# TARGET T0354 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.2997 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.127 0.019 0.029 0.028 0.108 0.047 0.618 2 E 0.067 0.676 0.004 0.005 0.006 0.028 0.054 0.160 3 I 0.045 0.562 0.002 0.001 0.001 0.010 0.327 0.052 4 Q 0.005 0.868 0.002 0.001 0.001 0.007 0.080 0.034 5 E 0.003 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.018 6 I 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 7 S 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 8 K 0.001 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.002 9 L 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 10 A 0.005 0.959 0.003 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 11 I 0.017 0.885 0.009 0.001 0.001 0.002 0.077 0.008 12 E 0.012 0.811 0.024 0.001 0.001 0.007 0.086 0.058 13 A 0.038 0.801 0.013 0.001 0.001 0.015 0.040 0.092 14 L 0.196 0.544 0.031 0.002 0.001 0.026 0.090 0.110 15 E 0.108 0.236 0.008 0.002 0.001 0.032 0.108 0.505 16 D 0.069 0.152 0.016 0.001 0.002 0.058 0.166 0.536 17 I 0.033 0.058 0.043 0.009 0.005 0.154 0.214 0.484 18 K 0.184 0.060 0.032 0.006 0.007 0.096 0.082 0.534 19 G 0.131 0.034 0.021 0.002 0.004 0.109 0.065 0.635 20 K 0.012 0.014 0.113 0.010 0.021 0.200 0.055 0.575 21 D 0.023 0.011 0.299 0.027 0.076 0.124 0.113 0.326 22 I 0.008 0.006 0.239 0.051 0.064 0.094 0.076 0.462 23 I 0.004 0.004 0.725 0.063 0.080 0.026 0.028 0.070 24 E 0.007 0.007 0.366 0.077 0.133 0.067 0.083 0.260 25 L 0.008 0.006 0.485 0.110 0.083 0.067 0.052 0.189 26 D 0.240 0.050 0.118 0.045 0.070 0.085 0.098 0.295 27 T 0.137 0.026 0.036 0.014 0.021 0.089 0.229 0.448 28 S 0.022 0.028 0.036 0.022 0.037 0.139 0.177 0.539 29 K 0.043 0.096 0.017 0.013 0.027 0.112 0.120 0.572 30 L 0.071 0.172 0.015 0.029 0.030 0.098 0.124 0.462 31 T 0.055 0.158 0.030 0.032 0.054 0.083 0.218 0.371 32 S 0.033 0.113 0.041 0.042 0.071 0.130 0.273 0.296 33 L 0.045 0.053 0.110 0.043 0.061 0.125 0.269 0.294 34 F 0.061 0.038 0.081 0.044 0.063 0.168 0.251 0.295 35 Q 0.006 0.015 0.139 0.028 0.062 0.163 0.139 0.449 36 R 0.002 0.003 0.636 0.027 0.068 0.077 0.092 0.095 37 M 0.001 0.002 0.689 0.040 0.055 0.029 0.130 0.054 38 I 0.002 0.002 0.818 0.034 0.037 0.015 0.066 0.026 39 V 0.005 0.002 0.795 0.028 0.047 0.030 0.054 0.038 40 A 0.018 0.005 0.551 0.042 0.074 0.097 0.101 0.112 41 T 0.032 0.016 0.310 0.020 0.053 0.153 0.196 0.219 42 G 0.055 0.048 0.101 0.012 0.035 0.285 0.101 0.363 43 D 0.054 0.133 0.043 0.011 0.022 0.193 0.097 0.446 44 S 0.034 0.735 0.006 0.003 0.006 0.044 0.053 0.120 45 N 0.016 0.885 0.004 0.002 0.004 0.017 0.025 0.048 46 R 0.006 0.912 0.004 0.006 0.005 0.011 0.025 0.031 47 Q 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 48 V 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 49 K 0.009 0.734 0.005 0.003 0.003 0.003 0.229 0.015 50 A 0.007 0.376 0.005 0.002 0.002 0.007 0.578 0.024 51 L 0.011 0.890 0.002 0.001 0.001 0.004 0.078 0.014 52 A 0.015 0.918 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.027 53 N 0.006 0.896 0.001 0.001 0.001 0.006 0.038 0.050 54 S 0.006 0.951 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.018 55 V 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.006 56 Q 0.011 0.959 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.010 57 V 0.005 0.958 0.010 0.001 0.001 0.002 0.008 0.015 58 K 0.026 0.891 0.027 0.001 0.001 0.005 0.020 0.027 59 L 0.140 0.050 0.463 0.006 0.002 0.015 0.273 0.049 60 K 0.755 0.029 0.012 0.002 0.001 0.015 0.029 0.159 61 E 0.267 0.003 0.006 0.001 0.001 0.018 0.009 0.695 62 A 0.003 0.001 0.006 0.001 0.003 0.116 0.005 0.865 63 G 0.006 0.002 0.005 0.002 0.006 0.053 0.013 0.913 64 V 0.026 0.007 0.014 0.021 0.009 0.108 0.029 0.785 65 D 0.087 0.016 0.123 0.060 0.046 0.119 0.096 0.454 66 I 0.095 0.010 0.047 0.023 0.034 0.104 0.088 0.598 67 V 0.023 0.007 0.141 0.038 0.054 0.118 0.045 0.573 68 G 0.084 0.011 0.067 0.032 0.056 0.113 0.048 0.590 69 S 0.070 0.012 0.030 0.050 0.052 0.106 0.047 0.634 70 E 0.037 0.007 0.050 0.050 0.094 0.133 0.045 0.584 71 G 0.032 0.004 0.030 0.048 0.108 0.121 0.089 0.569 72 H 0.078 0.003 0.037 0.044 0.052 0.149 0.077 0.559 73 E 0.192 0.006 0.016 0.020 0.028 0.103 0.049 0.587 74 S 0.036 0.005 0.016 0.013 0.038 0.157 0.033 0.702 75 G 0.005 0.003 0.044 0.038 0.158 0.160 0.041 0.552 76 E 0.003 0.002 0.117 0.225 0.442 0.050 0.050 0.110 77 W 0.002 0.002 0.089 0.277 0.354 0.022 0.033 0.222 78 V 0.001 0.001 0.187 0.427 0.340 0.007 0.010 0.028 79 L 0.001 0.001 0.249 0.201 0.404 0.016 0.044 0.085 80 V 0.011 0.001 0.353 0.315 0.170 0.025 0.065 0.059 81 D 0.354 0.009 0.110 0.073 0.087 0.069 0.117 0.181 82 A 0.031 0.006 0.038 0.016 0.040 0.170 0.038 0.662 83 G 0.008 0.006 0.093 0.037 0.189 0.174 0.036 0.458 84 D 0.006 0.007 0.176 0.094 0.205 0.097 0.143 0.273 85 V 0.002 0.005 0.371 0.230 0.183 0.036 0.068 0.106 86 V 0.003 0.005 0.446 0.159 0.201 0.022 0.076 0.088 87 V 0.009 0.007 0.412 0.192 0.206 0.029 0.060 0.084 88 H 0.023 0.011 0.531 0.119 0.162 0.030 0.048 0.075 89 V 0.012 0.024 0.255 0.122 0.188 0.081 0.060 0.258 90 M 0.024 0.094 0.181 0.048 0.100 0.094 0.066 0.394 91 L 0.203 0.245 0.056 0.046 0.054 0.073 0.134 0.189 92 P 0.079 0.270 0.026 0.020 0.025 0.097 0.114 0.370 93 A 0.052 0.352 0.020 0.015 0.026 0.069 0.125 0.340 94 V 0.153 0.333 0.015 0.013 0.020 0.064 0.119 0.283 95 R 0.120 0.346 0.014 0.026 0.023 0.060 0.129 0.282 96 D 0.020 0.630 0.004 0.006 0.011 0.030 0.018 0.281 97 Y 0.016 0.609 0.009 0.009 0.017 0.050 0.026 0.265 98 Y 0.010 0.794 0.011 0.021 0.014 0.022 0.035 0.094 99 D 0.017 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.008 100 I 0.023 0.873 0.008 0.003 0.002 0.004 0.070 0.017 101 E 0.015 0.796 0.017 0.013 0.011 0.011 0.077 0.061 102 A 0.160 0.262 0.077 0.021 0.025 0.042 0.222 0.192 103 L 0.407 0.083 0.037 0.023 0.023 0.074 0.124 0.230 104 W 0.302 0.015 0.010 0.008 0.012 0.044 0.041 0.568 105 G 0.013 0.003 0.002 0.002 0.003 0.059 0.008 0.910 106 G 0.009 0.004 0.005 0.005 0.008 0.116 0.019 0.833 107 Q 0.043 0.017 0.007 0.012 0.012 0.150 0.028 0.731 108 K 0.090 0.071 0.015 0.012 0.015 0.115 0.035 0.646 109 P 0.134 0.185 0.017 0.012 0.016 0.074 0.046 0.515 110 S 0.074 0.202 0.052 0.024 0.026 0.081 0.085 0.455 111 F 0.110 0.285 0.036 0.025 0.026 0.072 0.050 0.396 112 A 0.183 0.163 0.061 0.028 0.036 0.075 0.096 0.358 113 V 0.173 0.093 0.031 0.024 0.034 0.088 0.057 0.501 114 G 0.208 0.050 0.018 0.018 0.027 0.073 0.068 0.538 115 A 0.033 0.024 0.008 0.012 0.017 0.110 0.031 0.764 116 A 0.028 0.020 0.011 0.011 0.019 0.116 0.036 0.759 117 K 0.100 0.056 0.008 0.014 0.014 0.125 0.056 0.626 118 P 0.144 0.196 0.009 0.009 0.011 0.084 0.048 0.499 119 W 0.130 0.314 0.009 0.008 0.013 0.065 0.034 0.427 120 S 0.098 0.322 0.019 0.016 0.022 0.068 0.044 0.410 121 A 0.077 0.248 0.033 0.029 0.034 0.087 0.060 0.432 122 V 0.097 0.162 0.047 0.032 0.044 0.102 0.102 0.414 123 L 0.140 0.098 0.043 0.034 0.040 0.095 0.107 0.443 124 E 0.114 0.050 0.025 0.024 0.031 0.093 0.075 0.588 125 H 0.082 0.026 0.018 0.016 0.023 0.096 0.058 0.681 126 H 0.121 0.021 0.015 0.018 0.027 0.113 0.049 0.635 127 H 0.087 0.011 0.011 0.013 0.022 0.095 0.040 0.721 128 H 0.048 0.009 0.012 0.017 0.027 0.116 0.035 0.737 129 H 0.037 0.010 0.016 0.023 0.042 0.117 0.045 0.710 130 H 0.038 0.010 0.021 0.036 0.053 0.110 0.043 0.690