# TARGET T0354 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 85.0152 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.013 0.010 0.010 0.002 0.006 0.018 0.001 0.001 0.001 0.906 2 E 0.035 0.007 0.001 0.008 0.004 0.004 0.109 0.002 0.001 0.001 0.828 3 I 0.142 0.028 0.009 0.006 0.001 0.004 0.103 0.001 0.001 0.004 0.703 4 Q 0.009 0.089 0.001 0.009 0.002 0.003 0.116 0.001 0.001 0.001 0.769 5 E 0.040 0.158 0.001 0.002 0.001 0.001 0.201 0.001 0.001 0.003 0.594 6 I 0.037 0.743 0.001 0.001 0.001 0.002 0.063 0.001 0.001 0.002 0.149 7 S 0.010 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.026 8 K 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 9 L 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 10 A 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 I 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 12 E 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 13 A 0.009 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 14 L 0.022 0.960 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 15 E 0.023 0.928 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.030 16 D 0.061 0.838 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.056 17 I 0.207 0.539 0.008 0.001 0.002 0.001 0.002 0.060 0.001 0.001 0.181 18 K 0.254 0.421 0.020 0.007 0.008 0.005 0.032 0.077 0.001 0.003 0.173 19 G 0.068 0.205 0.163 0.017 0.011 0.018 0.029 0.014 0.001 0.002 0.474 20 K 0.030 0.144 0.008 0.058 0.042 0.055 0.122 0.009 0.001 0.003 0.528 21 D 0.204 0.049 0.006 0.045 0.021 0.037 0.080 0.014 0.001 0.014 0.529 22 I 0.256 0.043 0.054 0.230 0.079 0.093 0.041 0.007 0.001 0.011 0.185 23 I 0.014 0.009 0.011 0.404 0.243 0.161 0.072 0.001 0.001 0.002 0.084 24 E 0.007 0.004 0.005 0.243 0.132 0.224 0.033 0.001 0.001 0.002 0.349 25 L 0.002 0.002 0.001 0.446 0.187 0.324 0.015 0.001 0.001 0.001 0.023 26 D 0.007 0.006 0.001 0.223 0.131 0.181 0.115 0.001 0.001 0.003 0.333 27 T 0.012 0.006 0.003 0.260 0.099 0.161 0.066 0.001 0.001 0.007 0.386 28 S 0.012 0.005 0.001 0.101 0.042 0.102 0.435 0.001 0.001 0.013 0.287 29 K 0.100 0.006 0.002 0.031 0.026 0.032 0.319 0.002 0.001 0.047 0.435 30 L 0.179 0.042 0.010 0.026 0.027 0.040 0.295 0.003 0.001 0.029 0.349 31 T 0.088 0.054 0.007 0.023 0.054 0.055 0.209 0.004 0.001 0.023 0.482 32 S 0.068 0.060 0.006 0.009 0.041 0.034 0.144 0.002 0.001 0.010 0.626 33 L 0.052 0.065 0.003 0.016 0.112 0.154 0.175 0.006 0.001 0.017 0.401 34 F 0.074 0.084 0.005 0.042 0.191 0.320 0.116 0.007 0.001 0.020 0.142 35 Q 0.048 0.066 0.005 0.072 0.225 0.277 0.086 0.011 0.001 0.010 0.200 36 R 0.063 0.026 0.015 0.267 0.195 0.303 0.021 0.008 0.001 0.005 0.098 37 M 0.011 0.003 0.007 0.392 0.323 0.214 0.012 0.002 0.001 0.001 0.036 38 I 0.001 0.001 0.004 0.508 0.219 0.212 0.010 0.001 0.001 0.001 0.045 39 V 0.001 0.001 0.001 0.429 0.199 0.337 0.011 0.001 0.001 0.001 0.024 40 A 0.001 0.001 0.001 0.592 0.143 0.204 0.013 0.001 0.001 0.001 0.046 41 T 0.001 0.001 0.001 0.307 0.102 0.182 0.065 0.001 0.001 0.002 0.339 42 G 0.004 0.001 0.001 0.262 0.043 0.094 0.079 0.001 0.001 0.006 0.510 43 D 0.008 0.001 0.001 0.087 0.024 0.058 0.310 0.001 0.001 0.012 0.499 44 S 0.043 0.003 0.001 0.028 0.012 0.019 0.224 0.001 0.001 0.018 0.652 45 N 0.053 0.016 0.001 0.011 0.004 0.007 0.269 0.001 0.001 0.011 0.628 46 R 0.047 0.053 0.001 0.003 0.003 0.003 0.252 0.001 0.001 0.008 0.628 47 Q 0.035 0.176 0.001 0.002 0.002 0.005 0.418 0.001 0.001 0.006 0.354 48 V 0.016 0.794 0.001 0.002 0.004 0.013 0.050 0.001 0.001 0.002 0.117 49 K 0.006 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.031 50 A 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 51 L 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 52 A 0.010 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 53 N 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 54 S 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 55 V 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 56 Q 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 57 V 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 58 K 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 59 L 0.010 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 60 K 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 61 E 0.057 0.907 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.022 62 A 0.109 0.670 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.001 0.001 0.057 63 G 0.519 0.084 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.284 0.001 0.001 0.099 64 V 0.005 0.002 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 65 D 0.003 0.001 0.007 0.127 0.037 0.035 0.102 0.002 0.001 0.001 0.686 66 I 0.016 0.001 0.003 0.045 0.003 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.917 67 V 0.010 0.003 0.001 0.428 0.054 0.106 0.151 0.001 0.001 0.002 0.246 68 G 0.048 0.004 0.001 0.225 0.028 0.038 0.127 0.001 0.001 0.008 0.521 69 S 0.071 0.013 0.001 0.328 0.047 0.086 0.078 0.001 0.001 0.008 0.367 70 E 0.025 0.008 0.001 0.101 0.079 0.129 0.122 0.001 0.001 0.006 0.528 71 G 0.103 0.005 0.001 0.045 0.069 0.074 0.110 0.003 0.001 0.017 0.571 72 H 0.147 0.009 0.019 0.033 0.097 0.134 0.109 0.002 0.001 0.013 0.437 73 E 0.009 0.005 0.001 0.018 0.070 0.069 0.093 0.001 0.001 0.002 0.732 74 S 0.031 0.006 0.001 0.021 0.063 0.100 0.127 0.001 0.001 0.011 0.638 75 G 0.160 0.008 0.002 0.021 0.048 0.065 0.171 0.003 0.001 0.033 0.491 76 E 0.224 0.006 0.013 0.047 0.063 0.064 0.168 0.002 0.001 0.038 0.375 77 W 0.068 0.002 0.025 0.154 0.178 0.179 0.132 0.001 0.001 0.015 0.246 78 V 0.004 0.001 0.003 0.223 0.381 0.305 0.039 0.001 0.001 0.001 0.042 79 L 0.001 0.001 0.001 0.168 0.319 0.421 0.017 0.001 0.001 0.001 0.074 80 V 0.001 0.001 0.001 0.257 0.283 0.430 0.012 0.001 0.001 0.001 0.018 81 D 0.002 0.001 0.001 0.193 0.285 0.329 0.091 0.001 0.001 0.002 0.096 82 A 0.002 0.001 0.001 0.054 0.035 0.051 0.059 0.001 0.001 0.006 0.792 83 G 0.008 0.001 0.001 0.048 0.038 0.053 0.572 0.001 0.001 0.045 0.236 84 D 0.419 0.001 0.004 0.035 0.013 0.015 0.175 0.001 0.001 0.172 0.166 85 V 0.052 0.003 0.025 0.203 0.189 0.136 0.191 0.001 0.001 0.019 0.182 86 V 0.001 0.001 0.002 0.237 0.268 0.377 0.068 0.001 0.001 0.001 0.045 87 V 0.001 0.001 0.001 0.326 0.252 0.391 0.008 0.001 0.001 0.001 0.021 88 H 0.001 0.001 0.001 0.278 0.243 0.454 0.008 0.001 0.001 0.001 0.016 89 V 0.001 0.003 0.001 0.235 0.204 0.428 0.026 0.001 0.001 0.001 0.102 90 M 0.005 0.005 0.001 0.519 0.099 0.238 0.041 0.001 0.001 0.003 0.089 91 L 0.008 0.004 0.002 0.244 0.083 0.166 0.136 0.001 0.001 0.003 0.353 92 P 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.976 93 A 0.005 0.002 0.001 0.010 0.006 0.020 0.244 0.001 0.001 0.003 0.709 94 V 0.333 0.057 0.001 0.008 0.004 0.007 0.082 0.001 0.001 0.007 0.499 95 R 0.134 0.568 0.001 0.010 0.004 0.009 0.042 0.002 0.001 0.003 0.227 96 D 0.125 0.484 0.002 0.002 0.002 0.005 0.033 0.002 0.001 0.001 0.344 97 Y 0.189 0.714 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.078 98 Y 0.074 0.814 0.007 0.001 0.002 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.088 99 D 0.028 0.715 0.008 0.002 0.004 0.005 0.045 0.010 0.001 0.001 0.182 100 I 0.015 0.794 0.006 0.003 0.003 0.006 0.015 0.004 0.001 0.001 0.153 101 E 0.009 0.852 0.002 0.004 0.005 0.011 0.036 0.005 0.001 0.002 0.075 102 A 0.030 0.815 0.001 0.002 0.006 0.010 0.051 0.019 0.001 0.002 0.064 103 L 0.033 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.017 104 W 0.026 0.951 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.012 105 G 0.101 0.733 0.015 0.002 0.004 0.007 0.010 0.043 0.001 0.001 0.086 106 G 0.302 0.291 0.026 0.007 0.004 0.006 0.014 0.144 0.001 0.002 0.205 107 Q 0.386 0.081 0.167 0.014 0.003 0.004 0.023 0.054 0.001 0.005 0.263 108 K 0.065 0.011 0.123 0.027 0.009 0.013 0.077 0.005 0.001 0.003 0.667 109 P 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.985 110 S 0.023 0.002 0.001 0.061 0.012 0.035 0.116 0.001 0.001 0.002 0.748 111 F 0.235 0.012 0.001 0.071 0.022 0.040 0.078 0.001 0.001 0.006 0.533 112 A 0.108 0.053 0.001 0.073 0.026 0.037 0.087 0.001 0.001 0.003 0.610 113 V 0.094 0.046 0.003 0.114 0.036 0.063 0.100 0.001 0.001 0.005 0.538 114 G 0.097 0.041 0.002 0.066 0.031 0.057 0.147 0.003 0.001 0.007 0.550 115 A 0.122 0.042 0.010 0.025 0.019 0.039 0.074 0.003 0.001 0.006 0.660 116 A 0.143 0.049 0.007 0.034 0.025 0.049 0.089 0.008 0.001 0.007 0.590 117 K 0.252 0.030 0.010 0.022 0.019 0.032 0.101 0.004 0.001 0.006 0.523 118 P 0.009 0.003 0.002 0.004 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.969 119 W 0.037 0.012 0.002 0.027 0.025 0.062 0.160 0.001 0.001 0.005 0.669 120 S 0.201 0.029 0.002 0.017 0.011 0.023 0.098 0.002 0.001 0.008 0.609 121 A 0.109 0.109 0.001 0.018 0.016 0.019 0.090 0.002 0.001 0.003 0.633 122 V 0.166 0.111 0.004 0.022 0.022 0.037 0.162 0.002 0.001 0.008 0.465 123 L 0.169 0.183 0.005 0.045 0.042 0.087 0.116 0.005 0.001 0.008 0.339 124 E 0.109 0.231 0.007 0.033 0.043 0.087 0.063 0.007 0.001 0.004 0.415 125 H 0.154 0.152 0.005 0.012 0.026 0.038 0.038 0.008 0.001 0.002 0.564 126 H 0.184 0.123 0.006 0.018 0.029 0.036 0.042 0.011 0.001 0.003 0.547 127 H 0.101 0.060 0.009 0.014 0.019 0.034 0.099 0.007 0.001 0.005 0.652 128 H 0.104 0.033 0.008 0.010 0.011 0.020 0.123 0.005 0.001 0.006 0.679 129 H 0.204 0.033 0.006 0.012 0.010 0.014 0.101 0.004 0.001 0.007 0.610 130 H 0.148 0.031 0.008 0.013 0.011 0.014 0.138 0.002 0.001 0.008 0.629