# TARGET T0354 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.2997 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.309 0.003 0.015 0.044 0.023 0.084 0.011 0.001 0.055 0.409 2 E 0.025 0.755 0.001 0.003 0.003 0.006 0.025 0.007 0.001 0.011 0.164 3 I 0.028 0.545 0.002 0.005 0.002 0.003 0.014 0.003 0.001 0.295 0.102 4 Q 0.006 0.779 0.004 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.150 0.045 5 E 0.015 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.047 0.032 6 I 0.003 0.906 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.062 0.020 7 S 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.009 8 K 0.001 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.007 9 L 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 10 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 11 I 0.011 0.839 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.127 0.014 12 E 0.010 0.707 0.015 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.006 0.205 0.039 13 A 0.112 0.586 0.051 0.001 0.001 0.001 0.022 0.038 0.019 0.082 0.086 14 L 0.223 0.298 0.036 0.003 0.001 0.002 0.033 0.025 0.029 0.103 0.244 15 E 0.049 0.232 0.006 0.002 0.001 0.003 0.086 0.002 0.008 0.025 0.586 16 D 0.086 0.056 0.031 0.002 0.001 0.003 0.052 0.007 0.017 0.030 0.713 17 I 0.318 0.013 0.005 0.003 0.002 0.004 0.077 0.014 0.003 0.078 0.482 18 K 0.086 0.003 0.001 0.008 0.003 0.011 0.089 0.001 0.001 0.033 0.763 19 G 0.012 0.005 0.003 0.044 0.002 0.012 0.107 0.001 0.001 0.022 0.792 20 K 0.003 0.003 0.001 0.054 0.088 0.090 0.164 0.002 0.001 0.090 0.506 21 D 0.002 0.002 0.001 0.290 0.129 0.201 0.064 0.001 0.001 0.129 0.183 22 I 0.001 0.002 0.001 0.282 0.109 0.227 0.046 0.001 0.001 0.071 0.262 23 I 0.001 0.001 0.001 0.383 0.221 0.262 0.015 0.001 0.001 0.048 0.069 24 E 0.002 0.001 0.001 0.296 0.167 0.237 0.033 0.001 0.001 0.098 0.165 25 L 0.002 0.001 0.001 0.261 0.227 0.247 0.045 0.001 0.001 0.049 0.167 26 D 0.172 0.007 0.002 0.113 0.075 0.134 0.096 0.008 0.004 0.085 0.304 27 T 0.326 0.008 0.003 0.034 0.019 0.028 0.096 0.006 0.002 0.095 0.383 28 S 0.038 0.005 0.001 0.019 0.018 0.040 0.110 0.003 0.001 0.055 0.708 29 K 0.047 0.019 0.002 0.018 0.024 0.042 0.130 0.004 0.001 0.049 0.663 30 L 0.068 0.014 0.003 0.016 0.076 0.067 0.141 0.011 0.001 0.089 0.514 31 T 0.077 0.018 0.003 0.025 0.047 0.061 0.121 0.004 0.001 0.078 0.564 32 S 0.059 0.008 0.003 0.041 0.050 0.104 0.133 0.004 0.002 0.082 0.514 33 L 0.039 0.008 0.003 0.062 0.049 0.072 0.163 0.003 0.001 0.059 0.541 34 F 0.015 0.003 0.001 0.122 0.060 0.064 0.161 0.002 0.001 0.042 0.528 35 Q 0.003 0.003 0.001 0.325 0.078 0.079 0.099 0.001 0.001 0.057 0.354 36 R 0.001 0.001 0.001 0.557 0.083 0.094 0.045 0.001 0.001 0.081 0.138 37 M 0.001 0.001 0.001 0.777 0.054 0.048 0.016 0.001 0.001 0.044 0.060 38 I 0.001 0.001 0.001 0.824 0.059 0.052 0.007 0.001 0.001 0.032 0.026 39 V 0.001 0.001 0.001 0.794 0.039 0.052 0.016 0.001 0.001 0.032 0.065 40 A 0.003 0.001 0.001 0.712 0.041 0.086 0.030 0.001 0.001 0.042 0.084 41 T 0.040 0.004 0.001 0.265 0.035 0.119 0.127 0.001 0.002 0.152 0.253 42 G 0.061 0.021 0.002 0.115 0.038 0.063 0.177 0.002 0.003 0.101 0.417 43 D 0.070 0.160 0.002 0.014 0.014 0.024 0.158 0.009 0.002 0.083 0.465 44 S 0.041 0.659 0.001 0.003 0.004 0.005 0.045 0.007 0.001 0.058 0.177 45 N 0.010 0.908 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.017 0.049 46 R 0.004 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.011 0.017 47 Q 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 48 V 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 49 K 0.003 0.528 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.455 0.007 50 A 0.003 0.295 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.683 0.009 51 L 0.006 0.622 0.008 0.002 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.322 0.028 52 A 0.003 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.025 0.018 53 N 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.022 54 S 0.002 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 0.018 55 V 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 56 Q 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 57 V 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.013 58 K 0.003 0.895 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.060 0.020 59 L 0.009 0.021 0.574 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.336 0.043 0.008 60 K 0.875 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.004 0.019 0.064 61 E 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.015 0.885 62 A 0.008 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.007 0.921 63 G 0.002 0.001 0.001 0.010 0.009 0.024 0.106 0.002 0.001 0.030 0.815 64 V 0.010 0.001 0.001 0.006 0.011 0.006 0.077 0.001 0.001 0.029 0.857 65 D 0.059 0.007 0.001 0.187 0.035 0.040 0.106 0.004 0.001 0.108 0.454 66 I 0.027 0.006 0.001 0.055 0.009 0.019 0.107 0.002 0.001 0.062 0.713 67 V 0.016 0.004 0.001 0.200 0.031 0.050 0.143 0.005 0.001 0.042 0.508 68 G 0.032 0.003 0.001 0.195 0.038 0.071 0.093 0.007 0.001 0.080 0.479 69 S 0.058 0.004 0.001 0.151 0.033 0.060 0.096 0.002 0.001 0.064 0.531 70 E 0.015 0.002 0.001 0.085 0.041 0.088 0.127 0.001 0.001 0.034 0.606 71 G 0.033 0.002 0.003 0.021 0.044 0.056 0.125 0.002 0.002 0.051 0.661 72 H 0.075 0.001 0.002 0.018 0.029 0.047 0.136 0.005 0.002 0.067 0.619 73 E 0.218 0.001 0.001 0.010 0.013 0.022 0.103 0.003 0.001 0.070 0.560 74 S 0.013 0.001 0.001 0.016 0.007 0.018 0.171 0.001 0.001 0.027 0.745 75 G 0.002 0.001 0.001 0.021 0.040 0.085 0.171 0.002 0.001 0.046 0.633 76 E 0.001 0.001 0.001 0.122 0.210 0.345 0.052 0.001 0.001 0.104 0.164 77 W 0.001 0.001 0.001 0.112 0.158 0.479 0.020 0.001 0.001 0.053 0.177 78 V 0.001 0.001 0.001 0.222 0.348 0.327 0.008 0.001 0.001 0.040 0.054 79 L 0.002 0.001 0.001 0.170 0.331 0.311 0.014 0.001 0.001 0.108 0.064 80 V 0.005 0.001 0.001 0.297 0.148 0.268 0.033 0.001 0.001 0.071 0.175 81 D 0.535 0.001 0.001 0.059 0.046 0.096 0.053 0.004 0.002 0.066 0.138 82 A 0.030 0.001 0.001 0.037 0.006 0.016 0.128 0.001 0.001 0.034 0.745 83 G 0.002 0.001 0.001 0.018 0.039 0.056 0.131 0.002 0.001 0.019 0.733 84 D 0.004 0.003 0.001 0.222 0.227 0.152 0.087 0.001 0.001 0.076 0.228 85 V 0.001 0.003 0.001 0.280 0.152 0.160 0.042 0.001 0.001 0.092 0.268 86 V 0.001 0.003 0.001 0.428 0.237 0.178 0.013 0.001 0.001 0.057 0.079 87 V 0.003 0.004 0.001 0.474 0.130 0.194 0.028 0.001 0.001 0.050 0.116 88 H 0.012 0.003 0.001 0.443 0.145 0.196 0.030 0.001 0.001 0.082 0.087 89 V 0.008 0.004 0.001 0.387 0.058 0.137 0.106 0.001 0.001 0.045 0.253 90 M 0.013 0.070 0.003 0.102 0.047 0.062 0.119 0.003 0.003 0.022 0.557 91 L 0.166 0.554 0.003 0.009 0.014 0.013 0.039 0.036 0.003 0.020 0.144 92 P 0.111 0.583 0.006 0.004 0.003 0.003 0.027 0.009 0.003 0.078 0.175 93 A 0.064 0.597 0.017 0.002 0.004 0.007 0.034 0.008 0.006 0.075 0.185 94 V 0.198 0.586 0.005 0.002 0.004 0.006 0.019 0.017 0.001 0.036 0.124 95 R 0.171 0.375 0.005 0.006 0.010 0.013 0.049 0.014 0.002 0.123 0.230 96 D 0.031 0.381 0.002 0.013 0.009 0.016 0.072 0.003 0.001 0.067 0.407 97 Y 0.017 0.584 0.006 0.010 0.010 0.017 0.039 0.004 0.001 0.042 0.269 98 Y 0.019 0.770 0.005 0.006 0.007 0.009 0.025 0.007 0.001 0.034 0.118 99 D 0.013 0.921 0.003 0.002 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.011 0.038 100 I 0.052 0.892 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.005 0.026 101 E 0.074 0.750 0.004 0.004 0.003 0.006 0.014 0.009 0.003 0.045 0.088 102 A 0.057 0.234 0.124 0.010 0.005 0.009 0.070 0.007 0.064 0.143 0.276 103 L 0.300 0.119 0.019 0.013 0.008 0.010 0.085 0.034 0.008 0.094 0.309 104 W 0.227 0.031 0.006 0.016 0.005 0.011 0.087 0.011 0.004 0.068 0.535 105 G 0.037 0.006 0.001 0.019 0.005 0.012 0.105 0.001 0.001 0.020 0.795 106 G 0.011 0.009 0.001 0.023 0.008 0.026 0.107 0.001 0.001 0.037 0.776 107 Q 0.017 0.018 0.001 0.009 0.016 0.015 0.130 0.006 0.001 0.033 0.754 108 K 0.214 0.141 0.003 0.016 0.017 0.021 0.090 0.016 0.001 0.043 0.438 109 P 0.078 0.205 0.003 0.016 0.005 0.012 0.072 0.007 0.001 0.042 0.559 110 S 0.140 0.237 0.010 0.013 0.012 0.023 0.069 0.008 0.005 0.052 0.431 111 F 0.201 0.241 0.012 0.016 0.012 0.018 0.060 0.017 0.005 0.065 0.353 112 A 0.237 0.115 0.007 0.011 0.011 0.020 0.067 0.013 0.005 0.046 0.469 113 V 0.121 0.062 0.003 0.017 0.010 0.021 0.068 0.007 0.001 0.034 0.655 114 G 0.060 0.019 0.001 0.011 0.018 0.030 0.082 0.002 0.001 0.033 0.744 115 A 0.013 0.014 0.001 0.013 0.030 0.042 0.121 0.002 0.001 0.031 0.732 116 A 0.019 0.017 0.001 0.009 0.018 0.020 0.096 0.002 0.001 0.019 0.798 117 K 0.207 0.068 0.003 0.008 0.024 0.019 0.102 0.015 0.002 0.068 0.484 118 P 0.121 0.085 0.002 0.007 0.004 0.006 0.086 0.006 0.001 0.034 0.648 119 W 0.154 0.210 0.003 0.009 0.007 0.014 0.069 0.013 0.001 0.033 0.488 120 S 0.159 0.181 0.003 0.010 0.016 0.024 0.070 0.006 0.001 0.040 0.491 121 A 0.060 0.142 0.003 0.013 0.041 0.073 0.087 0.007 0.001 0.033 0.539 122 V 0.072 0.242 0.005 0.011 0.045 0.065 0.076 0.007 0.002 0.028 0.446 123 L 0.222 0.132 0.006 0.007 0.041 0.046 0.062 0.008 0.003 0.029 0.445 124 E 0.105 0.098 0.004 0.005 0.033 0.059 0.081 0.007 0.002 0.032 0.573 125 H 0.041 0.025 0.006 0.005 0.009 0.024 0.056 0.004 0.002 0.018 0.809 126 H 0.220 0.028 0.005 0.005 0.017 0.021 0.046 0.009 0.002 0.055 0.592 127 H 0.055 0.005 0.001 0.004 0.011 0.013 0.060 0.002 0.001 0.038 0.811 128 H 0.013 0.003 0.001 0.006 0.012 0.017 0.063 0.001 0.001 0.019 0.865 129 H 0.018 0.006 0.001 0.010 0.033 0.023 0.109 0.002 0.001 0.031 0.767 130 H 0.017 0.004 0.001 0.009 0.037 0.028 0.143 0.006 0.001 0.030 0.726