001 0.008 0.016 0.008 0.001 0.041 0.004 71 G 0.008 0.025 0.054 0.477 0.037 0.092 0.008 0.009 0.079 0.115 0.015 0.007 0.012 0.002 0.001 0.057 72 H 0.196 0.070 0.029 0.143 0.048 0.366 0.005 0.030 0.005 0.005 0.056 0.023 0.019 0.001 0.002 0.002 73 E 0.007 0.057 0.052 0.054 0.255 0.061 0.047 0.036 0.009 0.012 0.304 0.043 0.013 0.045 0.002 0.005 74 S 0.011 0.131 0.034 0.099 0.005 0.037 0.005 0.232 0.015 0.004 0.021 0.075 0.014 0.003 0.308 0.006 75 G 0.021 0.048 0.084 0.101 0.001 0.033 0.004 0.005 0.255 0.057 0.016 0.009 0.027 0.001 0.008 0.331 76 E 0.524 0.136 0.167 0.140 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.011 77 W 0.018 0.003 0.657 0.315 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 V 0.002 0.002 0.284 0.707 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.004 0.960 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 V 0.001 0.010 0.004 0.920 0.028 0.030 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.001 0.004 0.001 0.037 0.745 0.178 0.005 0.004 0.002 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.002 0.108 0.002 0.026 0.007 0.035 0.001 0.679 0.003 0.001 0.116 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 83 G 0.003 0.054 0.011 0.049 0.001 0.038 0.002 0.020 0.485 0.178 0.030 0.097 0.005 0.001 0.008 0.018 84 D 0.503 0.182 0.104 0.096 0.001 0.003 0.002 0.001 0.030 0.001 0.005 0.022 0.011 0.001 0.003 0.038 85 V 0.059 0.006 0.716 0.200 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 86 V 0.004 0.007 0.587 0.385 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 87 V 0.001 0.008 0.010 0.956 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 88 H 0.001 0.008 0.006 0.943 0.004 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 89 V 0.001 0.018 0.014 0.848 0.009 0.067 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 90 M 0.001 0.116 0.030 0.800 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.011 0.001 0.001 0.003 91 L 0.005 0.010 0.014 0.177 0.012 0.724 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 0.009 0.031 0.001 0.001 0.001 92 P 0.001 0.024 0.005 0.019 0.002 0.229 0.001 0.008 0.001 0.001 0.650 0.010 0.050 0.001 0.001 0.001 93 A 0.001 0.107 0.001 0.016 0.001 0.023 0.001 0.001 0.003 0.001 0.068 0.721 0.058 0.001 0.001 0.001 94 V 0.002 0.010 0.010 0.014 0.001 0.013 0.012 0.001 0.001 0.001 0.019 0.174 0.726 0.005 0.008 0.005 95 R 0.001 0.003 0.041 0.004 0.001 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.012 0.019 0.876 0.004 0.009 0.010 96 D 0.005 0.009 0.010 0.012 0.001 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.029 0.036 0.825 0.007 0.010 0.036 97 Y 0.020 0.015 0.042 0.018 0.003 0.008 0.034 0.001 0.004 0.001 0.018 0.017 0.638 0.057 0.016 0.108 98 Y 0.014 0.028 0.297 0.062 0.001 0.005 0.005 0.009 0.001 0.001 0.007 0.023 0.466 0.001 0.059 0.023 99 D 0.002 0.002 0.004 0.004 0.001 0.587 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.009 0.375 0.001 0.001 0.006 100 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.739 0.011 0.225 0.001 0.001 0.001 101 E 0.001 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.804 0.171 0.001 0.002 0.001 102 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.969 0.004 0.003 0.012 103 L 0.002 0.003 0.069 0.004 0.003 0.004 0.085 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.680 0.087 0.007 0.049 104 W 0.004 0.010 0.053 0.010 0.012 0.006 0.180 0.018 0.001 0.001 0.004 0.004 0.373 0.196 0.097 0.032 105 G 0.008 0.008 0.047 0.019 0.009 0.030 0.087 0.048 0.016 0.018 0.016 0.007 0.356 0.057 0.141 0.134 106 G 0.064 0.110 0.042 0.033 0.002 0.018 0.018 0.020 0.042 0.019 0.064 0.024 0.220 0.010 0.041 0.276 107 Q 0.220 0.109 0.263 0.089 0.002 0.012 0.018 0.003 0.016 0.004 0.020 0.060 0.075 0.007 0.014 0.088 108 K 0.059 0.028 0.591 0.113 0.004 0.086 0.019 0.002 0.002 0.002 0.007 0.020 0.051 0.002 0.005 0.009 109 P 0.017 0.116 0.186 0.263 0.006 0.202 0.006 0.014 0.004 0.003 0.087 0.020 0.063 0.002 0.003 0.009 110 S 0.013 0.156 0.047 0.480 0.008 0.076 0.006 0.004 0.011 0.002 0.064 0.079 0.041 0.003 0.002 0.007 111 F 0.018 0.057 0.190 0.504 0.007 0.037 0.005 0.010 0.004 0.002 0.028 0.051 0.075 0.001 0.006 0.007 112 A 0.013 0.031 0.172 0.284 0.124 0.134 0.050 0.007 0.006 0.006 0.022 0.019 0.070 0.035 0.002 0.022 113 V 0.017 0.093 0.100 0.443 0.010 0.046 0.007 0.107 0.003 0.002 0.044 0.016 0.058 0.003 0.046 0.006 114 G 0.010 0.063 0.067 0.304 0.015 0.175 0.013 0.013 0.057 0.065 0.033 0.052 0.071 0.006 0.005 0.050 115 A 0.153 0.059 0.070 0.220 0.013 0.093 0.014 0.021 0.006 0.004 0.174 0.041 0.102 0.005 0.009 0.017 116 A 0.015 0.232 0.245 0.281 0.004 0.028 0.006 0.008 0.010 0.003 0.022 0.065 0.044 0.003 0.008 0.027 117 K 0.036 0.041 0.210 0.440 0.012 0.096 0.018 0.004 0.004 0.007 0.012 0.024 0.070 0.003 0.005 0.017 118 P 0.011 0.038 0.076 0.090 0.008 0.587 0.005 0.013 0.001 0.003 0.070 0.016 0.073 0.001 0.003 0.004 119 W 0.005 0.116 0.021 0.085 0.003 0.096 0.002 0.013 0.006 0.003 0.480 0.086 0.075 0.003 0.002 0.005 120 S 0.011 0.068 0.033 0.090 0.002 0.052 0.006 0.004 0.006 0.001 0.043 0.503 0.165 0.003 0.007 0.005 121 A 0.011 0.029 0.135 0.100 0.002 0.038 0.011 0.006 0.003 0.001 0.055 0.044 0.509 0.005 0.011 0.040 122 V 0.016 0.047 0.164 0.162 0.004 0.051 0.016 0.004 0.004 0.001 0.029 0.057 0.387 0.009 0.009 0.037 123 L 0.014 0.026 0.142 0.143 0.013 0.078 0.047 0.006 0.002 0.002 0.031 0.029 0.421 0.017 0.009 0.020 124 E 0.011 0.068 0.121 0.199 0.010 0.058 0.020 0.025 0.004 0.002 0.052 0.030 0.332 0.014 0.022 0.032 125 H 0.017 0.047 0.076 0.159 0.029 0.102 0.048 0.013 0.015 0.010 0.045 0.046 0.264 0.050 0.014 0.065 126 H 0.024 0.078 0.138 0.096 0.020 0.076 0.050 0.030 0.005 0.004 0.088 0.044 0.251 0.019 0.049 0.027 127 H 0.018 0.088 0.117 0.081 0.024 0.081 0.051 0.033 0.019 0.014 0.077 0.073 0.179 0.042 0.032 0.072 128 H 0.060 0.085 0.108 0.081 0.014 0.084 0.030 0.035 0.018 0.011 0.090 0.079 0.186 0.015 0.061 0.044 129 H 0.037 0.064 0.120 0.043 0.038 0.086 0.078 0.016 0.020 0.014 0.118 0.083 0.153 0.047 0.019 0.064 130 H 0.053 0.102 0.129 0.064 0.017 0.055 0.048 0.058 0.010 0.005 0.089 0.119 0.128 0.021 0.074 0.027