# TARGET T0354 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.2997 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.015 0.040 0.023 0.035 0.087 0.006 0.734 2 E 0.035 0.015 0.016 0.014 0.022 0.195 0.005 0.699 3 I 0.019 0.018 0.007 0.004 0.013 0.036 0.001 0.902 4 Q 0.017 0.069 0.005 0.004 0.014 0.165 0.002 0.723 5 E 0.034 0.190 0.002 0.003 0.004 0.272 0.004 0.491 6 I 0.023 0.864 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.088 7 S 0.006 0.954 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.031 8 K 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 9 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 10 A 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 11 I 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 12 E 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 13 A 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 14 L 0.010 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 15 E 0.029 0.924 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.032 16 D 0.123 0.791 0.003 0.001 0.001 0.002 0.042 0.039 17 I 0.383 0.483 0.016 0.004 0.002 0.003 0.080 0.029 18 K 0.202 0.276 0.083 0.025 0.015 0.029 0.123 0.249 19 G 0.056 0.054 0.463 0.046 0.051 0.050 0.026 0.255 20 K 0.021 0.023 0.304 0.108 0.073 0.112 0.010 0.350 21 D 0.024 0.013 0.354 0.055 0.073 0.105 0.014 0.361 22 I 0.016 0.007 0.778 0.044 0.063 0.029 0.003 0.061 23 I 0.003 0.003 0.754 0.140 0.067 0.012 0.002 0.019 24 E 0.003 0.001 0.376 0.081 0.154 0.018 0.001 0.366 25 L 0.001 0.001 0.704 0.106 0.142 0.009 0.001 0.036 26 D 0.002 0.003 0.201 0.155 0.185 0.056 0.002 0.397 27 T 0.006 0.003 0.232 0.060 0.226 0.047 0.003 0.422 28 S 0.012 0.001 0.020 0.011 0.033 0.722 0.003 0.198 29 K 0.247 0.005 0.011 0.011 0.016 0.238 0.021 0.450 30 L 0.151 0.053 0.042 0.016 0.024 0.288 0.011 0.415 31 T 0.083 0.091 0.045 0.052 0.064 0.264 0.025 0.376 32 S 0.092 0.109 0.034 0.051 0.085 0.121 0.017 0.491 33 L 0.087 0.131 0.036 0.059 0.157 0.220 0.015 0.295 34 F 0.108 0.148 0.058 0.087 0.149 0.233 0.021 0.197 35 Q 0.079 0.255 0.052 0.139 0.126 0.104 0.032 0.213 36 R 0.137 0.106 0.129 0.089 0.167 0.130 0.026 0.216 37 M 0.037 0.051 0.233 0.328 0.253 0.034 0.010 0.054 38 I 0.008 0.020 0.244 0.294 0.293 0.019 0.008 0.115 39 V 0.004 0.007 0.466 0.175 0.274 0.011 0.003 0.061 40 A 0.003 0.007 0.447 0.243 0.251 0.012 0.002 0.035 41 T 0.006 0.009 0.181 0.141 0.275 0.053 0.005 0.330 42 G 0.015 0.006 0.332 0.089 0.167 0.058 0.007 0.326 43 D 0.016 0.004 0.034 0.020 0.033 0.395 0.004 0.493 44 S 0.074 0.008 0.014 0.009 0.023 0.270 0.012 0.591 45 N 0.045 0.031 0.011 0.005 0.010 0.210 0.006 0.681 46 R 0.034 0.040 0.005 0.004 0.005 0.467 0.007 0.437 47 Q 0.060 0.239 0.005 0.005 0.007 0.353 0.005 0.326 48 V 0.014 0.855 0.004 0.004 0.012 0.024 0.002 0.086 49 K 0.001 0.961 0.002 0.002 0.004 0.004 0.001 0.026 50 A 0.002 0.974 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.017 51 L 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 52 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 53 N 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 54 S 0.027 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 55 V 0.015 0.958 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.018 56 Q 0.003 0.966 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.021 57 V 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 58 K 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 59 L 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 60 K 0.006 0.969 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.014 61 E 0.010 0.962 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 62 A 0.040 0.900 0.002 0.002 0.001 0.001 0.035 0.019 63 G 0.772 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.168 0.030 64 V 0.079 0.020 0.754 0.014 0.008 0.016 0.018 0.089 65 D 0.009 0.011 0.104 0.051 0.061 0.047 0.006 0.711 66 I 0.005 0.003 0.054 0.011 0.027 0.022 0.002 0.877 67 V 0.018 0.009 0.317 0.108 0.115 0.098 0.005 0.330 68 G 0.023 0.006 0.242 0.077 0.096 0.083 0.007 0.466 69 S 0.046 0.007 0.096 0.094 0.164 0.096 0.007 0.491 70 E 0.041 0.006 0.097 0.178 0.185 0.160 0.007 0.326 71 G 0.038 0.005 0.018 0.075 0.104 0.089 0.006 0.666 72 H 0.055 0.007 0.093 0.173 0.284 0.092 0.010 0.286 73 E 0.014 0.004 0.020 0.077 0.093 0.097 0.008 0.689 74 S 0.026 0.003 0.013 0.040 0.067 0.108 0.021 0.722 75 G 0.114 0.007 0.048 0.177 0.081 0.108 0.082 0.382 76 E 0.363 0.001 0.043 0.049 0.131 0.318 0.008 0.087 77 W 0.002 0.001 0.018 0.082 0.060 0.021 0.001 0.817 78 V 0.001 0.001 0.064 0.396 0.530 0.004 0.001 0.004 79 L 0.001 0.001 0.075 0.241 0.350 0.006 0.001 0.327 80 V 0.001 0.001 0.275 0.289 0.418 0.003 0.001 0.015 81 D 0.001 0.001 0.062 0.323 0.453 0.044 0.001 0.116 82 A 0.003 0.002 0.118 0.112 0.569 0.036 0.002 0.158 83 G 0.012 0.002 0.038 0.064 0.133 0.498 0.007 0.247 84 D 0.271 0.001 0.027 0.034 0.037 0.351 0.039 0.240 85 V 0.083 0.012 0.335 0.190 0.096 0.107 0.013 0.163 86 V 0.011 0.005 0.353 0.185 0.296 0.056 0.006 0.088 87 V 0.004 0.002 0.528 0.190 0.214 0.014 0.001 0.048 88 H 0.003 0.003 0.498 0.167 0.252 0.012 0.001 0.065 89 V 0.002 0.002 0.613 0.116 0.165 0.011 0.002 0.089 90 M 0.005 0.008 0.415 0.123 0.217 0.057 0.006 0.169 91 L 0.015 0.005 0.143 0.104 0.244 0.090 0.004 0.395 92 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 93 A 0.003 0.003 0.003 0.007 0.023 0.230 0.001 0.730 94 V 0.237 0.040 0.004 0.003 0.006 0.058 0.010 0.642 95 R 0.055 0.683 0.005 0.007 0.010 0.024 0.003 0.213 96 D 0.031 0.832 0.004 0.003 0.004 0.012 0.004 0.109 97 Y 0.082 0.776 0.013 0.004 0.005 0.009 0.014 0.097 98 Y 0.036 0.898 0.010 0.007 0.004 0.005 0.007 0.033 99 D 0.033 0.713 0.030 0.011 0.015 0.032 0.019 0.147 100 I 0.056 0.731 0.032 0.010 0.026 0.020 0.010 0.116 101 E 0.033 0.750 0.023 0.011 0.018 0.051 0.010 0.105 102 A 0.077 0.626 0.013 0.008 0.012 0.074 0.022 0.168 103 L 0.084 0.807 0.014 0.005 0.008 0.008 0.011 0.063 104 W 0.056 0.776 0.017 0.010 0.017 0.016 0.015 0.093 105 G 0.191 0.446 0.020 0.016 0.019 0.026 0.066 0.216 106 G 0.404 0.134 0.023 0.008 0.010 0.021 0.096 0.305 107 Q 0.418 0.082 0.062 0.011 0.017 0.041 0.074 0.296 108 K 0.020 0.019 0.040 0.013 0.010 0.060 0.007 0.831 109 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 110 S 0.017 0.010 0.037 0.018 0.042 0.135 0.003 0.738 111 F 0.192 0.033 0.068 0.022 0.026 0.123 0.012 0.525 112 A 0.145 0.107 0.059 0.028 0.049 0.104 0.007 0.503 113 V 0.218 0.137 0.066 0.036 0.076 0.105 0.008 0.354 114 G 0.138 0.141 0.024 0.029 0.037 0.092 0.018 0.520 115 A 0.258 0.099 0.040 0.018 0.042 0.075 0.031 0.437 116 A 0.208 0.105 0.024 0.020 0.033 0.081 0.052 0.477 117 K 0.226 0.045 0.025 0.023 0.032 0.073 0.020 0.557 118 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 119 W 0.014 0.007 0.011 0.011 0.036 0.097 0.004 0.821 120 S 0.166 0.018 0.014 0.009 0.011 0.117 0.012 0.655 121 A 0.177 0.049 0.018 0.012 0.021 0.080 0.006 0.638 122 V 0.184 0.104 0.030 0.024 0.050 0.166 0.005 0.436 123 L 0.098 0.201 0.043 0.046 0.069 0.111 0.009 0.423 124 E 0.082 0.270 0.023 0.039 0.064 0.092 0.014 0.417 125 H 0.141 0.222 0.024 0.027 0.050 0.062 0.022 0.453 126 H 0.130 0.200 0.019 0.023 0.033 0.083 0.023 0.489 127 H 0.101 0.109 0.020 0.018 0.024 0.085 0.032 0.612 128 H 0.175 0.086 0.025 0.019 0.023 0.086 0.033 0.553 129 H 0.145 0.045 0.027 0.015 0.022 0.105 0.021 0.622 130 H 0.062 0.029 0.025 0.018 0.028 0.092 0.009 0.738