# TARGET T0354 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.2997 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 E 0.013 0.022 0.002 0.139 0.005 0.007 0.812 3 I 0.002 0.001 0.004 0.904 0.011 0.017 0.059 4 Q 0.001 0.001 0.004 0.962 0.007 0.011 0.015 5 E 0.001 0.001 0.004 0.976 0.004 0.004 0.011 6 I 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.002 0.005 7 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 8 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 11 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 13 A 0.001 0.001 0.002 0.974 0.001 0.021 0.001 14 L 0.001 0.001 0.009 0.948 0.003 0.034 0.006 15 E 0.001 0.001 0.027 0.860 0.010 0.093 0.009 16 D 0.001 0.001 0.041 0.686 0.043 0.197 0.031 17 I 0.004 0.006 0.035 0.518 0.086 0.283 0.069 18 K 0.014 0.018 0.022 0.132 0.129 0.426 0.259 19 G 0.029 0.008 0.070 0.075 0.079 0.122 0.617 20 K 0.119 0.005 0.139 0.069 0.220 0.092 0.355 21 D 0.322 0.011 0.069 0.039 0.153 0.058 0.348 22 I 0.660 0.008 0.026 0.036 0.038 0.020 0.211 23 I 0.858 0.008 0.006 0.033 0.022 0.006 0.067 24 E 0.912 0.005 0.002 0.019 0.005 0.004 0.052 25 L 0.745 0.007 0.001 0.012 0.017 0.005 0.214 26 D 0.549 0.025 0.001 0.009 0.016 0.011 0.389 27 T 0.175 0.011 0.039 0.048 0.102 0.170 0.453 28 S 0.041 0.005 0.082 0.025 0.233 0.491 0.124 29 K 0.032 0.003 0.116 0.027 0.198 0.525 0.099 30 L 0.116 0.028 0.095 0.048 0.114 0.132 0.467 31 T 0.160 0.039 0.064 0.038 0.137 0.061 0.500 32 S 0.231 0.010 0.096 0.087 0.192 0.174 0.209 33 L 0.352 0.025 0.141 0.072 0.072 0.169 0.168 34 F 0.497 0.010 0.026 0.007 0.042 0.020 0.398 35 Q 0.417 0.001 0.009 0.006 0.396 0.021 0.150 36 R 0.968 0.001 0.002 0.002 0.010 0.005 0.012 37 M 0.991 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 38 I 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 39 V 0.984 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 40 A 0.888 0.002 0.001 0.005 0.009 0.007 0.088 41 T 0.450 0.007 0.003 0.008 0.147 0.025 0.360 42 G 0.102 0.013 0.006 0.009 0.473 0.091 0.306 43 D 0.037 0.011 0.007 0.023 0.365 0.126 0.431 44 S 0.007 0.006 0.015 0.522 0.169 0.084 0.197 45 N 0.001 0.001 0.007 0.922 0.022 0.030 0.017 46 R 0.002 0.001 0.003 0.970 0.009 0.009 0.007 47 Q 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.003 0.005 48 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 49 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 53 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 55 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 56 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 58 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.001 61 E 0.001 0.001 0.003 0.968 0.003 0.023 0.002 62 A 0.001 0.001 0.003 0.459 0.006 0.530 0.002 63 G 0.001 0.001 0.001 0.015 0.009 0.962 0.012 64 V 0.029 0.006 0.002 0.005 0.043 0.009 0.906 65 D 0.392 0.046 0.012 0.006 0.029 0.006 0.508 66 I 0.617 0.025 0.030 0.014 0.052 0.012 0.250 67 V 0.548 0.015 0.058 0.016 0.071 0.054 0.237 68 G 0.407 0.008 0.072 0.014 0.122 0.120 0.256 69 S 0.524 0.025 0.051 0.022 0.086 0.073 0.219 70 E 0.621 0.039 0.030 0.016 0.068 0.089 0.137 71 G 0.453 0.024 0.026 0.006 0.130 0.112 0.249 72 H 0.315 0.029 0.032 0.006 0.142 0.125 0.351 73 E 0.190 0.017 0.049 0.006 0.200 0.334 0.203 74 S 0.056 0.007 0.036 0.002 0.184 0.627 0.089 75 G 0.083 0.002 0.013 0.001 0.311 0.369 0.222 76 E 0.282 0.005 0.002 0.001 0.260 0.026 0.425 77 W 0.949 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.045 78 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 79 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 80 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 81 D 0.809 0.002 0.001 0.001 0.009 0.004 0.175 82 A 0.161 0.005 0.029 0.004 0.106 0.551 0.144 83 G 0.035 0.001 0.024 0.001 0.145 0.668 0.125 84 D 0.118 0.003 0.012 0.001 0.470 0.040 0.357 85 V 0.873 0.004 0.002 0.001 0.008 0.004 0.109 86 V 0.976 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 87 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 88 H 0.967 0.001 0.001 0.004 0.005 0.002 0.021 89 V 0.934 0.001 0.003 0.002 0.011 0.018 0.031 90 M 0.800 0.009 0.002 0.005 0.034 0.004 0.147 91 L 0.415 0.007 0.003 0.004 0.124 0.002 0.446 92 P 0.028 0.001 0.401 0.314 0.073 0.092 0.092 93 A 0.021 0.005 0.255 0.410 0.058 0.158 0.092 94 V 0.015 0.004 0.339 0.414 0.026 0.098 0.103 95 R 0.039 0.024 0.192 0.457 0.075 0.117 0.095 96 D 0.051 0.005 0.106 0.518 0.089 0.180 0.051 97 Y 0.071 0.008 0.081 0.516 0.056 0.211 0.056 98 Y 0.145 0.032 0.019 0.412 0.134 0.081 0.177 99 D 0.095 0.028 0.008 0.179 0.073 0.048 0.568 100 I 0.003 0.001 0.031 0.901 0.006 0.026 0.031 101 E 0.002 0.001 0.071 0.881 0.008 0.023 0.015 102 A 0.003 0.001 0.133 0.814 0.006 0.030 0.013 103 L 0.004 0.003 0.115 0.801 0.008 0.053 0.016 104 W 0.006 0.008 0.090 0.635 0.023 0.211 0.026 105 G 0.002 0.001 0.037 0.289 0.026 0.613 0.032 106 G 0.007 0.004 0.019 0.087 0.342 0.252 0.289 107 Q 0.011 0.005 0.006 0.024 0.469 0.025 0.461 108 K 0.021 0.011 0.007 0.027 0.135 0.027 0.772 109 P 0.052 0.024 0.029 0.101 0.094 0.054 0.646 110 S 0.140 0.026 0.058 0.173 0.102 0.053 0.448 111 F 0.159 0.016 0.088 0.209 0.102 0.050 0.375 112 A 0.150 0.022 0.096 0.260 0.063 0.079 0.330 113 V 0.100 0.017 0.108 0.217 0.088 0.228 0.243 114 G 0.056 0.009 0.084 0.112 0.126 0.324 0.289 115 A 0.061 0.015 0.048 0.077 0.198 0.145 0.456 116 A 0.047 0.021 0.031 0.087 0.249 0.096 0.469 117 K 0.028 0.014 0.010 0.030 0.207 0.030 0.680 118 P 0.020 0.012 0.040 0.100 0.078 0.119 0.631 119 W 0.031 0.013 0.074 0.195 0.104 0.178 0.405 120 S 0.049 0.011 0.098 0.252 0.161 0.097 0.332 121 A 0.085 0.016 0.088 0.338 0.111 0.072 0.290 122 V 0.135 0.026 0.081 0.356 0.070 0.106 0.226 123 L 0.143 0.026 0.082 0.289 0.083 0.114 0.263 124 E 0.108 0.020 0.066 0.240 0.108 0.116 0.342 125 H 0.063 0.013 0.063 0.175 0.145 0.127 0.413 126 H 0.039 0.012 0.051 0.132 0.192 0.151 0.423 127 H 0.030 0.011 0.071 0.091 0.211 0.196 0.390 128 H 0.030 0.012 0.056 0.050 0.213 0.254 0.384 129 H 0.024 0.014 0.023 0.022 0.053 0.102 0.762 130 H 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.984