# TARGET T0354 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 85.0152 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.182 0.012 0.017 0.016 0.093 0.048 0.606 2 E 0.053 0.690 0.003 0.002 0.004 0.024 0.052 0.172 3 I 0.036 0.534 0.002 0.001 0.001 0.010 0.364 0.051 4 Q 0.004 0.875 0.002 0.001 0.001 0.006 0.080 0.030 5 E 0.003 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.017 6 I 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 7 S 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 8 K 0.001 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.002 9 L 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 10 A 0.005 0.961 0.003 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 11 I 0.017 0.884 0.009 0.001 0.001 0.002 0.080 0.008 12 E 0.011 0.819 0.024 0.001 0.001 0.006 0.083 0.055 13 A 0.037 0.804 0.013 0.001 0.001 0.015 0.040 0.090 14 L 0.192 0.554 0.032 0.002 0.001 0.025 0.089 0.105 15 E 0.111 0.242 0.008 0.002 0.001 0.031 0.108 0.497 16 D 0.067 0.155 0.016 0.001 0.002 0.058 0.164 0.537 17 I 0.032 0.059 0.044 0.009 0.005 0.153 0.220 0.479 18 K 0.188 0.062 0.032 0.006 0.007 0.095 0.083 0.527 19 G 0.134 0.035 0.021 0.002 0.004 0.108 0.064 0.632 20 K 0.011 0.014 0.113 0.010 0.021 0.201 0.055 0.575 21 D 0.022 0.011 0.299 0.027 0.077 0.124 0.114 0.325 22 I 0.009 0.006 0.239 0.053 0.065 0.094 0.076 0.458 23 I 0.004 0.004 0.721 0.064 0.081 0.026 0.028 0.071 24 E 0.007 0.007 0.365 0.078 0.135 0.066 0.083 0.259 25 L 0.008 0.006 0.485 0.110 0.083 0.066 0.052 0.190 26 D 0.251 0.051 0.115 0.046 0.069 0.083 0.098 0.288 27 T 0.144 0.027 0.035 0.013 0.020 0.088 0.220 0.453 28 S 0.021 0.029 0.036 0.022 0.037 0.139 0.172 0.544 29 K 0.041 0.099 0.017 0.013 0.027 0.110 0.118 0.574 30 L 0.067 0.184 0.015 0.030 0.030 0.097 0.125 0.453 31 T 0.051 0.170 0.032 0.034 0.056 0.081 0.222 0.354 32 S 0.033 0.122 0.042 0.044 0.074 0.124 0.283 0.278 33 L 0.045 0.058 0.114 0.045 0.062 0.119 0.276 0.280 34 F 0.061 0.039 0.083 0.044 0.065 0.164 0.255 0.289 35 Q 0.007 0.015 0.134 0.029 0.063 0.162 0.141 0.450 36 R 0.002 0.003 0.623 0.028 0.069 0.080 0.094 0.100 37 M 0.001 0.002 0.678 0.042 0.057 0.031 0.133 0.056 38 I 0.002 0.002 0.809 0.036 0.039 0.016 0.069 0.027 39 V 0.005 0.002 0.789 0.029 0.049 0.031 0.055 0.040 40 A 0.018 0.005 0.544 0.044 0.076 0.098 0.102 0.113 41 T 0.032 0.015 0.309 0.021 0.055 0.153 0.195 0.220 42 G 0.054 0.048 0.100 0.012 0.035 0.285 0.101 0.365 43 D 0.055 0.134 0.043 0.011 0.022 0.192 0.098 0.445 44 S 0.034 0.734 0.006 0.003 0.006 0.044 0.053 0.121 45 N 0.015 0.882 0.005 0.002 0.004 0.018 0.025 0.050 46 R 0.006 0.911 0.004 0.007 0.005 0.011 0.025 0.031 47 Q 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 48 V 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 49 K 0.009 0.744 0.005 0.003 0.003 0.003 0.220 0.014 50 A 0.007 0.398 0.005 0.002 0.002 0.007 0.556 0.023 51 L 0.010 0.896 0.002 0.001 0.001 0.004 0.073 0.013 52 A 0.014 0.920 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.026 53 N 0.006 0.899 0.001 0.001 0.001 0.006 0.039 0.048 54 S 0.006 0.952 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.018 55 V 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.006 56 Q 0.011 0.960 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.010 57 V 0.005 0.959 0.010 0.001 0.001 0.002 0.008 0.015 58 K 0.026 0.892 0.026 0.002 0.001 0.005 0.020 0.027 59 L 0.142 0.051 0.454 0.006 0.002 0.015 0.279 0.050 60 K 0.763 0.028 0.011 0.002 0.001 0.015 0.028 0.153 61 E 0.273 0.003 0.006 0.001 0.001 0.017 0.009 0.691 62 A 0.003 0.001 0.006 0.001 0.002 0.113 0.004 0.868 63 G 0.006 0.002 0.005 0.002 0.006 0.053 0.013 0.913 64 V 0.026 0.007 0.014 0.022 0.009 0.107 0.029 0.786 65 D 0.091 0.015 0.119 0.060 0.045 0.119 0.092 0.460 66 I 0.096 0.010 0.044 0.023 0.033 0.104 0.082 0.608 67 V 0.022 0.007 0.133 0.037 0.053 0.119 0.043 0.587 68 G 0.079 0.010 0.066 0.031 0.056 0.113 0.047 0.597 69 S 0.070 0.012 0.031 0.052 0.053 0.107 0.048 0.627 70 E 0.038 0.007 0.051 0.051 0.093 0.130 0.047 0.584 71 G 0.034 0.005 0.031 0.048 0.108 0.121 0.089 0.565 72 H 0.081 0.003 0.037 0.044 0.053 0.148 0.079 0.555 73 E 0.176 0.006 0.016 0.021 0.029 0.106 0.048 0.599 74 S 0.036 0.005 0.017 0.013 0.039 0.156 0.035 0.699 75 G 0.005 0.003 0.044 0.040 0.160 0.161 0.042 0.545 76 E 0.003 0.002 0.118 0.222 0.441 0.051 0.051 0.111 77 W 0.002 0.002 0.089 0.275 0.355 0.023 0.034 0.221 78 V 0.001 0.001 0.193 0.422 0.339 0.007 0.010 0.027 79 L 0.001 0.001 0.251 0.198 0.404 0.016 0.045 0.084 80 V 0.011 0.001 0.357 0.314 0.169 0.025 0.065 0.057 81 D 0.340 0.010 0.115 0.075 0.090 0.071 0.121 0.179 82 A 0.031 0.007 0.040 0.016 0.041 0.172 0.040 0.654 83 G 0.008 0.006 0.094 0.037 0.187 0.174 0.037 0.458 84 D 0.006 0.007 0.180 0.093 0.201 0.098 0.147 0.269 85 V 0.002 0.005 0.375 0.224 0.180 0.037 0.070 0.107 86 V 0.003 0.005 0.450 0.155 0.198 0.023 0.077 0.089 87 V 0.010 0.007 0.415 0.188 0.204 0.030 0.061 0.085 88 H 0.024 0.011 0.527 0.119 0.162 0.031 0.049 0.076 89 V 0.012 0.023 0.252 0.120 0.187 0.083 0.061 0.263 90 M 0.024 0.088 0.177 0.047 0.099 0.096 0.065 0.402 91 L 0.203 0.233 0.056 0.046 0.055 0.076 0.134 0.197 92 P 0.078 0.257 0.026 0.020 0.026 0.099 0.112 0.381 93 A 0.052 0.344 0.020 0.016 0.028 0.071 0.124 0.346 94 V 0.149 0.333 0.015 0.014 0.021 0.065 0.119 0.284 95 R 0.118 0.354 0.014 0.027 0.024 0.061 0.121 0.281 96 D 0.020 0.624 0.004 0.006 0.012 0.031 0.018 0.283 97 Y 0.016 0.595 0.009 0.010 0.019 0.052 0.027 0.270 98 Y 0.010 0.779 0.011 0.023 0.016 0.023 0.038 0.099 99 D 0.016 0.956 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.008 100 I 0.022 0.885 0.008 0.003 0.002 0.005 0.058 0.018 101 E 0.018 0.778 0.020 0.017 0.013 0.012 0.077 0.065 102 A 0.158 0.240 0.077 0.024 0.029 0.045 0.240 0.187 103 L 0.382 0.063 0.045 0.024 0.024 0.082 0.125 0.255 104 W 0.386 0.015 0.009 0.008 0.012 0.040 0.039 0.492 105 G 0.013 0.002 0.001 0.001 0.002 0.048 0.007 0.925 106 G 0.007 0.004 0.006 0.006 0.010 0.122 0.016 0.829 107 Q 0.057 0.014 0.006 0.011 0.012 0.126 0.029 0.744 108 K 0.124 0.036 0.022 0.021 0.019 0.119 0.049 0.610 109 P 0.091 0.070 0.027 0.021 0.031 0.089 0.044 0.626 110 S 0.065 0.055 0.051 0.025 0.037 0.083 0.076 0.610 111 F 0.071 0.070 0.061 0.047 0.042 0.110 0.049 0.550 112 A 0.095 0.065 0.063 0.032 0.045 0.087 0.090 0.522 113 V 0.147 0.049 0.031 0.022 0.030 0.091 0.042 0.589 114 G 0.207 0.036 0.029 0.024 0.033 0.084 0.083 0.505 115 A 0.037 0.030 0.012 0.012 0.018 0.113 0.032 0.746 116 A 0.022 0.023 0.016 0.011 0.022 0.113 0.039 0.753 117 K 0.067 0.064 0.017 0.021 0.018 0.129 0.068 0.616 118 P 0.151 0.286 0.013 0.012 0.013 0.077 0.058 0.390 119 W 0.122 0.472 0.010 0.006 0.010 0.046 0.029 0.305 120 S 0.094 0.552 0.012 0.008 0.012 0.040 0.028 0.254 121 A 0.056 0.415 0.033 0.022 0.023 0.061 0.061 0.330 122 V 0.093 0.425 0.031 0.018 0.024 0.068 0.071 0.270 123 L 0.243 0.220 0.055 0.023 0.025 0.061 0.124 0.249 124 E 0.140 0.091 0.029 0.024 0.026 0.081 0.075 0.534 125 H 0.110 0.033 0.020 0.013 0.018 0.073 0.065 0.668 126 H 0.100 0.015 0.014 0.013 0.017 0.111 0.047 0.683 127 H 0.124 0.008 0.009 0.009 0.015 0.088 0.038 0.710 128 H 0.056 0.005 0.005 0.006 0.010 0.090 0.023 0.804 129 H 0.027 0.006 0.013 0.012 0.024 0.123 0.031 0.763 130 H 0.034 0.008 0.021 0.025 0.042 0.113 0.040 0.716