# TARGET T0354 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 85.0152 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.047 0.604 0.002 0.006 0.012 0.007 0.038 0.009 0.001 0.049 0.225 2 E 0.016 0.847 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.004 0.001 0.009 0.103 3 I 0.024 0.568 0.002 0.003 0.002 0.002 0.011 0.003 0.001 0.308 0.076 4 Q 0.006 0.757 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.176 0.042 5 E 0.014 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.037 0.029 6 I 0.002 0.922 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.051 0.017 7 S 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 8 K 0.001 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.006 9 L 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 10 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 11 I 0.011 0.839 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.127 0.014 12 E 0.009 0.708 0.015 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.006 0.208 0.037 13 A 0.109 0.598 0.049 0.001 0.001 0.001 0.021 0.038 0.018 0.081 0.083 14 L 0.214 0.306 0.036 0.003 0.001 0.002 0.033 0.025 0.030 0.106 0.244 15 E 0.049 0.239 0.006 0.002 0.001 0.003 0.085 0.002 0.009 0.026 0.578 16 D 0.089 0.057 0.032 0.002 0.001 0.003 0.052 0.008 0.018 0.032 0.705 17 I 0.319 0.013 0.005 0.003 0.002 0.004 0.076 0.014 0.003 0.078 0.481 18 K 0.085 0.003 0.001 0.008 0.003 0.011 0.090 0.001 0.001 0.033 0.765 19 G 0.011 0.005 0.003 0.044 0.002 0.011 0.108 0.001 0.001 0.023 0.792 20 K 0.003 0.003 0.001 0.054 0.086 0.089 0.165 0.002 0.001 0.091 0.507 21 D 0.002 0.002 0.001 0.290 0.129 0.203 0.063 0.001 0.001 0.131 0.180 22 I 0.001 0.002 0.001 0.279 0.109 0.234 0.045 0.001 0.001 0.071 0.259 23 I 0.001 0.001 0.001 0.375 0.225 0.268 0.014 0.001 0.001 0.048 0.068 24 E 0.002 0.001 0.001 0.287 0.175 0.246 0.032 0.001 0.001 0.096 0.160 25 L 0.002 0.001 0.001 0.256 0.232 0.252 0.044 0.001 0.001 0.048 0.164 26 D 0.182 0.007 0.002 0.107 0.077 0.135 0.093 0.008 0.004 0.085 0.298 27 T 0.343 0.008 0.003 0.032 0.018 0.027 0.093 0.006 0.002 0.090 0.378 28 S 0.037 0.005 0.001 0.018 0.018 0.040 0.108 0.003 0.001 0.052 0.717 29 K 0.043 0.019 0.002 0.019 0.025 0.044 0.128 0.004 0.001 0.047 0.668 30 L 0.064 0.014 0.003 0.016 0.081 0.069 0.139 0.011 0.001 0.088 0.514 31 T 0.071 0.018 0.003 0.027 0.052 0.065 0.119 0.004 0.001 0.078 0.561 32 S 0.058 0.009 0.003 0.042 0.053 0.111 0.129 0.003 0.002 0.084 0.505 33 L 0.039 0.008 0.003 0.066 0.054 0.078 0.158 0.003 0.001 0.061 0.529 34 F 0.015 0.003 0.001 0.125 0.062 0.068 0.159 0.002 0.001 0.043 0.522 35 Q 0.003 0.003 0.001 0.319 0.082 0.082 0.099 0.001 0.001 0.057 0.353 36 R 0.001 0.001 0.001 0.549 0.085 0.097 0.046 0.001 0.001 0.080 0.141 37 M 0.001 0.001 0.001 0.768 0.057 0.051 0.016 0.001 0.001 0.045 0.061 38 I 0.001 0.001 0.001 0.815 0.063 0.055 0.007 0.001 0.001 0.033 0.027 39 V 0.001 0.001 0.001 0.787 0.042 0.054 0.016 0.001 0.001 0.033 0.067 40 A 0.003 0.001 0.001 0.706 0.044 0.089 0.030 0.001 0.001 0.042 0.084 41 T 0.039 0.004 0.001 0.265 0.036 0.122 0.125 0.001 0.002 0.153 0.252 42 G 0.061 0.020 0.002 0.116 0.039 0.065 0.175 0.002 0.003 0.100 0.417 43 D 0.072 0.161 0.002 0.014 0.015 0.024 0.156 0.009 0.002 0.082 0.464 44 S 0.040 0.659 0.001 0.003 0.004 0.005 0.045 0.007 0.001 0.056 0.179 45 N 0.010 0.907 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.017 0.050 46 R 0.004 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.011 0.017 47 Q 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 48 V 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 49 K 0.003 0.548 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.435 0.007 50 A 0.003 0.315 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.662 0.009 51 L 0.005 0.631 0.007 0.002 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.314 0.027 52 A 0.003 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 0.017 53 N 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.021 54 S 0.002 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 0.018 55 V 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 56 Q 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 57 V 0.008 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.012 58 K 0.003 0.896 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.005 0.060 0.019 59 L 0.009 0.021 0.574 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.339 0.042 0.008 60 K 0.876 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.004 0.018 0.063 61 E 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.015 0.885 62 A 0.008 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.007 0.921 63 G 0.002 0.001 0.001 0.010 0.009 0.025 0.104 0.002 0.001 0.032 0.814 64 V 0.011 0.001 0.001 0.006 0.011 0.006 0.075 0.001 0.001 0.029 0.858 65 D 0.067 0.007 0.001 0.172 0.033 0.037 0.105 0.004 0.001 0.106 0.468 66 I 0.030 0.006 0.001 0.050 0.008 0.016 0.108 0.002 0.001 0.059 0.720 67 V 0.016 0.003 0.001 0.182 0.028 0.047 0.152 0.006 0.001 0.041 0.524 68 G 0.032 0.003 0.001 0.189 0.035 0.067 0.097 0.007 0.001 0.079 0.488 69 S 0.058 0.004 0.001 0.157 0.034 0.061 0.097 0.002 0.001 0.065 0.520 70 E 0.014 0.002 0.001 0.085 0.040 0.086 0.128 0.001 0.001 0.033 0.609 71 G 0.034 0.002 0.003 0.022 0.044 0.055 0.127 0.002 0.002 0.052 0.656 72 H 0.087 0.001 0.002 0.018 0.027 0.044 0.137 0.005 0.002 0.072 0.605 73 E 0.201 0.001 0.001 0.010 0.012 0.021 0.106 0.003 0.001 0.069 0.576 74 S 0.013 0.001 0.001 0.017 0.007 0.019 0.172 0.001 0.001 0.027 0.742 75 G 0.002 0.001 0.001 0.023 0.042 0.086 0.170 0.002 0.001 0.047 0.628 76 E 0.001 0.001 0.001 0.122 0.210 0.346 0.052 0.001 0.001 0.104 0.164 77 W 0.001 0.001 0.001 0.114 0.157 0.471 0.020 0.001 0.001 0.053 0.182 78 V 0.001 0.001 0.001 0.228 0.345 0.323 0.008 0.001 0.001 0.040 0.054 79 L 0.002 0.001 0.001 0.177 0.324 0.306 0.015 0.001 0.001 0.109 0.066 80 V 0.005 0.001 0.001 0.303 0.147 0.263 0.033 0.001 0.001 0.071 0.176 81 D 0.521 0.001 0.001 0.061 0.046 0.099 0.055 0.004 0.002 0.068 0.142 82 A 0.031 0.001 0.001 0.039 0.007 0.017 0.130 0.001 0.001 0.034 0.739 83 G 0.002 0.001 0.001 0.019 0.040 0.056 0.132 0.002 0.001 0.020 0.729 84 D 0.004 0.003 0.001 0.231 0.222 0.148 0.088 0.001 0.001 0.076 0.227 85 V 0.002 0.003 0.001 0.290 0.149 0.157 0.042 0.001 0.001 0.095 0.261 86 V 0.001 0.003 0.001 0.442 0.230 0.172 0.014 0.001 0.001 0.058 0.079 87 V 0.003 0.004 0.001 0.487 0.125 0.189 0.028 0.001 0.001 0.050 0.113 88 H 0.012 0.002 0.001 0.448 0.140 0.194 0.031 0.001 0.001 0.083 0.089 89 V 0.008 0.004 0.001 0.387 0.057 0.136 0.107 0.001 0.001 0.045 0.254 90 M 0.013 0.067 0.003 0.101 0.046 0.062 0.122 0.002 0.003 0.023 0.559 91 L 0.172 0.536 0.003 0.009 0.014 0.013 0.041 0.036 0.003 0.021 0.152 92 P 0.117 0.573 0.006 0.004 0.003 0.003 0.028 0.009 0.003 0.077 0.180 93 A 0.064 0.591 0.016 0.002 0.004 0.008 0.035 0.008 0.006 0.073 0.192 94 V 0.196 0.585 0.005 0.002 0.004 0.007 0.020 0.017 0.001 0.035 0.128 95 R 0.172 0.371 0.005 0.006 0.011 0.015 0.050 0.015 0.002 0.118 0.234 96 D 0.030 0.389 0.002 0.014 0.011 0.018 0.071 0.003 0.001 0.055 0.408 97 Y 0.021 0.595 0.006 0.010 0.010 0.019 0.040 0.005 0.001 0.032 0.262 98 Y 0.020 0.714 0.005 0.009 0.010 0.011 0.031 0.008 0.001 0.047 0.144 99 D 0.018 0.894 0.004 0.002 0.002 0.002 0.008 0.005 0.002 0.015 0.047 100 I 0.085 0.831 0.004 0.001 0.001 0.002 0.007 0.019 0.001 0.010 0.039 101 E 0.084 0.675 0.005 0.005 0.004 0.010 0.019 0.009 0.003 0.059 0.128 102 A 0.040 0.380 0.074 0.008 0.006 0.012 0.070 0.004 0.041 0.080 0.285 103 L 0.186 0.143 0.064 0.010 0.008 0.012 0.073 0.033 0.029 0.065 0.376 104 W 0.473 0.038 0.004 0.005 0.004 0.006 0.045 0.023 0.003 0.052 0.347 105 G 0.092 0.007 0.001 0.008 0.002 0.006 0.065 0.001 0.001 0.022 0.795 106 G 0.008 0.006 0.002 0.017 0.003 0.014 0.081 0.001 0.001 0.021 0.846 107 Q 0.024 0.015 0.001 0.008 0.019 0.019 0.110 0.004 0.001 0.039 0.759 108 K 0.147 0.028 0.001 0.012 0.032 0.024 0.118 0.013 0.001 0.057 0.568 109 P 0.057 0.048 0.001 0.023 0.015 0.027 0.125 0.007 0.001 0.041 0.654 110 S 0.118 0.049 0.003 0.021 0.016 0.036 0.100 0.005 0.001 0.039 0.612 111 F 0.089 0.044 0.003 0.032 0.038 0.052 0.108 0.012 0.001 0.058 0.564 112 A 0.098 0.050 0.005 0.026 0.017 0.036 0.100 0.005 0.003 0.040 0.620 113 V 0.093 0.026 0.004 0.030 0.023 0.038 0.078 0.012 0.001 0.044 0.652 114 G 0.111 0.013 0.001 0.013 0.023 0.028 0.088 0.003 0.001 0.039 0.682 115 A 0.011 0.006 0.001 0.019 0.026 0.040 0.115 0.002 0.001 0.023 0.756 116 A 0.016 0.011 0.001 0.015 0.018 0.021 0.098 0.001 0.001 0.020 0.799 117 K 0.072 0.038 0.002 0.013 0.049 0.035 0.142 0.015 0.001 0.067 0.566 118 P 0.149 0.101 0.003 0.010 0.006 0.008 0.092 0.006 0.002 0.034 0.590 119 W 0.178 0.226 0.003 0.011 0.009 0.013 0.068 0.018 0.001 0.033 0.441 120 S 0.167 0.176 0.001 0.008 0.012 0.020 0.073 0.008 0.001 0.039 0.496 121 A 0.054 0.210 0.005 0.018 0.027 0.056 0.087 0.006 0.002 0.040 0.496 122 V 0.051 0.308 0.008 0.011 0.044 0.060 0.072 0.007 0.003 0.031 0.404 123 L 0.265 0.217 0.007 0.005 0.040 0.040 0.052 0.013 0.004 0.035 0.321 124 E 0.147 0.124 0.005 0.006 0.025 0.046 0.072 0.009 0.003 0.035 0.528 125 H 0.058 0.039 0.007 0.005 0.010 0.030 0.060 0.004 0.003 0.025 0.759 126 H 0.131 0.019 0.007 0.005 0.013 0.022 0.049 0.006 0.002 0.050 0.696 127 H 0.084 0.006 0.001 0.003 0.008 0.010 0.053 0.002 0.001 0.040 0.792 128 H 0.021 0.003 0.001 0.004 0.009 0.011 0.061 0.001 0.001 0.023 0.867 129 H 0.013 0.003 0.001 0.006 0.013 0.012 0.099 0.002 0.001 0.020 0.833 130 H 0.017 0.004 0.001 0.008 0.036 0.027 0.150 0.007 0.001 0.031 0.719