# TARGET T0354 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 85.0152 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.497 0.110 0.079 0.083 0.055 0.043 0.054 0.032 0.025 0.014 0.008 2 E 0.127 0.508 0.085 0.144 0.064 0.034 0.020 0.007 0.005 0.003 0.002 3 I 0.097 0.118 0.061 0.150 0.140 0.141 0.133 0.069 0.049 0.028 0.013 4 Q 0.496 0.203 0.099 0.104 0.057 0.026 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 5 E 0.102 0.170 0.432 0.228 0.050 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.006 0.011 0.017 0.033 0.043 0.109 0.263 0.177 0.177 0.108 0.055 7 S 0.002 0.006 0.048 0.039 0.061 0.147 0.353 0.173 0.104 0.050 0.017 8 K 0.013 0.045 0.720 0.173 0.035 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.002 0.016 0.116 0.135 0.189 0.228 0.227 0.055 0.024 0.008 0.002 10 A 0.001 0.001 0.014 0.005 0.004 0.005 0.032 0.075 0.218 0.304 0.342 11 I 0.001 0.002 0.059 0.048 0.103 0.257 0.402 0.083 0.031 0.011 0.003 12 E 0.002 0.017 0.776 0.146 0.045 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.002 0.017 0.010 0.026 0.108 0.393 0.181 0.146 0.082 0.036 14 L 0.001 0.002 0.026 0.014 0.007 0.010 0.070 0.109 0.232 0.286 0.244 15 E 0.016 0.053 0.416 0.189 0.143 0.099 0.056 0.015 0.007 0.004 0.002 16 D 0.037 0.084 0.395 0.250 0.125 0.067 0.031 0.007 0.003 0.001 0.001 17 I 0.036 0.024 0.033 0.035 0.042 0.079 0.237 0.181 0.169 0.117 0.046 18 K 0.068 0.096 0.122 0.146 0.121 0.138 0.149 0.059 0.047 0.031 0.024 19 G 0.028 0.039 0.109 0.061 0.050 0.069 0.139 0.107 0.132 0.121 0.146 20 K 0.085 0.124 0.185 0.282 0.149 0.085 0.050 0.018 0.012 0.006 0.003 21 D 0.062 0.121 0.087 0.204 0.174 0.133 0.125 0.046 0.029 0.013 0.005 22 I 0.009 0.010 0.012 0.024 0.019 0.023 0.049 0.079 0.169 0.244 0.362 23 I 0.013 0.046 0.063 0.144 0.162 0.189 0.221 0.086 0.049 0.019 0.007 24 E 0.010 0.045 0.071 0.209 0.170 0.137 0.152 0.091 0.065 0.032 0.016 25 L 0.004 0.005 0.009 0.016 0.021 0.032 0.095 0.129 0.226 0.245 0.217 26 D 0.028 0.127 0.075 0.301 0.230 0.121 0.077 0.023 0.012 0.004 0.002 27 T 0.009 0.013 0.006 0.017 0.018 0.026 0.074 0.126 0.230 0.243 0.238 28 S 0.162 0.186 0.096 0.272 0.162 0.072 0.036 0.009 0.004 0.001 0.001 29 K 0.307 0.255 0.071 0.190 0.092 0.045 0.026 0.007 0.004 0.002 0.001 30 L 0.044 0.038 0.018 0.079 0.089 0.114 0.173 0.133 0.135 0.106 0.070 31 T 0.054 0.052 0.026 0.079 0.090 0.136 0.203 0.120 0.113 0.073 0.053 32 S 0.093 0.127 0.118 0.187 0.131 0.109 0.105 0.051 0.038 0.026 0.016 33 L 0.024 0.028 0.032 0.066 0.052 0.074 0.169 0.136 0.172 0.147 0.101 34 F 0.014 0.021 0.031 0.072 0.063 0.070 0.139 0.136 0.189 0.151 0.113 35 Q 0.007 0.018 0.041 0.089 0.116 0.130 0.194 0.149 0.141 0.080 0.035 36 R 0.002 0.008 0.028 0.072 0.137 0.184 0.261 0.161 0.100 0.037 0.011 37 M 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.010 0.061 0.149 0.278 0.282 0.208 38 I 0.001 0.002 0.005 0.008 0.012 0.028 0.129 0.182 0.241 0.215 0.177 39 V 0.001 0.002 0.004 0.004 0.004 0.008 0.049 0.108 0.222 0.276 0.321 40 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.060 0.118 0.235 0.296 0.269 41 T 0.004 0.015 0.014 0.044 0.049 0.075 0.171 0.171 0.194 0.151 0.112 42 G 0.011 0.015 0.011 0.037 0.056 0.092 0.193 0.179 0.176 0.132 0.098 43 D 0.051 0.209 0.079 0.273 0.189 0.108 0.063 0.017 0.008 0.003 0.002 44 S 0.018 0.041 0.021 0.092 0.120 0.132 0.191 0.129 0.119 0.085 0.051 45 N 0.403 0.184 0.062 0.153 0.111 0.056 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 46 R 0.250 0.150 0.094 0.181 0.114 0.090 0.079 0.026 0.011 0.004 0.001 47 Q 0.005 0.010 0.022 0.053 0.083 0.147 0.240 0.152 0.151 0.087 0.050 48 V 0.001 0.003 0.034 0.017 0.014 0.029 0.157 0.152 0.207 0.214 0.172 49 K 0.004 0.017 0.343 0.325 0.193 0.079 0.028 0.006 0.003 0.001 0.001 50 A 0.010 0.041 0.319 0.174 0.154 0.152 0.105 0.029 0.011 0.003 0.001 51 L 0.001 0.001 0.034 0.014 0.015 0.024 0.127 0.154 0.264 0.221 0.145 52 A 0.001 0.001 0.021 0.008 0.017 0.071 0.439 0.215 0.135 0.070 0.023 53 N 0.003 0.015 0.766 0.165 0.039 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 S 0.003 0.017 0.128 0.113 0.192 0.251 0.225 0.046 0.017 0.005 0.001 55 V 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.003 0.035 0.081 0.254 0.326 0.288 56 Q 0.001 0.002 0.021 0.055 0.165 0.310 0.312 0.081 0.037 0.013 0.004 57 V 0.013 0.035 0.818 0.104 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.001 0.007 0.023 0.047 0.117 0.252 0.412 0.093 0.034 0.011 0.003 59 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.006 0.041 0.080 0.216 0.307 0.343 60 K 0.004 0.027 0.186 0.278 0.271 0.139 0.069 0.015 0.006 0.003 0.002 61 E 0.017 0.066 0.743 0.107 0.040 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.006 0.008 0.007 0.029 0.067 0.186 0.413 0.154 0.077 0.038 0.015 63 G 0.686 0.182 0.037 0.052 0.018 0.010 0.008 0.003 0.003 0.002 0.001 64 V 0.013 0.017 0.016 0.039 0.053 0.083 0.160 0.145 0.173 0.157 0.144 65 D 0.285 0.325 0.137 0.140 0.057 0.029 0.015 0.005 0.004 0.002 0.002 66 I 0.029 0.029 0.012 0.046 0.058 0.106 0.210 0.165 0.161 0.110 0.074 67 V 0.064 0.054 0.031 0.098 0.110 0.114 0.145 0.100 0.108 0.089 0.087 68 G 0.060 0.091 0.048 0.146 0.144 0.134 0.143 0.080 0.071 0.047 0.034 69 S 0.048 0.044 0.028 0.082 0.090 0.101 0.154 0.119 0.131 0.115 0.088 70 E 0.048 0.054 0.024 0.086 0.098 0.114 0.183 0.135 0.118 0.082 0.058 71 G 0.090 0.061 0.029 0.086 0.074 0.073 0.116 0.096 0.122 0.117 0.137 72 H 0.069 0.090 0.050 0.182 0.170 0.140 0.132 0.063 0.049 0.031 0.023 73 E 0.270 0.183 0.106 0.187 0.104 0.065 0.043 0.016 0.012 0.007 0.006 74 S 0.155 0.179 0.089 0.209 0.126 0.082 0.078 0.032 0.023 0.014 0.012 75 G 0.140 0.087 0.038 0.130 0.141 0.135 0.149 0.075 0.057 0.031 0.017 76 E 0.049 0.148 0.103 0.335 0.216 0.089 0.041 0.010 0.005 0.002 0.001 77 W 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.033 0.119 0.192 0.240 0.233 0.165 78 V 0.001 0.001 0.002 0.012 0.026 0.058 0.193 0.223 0.223 0.151 0.110 79 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.049 0.104 0.196 0.272 0.364 80 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.044 0.103 0.222 0.319 0.295 81 D 0.002 0.007 0.005 0.034 0.045 0.071 0.175 0.180 0.226 0.154 0.100 82 A 0.004 0.008 0.005 0.032 0.041 0.053 0.114 0.168 0.243 0.201 0.129 83 G 0.011 0.023 0.017 0.149 0.222 0.208 0.198 0.096 0.053 0.018 0.006 84 D 0.008 0.049 0.029 0.193 0.229 0.212 0.172 0.062 0.029 0.012 0.004 85 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.015 0.071 0.177 0.297 0.265 0.160 86 V 0.004 0.004 0.004 0.017 0.030 0.060 0.176 0.185 0.219 0.163 0.137 87 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.042 0.104 0.245 0.333 0.258 88 H 0.001 0.003 0.003 0.018 0.031 0.061 0.200 0.203 0.241 0.153 0.086 89 V 0.002 0.003 0.003 0.006 0.008 0.018 0.071 0.132 0.230 0.262 0.266 90 M 0.003 0.014 0.010 0.051 0.072 0.095 0.189 0.170 0.180 0.142 0.075 91 L 0.011 0.100 0.042 0.184 0.201 0.180 0.161 0.066 0.036 0.014 0.006 92 P 0.491 0.134 0.075 0.160 0.082 0.034 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 93 A 0.522 0.130 0.069 0.124 0.075 0.041 0.025 0.007 0.004 0.001 0.001 94 V 0.027 0.027 0.035 0.057 0.060 0.116 0.257 0.165 0.139 0.080 0.037 95 R 0.011 0.021 0.054 0.148 0.182 0.215 0.193 0.086 0.055 0.025 0.009 96 D 0.082 0.136 0.458 0.130 0.077 0.052 0.038 0.013 0.008 0.004 0.002 97 Y 0.002 0.009 0.033 0.107 0.153 0.198 0.239 0.108 0.084 0.047 0.019 98 Y 0.006 0.014 0.026 0.026 0.026 0.052 0.173 0.174 0.218 0.185 0.100 99 D 0.017 0.058 0.144 0.370 0.246 0.102 0.045 0.011 0.005 0.002 0.001 100 I 0.002 0.009 0.047 0.021 0.019 0.027 0.102 0.157 0.267 0.217 0.130 101 E 0.003 0.006 0.021 0.054 0.096 0.162 0.245 0.162 0.137 0.078 0.036 102 A 0.017 0.050 0.169 0.173 0.142 0.147 0.170 0.069 0.039 0.018 0.006 103 L 0.002 0.013 0.060 0.072 0.083 0.120 0.234 0.166 0.137 0.080 0.032 104 W 0.007 0.012 0.018 0.029 0.031 0.048 0.114 0.134 0.218 0.218 0.172 105 G 0.053 0.098 0.049 0.131 0.135 0.133 0.161 0.095 0.077 0.047 0.021 106 G 0.321 0.166 0.101 0.166 0.092 0.068 0.049 0.020 0.012 0.005 0.002 107 Q 0.458 0.188 0.054 0.106 0.068 0.048 0.039 0.017 0.011 0.006 0.004 108 K 0.228 0.166 0.053 0.118 0.097 0.082 0.086 0.054 0.054 0.039 0.025 109 P 0.279 0.157 0.052 0.107 0.084 0.079 0.081 0.051 0.052 0.036 0.022 110 S 0.149 0.110 0.054 0.127 0.116 0.111 0.121 0.079 0.066 0.041 0.026 111 F 0.066 0.056 0.035 0.091 0.103 0.113 0.164 0.120 0.114 0.083 0.055 112 A 0.147 0.156 0.103 0.192 0.139 0.094 0.075 0.036 0.028 0.017 0.012 113 V 0.035 0.026 0.028 0.056 0.063 0.083 0.156 0.145 0.168 0.140 0.101 114 G 0.249 0.186 0.079 0.142 0.101 0.076 0.071 0.037 0.030 0.019 0.012 115 A 0.166 0.097 0.055 0.107 0.084 0.085 0.124 0.085 0.089 0.065 0.043 116 A 0.208 0.101 0.048 0.097 0.083 0.082 0.113 0.080 0.079 0.061 0.050 117 K 0.162 0.169 0.082 0.165 0.123 0.092 0.086 0.045 0.039 0.024 0.013 118 P 0.226 0.190 0.063 0.117 0.083 0.074 0.078 0.051 0.053 0.038 0.027 119 W 0.145 0.083 0.049 0.100 0.108 0.117 0.139 0.091 0.082 0.055 0.033 120 S 0.302 0.184 0.094 0.142 0.097 0.063 0.057 0.026 0.020 0.010 0.005 121 A 0.207 0.163 0.134 0.204 0.116 0.072 0.053 0.022 0.016 0.008 0.004 122 V 0.085 0.062 0.054 0.087 0.087 0.109 0.167 0.116 0.112 0.074 0.048 123 L 0.040 0.039 0.047 0.070 0.079 0.114 0.193 0.143 0.140 0.087 0.048 124 E 0.149 0.161 0.251 0.192 0.106 0.061 0.045 0.016 0.011 0.006 0.003 125 H 0.172 0.136 0.122 0.150 0.118 0.100 0.096 0.045 0.034 0.019 0.009 126 H 0.152 0.082 0.046 0.085 0.082 0.097 0.138 0.102 0.098 0.072 0.046 127 H 0.272 0.183 0.087 0.130 0.096 0.079 0.072 0.034 0.025 0.014 0.007 128 H 0.294 0.166 0.109 0.117 0.081 0.066 0.066 0.038 0.033 0.020 0.010 129 H 0.431 0.176 0.060 0.102 0.067 0.051 0.045 0.025 0.022 0.013 0.007 130 H 0.452 0.161 0.044 0.096 0.066 0.053 0.049 0.029 0.025 0.015 0.008