# TARGET T0354 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.2997 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.003 0.001 0.005 0.053 0.936 2 E 0.006 0.006 0.001 0.030 0.033 0.925 3 I 0.002 0.002 0.006 0.890 0.014 0.087 4 Q 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 5 E 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 6 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 7 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 8 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 11 I 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.006 0.989 0.004 0.001 13 A 0.001 0.001 0.008 0.972 0.010 0.009 14 L 0.001 0.002 0.024 0.911 0.039 0.023 15 E 0.004 0.002 0.069 0.695 0.154 0.078 16 D 0.009 0.002 0.077 0.464 0.255 0.192 17 I 0.046 0.022 0.044 0.261 0.245 0.382 18 K 0.056 0.015 0.026 0.110 0.145 0.648 19 G 0.062 0.009 0.263 0.116 0.215 0.335 20 K 0.141 0.003 0.266 0.035 0.311 0.244 21 D 0.370 0.005 0.148 0.017 0.237 0.223 22 I 0.705 0.009 0.017 0.009 0.084 0.177 23 I 0.896 0.002 0.003 0.003 0.027 0.069 24 E 0.980 0.002 0.001 0.001 0.004 0.013 25 L 0.950 0.008 0.001 0.003 0.005 0.034 26 D 0.775 0.009 0.002 0.008 0.052 0.155 27 T 0.183 0.004 0.064 0.101 0.416 0.231 28 S 0.041 0.002 0.110 0.109 0.618 0.120 29 K 0.028 0.005 0.142 0.191 0.572 0.062 30 L 0.075 0.025 0.076 0.308 0.323 0.192 31 T 0.154 0.030 0.075 0.263 0.225 0.254 32 S 0.161 0.010 0.120 0.381 0.177 0.151 33 L 0.318 0.016 0.109 0.221 0.173 0.162 34 F 0.395 0.012 0.077 0.164 0.206 0.147 35 Q 0.387 0.003 0.041 0.099 0.273 0.196 36 R 0.740 0.003 0.014 0.058 0.093 0.091 37 M 0.938 0.002 0.003 0.021 0.016 0.020 38 I 0.974 0.001 0.002 0.012 0.004 0.007 39 V 0.959 0.001 0.002 0.019 0.006 0.014 40 A 0.891 0.003 0.002 0.013 0.020 0.070 41 T 0.516 0.010 0.003 0.012 0.120 0.339 42 G 0.115 0.016 0.007 0.008 0.252 0.601 43 D 0.038 0.013 0.007 0.019 0.380 0.543 44 S 0.016 0.006 0.028 0.405 0.256 0.289 45 N 0.002 0.001 0.011 0.954 0.022 0.011 46 R 0.001 0.001 0.011 0.973 0.011 0.003 47 Q 0.001 0.001 0.005 0.984 0.005 0.005 48 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 49 K 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 51 L 0.001 0.001 0.005 0.992 0.002 0.001 52 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 53 N 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 54 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 55 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 56 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 58 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 60 K 0.001 0.001 0.006 0.990 0.002 0.002 61 E 0.001 0.001 0.009 0.982 0.004 0.004 62 A 0.001 0.001 0.010 0.938 0.013 0.039 63 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.961 64 V 0.024 0.015 0.003 0.003 0.074 0.881 65 D 0.172 0.022 0.008 0.004 0.133 0.661 66 I 0.336 0.019 0.029 0.010 0.200 0.406 67 V 0.467 0.010 0.027 0.009 0.190 0.296 68 G 0.580 0.007 0.024 0.011 0.159 0.219 69 S 0.620 0.012 0.013 0.026 0.186 0.143 70 E 0.578 0.014 0.010 0.022 0.205 0.171 71 G 0.521 0.029 0.009 0.015 0.245 0.181 72 H 0.434 0.035 0.028 0.012 0.434 0.057 73 E 0.343 0.013 0.065 0.014 0.504 0.061 74 S 0.161 0.011 0.037 0.010 0.707 0.075 75 G 0.240 0.004 0.005 0.001 0.614 0.136 76 E 0.693 0.004 0.001 0.001 0.085 0.217 77 W 0.983 0.003 0.001 0.001 0.005 0.009 78 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 79 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 V 0.963 0.002 0.001 0.001 0.006 0.027 81 D 0.677 0.002 0.008 0.002 0.230 0.082 82 A 0.149 0.005 0.013 0.005 0.672 0.157 83 G 0.029 0.002 0.011 0.004 0.857 0.097 84 D 0.343 0.011 0.004 0.005 0.567 0.069 85 V 0.940 0.008 0.001 0.004 0.022 0.025 86 V 0.981 0.003 0.001 0.006 0.005 0.003 87 V 0.976 0.001 0.003 0.012 0.005 0.003 88 H 0.847 0.002 0.007 0.088 0.022 0.034 89 V 0.377 0.004 0.016 0.048 0.089 0.467 90 M 0.144 0.029 0.016 0.075 0.114 0.621 91 L 0.094 0.012 0.018 0.040 0.229 0.607 92 P 0.034 0.004 0.127 0.313 0.341 0.180 93 A 0.037 0.007 0.207 0.275 0.350 0.124 94 V 0.059 0.014 0.233 0.355 0.270 0.069 95 R 0.100 0.014 0.170 0.285 0.290 0.141 96 D 0.087 0.004 0.144 0.216 0.322 0.227 97 Y 0.189 0.011 0.144 0.257 0.188 0.210 98 Y 0.205 0.040 0.014 0.132 0.129 0.480 99 D 0.102 0.017 0.009 0.107 0.061 0.704 100 I 0.001 0.001 0.029 0.961 0.004 0.006 101 E 0.002 0.001 0.067 0.918 0.009 0.005 102 A 0.002 0.001 0.057 0.929 0.010 0.002 103 L 0.005 0.002 0.038 0.909 0.029 0.018 104 W 0.003 0.003 0.024 0.872 0.064 0.034 105 G 0.003 0.002 0.043 0.660 0.163 0.128 106 G 0.004 0.004 0.023 0.156 0.317 0.496 107 Q 0.004 0.006 0.019 0.049 0.293 0.629 108 K 0.008 0.007 0.015 0.017 0.285 0.669 109 P 0.015 0.011 0.071 0.063 0.337 0.503 110 S 0.041 0.019 0.138 0.117 0.304 0.381 111 F 0.096 0.027 0.154 0.157 0.253 0.313 112 A 0.113 0.025 0.125 0.156 0.231 0.350 113 V 0.096 0.018 0.111 0.194 0.256 0.325 114 G 0.078 0.014 0.090 0.111 0.343 0.364 115 A 0.073 0.015 0.051 0.066 0.319 0.476 116 A 0.070 0.023 0.026 0.049 0.222 0.610 117 K 0.038 0.016 0.015 0.029 0.272 0.630 118 P 0.021 0.011 0.055 0.068 0.324 0.520 119 W 0.027 0.010 0.174 0.164 0.311 0.314 120 S 0.046 0.009 0.201 0.216 0.330 0.197 121 A 0.063 0.012 0.177 0.249 0.276 0.223 122 V 0.118 0.031 0.093 0.258 0.214 0.287 123 L 0.150 0.031 0.084 0.217 0.234 0.284 124 E 0.145 0.019 0.077 0.175 0.277 0.307 125 H 0.107 0.027 0.072 0.213 0.283 0.297 126 H 0.059 0.017 0.070 0.112 0.416 0.326 127 H 0.046 0.012 0.062 0.067 0.433 0.380 128 H 0.032 0.015 0.043 0.069 0.346 0.494 129 H 0.029 0.021 0.014 0.047 0.206 0.683 130 H 0.013 0.005 0.001 0.007 0.059 0.914