# TARGET T0354 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.2997 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.027 0.025 0.015 0.004 0.008 0.023 0.004 0.001 0.002 0.806 2 E 0.047 0.009 0.004 0.010 0.006 0.005 0.158 0.003 0.001 0.002 0.756 3 I 0.069 0.014 0.017 0.007 0.001 0.004 0.084 0.001 0.001 0.003 0.800 4 Q 0.005 0.040 0.001 0.014 0.002 0.003 0.116 0.001 0.001 0.001 0.818 5 E 0.036 0.086 0.001 0.002 0.001 0.001 0.261 0.001 0.001 0.005 0.607 6 I 0.046 0.684 0.001 0.002 0.001 0.003 0.088 0.001 0.001 0.003 0.171 7 S 0.012 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.030 8 K 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 9 L 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 10 A 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 I 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 12 E 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 13 A 0.009 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 14 L 0.023 0.959 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 15 E 0.025 0.925 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.030 16 D 0.062 0.833 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.058 17 I 0.207 0.532 0.008 0.001 0.002 0.001 0.002 0.060 0.001 0.001 0.188 18 K 0.249 0.422 0.020 0.007 0.009 0.006 0.034 0.075 0.001 0.003 0.176 19 G 0.068 0.207 0.153 0.017 0.011 0.019 0.029 0.015 0.001 0.002 0.477 20 K 0.032 0.148 0.008 0.058 0.043 0.056 0.123 0.009 0.001 0.003 0.520 21 D 0.209 0.049 0.006 0.045 0.021 0.038 0.080 0.014 0.001 0.014 0.524 22 I 0.255 0.042 0.057 0.226 0.079 0.092 0.042 0.007 0.001 0.011 0.187 23 I 0.014 0.008 0.011 0.404 0.244 0.160 0.073 0.001 0.001 0.002 0.083 24 E 0.007 0.004 0.005 0.236 0.128 0.218 0.034 0.001 0.001 0.002 0.367 25 L 0.002 0.002 0.001 0.449 0.185 0.323 0.015 0.001 0.001 0.001 0.024 26 D 0.007 0.005 0.001 0.220 0.128 0.178 0.116 0.001 0.001 0.003 0.340 27 T 0.012 0.006 0.003 0.261 0.098 0.160 0.065 0.001 0.001 0.007 0.387 28 S 0.012 0.005 0.001 0.101 0.042 0.101 0.436 0.001 0.001 0.013 0.289 29 K 0.101 0.006 0.002 0.031 0.026 0.031 0.310 0.002 0.001 0.047 0.444 30 L 0.170 0.038 0.010 0.026 0.027 0.040 0.305 0.002 0.001 0.028 0.352 31 T 0.085 0.050 0.007 0.023 0.055 0.056 0.214 0.004 0.001 0.023 0.483 32 S 0.069 0.058 0.006 0.009 0.040 0.033 0.147 0.002 0.001 0.010 0.625 33 L 0.054 0.062 0.003 0.016 0.108 0.149 0.179 0.006 0.001 0.018 0.405 34 F 0.081 0.081 0.005 0.042 0.186 0.310 0.120 0.007 0.001 0.021 0.147 35 Q 0.050 0.062 0.005 0.073 0.225 0.272 0.088 0.011 0.001 0.010 0.204 36 R 0.062 0.024 0.015 0.266 0.194 0.305 0.021 0.008 0.001 0.005 0.100 37 M 0.011 0.003 0.007 0.393 0.324 0.214 0.012 0.001 0.001 0.001 0.035 38 I 0.001 0.001 0.004 0.508 0.219 0.213 0.010 0.001 0.001 0.001 0.046 39 V 0.001 0.001 0.001 0.429 0.198 0.338 0.011 0.001 0.001 0.001 0.023 40 A 0.001 0.001 0.001 0.595 0.142 0.203 0.013 0.001 0.001 0.001 0.046 41 T 0.001 0.001 0.001 0.307 0.101 0.180 0.065 0.001 0.001 0.002 0.341 42 G 0.004 0.001 0.001 0.263 0.043 0.093 0.079 0.001 0.001 0.006 0.510 43 D 0.008 0.001 0.001 0.086 0.024 0.057 0.310 0.001 0.001 0.012 0.501 44 S 0.043 0.003 0.001 0.028 0.012 0.019 0.225 0.001 0.001 0.018 0.651 45 N 0.052 0.016 0.001 0.011 0.004 0.007 0.269 0.001 0.001 0.011 0.629 46 R 0.046 0.053 0.001 0.003 0.002 0.003 0.250 0.001 0.001 0.008 0.634 47 Q 0.034 0.175 0.001 0.002 0.002 0.005 0.420 0.001 0.001 0.006 0.355 48 V 0.017 0.796 0.001 0.002 0.004 0.012 0.051 0.001 0.001 0.002 0.115 49 K 0.006 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.030 50 A 0.005 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 51 L 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 52 A 0.010 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 53 N 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 54 S 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 55 V 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 56 Q 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 57 V 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 58 K 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 59 L 0.010 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 60 K 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 61 E 0.058 0.907 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.022 62 A 0.108 0.669 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.001 0.001 0.058 63 G 0.520 0.084 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.282 0.001 0.001 0.098 64 V 0.005 0.002 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 65 D 0.003 0.001 0.007 0.130 0.038 0.036 0.106 0.002 0.001 0.001 0.677 66 I 0.016 0.001 0.003 0.045 0.003 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.917 67 V 0.009 0.003 0.001 0.435 0.055 0.109 0.153 0.001 0.001 0.002 0.233 68 G 0.048 0.004 0.001 0.226 0.029 0.039 0.127 0.001 0.001 0.008 0.520 69 S 0.069 0.013 0.001 0.335 0.048 0.087 0.076 0.001 0.001 0.008 0.362 70 E 0.025 0.008 0.001 0.102 0.081 0.133 0.122 0.001 0.001 0.006 0.521 71 G 0.105 0.006 0.001 0.046 0.072 0.078 0.110 0.003 0.001 0.017 0.562 72 H 0.139 0.009 0.018 0.034 0.099 0.137 0.107 0.002 0.001 0.013 0.442 73 E 0.009 0.005 0.001 0.018 0.070 0.070 0.094 0.001 0.001 0.002 0.729 74 S 0.033 0.006 0.001 0.020 0.059 0.092 0.123 0.001 0.001 0.010 0.656 75 G 0.155 0.008 0.002 0.019 0.044 0.061 0.169 0.002 0.001 0.032 0.507 76 E 0.231 0.005 0.013 0.046 0.062 0.062 0.169 0.002 0.001 0.038 0.370 77 W 0.068 0.002 0.025 0.153 0.175 0.175 0.136 0.001 0.001 0.014 0.252 78 V 0.004 0.001 0.003 0.223 0.379 0.308 0.039 0.001 0.001 0.001 0.043 79 L 0.001 0.001 0.001 0.168 0.318 0.422 0.017 0.001 0.001 0.001 0.073 80 V 0.001 0.001 0.001 0.257 0.284 0.429 0.012 0.001 0.001 0.001 0.019 81 D 0.002 0.001 0.001 0.192 0.287 0.332 0.090 0.001 0.001 0.002 0.096 82 A 0.002 0.001 0.001 0.052 0.034 0.050 0.058 0.001 0.001 0.006 0.798 83 G 0.008 0.001 0.001 0.046 0.036 0.051 0.573 0.001 0.001 0.044 0.241 84 D 0.427 0.001 0.004 0.033 0.012 0.014 0.171 0.001 0.001 0.173 0.163 85 V 0.055 0.003 0.025 0.198 0.182 0.131 0.198 0.001 0.001 0.020 0.187 86 V 0.001 0.001 0.002 0.236 0.268 0.374 0.070 0.001 0.001 0.001 0.046 87 V 0.001 0.001 0.001 0.326 0.251 0.391 0.008 0.001 0.001 0.001 0.022 88 H 0.001 0.001 0.001 0.275 0.243 0.457 0.009 0.001 0.001 0.001 0.016 89 V 0.001 0.003 0.001 0.235 0.203 0.426 0.026 0.001 0.001 0.001 0.104 90 M 0.005 0.005 0.001 0.517 0.097 0.237 0.042 0.001 0.001 0.003 0.091 91 L 0.008 0.004 0.002 0.247 0.081 0.164 0.136 0.001 0.001 0.003 0.353 92 P 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.976 93 A 0.005 0.002 0.001 0.010 0.005 0.020 0.248 0.001 0.001 0.003 0.706 94 V 0.335 0.061 0.001 0.008 0.004 0.007 0.082 0.001 0.001 0.007 0.494 95 R 0.131 0.589 0.001 0.009 0.004 0.008 0.039 0.002 0.001 0.003 0.214 96 D 0.119 0.506 0.002 0.002 0.002 0.004 0.031 0.002 0.001 0.001 0.331 97 Y 0.192 0.715 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.075 98 Y 0.076 0.820 0.008 0.001 0.002 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.081 99 D 0.032 0.708 0.009 0.002 0.004 0.005 0.044 0.010 0.001 0.001 0.184 100 I 0.016 0.778 0.007 0.004 0.003 0.007 0.015 0.005 0.001 0.001 0.165 101 E 0.010 0.837 0.002 0.005 0.006 0.013 0.038 0.006 0.001 0.002 0.081 102 A 0.036 0.768 0.002 0.004 0.008 0.015 0.070 0.025 0.001 0.002 0.070 103 L 0.040 0.926 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.020 104 W 0.035 0.927 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.019 105 G 0.120 0.667 0.019 0.003 0.006 0.009 0.013 0.059 0.001 0.001 0.103 106 G 0.354 0.196 0.026 0.009 0.004 0.006 0.015 0.151 0.001 0.002 0.237 107 Q 0.238 0.072 0.324 0.021 0.004 0.006 0.030 0.024 0.001 0.005 0.277 108 K 0.029 0.007 0.030 0.027 0.009 0.011 0.107 0.004 0.001 0.002 0.775 109 P 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.987 110 S 0.018 0.003 0.001 0.047 0.009 0.029 0.213 0.001 0.001 0.003 0.678 111 F 0.263 0.017 0.001 0.026 0.007 0.012 0.068 0.001 0.001 0.005 0.601 112 A 0.151 0.195 0.001 0.042 0.013 0.018 0.066 0.002 0.001 0.003 0.512 113 V 0.136 0.201 0.002 0.045 0.022 0.036 0.106 0.002 0.001 0.005 0.445 114 G 0.218 0.204 0.002 0.026 0.017 0.028 0.104 0.009 0.001 0.006 0.385 115 A 0.265 0.203 0.020 0.011 0.009 0.021 0.051 0.010 0.001 0.005 0.405 116 A 0.191 0.160 0.017 0.025 0.019 0.031 0.062 0.026 0.001 0.005 0.464 117 K 0.262 0.047 0.017 0.011 0.011 0.013 0.074 0.008 0.001 0.003 0.553 118 P 0.006 0.003 0.005 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.975 119 W 0.025 0.008 0.001 0.022 0.014 0.038 0.214 0.001 0.001 0.004 0.671 120 S 0.317 0.019 0.002 0.012 0.006 0.011 0.087 0.002 0.001 0.009 0.536 121 A 0.197 0.153 0.002 0.028 0.016 0.018 0.071 0.003 0.001 0.004 0.508 122 V 0.185 0.103 0.005 0.033 0.023 0.037 0.167 0.003 0.001 0.010 0.433 123 L 0.155 0.141 0.006 0.064 0.048 0.086 0.106 0.005 0.001 0.007 0.381 124 E 0.119 0.148 0.008 0.034 0.039 0.071 0.072 0.007 0.001 0.004 0.497 125 H 0.141 0.096 0.008 0.022 0.038 0.053 0.062 0.008 0.001 0.004 0.569 126 H 0.123 0.059 0.006 0.025 0.033 0.047 0.086 0.008 0.001 0.005 0.607 127 H 0.083 0.029 0.009 0.016 0.017 0.028 0.110 0.004 0.001 0.006 0.699 128 H 0.111 0.027 0.006 0.016 0.014 0.024 0.136 0.003 0.001 0.008 0.653 129 H 0.196 0.027 0.006 0.014 0.015 0.019 0.146 0.003 0.001 0.011 0.564 130 H 0.106 0.032 0.009 0.016 0.015 0.022 0.127 0.001 0.001 0.008 0.664