# TARGET T0354 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 85.0152 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.835 0.127 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 2 E 0.666 0.214 0.080 0.031 0.008 0.001 0.001 3 I 0.236 0.231 0.261 0.185 0.071 0.014 0.001 4 Q 0.568 0.271 0.104 0.041 0.013 0.003 0.001 5 E 0.322 0.389 0.188 0.073 0.024 0.005 0.001 6 I 0.030 0.059 0.142 0.316 0.332 0.117 0.004 7 S 0.033 0.105 0.219 0.318 0.244 0.077 0.005 8 K 0.178 0.465 0.270 0.074 0.012 0.002 0.001 9 L 0.033 0.061 0.230 0.431 0.214 0.031 0.001 10 A 0.044 0.018 0.010 0.031 0.194 0.616 0.086 11 I 0.030 0.057 0.189 0.369 0.275 0.078 0.002 12 E 0.133 0.427 0.294 0.120 0.022 0.003 0.001 13 A 0.041 0.092 0.195 0.345 0.243 0.079 0.004 14 L 0.021 0.027 0.060 0.209 0.392 0.277 0.014 15 E 0.217 0.406 0.257 0.091 0.024 0.005 0.001 16 D 0.516 0.285 0.118 0.057 0.018 0.004 0.001 17 I 0.185 0.305 0.261 0.170 0.060 0.018 0.002 18 K 0.115 0.244 0.255 0.229 0.116 0.039 0.003 19 G 0.045 0.082 0.151 0.273 0.304 0.131 0.014 20 K 0.211 0.370 0.239 0.124 0.041 0.013 0.003 21 D 0.084 0.173 0.266 0.259 0.150 0.061 0.007 22 I 0.036 0.057 0.079 0.167 0.303 0.302 0.055 23 I 0.047 0.107 0.168 0.251 0.236 0.158 0.033 24 E 0.055 0.171 0.258 0.250 0.154 0.094 0.017 25 L 0.023 0.028 0.045 0.128 0.284 0.387 0.105 26 D 0.069 0.180 0.281 0.265 0.138 0.060 0.008 27 T 0.069 0.107 0.144 0.252 0.273 0.139 0.016 28 S 0.263 0.345 0.213 0.126 0.042 0.010 0.002 29 K 0.366 0.384 0.163 0.064 0.017 0.005 0.001 30 L 0.106 0.169 0.232 0.257 0.166 0.064 0.006 31 T 0.112 0.177 0.209 0.238 0.178 0.079 0.009 32 S 0.102 0.235 0.255 0.204 0.127 0.066 0.011 33 L 0.009 0.024 0.054 0.171 0.335 0.335 0.072 34 F 0.006 0.032 0.068 0.141 0.281 0.366 0.107 35 Q 0.006 0.028 0.082 0.229 0.315 0.253 0.086 36 R 0.001 0.006 0.025 0.072 0.183 0.418 0.296 37 M 0.001 0.001 0.002 0.012 0.062 0.385 0.538 38 I 0.001 0.001 0.004 0.017 0.068 0.338 0.572 39 V 0.001 0.001 0.003 0.007 0.029 0.248 0.711 40 A 0.001 0.001 0.003 0.010 0.057 0.311 0.617 41 T 0.002 0.016 0.051 0.145 0.258 0.370 0.159 42 G 0.007 0.024 0.051 0.147 0.329 0.318 0.123 43 D 0.052 0.256 0.308 0.243 0.094 0.040 0.008 44 S 0.032 0.094 0.177 0.283 0.270 0.131 0.013 45 N 0.182 0.332 0.255 0.153 0.057 0.018 0.003 46 R 0.083 0.279 0.265 0.194 0.118 0.054 0.008 47 Q 0.006 0.032 0.084 0.209 0.325 0.301 0.042 48 V 0.001 0.009 0.039 0.162 0.388 0.360 0.040 49 K 0.035 0.280 0.424 0.209 0.044 0.008 0.001 50 A 0.025 0.164 0.313 0.315 0.146 0.035 0.002 51 L 0.004 0.007 0.009 0.037 0.223 0.616 0.103 52 A 0.002 0.013 0.068 0.248 0.429 0.231 0.009 53 N 0.044 0.350 0.397 0.164 0.036 0.008 0.001 54 S 0.010 0.072 0.277 0.414 0.191 0.036 0.001 55 V 0.001 0.004 0.011 0.074 0.339 0.534 0.037 56 Q 0.012 0.113 0.327 0.350 0.165 0.031 0.001 57 V 0.271 0.570 0.131 0.024 0.003 0.001 0.001 58 K 0.035 0.193 0.392 0.322 0.054 0.005 0.001 59 L 0.020 0.055 0.141 0.403 0.343 0.038 0.001 60 K 0.220 0.505 0.210 0.057 0.007 0.001 0.001 61 E 0.748 0.214 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 62 A 0.370 0.358 0.197 0.066 0.008 0.001 0.001 63 G 0.604 0.290 0.079 0.023 0.004 0.001 0.001 64 V 0.064 0.149 0.283 0.343 0.143 0.017 0.001 65 D 0.350 0.399 0.173 0.060 0.016 0.002 0.001 66 I 0.066 0.117 0.216 0.300 0.227 0.071 0.003 67 V 0.103 0.169 0.232 0.250 0.174 0.068 0.004 68 G 0.200 0.234 0.219 0.184 0.113 0.045 0.005 69 S 0.138 0.164 0.197 0.238 0.172 0.082 0.009 70 E 0.089 0.168 0.198 0.237 0.188 0.104 0.015 71 G 0.134 0.217 0.226 0.231 0.128 0.055 0.008 72 H 0.224 0.315 0.238 0.153 0.055 0.013 0.001 73 E 0.581 0.250 0.097 0.049 0.018 0.004 0.001 74 S 0.594 0.283 0.084 0.029 0.008 0.002 0.001 75 G 0.141 0.281 0.290 0.211 0.066 0.010 0.001 76 E 0.090 0.254 0.309 0.235 0.093 0.017 0.001 77 W 0.004 0.013 0.034 0.111 0.326 0.450 0.062 78 V 0.001 0.006 0.031 0.115 0.268 0.440 0.139 79 L 0.002 0.006 0.012 0.031 0.104 0.425 0.421 80 V 0.003 0.008 0.015 0.039 0.111 0.364 0.461 81 D 0.003 0.008 0.020 0.064 0.191 0.434 0.280 82 A 0.008 0.024 0.053 0.118 0.230 0.338 0.229 83 G 0.021 0.086 0.144 0.230 0.244 0.193 0.082 84 D 0.021 0.059 0.136 0.245 0.269 0.192 0.078 85 V 0.005 0.010 0.022 0.055 0.143 0.467 0.297 86 V 0.011 0.015 0.040 0.098 0.162 0.372 0.302 87 V 0.011 0.020 0.023 0.036 0.100 0.382 0.429 88 H 0.019 0.028 0.043 0.123 0.243 0.356 0.189 89 V 0.016 0.030 0.059 0.130 0.266 0.391 0.108 90 M 0.035 0.067 0.148 0.276 0.269 0.183 0.021 91 L 0.102 0.266 0.276 0.226 0.104 0.024 0.002 92 P 0.497 0.318 0.128 0.044 0.011 0.002 0.001 93 A 0.593 0.264 0.084 0.039 0.014 0.005 0.001 94 V 0.170 0.190 0.220 0.243 0.127 0.047 0.003 95 R 0.190 0.190 0.222 0.228 0.129 0.038 0.003 96 D 0.327 0.403 0.182 0.067 0.017 0.004 0.001 97 Y 0.066 0.120 0.187 0.260 0.230 0.123 0.013 98 Y 0.039 0.069 0.147 0.267 0.288 0.172 0.019 99 D 0.134 0.272 0.261 0.179 0.098 0.047 0.008 100 I 0.049 0.054 0.092 0.192 0.282 0.284 0.045 101 E 0.062 0.100 0.145 0.217 0.245 0.202 0.029 102 A 0.171 0.253 0.211 0.175 0.113 0.064 0.013 103 L 0.060 0.107 0.193 0.294 0.224 0.109 0.013 104 W 0.036 0.056 0.102 0.217 0.305 0.252 0.033 105 G 0.147 0.196 0.242 0.233 0.135 0.043 0.004 106 G 0.549 0.292 0.105 0.041 0.010 0.002 0.001 107 Q 0.555 0.262 0.115 0.051 0.013 0.003 0.001 108 K 0.439 0.293 0.157 0.080 0.025 0.006 0.001 109 P 0.457 0.283 0.150 0.078 0.026 0.005 0.001 110 S 0.363 0.252 0.184 0.132 0.057 0.013 0.001 111 F 0.273 0.202 0.207 0.189 0.101 0.027 0.002 112 A 0.441 0.315 0.144 0.068 0.024 0.007 0.001 113 V 0.166 0.169 0.210 0.240 0.154 0.057 0.004 114 G 0.458 0.270 0.139 0.082 0.037 0.013 0.002 115 A 0.325 0.236 0.182 0.146 0.078 0.030 0.003 116 A 0.310 0.244 0.191 0.149 0.074 0.028 0.003 117 K 0.344 0.287 0.193 0.115 0.046 0.012 0.002 118 P 0.347 0.270 0.185 0.119 0.056 0.020 0.002 119 W 0.181 0.185 0.204 0.221 0.148 0.057 0.005 120 S 0.364 0.284 0.185 0.109 0.043 0.014 0.002 121 A 0.452 0.297 0.144 0.074 0.026 0.006 0.001 122 V 0.205 0.197 0.214 0.221 0.123 0.038 0.002 123 L 0.230 0.180 0.203 0.217 0.133 0.036 0.001 124 E 0.557 0.265 0.118 0.047 0.011 0.002 0.001 125 H 0.550 0.259 0.119 0.055 0.014 0.002 0.001 126 H 0.433 0.237 0.173 0.110 0.038 0.009 0.001 127 H 0.737 0.173 0.058 0.024 0.007 0.002 0.001 128 H 0.823 0.125 0.036 0.013 0.003 0.001 0.001 129 H 0.857 0.107 0.026 0.008 0.002 0.001 0.001 130 H 0.825 0.132 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001