# TARGET T0354 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 85.0152 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.279 0.099 0.018 0.138 0.016 0.046 0.223 0.079 0.039 0.021 2 E 0.089 0.245 0.088 0.006 0.144 0.005 0.016 0.254 0.055 0.061 0.038 3 I 0.011 0.026 0.009 0.002 0.019 0.003 0.004 0.736 0.155 0.028 0.006 4 Q 0.002 0.009 0.004 0.002 0.005 0.005 0.008 0.888 0.071 0.005 0.001 5 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.946 0.032 0.008 0.002 6 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.034 0.004 0.001 7 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.025 0.001 0.001 8 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.047 0.004 0.001 11 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.059 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.943 0.029 0.002 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.881 0.078 0.024 0.001 14 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.784 0.182 0.018 0.002 15 E 0.001 0.008 0.003 0.002 0.002 0.012 0.057 0.741 0.167 0.007 0.001 16 D 0.006 0.004 0.002 0.002 0.006 0.005 0.082 0.488 0.212 0.184 0.010 17 I 0.064 0.344 0.149 0.012 0.215 0.010 0.028 0.052 0.043 0.059 0.024 18 K 0.148 0.061 0.022 0.016 0.084 0.012 0.025 0.052 0.060 0.293 0.227 19 G 0.305 0.087 0.057 0.016 0.262 0.011 0.012 0.018 0.031 0.069 0.132 20 K 0.011 0.076 0.025 0.050 0.072 0.178 0.307 0.201 0.061 0.014 0.005 21 D 0.427 0.054 0.006 0.001 0.394 0.001 0.002 0.005 0.005 0.034 0.071 22 I 0.386 0.052 0.002 0.002 0.511 0.002 0.002 0.003 0.003 0.004 0.032 23 I 0.106 0.070 0.005 0.004 0.785 0.005 0.007 0.007 0.002 0.002 0.007 24 E 0.328 0.037 0.002 0.001 0.594 0.001 0.002 0.004 0.001 0.005 0.027 25 L 0.181 0.160 0.017 0.005 0.563 0.006 0.004 0.005 0.001 0.011 0.047 26 D 0.476 0.019 0.002 0.001 0.353 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.144 27 T 0.078 0.068 0.014 0.005 0.109 0.002 0.002 0.064 0.254 0.324 0.080 28 S 0.003 0.024 0.015 0.022 0.010 0.086 0.228 0.423 0.168 0.020 0.002 29 K 0.045 0.044 0.026 0.010 0.051 0.007 0.033 0.296 0.176 0.269 0.044 30 L 0.086 0.054 0.013 0.011 0.116 0.024 0.069 0.270 0.187 0.118 0.052 31 T 0.043 0.114 0.045 0.031 0.102 0.028 0.034 0.318 0.178 0.074 0.033 32 S 0.117 0.083 0.052 0.013 0.168 0.012 0.046 0.305 0.126 0.049 0.029 33 L 0.105 0.047 0.018 0.015 0.099 0.037 0.128 0.278 0.127 0.101 0.045 34 F 0.183 0.137 0.029 0.017 0.417 0.015 0.019 0.050 0.028 0.053 0.051 35 Q 0.082 0.011 0.002 0.026 0.078 0.097 0.344 0.279 0.038 0.023 0.019 36 R 0.247 0.056 0.005 0.007 0.628 0.004 0.008 0.015 0.005 0.008 0.018 37 M 0.154 0.032 0.001 0.001 0.806 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 38 I 0.268 0.020 0.001 0.001 0.677 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.028 39 V 0.349 0.035 0.004 0.002 0.361 0.003 0.007 0.011 0.002 0.040 0.185 40 A 0.238 0.071 0.027 0.009 0.218 0.010 0.028 0.021 0.019 0.173 0.186 41 T 0.132 0.212 0.083 0.022 0.287 0.011 0.015 0.033 0.031 0.105 0.069 42 G 0.047 0.123 0.106 0.061 0.083 0.078 0.060 0.127 0.126 0.142 0.047 43 D 0.175 0.063 0.038 0.014 0.191 0.021 0.030 0.029 0.030 0.212 0.196 44 S 0.051 0.246 0.103 0.013 0.202 0.004 0.005 0.177 0.086 0.087 0.027 45 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.782 0.186 0.020 0.001 46 R 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.008 0.926 0.045 0.008 0.001 47 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.018 0.003 0.001 48 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.042 0.002 0.001 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.036 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.977 0.018 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.930 0.057 0.009 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.037 0.001 0.001 53 N 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.932 0.038 0.003 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.939 0.032 0.023 0.001 55 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.051 0.010 0.001 56 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.030 0.001 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.010 0.001 0.001 58 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.012 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.028 0.003 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.880 0.108 0.003 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.072 0.845 0.070 0.007 0.001 62 A 0.001 0.650 0.311 0.005 0.026 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 63 G 0.049 0.003 0.003 0.003 0.004 0.002 0.002 0.008 0.009 0.460 0.458 64 V 0.107 0.418 0.063 0.005 0.316 0.005 0.008 0.021 0.011 0.018 0.030 65 D 0.137 0.272 0.064 0.009 0.421 0.005 0.005 0.029 0.014 0.015 0.030 66 I 0.222 0.192 0.078 0.009 0.303 0.009 0.016 0.077 0.038 0.022 0.034 67 V 0.089 0.116 0.035 0.062 0.131 0.095 0.175 0.163 0.052 0.042 0.039 68 G 0.106 0.115 0.100 0.101 0.128 0.034 0.029 0.072 0.052 0.162 0.102 69 S 0.148 0.118 0.067 0.026 0.212 0.043 0.078 0.123 0.068 0.071 0.045 70 E 0.098 0.217 0.100 0.073 0.160 0.056 0.054 0.067 0.042 0.079 0.055 71 G 0.063 0.124 0.136 0.220 0.100 0.063 0.017 0.033 0.035 0.156 0.052 72 H 0.147 0.165 0.118 0.045 0.149 0.024 0.027 0.120 0.080 0.070 0.055 73 E 0.081 0.058 0.100 0.089 0.059 0.071 0.072 0.166 0.127 0.110 0.068 74 S 0.025 0.200 0.116 0.190 0.079 0.090 0.135 0.079 0.040 0.030 0.016 75 G 0.044 0.042 0.032 0.038 0.039 0.020 0.011 0.032 0.061 0.540 0.140 76 E 0.140 0.208 0.044 0.015 0.444 0.008 0.015 0.026 0.025 0.050 0.025 77 W 0.312 0.055 0.003 0.001 0.615 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 78 V 0.121 0.061 0.003 0.001 0.808 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 79 L 0.411 0.018 0.001 0.001 0.539 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 80 V 0.283 0.131 0.018 0.006 0.455 0.005 0.006 0.004 0.001 0.012 0.079 81 D 0.387 0.099 0.057 0.007 0.356 0.004 0.005 0.003 0.001 0.008 0.073 82 A 0.065 0.051 0.026 0.094 0.056 0.118 0.124 0.095 0.163 0.137 0.073 83 G 0.012 0.045 0.068 0.358 0.029 0.179 0.065 0.050 0.077 0.104 0.014 84 D 0.103 0.055 0.014 0.048 0.165 0.057 0.133 0.157 0.111 0.123 0.035 85 V 0.251 0.076 0.006 0.003 0.628 0.002 0.004 0.005 0.003 0.003 0.019 86 V 0.225 0.028 0.001 0.001 0.728 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 87 V 0.266 0.050 0.003 0.002 0.648 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.021 88 H 0.272 0.076 0.010 0.003 0.481 0.006 0.013 0.019 0.004 0.019 0.097 89 V 0.242 0.105 0.020 0.004 0.259 0.005 0.030 0.044 0.024 0.087 0.179 90 M 0.054 0.377 0.171 0.022 0.182 0.006 0.015 0.028 0.035 0.081 0.029 91 L 0.019 0.474 0.319 0.017 0.099 0.003 0.003 0.030 0.021 0.009 0.006 92 P 0.004 0.033 0.017 0.006 0.016 0.015 0.051 0.617 0.235 0.003 0.002 93 A 0.010 0.009 0.006 0.003 0.011 0.007 0.048 0.705 0.137 0.050 0.014 94 V 0.005 0.007 0.002 0.003 0.007 0.008 0.019 0.633 0.214 0.098 0.004 95 R 0.008 0.023 0.006 0.003 0.016 0.004 0.011 0.749 0.155 0.021 0.005 96 D 0.005 0.007 0.005 0.002 0.006 0.006 0.050 0.825 0.076 0.014 0.003 97 Y 0.005 0.010 0.003 0.002 0.012 0.005 0.034 0.841 0.057 0.027 0.003 98 Y 0.027 0.072 0.010 0.004 0.075 0.007 0.011 0.652 0.073 0.052 0.015 99 D 0.058 0.030 0.009 0.001 0.052 0.001 0.006 0.733 0.059 0.027 0.024 100 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.834 0.141 0.013 0.002 101 E 0.002 0.008 0.002 0.002 0.006 0.004 0.020 0.784 0.157 0.013 0.001 102 A 0.006 0.008 0.003 0.002 0.008 0.006 0.055 0.768 0.119 0.022 0.003 103 L 0.007 0.011 0.014 0.010 0.009 0.022 0.153 0.600 0.115 0.051 0.008 104 W 0.039 0.044 0.025 0.021 0.041 0.042 0.128 0.287 0.128 0.197 0.048 105 G 0.017 0.285 0.162 0.121 0.069 0.067 0.058 0.081 0.047 0.078 0.014 106 G 0.037 0.051 0.056 0.096 0.041 0.050 0.056 0.077 0.074 0.360 0.101 107 Q 0.071 0.151 0.170 0.060 0.120 0.024 0.060 0.061 0.060 0.156 0.068 108 K 0.034 0.425 0.213 0.032 0.166 0.013 0.027 0.049 0.020 0.010 0.010 109 P 0.094 0.289 0.066 0.010 0.261 0.011 0.032 0.090 0.072 0.045 0.032 110 S 0.173 0.118 0.034 0.010 0.253 0.019 0.045 0.110 0.100 0.080 0.056 111 F 0.089 0.303 0.084 0.010 0.318 0.009 0.019 0.078 0.038 0.031 0.023 112 A 0.274 0.131 0.034 0.005 0.368 0.008 0.023 0.053 0.015 0.034 0.055 113 V 0.128 0.215 0.069 0.031 0.211 0.019 0.031 0.093 0.057 0.083 0.064 114 G 0.065 0.139 0.138 0.089 0.113 0.043 0.031 0.090 0.080 0.148 0.065 115 A 0.039 0.230 0.104 0.025 0.131 0.016 0.031 0.192 0.134 0.082 0.016 116 A 0.134 0.115 0.065 0.017 0.164 0.017 0.049 0.107 0.088 0.159 0.084 117 K 0.025 0.330 0.380 0.037 0.102 0.012 0.030 0.050 0.016 0.009 0.008 118 P 0.056 0.406 0.167 0.012 0.159 0.007 0.016 0.097 0.033 0.025 0.021 119 W 0.061 0.110 0.042 0.012 0.091 0.019 0.028 0.230 0.205 0.163 0.041 120 S 0.029 0.111 0.063 0.027 0.072 0.024 0.034 0.436 0.142 0.046 0.017 121 A 0.037 0.040 0.019 0.005 0.054 0.005 0.023 0.544 0.164 0.085 0.025 122 V 0.021 0.037 0.017 0.005 0.033 0.007 0.029 0.641 0.153 0.050 0.009 123 L 0.035 0.062 0.019 0.006 0.060 0.005 0.015 0.558 0.164 0.059 0.018 124 E 0.018 0.051 0.031 0.015 0.035 0.025 0.072 0.535 0.173 0.035 0.009 125 H 0.032 0.055 0.044 0.016 0.051 0.020 0.087 0.415 0.148 0.109 0.024 126 H 0.058 0.086 0.033 0.018 0.082 0.029 0.080 0.299 0.146 0.128 0.040 127 H 0.072 0.069 0.029 0.020 0.084 0.025 0.052 0.189 0.155 0.235 0.070 128 H 0.075 0.124 0.051 0.023 0.151 0.020 0.051 0.173 0.132 0.152 0.050 129 H 0.059 0.075 0.041 0.020 0.082 0.020 0.051 0.204 0.183 0.208 0.058 130 H 0.062 0.163 0.079 0.025 0.124 0.021 0.056 0.200 0.118 0.114 0.038